在杜塞尔多夫，门德尔松除了《圣保罗》完成一半以外，还有很多重要作品：《降E大调回旋曲》、《A小调和E大调随想曲》、《降A大调赋格曲》及大量歌曲，最为出色的作品是《美丽的梅露西娜》序曲。这首乐曲具有十足的“浪漫主义乐派”的美妙灵感，其魅力仅次于《仲夏夜之梦》序曲。
在杜塞尔多夫的合同还差一年时，著名的莱比锡音乐厅邀请他去担任指挥，这将为他打开音乐家可望在德国音乐界中获得的最高荣耀的大门。他经过深思熟虑后辞去了这里的职务。1835年8月末他动身前往莱比锡。
1835年10月4日，门德尔松指挥了当年演出季节的第一场音乐会。在这位新指挥的指挥棍下，音调起伏变化微妙，充满魅力。出席这场音乐会的听众本是经常出入全德国最出色的音乐会的行家，他们对门德尔松的指挥艺术心领神会，欣赏备至；从这时起，在费利克斯和莱比锡音乐界之间便结下了不解之缘。
1835年11月19日，费利克斯的父亲亚伯拉罕突然去世，这对他是一个很大的打击。但他很快又振作起精神，不顾一切地投入了工作。因为他父亲曾经对《圣保罗》很感兴趣，而且激励他尽快把它完成，于是他立刻把它作为生活中的一件大事来做。出于对音乐会的高度责任感，他呕心沥血地工作，一切都进展得很顺利。
1836年5月22日，在杜塞尔多夫的“下莱茵音乐节”上，《圣保罗》首次与观众见面。这场演出引起了极大的轰动，终于遂了他的心愿。
音乐会后，他觉得法兰克福特别可亲，因为他和让雷诺夫人一家建立了亲密的友谊。她是“法兰西新教教堂”一个牧师的遗孀，她和两个女儿米丽·索菲小姐和塞西尔·夏洛蒂·索菲小姐一块住在法尔托尔。费利克斯一心恋上了美丽的塞西尔小姐，但因他的举止的羞怯，差点让全家人以为是让雷诺夫人本人把他给迷住了。费利克斯决定在正式求婚之前彻底检验一下自己的爱情，因此，他独自去进行了一个月的海水浴，结果他对塞西尔的挚爱经受住了考验。他对自己能够坚持始终十分满意，于是，回到法兰克福后他就正式提出了求婚。1836年9月9日他给母亲的信中说：“塞西尔·让雷诺刚刚接受了我的求婚。在向您报告这桩喜讯之前，我根本无法安心做事。这一天发生的种种事件弄得我到现在还晕头晕脑，但我非得写信告诉您不成。我只觉得生活是如此地丰富多彩和幸福。”
冬季工作的顺利完成让费利克斯顿感轻松，同时莱比锡大学又授与他名誉哲学博士学位。1837年3月28日，他和塞西尔在法兰西新教教堂举行了婚礼。典礼结束后，这对幸福的新人正要启程回家，一群衣着漂亮整齐的姑娘来到他们面前，唱起了优美动听的《婚礼大合唱》。这是费迪南德特意为他们赶作的，新娘和新郎都被这意想不到的场面深深感动了。他们的蜜月中似乎一直就充满着这甜美的旋律。
同时，莱比锡音乐厅音乐会也累获成功，大受欢迎。门德尔松为乐队贡献了许多优秀作品。这当中有《第42号圣乐》、《小夜曲》、《活泼的快板》、《降B大调四重奏》及其他一些同样重要的作品。
在1840年的音乐季节中，《颂赞歌》在莱比锡音乐厅演出了两次。听到此乐曲的人无不为之所感动。然而门德尔松却并不固步自封，在为这些重大演出作准备时，他一而再，再而三地修改这部作品，弄到后来，不得不把在伯明翰演出时的乐谱毁掉，整个重做。新的乐谱第一次包括了震撼人心的男高音独唱与合唱《更夫，黑夜就要过去了吗？》。他说，这个场面是在莱比锡的一个不眠之夜油然涌上他的心头的。12月举行的第二次演出的效果极佳，乐声刚停，国王便起身离座，径直走向乐队。他和蔼可亲、彬彬有礼地向作曲家和演员们致谢，感谢他们给他带来的莫大愉快。这是一个好兆头，预示着门德尔松在莱比锡发展音乐事业的计划将有一个乐观的前景，尤其是对他创办音乐学校的夙愿更是如此。这个愿望正日甚一日地占据了他的心灵。
