锦衣卫的胡作非为，使朝野忿愤不满，朱元璋自己也发现锦衣卫恃仗特权，严酷凌虐，势力日大，于是在洪武二十年（1387）决定罢撤锦衣卫，下令焚毁刑具。但是时隔不久，明成祖朱棣夺得帝位后，为了镇压建文帝的臣下，又恢复了锦衣卫，并宠信锦衣卫指挥使纪纲。纪纲便又大行间谍特务活动，四处布置密探耳目，时时侦察或刺探，甚至栽赃诬陷，又使锦衣卫的恐怖特务统治死灰复燃。明英宗复辟后，更是利用纵容锦衣卫，“虑廷臣党比，欲知外事，倚锦衣卫官校为耳目”。一直到（1644）明朝覆灭，锦衣卫这一间谍特务机构也随之灭亡，前后时间达二百六十年之久。
明朝除锦衣卫这一间谍特务机关外，还有并称“三厂”的东厂、西厂和内行厂。
明成祖朱棣夺取帝位后，一面废除洪武诏令不用，恢复了锦衣卫诏狱，一面又于永乐十八年（1420）在北京东安门外设立了另一间谍特务机构，即东厂。其主要职责是“缉访谋逆妖言大奸恶等”，并命亲信太监为东厂提督。人们将锦衣卫和东厂并称为“厂卫”。东厂人员都是从锦衣卫中挑选最狡猾最狠毒的特务来充当。有役长（也叫“挡头”）若干人，率有“番子”（侦探间谍的称呼）数千人，分赴各官衙和各地从事监视和侦探。值得指出的是：朱棣在控制、驾驭间谍机构方面，有其独特的手段。他一方面让锦衣卫人员调入东厂，一方面又暗使东厂提督监视锦衣卫，使厂、卫两家互相牵制，不得擅权，并都单独直接向朱棣负责报告，从而使朱棣得心应手地控制调动厂卫两家为其服务。
明成化十三年（1477），明宪宗又设立了一个间谍特务机构叫西厂，由亲信太监汪直掌领，其规模比东厂大一倍。汪直“分命诸校广刺督责，大政小事，方言巷语，悉拣以闻。”汪直上任不久，朝野各地便深受西厂特务的监视、诬告、酷刑之苦，大学士商辂冒死上奏道：“近日伺察太繁，政令太急，刑网太密，人情疑畏，汹汹不安。盖陛下委听断于汪直，而直又寄耳目于群小也。中外骚然，安得其无意外不测之变！”明宪宗表面上对商辂大发脾气，但内心对汪直的权势开始提防。由于东厂太监提督尚铭不服汪直的指挥，便决定先发制人。他派“番子”暗中时时跟踪侦察汪直的一些阴私不法行为，然后立即密告明宪宗，终于在成化十八年（1482）罢撤了西厂和汪直。
明武宗正德初年（1506），太监刘瑾在把持东厂的同时又恢复了西厂，并控制了锦衣卫，“厂卫之势合矣”。1508年，刘瑾又秘密设立了另一个间谍特务机构---内办事厂（简称内行厂），由自己亲自任提督，其权势凌驾于朝廷一切机构之上，锦衣卫、东西厂也都在内行厂的监视控制之下。明代的间谍特务机构至此达到顶点，刘瑾也因此被称为“立地皇帝”，可见其权势之大。
刘瑾操纵“三厂一卫”，对朝野进行了大规模的特务活动。“毛举宫僚细过，散布校尉（即间谍），远近候伺，使人救过不瞻”。间谍特务遍布全国各地，如水银泻地，无隙不入，被诬告冤死的官民达数万人之多。譬如为明王朝立有汗马功劳的兵部主事王守仁，因得罪了刘瑾，当场被拖下去痛打五十大板，并贬官流放至边远地区。心胸狭窄的刘瑾还是不放过他，暗遣内行厂“番子”在路上跟踪窥伺王守仁，欲乘机刺杀他。王守仁绝望之下，只好在深夜假装投河自杀，留下了绝命诗，并浮帽子、鞋子于水上，这才摆脱了“番子”的盯梢，拣回了一条命。当时之人，听见“内行厂”三个字，无不毛发耸然，惊恐万状。
明正德五年（1510），刘瑾与朝廷文武大臣的矛盾趋于白热化。御任监军张永乘明武宗酒醉之时，单独告发了刘瑾的谋反阴谋，促使明武宗下令逮捕刘瑾及其党羽。当明武宗得知从刘瑾家中搜出了金银珠宝数百万、一枚伪玺及衮衣、玉带、兵器等禁物，特别是发现刘瑾时时拿在手里的扇子中竟藏着两把微型匕首，明武宗大发雷霆，下旨将其押往诏狱审判。不久，刘瑾和他的亲族十五人以及党徒吏部尚书张彩、锦衣卫指挥使杨玉等全部被处死。西厂和内行厂也全都被撤销。
明天启年间（1621～1627），太监魏忠贤阉党专政，间谍特务恐怖统治之祸亦随之而来。魏忠贤派亲信控制了锦衣卫和东厂，派出千余名“番子”四处侦探，名为“打桩”，此外还勾结京城的流氓无赖，鼓励告密，名为“打事件”。凡告发一件事，便付一定的赏钱，名为“买起数”或“买事件”。在朝廷各衙门中都派有东厂“番子”监督，名为“坐记”；凡拷讯重犯时，必须有“番子”到场监审，名为“听记”。如“听记”未到，则不得开审。官员不堪其苦，怨声载道，“厂卫之毒极矣”。
东厂的特务侦察任务是在每月初一以抽签的方式分配。数百名“番子”轮流抽签，抽到哪支签，则去监视侦察某一对象，时间为一个月。所获得的情报可以直接在深夜从宫门缝中投入，再由宦官直接呈送皇帝，所以皇帝对全国各地之事随时巨细皆知。魏忠贤也因此倍受恩宠，号为“九千岁”。其门下有号称“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等臭名昭著的阉党骨干。他们把持朝廷大权，无所不为。副都御史杨涟曾一针见血地指出：“宫中府中，大事小事，无一不是忠贤专擅，反觉皇上为名，忠贤为实。”杨涟也由此遭到魏忠贤东厂“番子”的诬告，终被活活折磨而死。从此，朝臣或趋炎附势，或缄口不语，外臣也纷纷奉承拍马。浙江巡抚潘汝桢为魏忠贤在杭州西湖畔造了一座魏忠贤的生祠---普德祠。其规模之宏伟，建筑之精巧，与宫殿一般。祠中的魏忠贤塑像，用纯金铸成，连腹中五脏六腑都是用珠宝玛瑙制成，衣着华丽，与帝王相差无几。1627年，崇祯帝即位，魏忠贤失去了靠山。朝野官民纷纷上疏奏劾。
崇祯帝责问潘汝桢为魏忠贤营造与帝王同等规模的普德祠一事，嘉兴贡生钱嘉徵又上书列举魏忠贤利用厂卫犯下的十大罪状，要求清除魏门奸党。魏忠贤惊恐之中，畏罪上吊自杀。崇桢帝下诏分其尸首，悬其首级示众。但是，崇桢帝却又派心腹太监提督东厂，“倚厂卫益甚，至国亡乃止”。到1644年明王朝灭亡，厂祸也与卫祸一样，同时走向灭亡。
明朝的间谍特务机构，在中国古代封建社会中，是空前绝后的，也是最黑暗的。“三厂一卫”的间谍特务机构，非但没有加强明王朝的统治和国家的安定，反而造成了统治集团内部的分崩离析，严重阻碍了生产力的发展，削弱了中央集团的统治力量，大大加深了阶级矛盾与民族矛盾，是间谍机构及其活动的畸形发展状态。间谍机构的多方设置和职责界限不明，又造成了各机构之间彼此互相倾轧、互相拆台、互相邀功的混乱局面，使间谍侦察活动畸变成为诬陷造谣行为，使审讯演变为逼、供、信的严刑拷打。真实性大打折扣，真伪混杂，难辨一是，从而导致其最终必然走向衰亡。
清时，鉴于明朝间谍特务机构祸乱朝纲的教训，“易锦衣为銮仪”，做为仪仗机构，但还是没有完全摆脱厂卫的阴影，“銮仪卫”依然“有缉事员役在内院门首，访察赐画”的侦察特权。另设有“察院”，其职责为“专司京师访缉逃盗，稽察奸宄等事”。后来因为给事中张国宪上疏力陈请“罢缉事员役”，銮仪卫才被取消秘密侦察的特权。
清代虽然没有正式公开的间谍机构，但是统治者对臣民的侦控丝毫不亚于前代。其主要方法有二，即：皇帝亲自派遣心腹侍卫外出从事间谍活动及施行密折制度，形成了有间谍活动之实无间谍机构之名的特殊用间形态。
雍正皇帝在这两点上最下功夫。他设置“观风整俗使”，去各地侦探督抚的情报，又派心腹侍卫（也叫“逻察”）在京城内外到处秘密行动，窥察臣僚的一言一行。譬如广东布政使王士俊、抚远大将军年羹尧和直隶总督李绂等，离京赴任时，雍正都密遣“逻察”扮作“忠愚之随从”或“厚道之仆人”，与其同行，对其进行跟踪侦察。不过，雍正用间的思想似乎借鉴于李靖的“间所以能成功，亦有凭间而倾败”的思想，他仅仅给予“逻察”以暗察权，但不赋予拘杀特权。以至造成他既相信间谍但又不重用间谍的状况。他派甲间谍去侦察别人，又派乙间谍去侦察甲间谍，从中筛选出真实的情报。由于皇帝派出的密探人员不足以遍布各地，所以皇帝便常常专谕各地督抚派遣间谍以弥补不足。尤其是对付民间秘密结社，曾多次采用“每一州县各派眼目一人访缉”
的用间方式。
“密折言事”制度始于康熙，盛行雍正、乾隆。雍正曾亲自制定科道官员实行密折言事的制度：“各科道每日一人上一密折，轮流具奏，一折止言一事，无论大小事务，皆许据实敷陈，即或无事可言，折内亦必声明无言之故。”这样，就把间谍职责寓于各级政府官员的职能之中，形成了一张巨大的密察密奏之网，牢牢地监控着中央与地方的各级政府机构。即使是“风闻之事”，也必须“即行密奏”。康熙时，为了绝对控制臣民，康熙不但鼓励密折制度，还将心腹“逻察”派往江宁、苏州、杭州的“江南三织造署”，使其成为皇帝直接设立的三个秘密情报站。
由于密折制度要求各级官吏按规定频频上奏，所以官吏们后来实在无事可奏时，或海阔天空泛泛而谈，或鸡毛蒜皮敷衍了事。康熙曾就此埋怨道：“设立科、道官员，特为参奏政事，今观都御史以至科、道，条奏者甚少”；“近时言官奏疏寥寥，虽间有人奏，而深切时政从实直陈者甚少。”雍正为了鼓励密折上奏和严格密折纪律，曾规定：“凡有密奏，密之一字，最为切要。臣不密则失身，稍有疏漏，传播于外，经朕闻之，临贻害于汝非浅，追悔亦莫及矣。”如有泄漏者，不论是有意或无意，“概照泄漏军机律治罪。”
清咸丰年间，清王朝为了镇压对付太平天国，又成立了“情报采编所”。当时湖北巡抚衙门的低级巡捕官张德坚，经过长时间、多方面的明审暗察，获取了太平天国的众多绝密情报。于是他又将其分门别类，编成了一册有关太平天国的情报汇编，但未引起上司的重视。直到张德坚托人辗转攀附上湘军头领曾国藩后，才被曾国藩看中。于是曾国藩下令由张德坚负责组建了一个专门对付太平天国的情报采编所，编辑了一本《贼情汇纂》。《贼情汇纂》有十二卷，起迄时间为1805年至1856年，对太平天国的主要首领、制度、宗教、文化、兵员成分、军队数量、根据地和物资储备等情况，都搜集了大量的情报，而且极为详细准确，“彼（太平天国）中一举一动，纤悉靡遗”。书后又有大量附录和有关太平天国文告、印信、服饰、旗帜等附图。《贼情汇纂》编完之后，情报采编所也便自行解散了。
清道光年间，各帝国列强频频派间谍前往中国大肆进行侦察活动。1832年，英国东印度公司派遣“阿美士德”号间谍船在中国沿海以从商为名，在停泊的海域内，测量水道、海湾，绘制航海图。1880年，日本人山县有朋上呈给日本天皇的《邻邦兵备略》，就是根据间谍在中国刺探获得的情报所编纂的。1886年，日本人在汉口建立的“乐善堂”
就是日本间谍中心，此后又扩展到了北京、天津、重庆、长沙等地。“乐善堂”头目荒尾精在上海成立的所谓“日清贸易研究所”，则是彻头彻尾的间谍大本营。1893年，日军参谋次长川上操中将也悄悄潜到朝鲜的釜山、仁川和中国京、津、沪、南京等地，重点窥探清军的军备、士兵、训练、军队装备和地形地貌等，为不久爆发的甲午战争准备绘制了朝鲜、中国东三省和渤海湾的详细军事地图。清政府对俄、英、法、德、日等国间谍以“商人”、“探险家”、“传教士”等身份为掩护从事的间谍活动，竟无丝毫提防察觉，直至鸦片战争、甲午战争爆发后，才知大事不好。于是在清末，成立了中国历史上第一个近现代的间谍机构---军咨处第二厅，专门负责对外各国的间谍与反间谍活动。该厅组织严密，分工明确，共设有五个科，以具体进行的间谍与反间谍国别进行分科。第一是日本、朝鲜科；第二是俄国科；第三是英国、美国及使用英语国家科；第四是德国、奥国及使用德语国家科；第五是法国、意大利及使用法语国家科。
军咨处第二厅主要职责是对外反间谍，对内的间谍机构不见于文献，但其间谍活动依然是遵循康熙开创的“逻察”和“密折”制度，摇摇欲坠地一直维持到清王朝的彻底覆灭。
