一个专业技术企业孵化器对于新创企业的支持功能和支持力度，往往不是取决于专业技术企业孵化器本身拥有的资源和能力，而是取决于其组织和链接创业支持网络的能力。决定专业技术企业孵化器成效的关键因素是企业管理支持和资源网络，专业技术企业孵化器为新创企业协调的资源网络远比企业孵化器本身具备的资源更重要。
如果我们从专业技术企业孵化器的封闭系统中跳出，站在专业技术企业孵化器外面，站得更高、更远一些，从更加宽阔的视野去考虑，就会找到专业技术企业孵化器运行的另一种模式———开放式运行模式。这是一种新的模式，在我国既缺乏理论研究，也缺乏实践探索。其基本思路是专业技术企业孵化器并不需要“直接拥有”各种资源，而只是一个为在孵企业服务的特殊的“中介”组织；通过专业技术企业孵化器的“中介”作用，各种社会资源就可以满足在孵企业的各种需要。按照这种思路，开放式专业技术企业孵化器运行模式的关键是具有各种社会资源的整合能力，能够充分利用各种社会资源。开放式运行模式可以解决目前我国专业技术企业孵化器在运行中存在的人才短缺、技术落后、咨询服务水平低下等关键问题。
专业技术企业孵化器完全可以采用开放式运行模式，成为为新创企业提供孵化和培育服务的特殊的“中介”组织，而不是“直接”提供各种服务的直接服务组织。专业技术企业孵化器需要为在孵企业提供各种服务，但是这种服务不一定是由专业技术企业孵化器自己“直接”提供，完全可以借助于各种社会资源来间接地提供。例如，在孵企业需要进行技术测试时，就可以到专业技术企业孵化器确定的某一合作伙伴（如测试中心、工程技术中心等）进行；在孵企业需要进行管理培训时，可以由专业技术企业孵化器聘请的外部人员（管理咨询专家、大学教授等）进行。专业技术企业孵化器需要加强自身能力建设，但是这种自身能力最主要的是各种社会资源的整合能力。专业技术企业孵化器如果具有了各种社会资源的整合能力，也就使自己具有了对在孵企业的服务能力，可以充分利用社会资源，满足新创企业的各种需要。专业技术企业孵化器自身的资源是非常有限的，而相对来说，社会资源却非常丰富。一个专业技术企业孵化器无论怎么建设和发展，其孵化能力都不可能在各个方面同时达到在一定区域内都是最优的，在不同方面都会有一些专业机构或专业人员具有更强的能力和水平。比如，在技术方面，专业技术企业孵化器可能比不上一些科研院所、高等学校、一些大型企业或企业集团；在管理及其培训上，可能比不上管理咨询公司和高等学校。按照开放式运行模式，专业技术企业孵化器并不需要很多专业人才和专业设备，而是需要提高自己对各种社会资源的整合能力，眼睛向外，充分利用各种社会资源。这样，就可以解决按照封闭式运行模式运行的专业技术企业孵化器所存在的服务水平低、人才与管理团队缺乏、技术设备缺乏和落后等关键问题，对新创企业的服务能力自然就可以提高了。如果还像过去和现在这样，眼睛向内，只盯着专业技术企业孵化器自身，可以说其服务能力永远是有限的，有些问题甚至可以说是永远也解决不了的。专业技术企业孵化器在运行中需要的是“整合”或“利用”各种社会资源，而不是“直接拥有”各种社会资源。采用开放式运行模式的专业技术企业孵化器是为新创企业提供各种服务的有效平台，而不是各种直接服务。通过这个平台，将新创企业与新创企业需要的各种社会资源联系起来；各种社会资源通过专业技术企业孵化器为新创企业提供各种服务。
总之，封闭式运行模式和开放式运行模式是两种完全不同的专业技术企业孵化器运行模式。两种模式的运行思路不同，要求条件不同，运行效果也不会一样。我国采用的几乎都是封闭式的专业技术企业孵化器运行模式（至少从思路上是这样）。这种封闭式运行模式对专业技术企业孵化器要求很高，需要专业技术企业孵化器在各个方面同时具备较高的素质和能力，特别是需要大量的投资和人才。开放式专业技术企业孵化器运行模式在我国可以说还没有采用，但却是专业技术企业孵化器发展的一个方向，是一种值得探讨和实践的新的运行模式。开放式专业技术企业孵化器运行模式可以解决我国现有的封闭式专业技术企业孵化器所存在的许多关键问题，可以促进我国专业技术企业孵化器的健康发展，提高专业技术企业孵化器的运行效果。目前，在理论与实践上，我国都缺乏对开放式专业技术企业孵化器运行模式的研究和应用。
专业技术企业孵化器的运行过程就是其进行市场研究与开发、选择在孵企业、培育和孵化在孵企业、评价在孵企业的过程。本章将分别对这些内容以及涉及外部资源的获取、专业技术企业孵化器的集聚效应等内容进行研究。
