1520年8月26日，即麦哲伦命令舰队再停泊两个月冬眠的那一天，实际上只要再往南航行两度，再航行两天，那梦寐以求的海峡就将闪现在眼前。可是，当时麦哲伦被一些模糊不清的错误情报引入了迷途。在那胜利在望的时刻，他那洞察一切的目光，却突然蒙上了一层云雾，使这个决心探索大地奥秘的人，即使在伟大胜利时刻的前夕，仍在接受着痛苦的折磨和无情的考验。
1520年10月18日，在舰队起锚之际，全体海员举行了隆重的弥撒，进过圣餐，然后扬帆起航向南行驶。船队在南纬52°处，驶入了一个宽广的海峡口。麦哲伦命令：“圣安东尼奥”号和“康塞普逊”号向前探航。到了第4天傍晚，这两只船带着可喜的消息回来了。他们向旗舰鸣炮以表庆贺。骤然间，一种激昂、欢乐，洋溢着幸福的气氛笼罩着原来缺乏生气的不毛之地，两艘船逐渐驶近旗舰了，右舷上发出阵阵火气，一下、两下、三下，火炮轰鸣，山谷中回声振荡。两只舰船上彩旗飘扬，水手们把大小旗子都悬挂了出来，简直像过节一样，兴高采烈，热闹非凡。天空的沉闷早已被这热气腾腾的欢乐划破了。他们沉浸在美好和幸福之中，原来在这向前探航的两天中，船中所到之处都是咸水，水流湍急，把船只冲向西边。因此，他们猜测着，驶向另一个海的出口可能有望了，这就是鸣礼炮、挂彩旗的原因。
旗舰上的麦哲伦，简直不敢相信自己的眼睛，什么事使他们如此激动？他们喊的是什么？然而，麦哲伦也意识到这是在向他报告胜利的消息。事实正是如此，两艘探航船带回了特大的喜讯，发现海峡了。麦哲伦十分激动地听取了谢兰的报告。谢兰回顾说：开始两艘船处境危险，霎时间狂风大作，暴雨倾盆而下，随后又变成飓风，海湾里巨浪翻滚，波涛汹涌，一阵飓风把船锚的铁链刮断，两艘船无力自卫，只好收起船帆，任凭风吹浪击。这场可怕的风暴整整延续了两天，风暴把船刮到海湾的最深处。突然他们发现，远处高耸的崖壁不是连绵不断的，崖壁后面竟出现了一条狭窄的海峡。海峡里暴风雨不太猛烈，他们沿着这条通道进入海湾。这里和从前见过的海湾一样，开始很狭窄，后来逐渐扩展开来。他们在这里航行了三天三夜，始终看不到这条水路的尽头。他们没有找到海湾的出口，但判定这条水流不是一条河流，因为湾里的水到处都是咸的，涨潮、退潮也很明显。这股神秘的水流不像拉普拉塔湾那样，离河口越远变得越狭窄，恰恰相反，却越来越宽阔。波浪滔滔的水面，越往远去，越显得茫茫无边，水的深度却始终没有变浅。所以这条水路很可能是通往“大南海”的海峡。
一贯沉默、寡言的麦哲伦，出航一年来，从未得到过这样令人振奋的喜讯，他那冷若冰霜的脸上有了笑容，好像冰河解冻了似的。那忧郁、冷酷的心也开始沸腾起来了，他那朝思暮想的海峡就在眼前。在即将实现理想的时刻，他的心早已飞向海峡了。他命令：“起锚！升帆！鸣放最后一炮向国王致敬，向水兵的庇护者做最后一次祷告！然后勇往直前，向神秘莫测的海峡挺进！”
发现海峡的那一天，1520年10月21日，恰好是万圣节。因此，麦哲伦把海峡取名叫“万圣海峡”。但是后人为了表示对他的感谢，以纪念他在历史上的发现和功绩，又改称为“麦哲伦海峡”。
船队缓缓地向海峡中行驶，两岸悬崖峭壁，死一般的寂静，光线阴暗，显得有些阴森，使人觉得毛骨悚然。这时辰从来没有船只经过，是个人迹未至的地方，岸上黑黢黢的山冈，空中阴云低垂，海峡的空气十分沉闷。船只在海峡里航行，宛如行驶在希腊神话中的隆渡船上一样。
海峡夜色沉沉，但可以看到闪烁的火光，透过崖壁射入船窗。因此，麦哲伦把这地方称为“火地”。火光的出现标明这里有生命的存在，有人类居住。经过调查才知道，因为当地人很不开化，不懂取火技术，为了保存火种，就不分昼夜地在住处燃烧干草和树枝。
有一天，麦哲伦派出几个水手乘小艇登岸，企图找到土著人，然而他们在岸上既没有见到土著人的住房，也没有发现土著人活动的痕迹，只看见一处死人坟穴和20来堆荒冢。有一条巨大的鲸鱼被海浪冲到岸上，已经腐烂了，这是他们所发现的唯一动物。4艘舰船乘风破浪，继续前进，海员们一面测海水深度，一面驾驶船只航行。麦哲伦心有余悸地环视四周，看看远处的海岸是否合拢，水路是否中断。结果表明：海水深度不变，海岸连续延伸，水路没有中断，而是迂回曲折地延伸到很远。所有迹象表明，这是一条通往大海的航路。他发现这条航路丝毫不像德国制图家什涅尔得贝格依姆在地图上绘的那条笔直的海峡。
实际上，“麦哲伦海峡”是一条迂回曲折，海水深浅不一，两岸沟壑纵横，地形复杂的海峡。只有在航海技术高超，驾驶特别顺利的情况下，船只才能通过这个迷宫。
据后来许多旅行家记载，在这里“北风常年不断地从四面八方刮来”，从来没有风平浪静的好天气。探险队在海峡中遇难的船只达几十艘之多。这就是为什么几个世纪以来，海员们一提到“麦哲伦海峡”就毛骨悚然的道理。
