在南朝政权尽力外派皇子、宗王掌控荆、扬的同时，又严令地方州郡：“自今刺史守宰，动民兴军，皆须手诏施行。唯边隅外警，及奸衅内发，变起仓促者，不从此例。”还严格限制各州的军府将吏的数额。如宋武帝永初二年（421年）三月，“初限荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人；州置将不得过五百人，吏不得过五千人”。禁止州将于统内进行器仗交易。如南齐鱼复侯子响，出为荆州刺史。“令内人私作锦袍绛袄，欲饷蛮交易器杖，长史刘寅等连名密启，上敕精检。”此外，朝廷又在方镇州区设立典签（按：典签制度将在监察权部分论述），就近加以监视。齐政权海陵王时，萧鸾辅政，“防制诸蕃，致密旨于上佐”。还经常采取镇戍换防、征州将之子入朝为官等手法，以掌控州镇。但是，即使采取了这样的措施，南朝政权仍然无法有效地对地方军权加以控制，尤其从宋明帝时起，“内外频有贼寇，将帅以下，各募部曲，屯聚京师”。齐高帝萧道成时，下诏禁断招募，但边地驻军将帅不在禁断之例。强宗豪族的部曲家兵，稍加收集，即有数千。朝廷为安集这些拥有部曲的私人武装，不得已而经常以军号，加刺史、太守衔，进行拉拢。即使这样，内部变乱仍然频发。如宋政权时期的谢晦、南郡王刘义宣、袁、沈攸之、桂阳王刘休范，齐政权的陈显达、陈政权的王琳、华皎，都曾利用荆州发动叛乱。尤其是经过永嘉之乱后，北方少数民族不时南侵，东晋政权则政在强族。“晋成帝咸康初，方镇屡革，边戍仍迁，皆拥带部曲，动有数万……”朝廷根本无力对此进行有效控制，正是上述叛乱的先决条件。
四司法权上：“神州”“近道”，朝廷理狱；“畿外诸州，委之刺史”
“平理狱讼，政道所先。”因此，东晋南朝的各政权，与前朝一样，十分注意与地方各级政府在司法权上的分配。首先，有关立法权（主要指律、令、格、式的制定权）、赦免权（包括大赦、特赦、曲赦、别赦、恩常赦），死刑核准权，大、要、疑案的朝廷审理权等权力，由朝廷独揽，从不下放。虽有东晋桓温在扬州时，“大辟之罪皆自己决”。但后来桓温弟弟桓冲为扬州时，就主动疏请“凡诸死罪，先上，须报”。南齐时，晋陵人王敬则，齐高帝建元三年任会稽太守。齐武帝永明三年，“宋广州刺史王翼之子妾路氏，刚暴，数杀婢，翼之子法明告敬则，敬则付山阴狱杀之，路氏家诉，为有司所奏，山阴令刘岱坐弃市刑。敬则入朝，上谓敬则曰：‘人命至重，是谁下意杀之？都不启闻？’”这些斩而不奏的司法行为，都是朝廷所不允许的。
不过，根据文献记载，地方政府在立法上却有建议权，甚至个别地区的建议立法还被朝廷许可。如南朝宋文帝元嘉初，刘式之作宣城太守，“立吏民亡叛制，一人不禽，符伍里吏送州作部，若获者赏位二阶”。后来，羊玄保与宋文帝赌棋获胜，做宣城太守，上奏要求废除“亡叛制”，得到许可。这又说明，地方政府所制定的法规，一经朝廷认可，要废除还需朝廷同意。
与此同时，朝廷还要在司法审理、狱讼上诉、用刑行刑等方面，与地方分权。朝廷分割地方政府司法审理权主要通过以下几种方式：一是朝廷直接干预地方司法审理。其中，首先是皇帝会经常到宫里的听讼观去直接审理狱案。皇帝直接审理狱案，是皇帝的重大政务之一。因此，在正史的《本纪》中留下了大量的纪录。如南朝宋孝武帝大明七年（463年）冬十月，“车驾巡南豫州。诏曰：‘朕巡幸所经……狱刑罪，并亲听讼’”。就在同年七月和十月，孝武帝先后“幸建康秣陵县讯狱囚”，“行幸江宁县讯狱囚”。十一月，又到溧阳、永世、丹阳三县讯囚。或明令调审一定地区内的狱案，于朝堂亲自听断。有时，即使是皇帝荒殆朝政如宋少帝等，不努力听讼，也要下诏“司空、尚书令可率众官月一决狱”。宋孝武帝诏令：“自今囚至辞具，并即以闻，朕当悉详断，庶无留狱”。南齐武帝“永明六年（488年）春正月壬午诏：‘二百里内狱同集京师，克日听览，自此以外，委州郡讯察’”。明帝建武二年（495年）下诏：“三百里内狱讼，同集京师，克日听览。此以外委州郡讯察。”有梁一代，皇帝不多听讼，但要求：“诸州郡县，时理狱讼……”“月一临讯”。陈高祖代梁之后，经常“舆驾幸华林园，亲览词讼，临赦囚徒”。陈武帝永定三年（559年）下诏：“临川王茜省扬、徐二州辞讼。”皇帝还会经常到地方上巡视，其中的主要内容之一，就是听取地方政府审理狱讼，或直接坐于州朝、郡朝或者是县衙审理狱案。
朝廷干预地方司法审理的第二种方式，是指派尚书省、廷尉、御史台等部门的官员，或者其他钦定人员，直接插手州郡司法工作，即直接代州郡审理狱讼。南朝时期尚书省有关部门参与地方司法审理最突出的是宋齐政权。宋孝武帝大明七年（463年）八月诏：“近道刑狱，当亲料省。其王畿内及神州所统，可遣尚书与所在共详；畿外诸州，委之刺史。”《宋书》卷9《后废帝纪》载：元徽元年（473年）八月诏曰：“尚书令可与执法以下，就讯众狱，使冤讼洗遂，困弊昭苏。颁下州郡，咸令无壅。”南齐时，朝廷司法部门插手地方司法审理的范围更为广阔。齐武帝建元四年（482年）六月诏曰：“京都囚，可克日讯决；诸远狱委刺史以时察判。”永明二年（484年）夏四月诏：“扬、南徐、南兖、徐、兖五州统内诸狱，并、豫、江三州府州见囚，江州寻阳、新蔡两郡系狱，并部送还台，须侯克日断枉直。缘江远郡及诸州，委刺史详察讯。”三年（485年）秋七月辛丑，诏：“丹阳所领及余二百里内见囚，同集京师，自此以外，委州郡决断。”六年（488年）正月，诏：“二百里内狱同集京师，克日听览，自此以外，委州郡讯察。”陈高祖永定三年正月戊申诏：“临川王？省扬、徐二州辞讼。”
朝廷干预地方司法审理的第三种方式，是经常派遣不同名目的使节巡视地方。使节巡视地方政情的内容之一，就是地方狱讼判决状况。这些使节有权检视地方狱犴，对冤假错案有权予以纠正或重判，案情重大者上报朝廷。
朝廷干预地方司法审理的第四种方式，是干预大、要案的审理。孝武帝大明元年（457年），都官尚书谢庄上书奏改州狱时请求：“自今入重之囚，县考正毕，以事言郡，并送囚身，委二千石亲临核辩……若二千石不能决，乃度廷尉。神州统外，移之刺史，刺史有疑，亦归台狱。”这个奏请是否实行不得而知。但大明七年（463年）四月下诏严格规定：“自非临军战阵，一不得专杀。其罪甚重辟者，皆如旧先上须报，有司严加听察。犯者以杀人罪论。”东晋简文帝时，王彪之为会稽内史，因不遣使修敬桓温，被桓温弹劾免官。“彪之去郡，郡见罪谪未上州台者，皆原散之。”可见郡中重要狱案要向州和朝廷上报。南朝宋文帝时，有晋陵郡蒋氏二兄弟，为劫罪而被收。兄弟二人争求受罪，郡县不能判，移案与州。州以情判二人无罪，“勒县遣之，还复民伍”。这是郡县疑狱逐级上报请审的实例。南齐豫章文献王萧嶷担任荆州刺史伊始，州内“见囚五岁刑以下不连台者，皆原遣”。说明五岁刑以上罪囚和需要朝廷审理的罪囚，州刺史无权发落，须请朝廷覆按。另外，一些身有封爵的贵族官吏，或者事涉“八议”狱讼案件，地方州郡无权审理。如东晋穆帝时，王彪之为廷尉。时有永嘉太守谢毅在朝廷下达赦令之后杀郡人周矫。周矫堂兄周球到扬州府诉冤。时任扬州刺史的殷浩遣从事收谢毅付廷尉。廷尉王彪之“以球为狱主，身无王爵，非廷尉所料，不肯受，与州相反覆”。
尽管魏晋南朝时期朝廷大力干预地方司法审理，但地方州郡县的司法审理权还是相当大的。首先，皇帝听讼的数量和次数十分有限。其次，廷尉、尚书省与御史台只审理上报的案件，或在特定的时间、对特定的区域，如京畿的丹阳地区，再大一点，如扬州地区，或者说是一定范围内，如二百里内的地方司法案件进行审理。除此以外的地方司法案件，特别是偏远地区的司法案件要由地方审理。再次，朝廷的各种特使到地方巡视覆按狱讼也十分有限。因此，大量的、一般性的司法案件，例如，自西晋开始，定刑名为五种：死、髡、赎、杂抵罪及罚金。其中死刑及髡刑里的髡钳五岁刑、笞二百为重刑，需要上报朝廷覆按。髡刑中的四、三、二岁刑及赎、杂抵罪、罚金等刑名，属于一般性的司法案件，主要是要靠地方各级政府审理。在拘押权限上，甚至地方县级政府可自行释囚，甚至是死囚，不须监视，回家过节，节后返狱。这一切都为地方各级政府留有大量的司法权限。如宋孝武帝大明三年（459年），沈怀文为扬州行事。“时囚甚多，动经年月，怀文到任，讯五郡九百三十六狱，众咸称平。”这条史料，不但说明州有较大的司法审理权，还说明，州有权对属郡所报重狱进行重审。
其次，若是权臣在州、强势刺史，或者刚严州将，则经常独断刑杀之柄。东晋初，王訥被王敦表启为荆州刺史，排挤陶侃出荆州。王訥就任时，被陶侃部下袭击，拒绝其就任。后来，王訥到州，“大诛戮（陶）侃时将佐，及征士皇甫方回”，而不向朝廷奏请。最后，朝廷只是把王訥征还回朝，还加官为散骑常侍。司马勋监关中军事，领西戎校尉，“为政暴酷，至于治中别驾及州之豪右，言语忤意，即于坐枭斩之，或引弓自射。西土患其凶虐”。东晋康帝时，山遐作东阳太守，为政严猛。“竟囚，每多入重。”朝廷专为此发诏予以呵斥，而“遐处之自若……”宋刘湛，为高祖第四子刘义康长史，兼领太守。“为人刚严用法，奸吏犯脏百钱以上，皆杀之，自下莫不震肃。”臧质，宋孝武帝初即位时为江州刺史。而臧质以孝武帝年少，“是事专行，多所求欲。及至寻阳，刑政庆赏，不复咨禀朝廷”，甚至随意支用州内所存国库米粮。沈攸之，宋明帝死后，持节到荆州做刺史。“时幼主在位，群公当朝，攸之渐怀不臣之迹，朝廷制度，无所遵奉。”其余如边远州区的刺史，亦经常专断刑杀之权。宋元嘉初，徐州一典签为一死囚向州刺史吉翰求情。吉翰顺典签之意放过了死囚，却“命左右收典签付狱杀之”。南齐时，晋陵人王敬则，齐高帝建元三年任会稽太守。齐武帝永明三年，“宋广州刺史王翼之子妾路氏，刚暴，数杀婢，翼之子法明告敬则，敬则付山阴狱杀之……”更有丹阳地区，“郡县狱相承有上汤杀囚（借口囚犯有病，进汤药杀人）……”为此，朝廷专门颁制，“治下囚病，必先刺郡，求职司与医对共诊验；远县，家人省视，然后处理”。然而，这些随意专有生杀之权的地方官，正是丹阳郡这样的天子脚下。其他州郡官吏的司法权限可想而知。
为了确保地方长官对司法案件的审理公正公平，避免出现司法审理中任情以轻重的现象，朝廷又规定，地方司法审理中，上级地方政府有权干预下级地方政府司法审理。《梁书》卷42《傅岐传》载，傅岐，在梁武帝时曾做新始县令，时有县民因斗相殴而死，“死家诉郡，郡录其仇人，拷掠备至，终不引咎，郡乃移狱于县……”即是实例。作为基层政权的县级政府，对于一些大、要、疑案，要逐级上报。
不过，从有关东晋南朝时期朝廷干预地方司法审判的文献记载来看，大多从宋政权大明朝开始，此前却不多见。这可能与大名以前地方司法按验审理的制度有关。最迟至大明元年以前，地方狱讼，特别是县级狱讼的按验工作是由郡督邮来做的。所谓“旧官长竟囚毕，郡遣督邮案验，乃就施刑”。但是因为督邮身份地位低下，特别是断案水平有限，能力常不高于县令长，因此，“有案验之名，而无研究之实”。所以，时任都官尚书的谢庄上书奏改刑律，要求京师地区所在的县级狱案，县令长审验完毕，要将囚犯及审理的结果一并送郡，由郡太守覆按。案情审理无误，方能就刑。郡太守还不能决，再送廷尉审讯。京师以外的重要案件就直接付州刺史判决。州不能决，再送廷尉。遗憾的是这个奏章未获同意。
正是州郡这种过大的司法斩杀权，加之“朝廷法吏多出于寒贱，是以章书日奏而不足以惩物……”才招致朝廷对地方司法的持续督责和亲自参与。持续下诏：“详省律令，思存利民。”“诸州郡县，时理狱讼，勿使冤滞，并若亲览。”
五监察权上：四大主体，共察地方
东晋南朝时期中央与地方在监察权方面的关系，可以从四个方面来认识。一是中央对地方的监察。这其中又包括中央行政部门对地方的监察、中央御史台对地方经常性的监察、各种朝廷钦差使节对地方的不定期的巡察。二是地方州对郡县的监察和郡对县的监察。三是地方政府官吏间与政府间的监察。四是发动社会力量对地方政府的监察。可以概括为四个主体，共察地方。下面分别论述。
