在THEKINGOFFIGHTERS2000大会举办过程中，一个城市被卫星兵器ZEROCANON摧毁了。但是各个国家的报纸却掩饰说这是人工卫星事故而隐瞒了真相。虽然“终止必然会出事的KOF大会“之声不少，但讽刺的是，这个有名的格斗大会却再次恢复人气。而且人们的热衷程度甚至比KOF97更加厉害。
得到Whip加入的的谢道一行人一如以往，不断破坏NEST·S的研究所和据点，可是，事情好像在NEST·S的意料之内一般，谢道等人所到之处都已空无一人。
然而，NEST·S却高姿态地以贸易机构的名义举办新的K。O。F。大会，也就是KOF2001。K’、麟、京、庵等人参加了这次比赛。在比赛中，庵无视大会规则攻击不是比赛对手的京而令京无法准时出席比赛，于是大会仓猝宣布K’等人成为冠军。在K’等人乘上飞船前往NEST·S位于宇宙的总部时，真正的Zero(在之前叛变的是复制人一号Zero-1)出现欲“考验”K’，但是被K’打败。
K’等人到达了NEST·S的总部后，幕后主脑Igniz出现，并告诉K’等人这一切都是为了使自己成为“神”所下的棋。Igniz说，他必须打倒作为人类中的最强者“拳皇”，才能让世人认同他这个“神”的存在。众人为了粉碎他的疯狂野心，决心与他决一死战。
在最后的生死关头，k‘超越自身力量极限，打出潜在超杀“霸气深红之星“，一举打败伊格尼斯。因与K‘队交手战败，Igniz启动了飞船自爆装置，最终Igniz与飞船一起灰飞烟灭。K‘一行人也顺利从太空基地逃生。
趁着Igniz死去的机会，谢道开始迅速接收NEST·S的遗产。话说NEST·S的改造人妹子真的是太多了，光库拉系列有名的就有十几个，谢道表示这是前所未有的大丰收啊。谢道还是第一次一次收获这么多的妹子，简直不要不要的。
在KOF2001后的KOF2002是个大乱斗，拳皇世界的角色们都跑过去玩，残存下来的新人们再次被狠狠的筛了一遍，这下留在来的人一只手就可以数过来了。
而谢道也正式开始了忙碌，因为谢道现在入手的妹子大都是改造人，有着各种各样的缺陷，谢道对于这个当然不能不管。然后，改造人妹子遍布世界，谢道也要满世界的跑去抓人，谢道表示这一年是自己这个世界最忙碌的一年。
而在另一边，新的BOSS——斋祀（Saiki）也将要登场了。
斋祀（Saiki）是遥远彼之地一族的首领，阿修·克里门森的先祖，拥有”冥炎“力量和操控时间的能力。斋祀性格非常傲慢，认为所有的遥远彼之地的同伴都是“弱者”，人类更是渺小的存在。为达成自己的目的，除了指派后代阿修混入光之一族布兰克（Blanctorche）家族外，自己更是穿越时间从过去来到现在，企图使用大蛇之力打开时空之扉回到过去，主要是为了复活自己的家族清除其余的无关人类。
于是，命运的齿轮再次开始转动。
