上述东晋南朝时期，中央对地方四个方面的监察监督是正式渠道内的监察。然而还有个别政权采取类似于后世的特务式监察，也应该在这里提及一下。这就是齐武帝萧赜。他在位的时候，为防止宗室及其他藩牧对皇位的觊觎，在朝廷内外“多布耳目”。这些皇帝的“耳目”密探，微服杂混于官民之间，其伺察的作用更为惊人。从作用上讲，他与曹魏时期的“刺奸”、北魏时期的内外“侯官”一样，但从制度上讲，又有不同。因为“刺奸”和“侯官”是朝廷的正式官吏，萧赜的耳目密探却不是。
总之，东晋南朝时期中央与地方的关系，是一个复杂的问题。东晋时期皇室孱弱，家族势强。以王庾桓谢四大家族为主的门阀士族，内而把持朝政，外而控制地方，轮流主政朝廷。先有王敦两次举兵向阙，继有苏峻叛乱，再有桓温擅废皇帝，讽求九赐，王恭、殷仲堪一再进逼京师，甚至到桓温子桓玄时，称帝建号，最后是刘裕灭桓玄，代晋称宋。东晋一朝104年中，地方州牧频频借手中的武力向朝廷发难，明显地表现为中央对地方州郡控制的无能为力。世家大族对地方的控制，使得东晋王室几乎无法染指地方州郡。如司马道子刚做了扬州牧，立刻就有人起兵讨伐。
宋武帝刘裕灭晋自代，惜其在位短暂，所立非人。徐羡之等辅政大臣，欲要废宋少帝，也要靠地方刺史檀道济、王弘方能如意。宋齐梁陈四政权，倒是让宗室大量到地方上作州郡牧守，且占据最重要的州区。但宋齐两朝因宗王大多年幼，而以行事主州府事。然宗王徒有州牧之名，而无其实。表面看来，朝廷既没有降低宗室的地位，也没有失去对地方的控制。但是，坚持宗王分封和实行行事制度所带来的直接结果，是朝廷对宗王的极端猜忌和行事与分封宗王之间的矛盾加剧。因此，宋齐时期地方州郡反叛朝廷的起兵，也多于以往任何时候。这些连续不断的内乱，大大消耗了宋齐政权的实力。梁政权则直接毁于拥有十三州之地的侯景。陈政权建立之初，地方割据势力就有十余支。赖陈霸先剿抚并用，才使政权稳定下来。因此，整个南朝始终处于对外防北方，对内防地方的动荡之中。中央和地方的关系可谓是风云变幻，巧历莫测。
北朝中央与地方的关系
北朝，主要是指由鲜卑人建立的北魏政权以及534年以后，由北魏政权分裂出的东魏、北齐和西魏、北周诸政权。
386年，鲜卑人拓跋皀在盛乐（内蒙古和林格尔）建立魏政权。398年迁都平城（山西大同）称帝，史称北魏。魏太武帝拓跋焘时，消灭了割据在北方的夏、北燕和北凉诸政权，结束了五胡十六国以来北方分裂割据的局面。
北魏统一北方后所面临的主要任务，是如何使自己落后的氏族部落制，来适应中原汉地先进的封建生产关系，从而稳固自己的统治。于是在拓跋皀时，就强行推行“离散诸部，分土定居，不听迁徙，其君长大人，皆同编户”的措施，使原来的游牧部落组织，逐渐转化为定居的农民。魏孝文帝时更大刀阔斧地实行汉化改革，使鲜卑族的北魏政权很快进入封建社会。但是，由于魏孝文帝的汉化改革、迁都洛阳，拉大了中原鲜卑和代北鲜卑的政治、经济差距，南北矛盾加剧，终于在北魏末年爆发了北方六镇起义。六镇起义严重削弱了北魏力量，导致北魏政权分裂成东、西魏二部。不久，东、西魏政权又被北齐、北周所取代。北齐、北周相互战争，最后北周灭北齐，北方重归一统。
北朝诸政权均由少数民族所建，其中央和地方关系中，不可避免地夹杂有胡人制度的因素。大体在太和改制以前，以夷汉混杂为主，改制以后则基本汉化。因此，在讨论北朝中央与地方关系时，免不了要涉及早期的一些制度。
一行政权上：“方伯守令，皆命于天朝”
北魏政权在拓跋焘统一北方后，将整个统治区分为两部分：一为畿内地区。由鲜卑人、较早归附鲜卑的其他部族人和在战争中从各地强行迁来的“新民”居住；另一部分是京畿以外地区，即由北魏军队驻扎的军事占领区。
在畿内地区，前期，从拓跋皀建天子旌旗的皇始元年（396年）起，到孝文帝改制，北魏政权实行三种职官管理系统：1.汉官系统，管理汉人。中央设尚书、中书、门下三省等政务机构和九卿等事务机构主行政。有兰台御史、御史中丞主纠察。畿甸之内，设州牧（刺史）、代尹、代令。2.鲜卑职官系统，管理鲜卑人。即对离散诸部，分土定居在代京（平城）周围的鲜卑部民，分为四方四维共八部。部置一大人，称为“八部帅”，统领八部。3.统管“乌丸”的职官系统。即管理除汉人和鲜卑人以外的各少数族归附者。这些归附者一开始分为南、北二部，明元帝时期又分为六部，各部设大人统领。大人之下再设酋长，以各部酋长自领，即通常所说的领民酋长制。三个职官系统中，鲜卑职官系统最有权威。
京畿以外的边防地区，主要是北方与柔然、高车等民族接壤的边地以及南边与南朝接近的地区。在这些地区则实行镇戍制度。如为了防止北方柔然、高车等族的南下寇扰和南朝的北犯，北魏政权分别在代北、陕北、关陇地区，南方与南朝交界的地区设立军镇，实行镇戍制，采取军事代行政的管理办法。镇设镇都大将、都将、大将、镇将、都副将等官员。镇下设戍，置戍主、戍副等职官。镇相当于州，戍相当于郡，以镇戍制代替州郡制。在河西的后秦、大夏等割据政权中，也实行这样的制度。镇戍长官在防守区内，有全权的军事、行政、财政大权。
后期，随着魏孝文帝的改革和迁都，国家的政治经济重心移到中原，整个行政体制基本汉化。朝廷以三省作为政务机关。其中，尚书省是最高行政机构，九寺作为辅助机关，协助尚书省承理具体事务。
地方上，与南朝政权一样，统一实行州、郡、县三级管理体制。分别设立州刺史、郡太守、县令长。从整个中央和地方行政体制来看，南北差别不是很大。但是，在三级制中，“州以承上，执行中央之政令；县以亲民，平狱讼，而督赋役。郡居其间，实为赘瘤”，以至魏道武帝天赐二年（405年）下诏，刺史令长，各临州县，虽置郡守，不使到任。郡的地位在北朝大为降低。
为了加强对地方的控制，在州郡县的设置上，北朝和南朝相似，也大量增置州郡行政单元。随着州郡行政单元的增多，州郡的辖幅也越来越小，其能够和朝廷对抗的力量也就越来越弱。北魏政权还和南朝一样，也实行州郡等级制。州郡分上中下三等，刺史郡守也就有三等之别。“北齐制度，州分为上中下三等，每等之中又有上中下之差，自上上州至下下州凡九等。”州的等级越设越多，使更多的刺史郡守显得无足轻重，其和朝廷对抗的实力也就愈加无足轻重。州郡越分越多，而其领民却越来越少。有的边方小郡，所辖民户仅数户而已。他们的官俸是以所辖户口的多少来确定，有些郡太守每季能领到的禄绢只有六尺，年终不满一匹。
北朝时期也曾像南朝一样，有过大量的流民。为此，北朝政权也学南朝，设有相当数量的侨州郡。
随着划分州等、州刺史权力的弱化和郡太守地位的降低，朝廷对州郡县的控制自然也就愈趋严格。不唯如此，北魏政权还在州郡县长官的设立上，实行多元制，即一州设三刺史，一郡设三太守，一县设三令长。三长官中，一人为鲜卑皇室成员，一人为鲜卑贵族，第三长官才是汉官。于是，皇室成员直接代表朝廷，把控地方州郡事务，鲜卑贵族为主要辅佐，汉人长官唯命是从而已。这种以鲜卑皇室贵族直接掌管地方行政的作法，与南朝政权大量以宗王出镇州郡，加强对地方的监控有异曲同工之妙。北齐政权为加强对地方的控制，在州和都督区之上更设行台区，作为尚书台的派出机构常住地方，这比皇帝在庙堂之上指挥和控制地方更为得力。
在地方官的任命上，北朝政权大抵上“方伯守令……刺史府官则命于天朝”。“州唯置纲纪，郡置守丞，县唯令而已。其所具僚，则长官自辟，受诏赴任，各州不过数十。”但是，州府长官自除佐吏之权在实际中已给国家带来沉重负担，故而魏世宗景明二年降旨：“州府佐吏，除板稍多，方成损弊，无益政道。……苟非称要，悉从蠲省。”另，在具体的州区上，其行政权力则各有不同。如北魏孝文帝时期，朝廷许可南司州刺史田益宗，“所统守宰，任其铨置”。主要因为他是从南齐政权那里归顺过来的。
“及（北齐）后主失政，赐诸佞幸卖官，分州郡，下逮乡官，多降中旨。故有敕用州主簿、郡功曹者。”所以，到北齐时，中央和地方在地方官员的任命上已经没有制度可言。中央紧握州郡县主要行政长官、军府长官和重要佐吏的任命权。这些都使得整个北朝政权，在对地方的控制上比南朝要强。不过，到了北周时期，地方长官的属吏自辟权和荐举权受到进一步限制。如北周虽然规定：二十四开府将军有权举荐“贤良堪治民者”出来做官，每军可以举荐九人。但是，“被举之人，于后不称厥任者，所举官司，皆治其罪”。这一追究荐举者连带责任的规定，使得地方官在使用荐举权时要慎之又慎。
严把考课是中央控制地方的重要一环。北魏太武帝太延元年（435年）诏令：“太守覆检能否，核其殿最，列言属州。刺史明考优劣，抑退奸吏，升进贞良，岁尽举课上台。”孝明帝孝昌元年（525年）的诏书讲得更细致清楚：“劝善黜恶，经国茂典。其令每岁一终，郡守列令长，刺史列守相，以定考课，辩其能否。若有滥谬，以考功失衷论。”到了东魏北齐、西魏北周时期，地方制度开始变化。长期以来实行的地方都督领兵制，北周时改为总管制，都督府改为总管府。东魏、北齐政权，没有废去都督区和都督制，但却在都督区之上设行台区和行台之职。行台的职能如南朝的都督，军事行政大权兼而有之。行台之制，始于曹魏末，当时，只是一个方便前方作战的临时性最高行政机构，战事结束，随即撤去。北魏初期，也曾设置过行台，但却未曾坚持下来。东魏北齐时成为定制。北周武帝宇文邕平齐后废行台，统一实行总管府制度。东魏北齐设行台区及行台一职，实际上是地方都督刺史权力弱化，中央朝廷对地方控制加强的表现。
为加强对地方的监控，北朝皇帝也经常以巡幸狩猎的方式到地方上去检查工作，对一些不称职的地方官进行惩治罢免。如《魏书》卷4《世祖纪上》载：“始光四年，十有二月，行幸中山，守宰贪污免者十数人。”同时，还仿照南朝制度，司州地区的行政长官实行以尚书令兼领的办法。对那些有不臣之心或被朝廷猜忌的岳牧，同样以内征之法剥夺其对地方的统领权，如《魏书》卷2《太祖纪第二》：“征相州刺史庾岳为司空。”或以换防的办法，将一些州将自边镇调内镇。魏孝文帝时，从南齐投奔过来的蛮帅田益宗被任命为南司州刺史。益宗父子在州内，竞规贿货，聚敛无厌，兵民不堪其扰。为使其不致反叛，世宗就把他从边镇内换到济州做刺史，并高其符节，重其军号，令其长子入朝为官，然犹虑其不受代，就派兵突袭，迫其还朝。到了魏肃宗时，则要求“初留州、郡、县及长史、司马、戍主副质子于京师”。将地方州郡县的长官及其军府主要属佐的亲属子女，送往京师做人质，还有哪位敢不听话？地方政府要定期派出上计吏到朝廷汇报工作，及时就治内政情民俗呈请治策，以此来加强朝廷对地方的行政统领权。
不过，北朝政权在对地方行政权严密控制的同时，又把一些无足轻重的权力交给地方。杜佑《通典》卷32《职官十四》讲：“后魏旧以州牧亲人……使前政选吏，以待后人。献文帝革制，刺史守宰到官之日，仰自举择，以为选官，若简任失所，以罔上论。北齐……其州郡佐吏，皆州府辟除。”“后周刺史府官（军府机构的主要长官和重要佐吏）则命于天朝，州吏并牧守自置。”北朝政权给予地方政府的行政权主要在属佐选用权上。然而，“三国两晋州郡佐吏之材料甚丰，至南北朝时代，军府材料甚多，而州吏郡吏之材料大为减少，此正反映军府一系起代州郡属吏实掌行政之趋势也”。州郡县的行政属吏在政府中的地位大为降低，无形中也是地方权力降低的表现之一。
另外，地方政府也可在不违反朝廷大法的情况下，根据治内的实际情况，有权制定一些适合本地情势的治理措施。如《魏书》卷64《张彝传》载，张彝在做秦州刺史时，“多所制立，宣布新风，革其旧俗，民庶爱仰之”。卷89《酷吏李洪之传》载，李洪之，“为秦益二州刺史。至治，设禁奸之制，有带刃行者，罪与劫同，轻重品格，各有条章。于是大飨州中豪杰长老，示之法制。乃夜密遣骑分部覆诸要路，有犯禁者，辄捉送州，宣告斩决”。不过，这种做法经常要冒很大的风险。张彝做秦州刺史，多所制立，后被与他有矛盾的尚书仆射高肇所谗毁。诋毁其在州“擅立刑法”，并使朝廷派人“驰驿检察”。最后，虽无发现什么错出，然“犹停废数年，因得偏风，手脚不便”。
二财政权上：“纳其方贡以充仓廪，收其货物以实库藏”
北朝的财赋大权完全受控于中央。自北魏天兴元年（398年），置八部大夫，统筹全国行政事务开始，国家的财赋也就由八部大夫“量校收入”来决定。
