1.抗战中的燕京大学
1937年抗日战争爆发。
当时，燕京大学校长司徒雷登，曾考虑是否把他经营了多年的燕京迁往后方，因为美国政府也要求在华的美国平民迅速撤离，凡不肯撤离者，后果自负。
其实，早在1935年中日《何梅协定》签订时，司徒雷登已预见平津不保，为此开始考虑燕大去留。虽然经过反复权衡，选择了留守，但迫于内外压力，直到1938年6月，司徒雷登仍摇摆不定，怀疑留守是否得当。
他的朋友高厚德的一席话打动了他。高厚德说，燕大的最高理想是为中国人民服务，而不是单纯为某个政治势力或某个政府服务。“在人类生活中有许多基本的关系，政治关系只是其中的一种。”
所以，燕大必须在沦陷区坚持下来，为沦陷区的人民提供受教育的机会。他举例说，当年耶稣并没有设法逃出古罗马人的统治，而是在压迫中继续他的事业和使命。
司徒雷登深以为然。反抗未必都是明火执仗上前线，就地反抗也是一种反抗，而且是一种更坚忍、更无畏的反抗，这成了司徒雷登的信念，也成了燕京大学师生的共识。
经过一番深思熟虑，他决定让这所大学留在北京。
北京城的守望者侯仁之传第三章家国忧患：国计已推肝胆许他迅速在燕园升起美国的星条旗，以表示此处属于美国财产，又特别在大门上贴上公告，不准日军进入。
燕京大学的校友、旅加拿大学者林孟熹在多年之后发出这样的感叹：“星条旗啊！多少年来你曾在这块土地上留下令《独立宣言》蒙羞的可耻记录，可这一次却使你顿增光彩。”
然而，日本人对燕京大学并非没有觊觎之心，他们一直寻找种种借口要求燕京大学聘请日籍教师和接受日本学生，对此司徒雷登只是阳奉阴违。
为了堵住日本人的口舌，他聘请了一位日籍教师——考古大师鸟居龙藏，那是一个反对日本侵华的纯正学者。
在后来燕京大学被日寇关闭、燕京师生被赶出燕园的时候，他不顾自己可能受到的迫害，一边站在学校门口，一边向燕大师生鞠躬致歉，并因此得到了燕京人尊重和日本人对他一年的软禁。
司徒雷登也曾经答应招收日本学生，但是要求他们必须经过燕京大学的入学考试。不过，在北京沦陷时期，从来没有一个日本学生能够在燕京大学的入学考试中获得及格而被允许进入燕京大学。
1941年12月太平洋战争爆发，日本不再顾忌美国方面的反应。在战争爆发的当天早晨，早已经对司徒雷登和燕京大学心怀不满的日本宪兵队闯进燕园，对学校实行包围和封锁，并逮捕了燕大师生18人。对此，侯仁之先生在多年之后曾经撰文回忆。
司徒雷登当时正在天津为学校募捐，借住在英商汤生公司。据当时在汤生公司工作的燕京校友杨文泉回忆：司徒雷登不住饭店的原因之一就是饭店当时住客复杂，特务很多。
一向关注国际形势变化的司徒雷登虽然曾经预料美日之间会爆发战争，但是他显然无法预料日本宪兵队会到他的下榻之处去逮捕他。就这样，司徒雷登被日本人押到北京，成为日本人的阶下囚。
司徒雷登被捕之后，美国国务院一再态度强硬地要求日本释放他，这恰恰让日本认为司徒雷登是个举足轻重的人物，并决定在需要他发挥作用的那一天再释放他。因此，在其他燕大师生被营救出来之后，司徒雷登又独自在日本人的监狱里多待了4年，一直到1945年中国抗日战争胜利。
2.日寇沦陷区的牢狱生活
北京炮局胡同，顾名思义，在清代时为收存废炮及军器的场所，占地面积很大，整个胡同都是，所以叫炮局。
清末时改为监狱，后民国时期沿袭下来，抗日战争时期，改成了日本陆军监狱。
炮局胡同21号，分东西两个院，西院是河北第一监狱外案犯人临时收容所，东院是军法处监狱。
据谭伊孝在《旧北平的日军牢房》中考证，军法处监狱戒备森严，既不“放风”，也不“放茅”（上厕所），被关在这里的人，一般不知道其他地方的情况。牢房都是10厘米厚的木头门，中间部分为斜木棱，每棱之间留有1厘米左右的缝隙，从外面看牢房，清清楚楚，从牢房往外看，却什么都看不见。
在门的中下方，有一个可以推拉的方口，为送饭所用。牢房内一角有一个0.5平米的水泥台，中间开一方口，作为厕所，臭气熏天，牢房内的人即使找些破布盖上仍无济于事。而为了监视牢房里的动静，屋顶四角各安了一盏电灯，昼夜不熄灭，在牢房及围墙四周的碉堡，也都是日本侵略者改建的。
1942年2月10日，侯仁之等燕京大学11位教授在铁狮子胡同军事法庭受审不久，就被转押在这里，同押在一间牢房。
因为在1941年12月，日军已在燕京大学进行了第一次逮捕。陆志韦、赵紫宸、陈其田等教授与几名学生被“请”到贝公楼加以监禁。
随后，日本宪兵队先把洪业、邓之诚、蔡一谔等教授押走，又闯入天津法租界，逮捕了避居岳父家的侯仁之，押回北平沙滩日本宪兵总部。
至此，日本宪兵队以“抗日嫌疑”的“罪名”前后逮捕了16名教授及行政人员，归为一案处理，他们在牢狱之中滞留半年之久，也是当时有名的“燕大教授案”。
据侯仁之回忆说，他从天津押解回北京，在前门火车站下车后未经任何审讯就被押往沙滩日本宪兵总部。
当时，在押的燕大师生20余人分别住在同一过道的不同牢房之中，每到夜间，日本宪兵严刑逼供的审讯声、拷打声、犯人呼叫声不绝于耳，令人毛骨悚然。
日本宪兵队根据掌握的情报，对教授的审讯重点各有不同，集中在燕大师生与国民党政权之间有什么联系，燕大校内有哪些抗日组织，燕大与美国之间的关系以及对“中日合作”持什么态度，等。
在提审侯仁之时，审讯的重点是燕京大学的办学目的何在？侯仁之以“青年教师，无权过问”回答。
在侯仁之入狱后，曾有一位打扫楼道的犯人偷偷给他一个纸团，是洪业教授口述、刘子健执笔的纸条，叮嘱侯仁之过堂时先侦查思想，后侦查行为。务要避实就虚，避重就轻。“学生西游之事，似无所闻”。
原来，侯仁之曾兼任学生生活辅导委员会副主席的义务职务，协助过一些进步学生脱离沦陷区，前往大后方或进入解放区，而日本人并不知情。
因此，多次审讯，侯仁之因有所心理准备，都应付过去。
后来，侯仁之回忆说：“我抓进去后，把眼镜、表、钢笔都要交上去，走的时候还给我，然后签名。日军在军事法庭上判决我，上面写的什么，罪名现在想起来真可笑，我的罪名是以心传心，抗日反日，审问我好几次，我就不说，我说是基督教大学，就是这样。结果，在监狱又将近呆了半年，判我一年徒刑，一年减刑，三年缓刑，可以取保开释，找保人开释，就出来了。”
牢狱生活，条件恶劣，这些教授们仍保持着知识分子的气节。不仅没有向日寇低头，反而相互学习。因为大家彼此研究并非同门，平时难得相聚，却借此机会互通有无，直到释放。
他们利用轮流放风的机会，彼此交换消息，用拨须摸耳、敲墙等暗号传递消息，互相勉励。有时还出题分韵赋诗，旧作新吟，抒情遣怀。
赵紫宸的《系狱集》诗篇在出狱后就收入自己的诗集《南冠集》中。
锒铛入狱的难友生活，让侯仁之与赵承信成为推心置腹的好友。赵承信在《狱中杂记》中回忆说，自己当时得了斑疹伤寒，大难不死，身体羸弱，但他的意志毫不消沉，与侯仁之谈学论道，切磋砥砺。作为社会学家，他为侯仁之讲解都市社会学和人文区位学的原理，甚至提出利用身在监狱的特殊环境进行人的社会行为研究。
而侯仁之则为他讲述有关北京历史地理、京绥铁路沿线地理以及北京的水利，尤其是北中南三海的沿革变化，和赵承信一起神游北京城。
二人交流各自研究心得，互有启发，兴致颇高，忘记了还身陷囹圄。
出狱后，侯仁之居住在天津期间又发生了一件严重的事情，燕大的两名学生被日本宪兵逮捕了，他们对燕大学生往解放区的事情了解得很清楚，假如他们是因这件事情而被捕，那侯仁之就难逃一死了。侯仁之想必须尽快逃离沦陷区。
在这关键时刻，张玮瑛表现得异常镇静，说：“这样的大事，应当告诉洪业老师，听听他的意见。”
于是，她独自前往北平，当晚返回天津，告诉侯仁之老师的意见：一是侯仁之不能走，万一事情牵连到他，却又抓不到他，必然要抓他的担保。二是假如再次被捕，甚至被判正法刑，燕大人也会知道“侯仁之是为什么而死的”。
听洪业老师的意见，侯仁之决定不走了。不久传来消息说，那两位学生遭受了极为严酷的刑讯，但都坚贞不屈，日本人最后不得不将他们开释。
侯仁之这种临危不逃，勇于担当的精神，也受到了燕大师生的敬仰。
3.江西鲤鱼洲的下放生活
“文革”十年，是侯仁之经历的第二次人生大劫难。
批斗、挨打、游街、劳改……历尽磨难。侯仁之是个犟脾气，自然被打得厉害。妻子张玮瑛专门给他准备了一条老式的“抿裆裤”，裤裆深、腰身高，这样可以保护后腰，不致在挨打的时候伤了内脏。
1969年，侯仁之从“黑帮大院”被释放出来，前往江西鲤鱼洲的“五七干校”继续劳动改造。鲤鱼洲在鄱阳湖畔，是北大的“五七干校”。
自1969年夏天开始，58岁的侯仁之接受了两年的劳动改造。在鲤鱼洲，筑堤坝抗洪，挑砖头、背水泥盖房子，插秧、育秧，打场、割稻子，他样样都干。连队各班举行割稻子比赛，割完了才能吃饭。
有一次，在烈日下割稻子，侯仁之晕倒了。年轻人先走了，没人管他。
之后，侯仁之醒过来了，回到住地，别人已经吃过饭午休了。
“最苦的活儿让我干。我记得很清楚。就穿一个裤衩，拿块破布垫在肩上，背那个大水泥袋。一口袋水泥很重啊！从湖里的船上背到岸上。河滩地，下来都是泥，扛着水泥袋走那个跳板，一颤一颤的，得特别当心。走一段路以后，还要爬四十四个台阶。我那时已经快六十岁了，照常干。幸亏我的身体好啊！有一位工人师傅很好，老照顾我。冬天快到了，成立了一个野外打柴队。中午不回来，有人给送饭。晚上回来的时候，每个人还得背很重的一大捆柴。工人师傅让他们背柴，那些锅碗瓢勺和饭桶一类的东西让我挑着，都是空的，不重。我认为他是照顾我，我很感谢，可不能说出来。”
在鲤鱼洲，身体上的折磨可以承受，精神上的折磨却是更痛苦的。侯仁之是被监视的，所有的政治生活都不准参加。
每次晚上在宿舍开政治生活会，他就得独自在外面徘徊。有时天下雨了，侯仁之就扒开稻草堆，讨个容身之洞，在里面躲雨。等看到小屋灯影晃动，散会了，他才能回来。
对待往事，侯仁之是豁达的。他后来说，被迫到鄱阳湖劳动并不一定是坏事，艰苦的生活使他的身心更加坚强了。
去鲤鱼洲时，侯仁之带了个扁担过去，返京的时候，他又带了回来。他打趣地说：“铁肩担道义，妙手著文章。”
1971年夏回来后，侯仁之继续劳动。
一天，他像往日一样，到草场去拔草。上面来人通知他说，回去吧，别干了。
他以为那是在考验他，回到家，侯仁之开始把文革前积累的沙漠资料重新整理，开始写作。
1972年，全国恢复了部分学科如文物考古等专业的学术研究，侯仁之又迎来了一个学术的春天。
