1886年4月初，弗洛伊德回到了维也纳，不久，便开设了医治精神神经症的私人诊所。9月，他和玛莎·伯奈斯结了婚，并在汉堡北边波罗的海沿岸的避暑盛地特拉弗明德镇快乐无比地度过了两个星期。
诊所成立之初生意清淡，他的论文《论男性瘴病》在医学协会的会议上宣读之后，却引起了保守的大脑解剖学权威迈内特教授的反感，弗洛伊德在综合医院里名声扫地。但有了玛莎和朋友们的鼓励和支持，他仍能潜心研究神经病学，特别是小儿脑麻痹症，又担任了卡索维茨儿童疾病研究所的工作。
经过对无数病例的诊治与观察，弗洛伊德突然意识到一个问题，他犹如屹立在浓雾包围之中的高山之巅，忽见浓雾散去，露出了下面的平原：人类精神的轮廓。他看到了无意识这个活生生的世界。这可能吗？人类是不是有两种各自独立发挥作用的精神结构？这一观念是毁灭性的。他的这些念头把他的思绪搅得纷乱如麻，不敢相信自己得出的证据，而使他感到惊恐、迷茫、畏惧。
他确信精神神经症是一种主要疾病。死于精神神经症的病人肯定大有人在，究竟有多少他不清楚。他深深感到了未知的神秘领域对他巨大的诱惑力。
然而今天，他只是一个无足轻重的开业医生。由于不在综合医院、萨尔拜特利尔医院或南希医学院这样的大医院里工作，他对无意识的研究也就难以进行，他这个探险家将会长期没有用武之地，他感到非常痛苦。
他没有绝望，而是振作起精神，着手研究和撰写两篇论文，第一篇是《论失语症》，因为对这个问题历来众说纷纭、莫衷一是，所以他觉得有必要发表一下自己的见解；第二篇是和儿科医生奥斯卡·李合写的《儿童单侧麻痹的临床研究》。西格蒙德原本就想当一名医学院教授，然而事态的发展却清楚地表明他离这个目标是多么遥远。
1889年12月，他去法国南希向贝恩海姆学习了暗示法。
在研究过程中，他的兴趣已从一般精神病学转向精神神经症、病理学。精神神经症的每一个病例都各不相同，都很有吸引力。但伴随着成功的是数不清的失败，他还无法找出造成这些病症的根本起因，就连他怀疑为同性恋的那种病例的起因他也没有把握。在他看来，从患者的无意识中呈现出来的是一个既不可思议又毫无意义的大杂烩。出于无奈，他试用了利波尔——贝恩海姆只求消除病症而不求了解观念性病因的方法，但大多数病人不是拒绝他的暗示疗法，就是不能按照他的暗示去做。对于这些失败他非常急躁。这些痛苦的疾病都起源于无意识中的某个关得死死的区域，而他却没能找到一把钥匙去打开它。
就是这个无意识心理，成了他生活中唯一的志趣和目标。在每一个病例的详细记录中，都遍布着他自己的思索推测和探求。他想象着安东·冯·列文虎克用自己所改进的显微镜进行观察，从而成为世界上第一个看清麇集的原生物和细菌的人时的心情，现在西格蒙德似乎也体会到这种滋味了。他想道：“无意识心理将成为我的折射区。它将导致对人类行为疾病的起因及治疗进行科学的识别和描述。我将成为它的一名助产士；不！我怀着如此强烈的激情，怀着一个颤动着的生命，我无疑将成为它的母亲。”
1891年，《论失语症》一书出版了。但《论失语症》在同仁中并未引起好评，他意识到这背后隐藏着观念性的原因。
如今，他已经面临着一项他认为是他这个时代中意义最深远的医学发现。他迫不及待地要发表他的病例，向全世界报告他所发现的对于治疗深受精神折磨和感情折磨的病人具有神奇效果的疗法，能把他们从完全丧失生活能力的疾病、甚至从不得不禁镏在疯人院里直至死亡的命运中拯救出来。
他敢于继续发表这种文章吗？向整个医学界公布他的发现和理论？他知道自己不能单枪匹马地干，因为他在维也纳医学界根本没有足够的地位或威望来促使人们接受他如此革命的观念。在城里，有六七个医生把病人推荐到他这里来，知道他有时确实能解决问题。但是除此之外，他是不被医学院或大学科研机构所承认的，也从来没有人邀请他加入他们的行列。尽管他发现了可卡因从而使外科医生能够进行前几年几乎是不可思议的眼科手术，还促进了魏格诺·乔利格的麻醉皮肤区域的研究，但是他仍然遭到攻击，而且在一家有声望的刊物上，有人批评他提倡把可卡因当作药物却没有意识到它也可能成为使人上瘾的麻醉品。不过，在他的意识深处，他也知道这种指责并不是完全没有道理的。
他对催眠术的研究也引起了一些同样的指责，譬如草率啦、轻信啦、不负责啦，等等。他把阅读梅斯梅尔的著作后所学到的东西传授给他的同行：安东·梅斯梅尔医生提出的所有的论点中至少有一半是正确的，特别是所谓暗示的力量对患者的肉体和精神两方面的键康都具有影响这个论点，是完全正确的。正是这种“暗示”，并成为布雷德、夏科、利波尔、贝恩海姆、约瑟夫·布洛尔的后期工作乃至现在他本人的工作的基础。但是这正是同行们不能接受的。
更严重的离经叛道之处是他七年前在巴黎从夏科那儿接受后又加上自己的修正和扩充的男性癔病观点。虽也有些专家认为他是正确的，但是迈内特教授却对他在医学协会作的讲演和登在《维也纳临床学周刊》上的讲演稿大加嘲讽，使他遭到了整个奥地利医学界的反对。
正如他所担心的那样，他出版的第一本专著《论失语症》，又被认为是一套轻率之论，不仅医学出版界，而且维也纳所有的科学领域都置之不理。他的朋友们和医学界同事们从来没有就其内容发表过评论。虽然多伊迪克出版社出了一本廉价的单行本，但是出版后的第一年里仍只卖出了142本。后来此书实际上已经停售了，这一领域的所有新的研究资料都一概未提此书的名字或发行情况。他认为这甚至比把一本书扔到海底还要糟糕。
1893年带给他成堆的工作：他按照约瑟夫·布洛尔的建议，为1月11日在维也纳医学俱乐部的讲演准备了一份《初步通讯》的讲稿；然后完成了夏科的《星期二演讲》修订本的翻译（最初在德国各重要医学期刊上连载）；接着又把他在巴黎时就答应为夏科的《神经病学史料》撰写的文章《关于机体瘫痪与癔病性瘫痪的比较研究的几点意见》定稿；最后还为卡索维医生的丛书写了一篇论文，题为《论童年期的大脑两侧瘫痪》。
虽然文章与讲演没有引起理论界的兴趣，但让他欣慰的是现在成功的病例大大超过了失败的。由于知识的增加和治疗工具的改进，他相信自己将能够越来越多地排除那些使他迷惑不解的症状。
一天，在冥想中，以前做过的梦的记忆，以及病人们的梦的某些零星片断，不停地向他涌来；他突然站住了。他浑身紧张起来，并觉出自己起了一身鸡皮疙瘩。他兴奋地叫起来：“这就是梦的目的！从无意识精神中把一个人真正想要的东西释放出来。没有面具，没有伪装，也不是隐藏的感情或扭曲的欲念，丽是一个人在内心深处最希望发生或已经发生的事情！多么令人震惊的手法啊！多么令人震惊的结果呵！怎么所有的人，包括我自己，都会把梦看作没有规则，没有目的，无论是上帝还是魔鬼都无法控制的某种疯狂状态呢？我们怎么会千百年来一直没有发现这一点呢？它们早就应该得到严谨的分析，早就可以揭示出有关人的本性的无数秘密。”
他发现，在梦中什么事也不会被遗忘，不论发生在多久以前；梦的创造力，其改头换面的巧妙本领，是想象力耍的花招。而且，如果正如他已经开始猜测的那样，梦是通往无意识的一扇敞开的大门，藉此可以洞悉病人的真正愿望的话，他就又多了一个了解病人精神、神经和情感疾病的病因的途径；他将真正能够把这些疾病置于显微镜下。愿望通过折射表现为他想要改变什么，改进什么，纠正什么。在梦中，一个人能编辑并重写他过去的生活！
他不由欣喜若狂，意气昂扬。这是他迄今为止最重要的发现。这个发现无疑会给他带来惊人的成果。
