首先，天灾。具体又可分为瘟疫、洪涝、大旱以及古今罕见的虎灾等若干类型。其中，较早见于记录是瘟疫，史载万历二十六年（1598年），“全蜀诸郡邑大疫”，“人民死伤甚众”。这场瘟疫，自明代后期开始，一直流行到清初顺治、康熙年间仍肆虐不止，“有‘大头瘟’，头发肿赤，大几如斗；有‘马眼睛’，双目黄大，森然挺露；有‘马蹄瘟’，自膝至胫，青肿如一，状似马蹄；三病中者不救”。曾使巴蜀地区各民族群众深受其害，如清初川南内江一带“瘟疫大作，人皆徙散，数百里无烟”，今重庆市南部綦江县“大头瘟”流行，竟至“死者卧床榻，无人掩葬”。据研究，所谓“大头瘟”，实为鼠疫大面积流行的别称。其余“马眼睛”“马蹄瘟”等，亦多与此类恶性传染病有关。自然灾害的情况，较早见于记录的也是明代万历年间（1573～1619年）。史载万历三十七年（1609年）巴蜀大旱，次年“全蜀荒旱，殍死无数”。降及清初顺治元年（1644年），“成都大雨雹”，以后又是连年大旱，“饥民大逃亡，百里无烟，都江堰淤废”。且水旱灾害与瘟疫、兵灾、匪患相互交织，“大旱大饥大疫，人自相食，存者万分之一”。至于千古未闻之奇祸虎灾，有记载说：清初川北南充一带“群虎自山中出……县治、学宫俱为虎窟”；川南富顺县境内“数年断绝人烟，虎豹生殖转盛，昼夜群游城廓村圩之内”；川东綦江县则“群虎白日出游，下城楼窥破残人户”。
其次，战乱。明清之际巴蜀地区的战乱纷争，自明崇祯七年（1634年）张献忠率农民起义军由湖北经长江三峡入川，后又自川东翻越大巴山北上陕西开始，至康熙十九年（1680年）清兵平定“三藩之乱”首恶吴三桂所部驻川叛军为止，历时将近半个世纪。值此期间，曾三次入川的张献忠农民军与明军、明军与清兵、清兵与南明军队以及清军与吴氏“西府兵”先后大战20余次，小战不可胜数，致使巴蜀境内“荡为血肉之场”。其中，既有“八大王”张献忠的成都、丹陵、峨眉、顺庆、邛州之屠，也有明、清军队的滥肆杀戮，如《蜀记》说：清顺治四年（1647年），几经战乱后。“成都残民多逃雅州，采野菜而食，亦有流入土司者，死亡满路，尸才出，臂股之肉少顷已为人割去，（官兵）虽斩之不可止。”及至清兵入据成都时，城内“残民无主，强者为盗，聚众掠男女，屠为脯。继以大疫，人又死。是后虎出为害，渡水登楼，州县皆虎……”而当清兵退出之际，又“驱残民千余北去，至绵州，复尽杀之”，致使“成都之人，竟无遗种”。
再次，匪患。明清之际的巴蜀匪患，也是一大祸害。其中尤以川东股匪“摇黄”最为凶悍。“摇黄”之起，始自明末，史称其以“通江、达州、巴州为巢穴，而蔓延于岳池、广元、定远、合州、巴县。凡川东之北岸，任其出没。掳掠人口，则责人取赎。当耕种时，则敛兵暂退，及收成后则复来。因土人强悍，乡兵四起，相约杀贼，而贼遂逢人即杀”。又说：“（摇黄）惟川北、川东诸州县恣意去来……久之，数百里寂无烟火，燕巢林上，虎入城市”。延至清初顺治二年（1645年），“摇黄贼屠巴州、通江、东乡、太平、达州、梁山、新宁、开县各地方，人烟俱绝”。
由此可见，明清之际巴蜀人口的锐减，乃是由天灾人祸等错综复杂而又相互交织的多重因素造成，其中最根本杀伤力也最大的，又是由各种社会矛盾激化所引发的战乱纷争，而绝非“八大王剿四川”一句话所能包蕴得了。然而无论怎么说，到了清朝初年，巴蜀境内的总人口和汉族人口都已降到了历史的最低值，随之而来的是所谓“湖广填四川”的大规模移民活动的兴起。
清初外地人户徙居巴蜀的移民活动，据研究最先是从就地招徕流民而发端，以后才转为从区外招募移民入川，原因都是为了增加赋税收入以缓解地方财政的严重不足。其时间上限，以往学术界多认为肇自顺治十年（1653年）清政府颁布“四川耕地，官给牛种，听兵民开垦，酌量补还价值”和“凡抛荒田地，无论有主无主，任人尽力开垦，永给为业”等鼓励措施之后。但有资料表明实际上还要更早，如顺治七年四川巡抚张瑃在其《揭帖》中便曾说道：“窃照川中见有保宁、顺庆二府……自献逆、摇黄大乱，杀人如洗，遍地无烟。幸我大清恢靖三载，查报户口，业已百无二三矣。方图培养生聚，渐望安康。奈频年以来，城市鞠为茂草，村疃尽变丛林，虎种滋生，日肆吞噬。据顺庆府附郭南充县知县黄梦卜申称：原报招徕户口人丁五百零六名，虎噬二百三十八名，病死五十五名，见存二百一十三名；新招人丁七十四名，虎噬四十二名，见存三十二名。造册具申到职……”据此，最迟不晚于顺治七年，在清军的控制区内，部分州县已开始着手就地招徕流民归籍入编，然而限于战乱未息且天灾正炽，故收效甚微。
及至康熙三年（1664年）平川战事结束后，清政府转向省外招徕川籍流民回乡复业，并于康熙七年（1668年）下令：“蜀中流民寄居邻省者，现在查令回籍，而山川险阻，行李艰难，地方各官有捐资招抚，使归故土者，请敕议叙。”再至康熙十年（1671年），又由川湖总督蔡毓荣提出：“蜀省有可耕之田而无可耕之民，招民开垦，洵属急务”，且辅以放宽垦荒起科年限、降低招民授官和晋升的标准，以及允许外省籍贫民携妻儿入川垦荒等优惠政策。于是，大规模的移民入川活动自此拉开序幕，以后虽因“三藩之乱”爆发而一度中断，但整体上仍呈现为方兴未艾、汹涌澎湃之势而持续了一个多世纪，直到18世纪后期的乾隆年间（1736～1795年）的中、晚期才逐渐平静下来。再往后，随着人口的急剧增长，巴蜀一带逐步上升为全国范围内人口最多、密度也最大的地区之一并延续到当代。其间，无论是在人口数量还是分布面上，巴蜀汉族都实现了历史性的突破而呈直线上升和迅速扩大的趋势，且最迟从乾隆中、晚期起转而向邻近的滇黔、陕甘和西部藏区大面积发展。
清初的移民入川浪潮，高峰期在康熙二十年（1681年）“三藩之乱”平定以后至乾隆初年的康、雍、乾三朝六七十年间。最初的情况，据康熙四十年（1701年）湖广提督俞益谟在奏折中说：“湖南衡、永、宝三府百姓，数年来携男挈女，日不下数百口，纷纷尽赴四川垦荒……”后至康熙五十二年（1713年），有人又上奏说：“查楚南入川百姓，自康熙三十六年（1697年）以迄今日，即就零陵一县而论，已不下十余万众。”再至雍正五年（1727年），又有人奏称：“湖广、广东、江西等省之民，因本地歉收米贵，相率而迁移四川者，不下数万人。”降及乾隆年间，有记载表明，从乾隆八年至十三年间（1743～1748年），自湖南、广东经“由黔赴川就食者，共二十四万三千余户”，平均每年达4万多户。此后，遂逐渐趋缓，如从乾隆十八年至二十年间（1753～1755年）合计仅迁入6374户。
反映在人口统计数字上，巴蜀地区的在编人口总值，从清初康熙十年（1671年）的约50万人起步，到康熙六十一年（1722年）上升为57．9万户231．6万人，以后又进一步上升为乾隆四十一年（1776年）的779万人，则仅仅100余年间便增长了15．42倍。其中既有外来移民植入的因素，又有当地原住民的自然增殖。唯其比例限于史缺有间不得而详，若参照明代由洪武十四年（1381年）的146万人到弘治十五年（1502年）的266万人的增长率和增长值，那么清初100余年间外来移民及其后裔的数量，当在600万人以上，按百分比则不低于80％。这一数据，与有关地方志中诸如成都府郫县“当清始垦殖，如两广，如两湖，如陕西，如江西，如福建，占籍几十之九”，重庆府璧山县“明末……土着几空，国初招徕复业者，十分之一二，余皆楚、粤、黔、闽人”，泸州江安县“自明季兵燹后，土着仅十一二，余皆五方杂处”等记载大体相符。
与此同时，最迟从乾隆晚期开始，区内人口日趋饱和并进而严重超载的问题日益显现出来。所产生的后果，一方面是人口数值持续膨胀，自乾隆四十一年（1776年）达到779万人以后，仅到嘉庆十七年（1812年）便上升为511．3万户2071万人，再至清末宣统二年（1910年）又上升为4414万人。降及新中国建立后的1953年第一次全国人口普查时为6568．5万人，1990年第四次全国人口普查时突破亿人大关而达10721万人。其间，若以增长速度而论，自乾隆四十一年（1776年）至1990年间，214年共增长了13．76倍，仅为此前105年间89．23％。然而以绝对值计算，则整整增加了将近1个亿！
而另一方面，随着人口的持续增长和“昔之蜀，土满为忧；今之蜀，人满为患”的危机率先在成都平原一带出现，并逐渐向四川盆地底部广大地区扩散且不断加重，故虽外来移民的植入自始至终从未间断，但人口流动的整体趋势大约从乾隆晚期起，转变为迁入、迁出双向对流而以向区外迁徙流动为主并沿袭至今。其中，外地移民的迁入，规模较大者主要有两次，一次是20世纪三四十年代抗日战争时期约流入近200万人，另一次是新中国成立以后的20世纪60年代前后“开发大西南，建设大兰线”期间迁入184．4万人。对此，有人将其称为巴蜀历史上的第六、第七次大规模移民入川活动。至于区内人口的外流，大体上也可分为两个层次：
一是由以成都平原为中心的平坝、丘陵地带，向盆地周围与甘陕、荆湘、滇黔等省相毗邻的广大山区及西部藏族地区迁徙扩散。例如在今川、滇两省结合部的宁远府（治今西昌市）一带，仅至嘉庆初年便已流入移民8．8万户42万余人，其中会理州境内史载“男携女负，十百为群，不数年新户增至八九千家矣”。二是流向其他省区。经研究，“至道光初，迁入陕南的四川移民及他们的后裔已经达到了60万人之多，同时迁入云南、贵州的川人也不在少数，合计约有100万人左右，占四川在籍人口的6％左右”。延至当代，伴随着20世纪70年代末以来全国性人口流动大潮的兴起，雄踞我国人口大省之冠且早已“人满为患”的四川省，又顺理成章地成为当之无愧的“人口输出大省”。据报道到20世纪90年代初，四川全省外出打工的青壮年劳动力已达600万人，其余经商、求学等类人员尚未包括在内，足迹则遍及全国除台湾、香港、澳门以外的每一个省区。在部分边境沿线地区，甚至越过国界进入印度、缅甸、老挝、越南、俄罗斯、蒙古及哈萨克斯坦等周边邻国境内，故世有“川人满天下”之说。综上所述，从巴蜀汉族2000多年发展的整体过程看，“湖广填四川”最具实质性的内涵，便是从此改变了自公元前4世纪末“秦民”徙蜀以来主要为北方汉族南下巴蜀的传统移民模式，而转化为以东部南方汉族大举西进占据主导地位，并由此而决定了传衍至今的巴蜀汉族地方文化与北方汉族文化的差异，以及与南方汉族特别是荆湘汉族文化的趋同。
（二）滇黔汉族的发展
自南北朝之世随着迁入滇黔汉族移民的夷化，此后，虽仍有批量或零星的汉族移民户陆续进入这一地区且历代络绎不绝，然同样是由于诸多社会历史条件的制约和以汉族夷化为主流的族群互助融合历史趋势所致，使得滇黔地区长期处于“有汉人而无汉族”的状态之中并延续了数百年之久，直到元明时期才又伴随着大量汉族移民的迁入，而使汉族移民开始在滇黔发展为一个稳定的族群。
汉族在滇黔的发展，滥觞于13世纪中叶的“元世祖平云南”。史载南宋宝佑元年（1253年），为完成对宋王朝的战略包围，后来成为元朝开国皇帝元世祖的蒙古帝国统帅忽必烈亲率10万大军从甘肃临洮出发，取道川西高原迂回南下攻入云南击灭大理国，并征服了区内土着族群诸部而将滇黔地区纳入了蒙元帝国的版图之内。稍后，又在消灭南宋前夕的元初至元十一年（1274年，即南宋咸淳十年）设置了“云南行中书省”，进而将滇黔一带牢牢掌握在封建中央王朝的控制之下，最终结束了自唐中叶以来持续了500多年的割据局面，为滇黔汉族的重新发展提供了政治基础。
