佛教正式传入日本，有宣化三年（公元538年）和钦明十三年（公元552年）两说。虽然佛教传入日本相当早，但实际上它在日本真正扎根，却是在大约500年后的平安后期。这是因为在佛教传入日本的初期，是被禁止对庶民传教的，导致佛教并没有在广大民众间得到普及，由佛教而产生的宗教势力也并没有转变为社会势力，所以佛教在传入日本初期没有得到盛行。
然而在日本，得以迅速发展起来的，是独特的念佛系统的佛教。从中国大陆传来的佛教，开始时只能满足贵族们的精神需求，却不能实现普通民众对宗教的渴望。只有注重死后往生和现世利益，并用简单的手段操作和实现后，才能被普遍接受。这也是净土宗获得成功的原因。
净土宗的创始人法然（1133～1212）是平安晚期的僧侣，他14岁入佛门，42岁开窍，他告诉世人，只要口诵“南无阿弥陀佛”，人人死后都可入净土。法然强调三件事：诚心、敬神和祈求往生净土。因为教义中说：不管贵族和平民，只要念佛人人都可得救，这实在太平易近人了。所以在当时几乎一般的群众都接受了法然的教义。其他势力强大的宗派对净土宗由妒嫉而迫害，使法然和信徒曾一度被放逐，不过终因其比其他佛教宗派更能适应日本一般民众需要，所以在教派斗争中最后获得胜利，净土真宗成为战国年间的一股重要势力。
还有一位也不可不提，就是日莲宗的开山始祖——日莲（1222～1282），他是镰仓时代僧侣，12岁入佛门，32岁开窍，认为《法华经》才是佛教惟一的宝典，并且强烈批判其他的宗教，鼓吹只要口诵“南无妙法莲华经”，人人都可成佛，而且惟有日莲宗才能解救国家。他四处游历传播自创的教义，告诫世人，若不信日莲宗就会下地狱。
日莲几乎一生都在为反宗教迫害而努力，而且由于他过于激进，所以遭到幕府厌恶。不过他运气还不错，预言说：幕府若不信奉日莲宗，国家将会遭到外来的侵略。原本只是乌鸦叫，不料预言成真了，不久以后，蒙古入侵日本。崇拜他的人立刻大增，日莲宗也因此普遍起来！最后，日莲宗和净土宗一样成为日本佛教的主要流派之一。可以看出，这两个宗派成功的原因是有互通之处的。
把禅传入日本，最早有法相宗的道昭（629～700），其后有道璿（702～760），不过他们只是传来某些通用的佛学思想，并没有在日本留下传播禅的记录。大概是因为禅的思想本是为了否定难解的教理、以简明达意为实践中心而产生的，对当时的日本文化水平，理解这种理论还有些困难。道璿的律和禅的系谱虽然只是形式，但传于最澄（767～822），却成为他入唐求法的动机。不过，他传回的禅也同样没受欢迎。因为，当时的日本更欢迎关怀现实利益的咒愿，而不是艰苦的修行和高深的理论。直到镰仓幕府时代，随着社会进步和佛教兴旺的大形势，禅的地位才真正确立。
由于念佛系统大受欢迎，所以还出现了把禅和念佛结合起来的“妙好”（这个词是对净土真宗者的赞语，指绝对信仰虔诚，绝对顺从环境）。其实这种随顺万物的做法，是为了加深念佛体验，认为既然一切事物都可以从禅解释，万事万物就无不是禅的观点，是一种世俗化的禅思想，并不正宗。同样的情况也出现在各种艺术中，随着禅一起传入的茶、花、绘画、建筑、武术等等，日本全都以“道”呼之，并喜欢从禅里面寻找它们的精神内涵。
日本佛教还有几个特点，比如日本没有中国寺院流行的十方主持刹制（招聘与本法系无关的优秀僧侣的制度）。这可能和日本社会武家宗族制度有一定关系。还有就是在明治维新后，为了以神道教为佛教，发布了《神佛分离令》。稍后又宣布僧侣可以随意吃肉蓄发娶妻，除法事外，穿着可以与一般人相同。本意是放弃国家对佛教的管理，但许多和尚趁机把它当做官方对吃肉娶妻的赞同，从此再不受戒律约束。
其实日本佛教戒律废弛由来已久，这也是和其社会文化有很多关联因素，自净土真宗创立肇始，就有非佛非俗的说法。江户时代为了抵制切支丹势力而产生寺院担保制度，使寺庙成为当地居民的管理机构和文化活动场所，世俗化不断加深。所以，传往日本的佛教也和当地思想结合而形成了净土真宗。所有的宗教形态，都和其产生地的风土息息相关。
