在这个时候，李鸿章身体虚弱不堪，脾气也变得容易发怒，没法控制自己的冲动，对慈禧说“我告诉过你会这样”，同时他还能恢复旧职，挽回一些1896年丢掉的“面子”。他回复了慈禧太后的紧急谕旨，对朝廷的信任他表明了自己的感激之情；不过他还是禁不住想起那种愚昧的行为，他20多年在直隶总督的位子上曾经建立起来的管理机构，现在毁于一旦了。
李鸿章对朝廷毫不动摇的忠诚是这个人最显著的特征之一，这在很多方面对他产生了影响。这种忠诚是建立在儒家思想上的忠诚，它本身有时也高于并独立于他对慈禧太后的个人奉献。比如他是一个极其正统的人，在1898年底的军事政变后，当慈禧太后企图废黜光绪皇帝，并计划把端郡王的儿子扶上帝位时，他反对慈禧这种个人的、不合法典的政策。
在这次危险的局面中，李鸿章大胆领头，并得到了两江总督的支持，一起以国策为由据理抵制慈禧的计划和行动。只要涉及朝廷方面的事务，李鸿章总是坚定的保守派，奉行先例和传统。只有一次在突发的危机中，他打破了传统违背了自己的良心：他和皇太后最亲密的关系就是从那个时候开始的，当时她的儿子同治皇帝死后（1875年），他奉命把淮军调到京城，协助慈禧打破继承皇位的常规方式，支持她把幼年的光绪送上宝座。这次行动他得到了慈禧的感激，但这也违反了合法继承的原则，所以受到了正统派的谴责。
然而不管如何违背了传统，李鸿章的行为并没有达到造反天子的程度。因此李鸿章靠着自身的能力成为了慈禧忠实的追随者，在大多数情况下听从她的吩咐。但身为一名官员，当慈禧太后企图给可怜的皇帝即她的外甥罗列罪状时，李鸿章坚决地表示了反对立场。
李鸿章同代人的看法，还是基于东方特有的愤世嫉俗的方式，常常把他在这两次危机中的行为归因于他自私自利的远见。这种愤世嫉俗的看法在他1875年的行动过程中可以证明是合理的，因为当时李鸿章通过慈禧继续摄政以及在小皇帝登基后得到了他想要的东西。但我们有理由相信，他和这位女统治者一样，因为那次破坏儒家传统而做出的行为而感到懊悔内疚。1898年，李鸿章个人的既得利益仍旧是有赖于皇太后的支持，以及她身边的大太监的友情。而对于他的个人利益来说，他自然反对皇帝和广东的改革人士主张维新派掌权的政策。他和两江总督共同阻止皇帝被罢黜的行为，应该说是出于他对个人利益更为优先的一些考量。
据说在李鸿章的一生里，他不止一次地心怀秘密篡位的野心，尤其是在太平天国时期。1863年戈登在一封写于中国的信中说到了这个谣言，但似乎没有进一步展开。1900年在俄国还没有表明其政治意图时，外国列强的代表们仍在天津不断地讨论着让满洲人继续掌权是否有利的问题，其中他们时常提到李鸿章的名字，把他作为执政者的候选人。然而，就像赫德爵士当时所关注到的情况那样，也正像中国最近的历史所清楚地表明的那样，把满洲人赶下台没有什么好处，原因很简单，那就是在中国没有一个人或一个家族拥有足够的影响力和权威，足以让其在统治国家时受到人民的满意和爱戴。
李鸿章的智慧告诉自己，中国现在最好的情况就是让这个王朝的宝座不受动摇，让它成为大清帝国社会制度完整的组成部分，成为国民崇拜祖先的基础。李鸿章清楚让自己的家族去建立一个王朝是不合适的。他支持满人掌权，既不是因为他爱戴满人，也不是因为他们是令人满意的执政者，只是因为他们已经在那个位子上存在着。
李鸿章的政策是正统的、经过深思熟虑的，混合了利弊和他对慈禧的忠诚。在这一点上，我们发现了一个有趣的地方，那就是在1901年，为了表明支持满洲人继续执政的正确性，李鸿章提出了自己的原因，这个原因和著名的儒学家梁启超在1912年用于反对袁世凯称帝及其建立中国朝代的理由非常相似。
在1875年的政变中，李鸿章对慈禧太后的影响牢固地确立起来了。此后，他直接通过李莲英去影响慈禧太后，这让人们感到李鸿章是左右宫廷和政府各部门的支配力量。1884年，慈禧太后罢免了恭亲王在总理衙门的职务，并由庆亲王（官员中臭名昭著的商人）和皇帝的父亲，即醇亲王代替，出任有名无实的政府首领。这样一来，李鸿章权倾朝堂，特别在涉及外交事务方面更是第一把手。在这个时期，他开始意识到国家海陆军集权化的必要性，并在醇亲王的协助下，致力于把海军部门和其海滨防御从省级转向中央级。
在很多年前，大约是太平天国年间，李鸿章就故意破坏了谢纳德·阿本思的舰队计划，不允许这支由外国人指挥和控制的新军队被京城当局使用，不允许它脱离省级当局的控制。现在作为直隶总督，受到了环境的影响，他渐渐意识到这种中央集权的好处，他通过明智的游说后，海军衙门在京城建立起来了，并由他在天津担任全权负责人。在所有这些事情上，李鸿章都是在得到慈禧太后的赞同和支持后才采取行动的。他很精明地猜想，这种中央集权制会得到慈禧的兴趣，只要这个计划具有可操作性。如果能在大沽入海口拥有一支威武的舰队，慈禧的大清帝国将会威信大增。但慈禧和他都没有意识到一个事实（或他们已经意识到了却忽略了），那就是军事力量的集权化是要在实施初步改革的财政中央集权化的基础上才能建立起来的。
在十年里，海军计划看起来前途远大，但在甲午中日战争中化为泡影；在这些年里，与官僚的财政思想密切相关的贪污腐败没有被暴露，在某种程度上还没有受到质疑。然而，李鸿章自己肯定是十分了解，中央集权化与保卫国家安全是没有任何希望的。他也清楚，户部用来制造舰队和加强防御的钱，长期以来一直按照慈禧的意思用于重修和装修颐和园了。他还知道，天津方面拨到的确实用于海军建设的银两，相当一部分被他贪婪的女婿张佩纶的手粘上了，更不用说有些进入了他自己的腰包。但是直到暴风雨来临，他那些在偷工减料中建造起来的伪劣的国防大厦轰然倒塌的时候，他或海军衙门的其他负责人都没有正式表明过如此会让国家损失惨重。
只有一次在崩溃发生后，1896年觐见太后时，李鸿章才斗胆提到了这件事情，他说如果一支海军被剥夺了经费，就既不能发挥作用，也不能装备精良。如果在财政事务方面李鸿章是清白的话，他会为自己辩护，把纸龙崩溃的原因归因于一些重大事件和重要人物。但是他是同代人中的聪明人，宁愿选择圆滑的沉默，仰仗慈禧出自感激的保护和大太监的帮助，他在官场上游刃有余。
在中日谈判签订《马关条约》的时候，有人递上折子谴责李鸿章应为中国所受到的耻辱负责。其中有一份折子让李鸿章感觉异常恼怒，因为它坦率地提到了国家的财政情况。这是御史安维峻的折子，他表达的观点毫无疑问也是李鸿章的大多数批评者和同僚们想说的话。
公正地讲，除两江总督外，几乎每个中国高官都可以被同样的理由指责。在清朝的行政制度下，这种事情是不会在公开场合中对一个大人物提出来的，除非事情已经到了昭然若揭的地步，或者被谴责者已经到了无可救药的境地。在这种体制下，那个被谴责的人便是可以被合法逮捕的，但如果要洗刷财政污点，那个不走运的犯法人必须有足够多的财富，多到可以引诱高层从而不被弹劾。这些都是在紫禁城里悄无声息的交战中不成文的法典。
李鸿章和这场游戏中的每个玩家一样，睁大了眼睛，等待机会，他从来没有忘记一个鼓鼓的腰包具有的保护性价值。安维峻的折子提到了李鸿章的腰包是如何鼓起来的，他的言辞十分坦白直率。李鸿章十分憎恨这种在公开场合中洗清官僚战袍的做法，因为这会结束他毕生的事业。但是作为中国官员贪污手段的大曝光，尤其是对李鸿章贪污手段的揭发，这份文件具有特殊的价值：
“李鸿章平日挟外洋以自重，今当倭贼犯顺，自恐寄顿倭国之私财，付之东流，其不欲战，固属隐情。及诏旨严切主战，一意主战，大拂李鸿章之心，于是倒行逆施，接济倭贼煤米军火，日夜望倭贼之来，以实其言。而于我军前敌绳饷火器，则故意勒扣之。有言宣战者，动遭阿斥，闻败则喜，闻胜则怒。淮军将领闻风希旨，未见贼踪，先行退避，偶遇贼影，即惊溃败。李鸿章之丧心病狂，九卿科道亦屡言之，臣不复赘陈。
惟叶志超、卫汝贵，均以革职拿问之人藏匿天津。以节署为逋逃薮，人言啧啧，恐非无因。而于拿问之丁汝昌，竟敢代为乞恩，并谓美国人有雾气者，必须丁汝昌驾驭。此等怪诞不经之说，竟敢直陈于君父之前，是以朝廷为儿戏也。而枢臣中竟无人敢为争谕者。良由枢臣暮气已深，过劳则神昏，如在云雾之中。雾气之说，久而俱化，故不觉其非耳。
张荫垣、邵友濂为全权大臣，尚未明奉谕旨，在枢臣亦明知和议之举不可对人言。既不能以生死争，复不能以利害争，只得为掩耳盗铃之事，而不知通国之人早已皆知也。倭贼与邵有濂有隙，竟敢索派李鸿章之子李经方为全权大臣，尚复成何国体！李经方乃倭逆之婿，以张邦昌自命，臣前已劾之。若令此等悖逆之人前往，适中倭人之计。倭贼之议和，诱我也。彼既外强干，我不能奖励将士，决计一战，而乃俯首听命于倭贼。然则此举非议和，直纳款耳，不但误国，而且卖国。中外臣民，无不切齿痛恨，欲食李鸿章之肉。
而又谓和议出自皇太后，太监李莲英实左右之。此等市井之谈，臣未敢深信。何者？皇太后既归政皇上，若仍遇事牵制，将何以上对列祖列宗，下对天下臣民？至李莲英是何人欤？岂敢干政！如果属实，律以祖宗法制，李莲英岂复可容耶？
惟是朝廷受李鸿章恫喝，不及详审。而枢臣之中或系私党，甘心左袒。或恐李鸿章反叛，始事调停，而不知李鸿章久有不臣之心，非不敢反，是不能反。彼之淮军将领，类皆贪利小人，绝无伎俩。其士卒横被克扣，皆已离心离德。曹克忠天津新募之卒，制李鸿章有余。此其不反之实在情形也。若能反，则早反矣。既不能反，而犹事事挟制朝廷，抗违谕旨，彼其心目中不复知有我皇上，并不知有皇太后，故敢以雾气之说戏侮之也。
臣实耻之，臣实痛之。惟冀皇上赫然震怒，明正李鸿章跋扈之罪，布告天下。如是而将士有不奋兴，倭贼有不破灭，即请斩臣以正妄言之罪。祖宗鉴临，臣实不惧，用是披肝胆，冒斧钺，痛哭直陈，不胜迫切待命之至。”
把中国战败的原因归结到慈禧的总管太监身上，这个观点一般是进步人士和南方广东的革命党人用作斗争的武器，但这一次直接的攻击会伤害到慈禧敏感的自尊心，从而使她下决心保护李鸿章。中国的整个官僚阶层联合起来谴责受皇太后保护的人，并且诋毁李鸿章的外交思想，但是慈禧仍然毫不在意，行事果断不犹豫。给安维峻的答复只有一张纸的敕令，其中将他革职并流放到张家口的军台。慈禧太后（在皇帝签署的一道诏书中）这样说道：
“近因时事多艰，凡遇言官论奏，无不虚衷容纳，即或措辞失当，亦不加以谴责。其有军国紧要事件，必仰承皇太后部训遵行，此皆联恪恭求治之诚心，天下臣民，早应共谅。乃本日御史安维峻呈进封奏，托诸传闻，竟有皇太后遇事牵制，何以对祖宗天下之语。
此等肆口妄言，毫无忌惮，若不严行惩办，恐开离间之阶端。安维峻着即革职，发往军台，效力赎罪，以示傲戒，原折掷还。”
事实证明1900年李鸿章在有生之年报答了慈禧太后给予的这些恩典，反过来把慈禧太后从愚蠢的行为导致的后果中拯救了出来。他在北京和谈中让俄国和其他列强互相争斗，自己却渔翁得利，这种政治手腕让慈禧太后恢复了丝毫未减的权威，并挽救了李莲英的性命。这位77岁高龄的大臣以自己的才能处理了这些谈判，为自己赢得了朝廷和外国人的尊敬。他在任期间为国家做过的最后一件事情也是他一生中最伟大的事情；完全可以说，中国还没有哪一位官员能像李鸿章那样在1901年的《辛丑条约》中带给中国这样的结果。
根据李鸿章同僚们的看法，从曾国藩时代的官员到袁世凯时代的官员，都认为李鸿章一生的成果要归因于皇太后的恩宠，而他之所以得到这份恩宠，是因为他敏锐的本能和高超的行贿手段，同样也是因为他作为行政官员和外交官的非凡才干使然。他在同代人中，并不十分受欢迎，在高级官员中总是存在着一种反对他的声音，而洋人则对他怀有好评。中国的官僚阶层从来也不是一个互相称赞的团体，正相反，这是一个为了势力为了权力互相激烈斗争的圈子。
在这个圈子里，东方人所特有的妒忌、仇恨和阴谋总能发挥作用。每一个高官一般都会在对手感到安全时，抓住机会攻击对方，从而彻底将之毁掉。尽管我们承认这个事实，但我们不可能把左宗棠和张之洞之类的官员对李鸿章的怀疑和敌意归结到嫉妒和敌意身上。他们的感情通常是他们所理解的爱国主义使然。当中国在李鸿章所主持的谈判中，一次又一次地被割让土地，受到凌辱的时候，全中国都听到了掠夺者对他的称赞。
