然而无论魏忠贤作何打算，此时的局面就是朱由检又一次获得了巨大的胜利，并且一举确定了自己的战略地位。至此，这场围绕着最高权力的斗争其实已经分出了胜负，虽然在后来的治国履历上崇祯帝没什么本事，但搞政治斗争他始终是一把好手，其稳、准、狠毫不亚于他的先祖朱元璋。新主登基不到两个月，帝国便山河巨变，有人欢喜有人愁，当然最愁的肯定是魏忠贤。面对阴阳莫测的朱由检，魏忠贤的内心压力巨大，他或许想到了在他之前刘谨的惨状，恍惚之间，他觉得自己除了投降似乎已经没有什么退路了。江山在此刻变了颜色，他不再熟悉，他曾感觉到春天的温暖就在眼前，然而一瞬间，这世界便如此陌生。
而眼前留给他的只有一个问题了，那就是——自己还能活多久？
似这般荒凉也，真个不如死
崔呈秀的倒掉迅速地在朝野间引发了“多米诺”效应。一时间，见风使舵的官员立刻撕掉昔日的面具，争先恐后地抨击昔日的九千岁。
十月二十二日，工部主事陆澄源弹劾魏忠贤。十月二十四日，兵部主事钱元愨弹劾魏忠贤。十月二十五日，刑部员外郎史躬盛弹劾魏忠贤……
在所有弹劾魏忠贤的奏折中，最有代表性，也是抨击最为猛烈的当属江苏海盐的贡生钱嘉征。他在十月二十六日上书弹劾魏忠贤，在奏折中钱嘉征列数了魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边功；九、伤民财；十、通关节。客观来说，钱嘉征此疏决非落井下石、胡说八道，这十条罪名哪条都不冤枉，可以说全部都打在了魏忠贤的死穴上。
面对朝野间一浪高过一浪的“倒魏”呼声，朱由检表现的依然是张弛有度，他甚至并没有立刻下旨查办魏忠贤。此时已然胜券在握的他似乎并不着急让魏忠贤立刻死掉，而是像一个顽皮的孩子折磨一只可怜的蚂蚁，先是除掉四肢，然后再一块块切断身体。他命令太监当着魏忠贤的面宣读了钱嘉征的奏疏，魏忠贤见此情景顿时如丧考妣，立刻“震恐伤魄”，痛哭流涕，连声喊冤。
斗争到达此时，新任皇帝朱由检基本上已经彻底摸清了魏忠贤的斤两，知道这个曾经翻云覆雨的大太监和一般的流氓没什么本质的不同。从表面上看，此时的魏忠贤和他的“政治黑手党”并非毫无反击之力，最起码魏大太监还掌握着紫禁城中那近万人的太监军队。倘若他此时真的有种来个绝地反扑，也能弄一个鱼死网破。但就在这时，历史的天平开始偏斜，朱由检看透了自己的对手断然没有了造反的勇气。
而事实上，从历史留给我们的结果来看，魏忠贤当时也的确没有什么过激的举动，之前那个动作敏捷，杀得东林党片甲不留的黑帮大头领已经变成了一只癞皮狗，完全丧失了斗争的勇气。
在接下来的一段时间里，魏忠贤昏招迭出，之前接二连三的投石问路，又接二连三地失败后，这一次他居然又毫无创意地玩起了同样的把戏。由于在朝堂之上受了侮辱，魏忠贤愤愤不平地上书皇帝，请求辞官养病，企图以退为进，保住自己的富贵。在此情形下，我们除了说他愚蠢之外实在没有其他好说的了，已然完全控制了局势的皇帝毫不理会九千岁的小招数，当机立断，立刻批准了他的请求，命他去白虎殿为天启守灵，顺便休息休息，保重身体。
可以说，在这段斗争的最后阶段，魏忠贤彻底地体现出了一个垂暮老者的怕死心理，一举放弃了自己所有的政治筹码，他居然企图以不断的退让来求得皇帝的谅解，连续上书辞去爵位、诰券、田宅。
但装可怜什么用都没有，特别是对手又是朱由检这样一个冷酷的帝王。新任皇帝这一次颇有成人之美之意，对九千岁的所有要求全部批准。紧接着又迅速调整京城宦官的职权，命令王体乾掌管东厂印、高时明掌管司礼监司，改调宁国公魏良卿为锦衣卫指挥使、安东侯魏良栋为指挥同知。
表面上，这些任命只不过是换汤不换药，朱由检依然将帝国的特务系统交给了魏忠贤的同党，但实际上却并非如此，因为只要魏忠贤倒掉，这些原本嚣张跋扈的特务机关就会立刻回到皇帝的手中。对于特务机关来说，无论他的具体首领是谁，只要失去来自最高权力的保护和指令，就意味着这个机关将失去一切操作的空间。他们是最高指挥者的耳目、刀枪，但是他们并没有行动的自主权，他们的权力依靠上面的指派，以前他们的上面是魏忠贤，而现在是朱由检。
朱由检的这一番连削带打可以说是漂亮非凡，不光一举控制了内廷局势和京城的卫戍部队，也从根本上瓦解了魏党的核心机构，至此魏忠贤彻底丧失了反击的可能性。
天启七年（1627年）十一月一日，即位不足三个月的皇帝朱由检向曾经的九千岁发出了“江湖十追杀令”，布告天下说：“朕闻去恶务尽，驭世之大权；人臣无将，有位之炯戒。我国家明悬三尺，严惩大憨，典至重也。朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，俱已洞悉。窃思先帝以左右微劳，稍假恩宠，忠贤不报国酬遇，专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举，略数其概……”紧接着魏忠贤被贬往中都凤阳（朱元璋的老家）祖陵司香，客氏则被送到浣衣局洗衣服，他们的家产也全部被查抄。
罢免魏忠贤的命令下达后，朝野之间一片欢呼，东林党人奔走相告，认为属于自己的政治春天终于到来了，与之相对的则是魏忠贤和他的党羽们，惊慌、恐惧塞满了他们的内心。
然而令人感到好笑的是，就在此时，久经风雨的魏大太监竟然患上了致命的幼稚病，在他看来，新皇帝已经将自己一撸到底，想必不会再下毒手。于是虽然已经穷途末路，但玩排场玩惯了的老家伙依然还不能夹起尾巴，出京时竟然还带着卫兵一千人，外加四十余辆大车。一个戴罪的太监竟然还敢摆出这样的排场，这无疑是在刺激年轻而多疑的朱由检。于是还没等昔日的九千岁抵达目的地，心急的朱由检又追发了一道命令，只是与五天前的追杀令有所不同，这次发出的是必杀令。
魏忠贤的死党李永贞得知皇帝起了杀心之后，急忙连夜派心腹李朝钦飞骑追赶魏忠贤，希望能有所帮助。李朝钦日夜兼程，最后在一个名叫新店的地方赶上了魏忠贤一行人，把情况详细地告诉给了魏大太监，魏忠贤听完之后顿觉天塌地陷。当天晚上，他们一行人到达河北阜城投宿，魏忠贤和李朝钦两人一边喝着闷酒，一边回忆往昔。据说就在两人喝得迷迷糊糊的时候，忽然听到窗外有人唱起了一首时令小曲《挂枝儿》：
听初更，鼓正敲，心儿懊恼。想当初，开夜宴，何等奢豪。进羊羔，斟美酒，笙歌聒噪。如今寂寞荒店里，只好醉村醪。又怕酒淡愁浓也，怎把愁肠扫？
二更时，辗转愁，梦儿难就。想当初，睡牙床，锦绣衾裯。如今芦为帷，土为炕，寒风入牖。壁穿寒月冷，檐浅夜蛩愁。可怜满枕。凄凉也，重起绕房走。
夜将中，鼓冬冬，更锣三下。梦才成，还惊觉，无限嗟呀。想当初，势倾朝，谁人不敬？九卿称晚辈，宰相谒私衙。如今势去时衰也，零落如飘草。
城楼上，鼓四敲，星移斗转。思量起，当日里，蟒玉朝天。如今别龙楼，辞凰阁，凄凄孤馆。鸡声茅店月，月影草桥烟。真个目断长途也，一望一回远。
闹嚷嚷，人催起，五更天气。正寒冬，风凛冽，霜拂征衣。更何人，效殷勤，寒温彼此。随行的是寒月影，吆喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死！
十一月六日，魏忠贤接到了人生中最后一道圣旨。皇帝清楚明白地要求他立刻上吊自杀，一众亲兵跟随旋即作鸟兽散。孤零零的九千岁在一个小旅馆的房梁上，了结了自己堪称灿烂而又丑恶的一生。
然而对于新任皇帝朱由检来说，搞死魏忠贤只是这场政治清算活动的高潮，在接下来的时间里，他毫不留情地对魏忠贤的“黑手党”进行了残酷的大清洗——处死、罢官、削籍、降职。面貌一新的刑部成了整个帝国最为忙碌的部门，重归皇帝指挥的锦衣卫大显身手，所到之处，魏党叫苦连天。
崇祯元年（1628年）正月，杀得兴起的朱由检又觉得没能亲手宰了魏忠贤颇为不爽，于是下令磔其尸体于河间府，斩崔呈秀于蓟州，又把已经自杀了的客氏重新凌迟了一遍。如此直到崇祯二年（1629年）三月十九日，阉党逆案的清算工作才正式告一段落。年轻的皇帝朱由检大获全胜，既完成了对皇权的绝对掌握，同时也为自己赢得了广泛的声誉。以至于数百年后还有无数史家置他后来的昏庸、丧国于不顾，拼命为其粉饰。由此可见“毕其功于一役”这句话放在这里实在是合适得很。
而当我们回过头来再看这段历史，除了对崇祯皇帝的斗争策略深表钦佩之外，似乎还应该保有一种怀疑的态度。那就是朱由检如此迅速地打掉魏忠贤，到底是为了什么？从历史的蛛丝马迹来看，这场英明的决斗，其初衷未必一定冠冕堂皇。诚然，作为新皇帝，朱由检确实希望能够振兴帝国，千秋万世。但如果我们联系一下这位皇帝以后的种种作为，或许我们还应该谨慎地怀疑，朱由检之所以这么快地干掉魏忠贤，其初衷很可能就是单纯地收回权力和报复往日之仇。
对魏忠贤及其党羽的彻底清算，让崇祯皇帝朱由检强势登场。虽然在他的心里，清除魏忠贤只是清除自己施政的拦路虎，只是保卫皇权不受侵犯，只是九千岁的名头太过响亮、和万岁只有那么一步之遥。但无论如何，这场异常漂亮的政治斗争都成为了日后人们津津乐道的话题。本已迷失了方向的大明帝国似乎也再次找到了前进的方向，官僚系统重新回到了原来的轨道上，年轻皇帝也从斗争中获得了极大的自信，最起码在他的心里，自己已经有了一对火眼金睛，他要考虑的问题只有一个，那就是魏忠贤不在了，帝国将向何处去？
