10月13日，即《双十协定》签订后的第四天，蒋介石又向各战略区司令长官发出了一份杀气腾腾的密令：
查抗战胜利，日寇投降，亟应从速建设以完成大业，乃奸匪竟乘机侵入城市，破坏交通，企图破坏统一以遂其割据之阴谋，若不速予剿除，不仅八年抗战首功尽失，且必遗害无穷，使中华民族无复兴之望，我辈将士何以对危难之同胞，更何以对阵亡之将士？贵长官所部自抗战以还，迭著勋功，党国作为长城，中正尤寄厚望。此次剿共为人民幸福之所系，务本以往抗战之精神，遵照中正所订《剿匪手本》，督励所属，努力进剿，迅速完成任务。其功于国家者必得膺赐，其迟滞贻误者当必执法以罪。希特饬所属剿匪共部队官兵一体悉遵为要！
为了加紧内战的准备，11月9日至11日，国民党政府军事委员会在重庆召开了军事会议，各地重要军事将领都参加了这次会议。会议经过几天的讨论研究，决定了进攻解放区的作战计划，决定要在六个月内击溃八路军和新四军主力，然后分区清剿，以期“根绝匪患”。这个计划分三步行动：第一步控制苏北、皖北和山东，打通津浦路、平汉路；第二步集重兵于北平、天津，“扫荡”华北；
第三步打通平绥线，占领察哈尔、绥远。
就在这次会议上，蒋介石还专门讲了《剿匪战术之研究与高级将领应有之认识》，进一步确定了军事方针。
不难看出，蒋介石的和谈是假，图谋挑起内战是真。正因为如此，从8月至9月中旬，蒋介石利用和谈作掩护，调动其第1、第2、第5、第7、第9、第11、第12战区部队的36个军73个师的兵力，向解放区不断进犯，并将进犯的重点放在平绥、同蒲、平汉、津浦铁路沿线，企图迅速控制华北、华东的战略要地和主要交通线，分割解放区，打开进入东北的通路，并抢占东北，然后以强大的军事压力，迫使中国共产党在谈判中屈服。
为了迅速抢占华北战略要地和交通要道，打开通向东北的道路，蒋介石调集了四路重兵向华北、华中解放区发动了进攻。
第一路由第1战区司令长官胡宗南，率领其主力9个军连同配合其进攻的第5战区第15军，共21个师约19万人，由陕西东出潼庆，一部北渡黄河沿同蒲路进入山西，一部沿陇海路东进郑州，企图控制陇海、平汉两路沿线，进而占领石家庄、北平、天津。
第二路由第2战区司令长官阎锡山。纠集7个军23个师共8．8万余人，分别向晋南、晋中、晋北地区的解放区发动进攻，企图控制同蒲路沿线，隔断我太行、太岳两解放区的联系，并配合第11战区部队沿平汉路向北推进。
第三路由第11战区司令长官孙连仲率其6个军14个师10余万人，沿平汉、津浦两条铁路北进，企图打通平汉路石家庄、新乡段和津浦路济南、徐州段。其中以一部兵力沿平汉路，经郑州北渡黄河进占新乡，企图与胡宗南会合于石家庄。
第四路由第12战区司令长官傅作义率其6个军12个师约5万人，向绥远东部地区进攻，然后沿平绥线继续东向，夺取晋察冀首府张垣。
面对蒋介石对解放区的进攻，中共中央命令部队进行了有力的反击。先是我晋冀鲁豫部队在上党战役中，歼灭入侵山西长治地区的国民党阎锡山部13个师3．5万余人，击毙第7集团军副总司令彭敏斌，俘虏第19军军长史泽波及炮兵司令胡三余。接着，刘伯承、邓小平又率晋冀鲁豫部队大战平汉路，进行了邯郸战役，歼灭了沿平汉路北进的国民党第30军和第40军，争取了第11战区副司令长官兼新编第8军军长高树勋率部万余人战场起义，俘虏第11战区副司令长官兼第40军军长马法五以下2．3万余人，歼灭4．5万余人。紧接着，在绥远战役中，国民党军损失1．2万余人，给蒋介石又是一个沉重的打击。我山东军区部队又进行了津浦路战役，歼灭国民党军两万余人，粉碎了蒋介石限令11月底打通津浦路的企图。
与此同时，周恩来在重庆同国民党方面的和谈仍在进行。但是，到11月中旬，当谈判双方接触到东北问题时，因双方观点相差甚远，谈判陷入了僵局。11月25日，周恩来飞回到了延安，国共谈判暂告中断。
随着国共两党和平谈判宣告中断以后，两党冲突愈演愈烈，内战的危机日益严重。
中国的内战危机引起了大洋彼岸的美国人的严重关注。美国政府这时清楚地看到，国民党目前“绝对没有能力用军事手段镇压共产党”，如果蒋介石此时发动大规模内战，其结果“可能导致共产党控制全中国”。这是美国政府不愿看到的结果。因此，美国政府装出一副“中立”的面孔，关心起中国的“和平”来了。12月15日，美国总统杜鲁门发表了《对华政策声明》，声明说：“国民政府与中国共产党及中国其他意见不同的武装部队应立即协商停止敌对行动”。“召开全国主要政党代表的国民会议，以谋早日解决目前的内争”，并向国民党政府发出警告说，如果国民党继续进行军事冲突，就停止一切军事和经济援助。
就在杜鲁门发表这一声明前不久，杜鲁门宣布调回美国驻华大使赫尔利，另派马歇尔以总统特使的身份来到了中国。
可以说马歇尔是一位了不起的人物。他早年毕业于美国弗吉尼亚军事学院，第一次世界大战中，他在菲律宾服役。1932年时，已满52岁的马歇尔还只是一个中校。然而，到了1939年欧战爆发时，他成了美国陆军参谋长，为临时上将和永久少将军衔。1941年12月后，他成为罗斯福总统的主要军事助手和主持美国联合参谋总部工作的陆军参谋长，出席过多次首脑会议，参与作出各盟国重要决策，组织和领导了第二次世界大战的许多重大战役。1944年12月，马歇尔晋升为五星上将。恰巧马歇尔的姓同英语“元帅”一词谐音，而五星上将往往被人们视为一种相等于元帅的军衔，所以他又被人们称为马歇尔元帅。但当美国国会准备通过授予他美国陆军元帅这一头衔时，马歇尔自己却不同意，他公开提出的理由很有趣：如果今后把他称作马歇尔元帅，听起来叫人别扭。
1945年8月20日，第二次世界大战结束还没有几天，马歇尔就向杜鲁门写了一封信，请求辞去陆军参谋长的职务。信中写道：
现在战争已经结束，军队正积极复员，有关削减军备生产的重大决策已经作出，战后军事计划也进入了相当深入的阶段，在我觉得，我可以心安理得地要求辞去参谋长这个职务了。我在陆军部服务七年有余，其中六年任参谋长，深知任务之艰辛繁重，如能获得解脱，则幸甚矣。
如果允许我提名继任人选，我推荐艾森豪威尔将军，其人于特殊时期之参谋长一职务最适胜任。
马歇尔这一举动，使人们一下子惊呆了。但是，杜鲁门还是于11月26日为马歇尔举行了告别仪式，并向他许诺：“将军，您已经为国家做了这么多的事，我绝不打扰您的退休生活。”
可是，第二天下午，杜鲁门就食言了。他打电话请马歇尔到中国。
12月15日，马歇尔由华盛顿乘坐一架美国空军“霸王”号巨型运输机离开了美国。12月19日，马歇尔乘坐的飞机降落在上海江湾机场。第二天，马歇尔赶到了南京，蒋介石专门从重庆来到南京迎他，两人并作了晤谈。
此时的蒋介石日子并不好过。经过一个时期的边打边谈，蒋介石既未从谈判桌上捞到好处，也未从军事进攻中拣到便宜，相反却遭到了国内外舆论的一致反对。凡此种种均对蒋介石造成了极大的压力。特别是美国不赞成中国打内战，令蒋介石坐卧不宁。
1946年1月2日，时任蒋介石之侍从室秘书的唐纵，在其日记中这样写道：“在前年八月间，美国舆论对我最坏，压迫最甚；去年底杜鲁门声明，莫斯科公报，与马歇尔之来华，对于政府施用之压力，无殊前年”，“此时主席心境之痛苦，不堪言状”。在内外交困下，蒋介石不得不感到发动全面内战的时机和准备尚不成熟，于是，他同意召开政治协商会议，再次玩弄起和谈的手段。
中共中央对和谈一直是极为关注的。12月9日，周恩来在为中共中央书记处起草的给董必武、王若飞的电报中指出：“赫尔利政策失败，马歇尔来华在方法上有改变可能，故我宜严整阵容，在政治上取攻势，在军事上取守势，但同时又应使其在军事上知难而退，在政治上有道理可讲、有文章可作。”12月15日，即杜鲁门发表对华政策声明的同一天，中共中央召开会议，认为调整后的美国对华政策的基本点仍然是扶持蒋介石，但目前已决定不直接参加中国内战，不援助蒋介石打内战，赞成中国的和平统一，这种变化在客观上有利于中国人民的需要和和平民主事业的发展，从而作出了恢复国共谈判的决定。12月19日，中共中央发布了党内指示，指出：“美国已决定不直接参加中国内战，不援助蒋介石武力统一中国，而援助中国的和平统一，美国政策的这些变动，对中国人民要求和平民主的当前斗争是有利的。虽然美国政策在基本上仍然是扶助蒋介石的（这是美国一贯政策，罗斯福亦如此，我们不可存幻想）”。
正是在这种情况下，12月27日，中断了一个多月的国共两党的和平谈判在马歇尔的主持下，再度恢复了。中国共产党方面参加谈判的代表除周恩来、王若飞外，又增加了叶剑英。国民党方面的代表仍然是张群、王世杰、邵力子三个人。蒋介石曾急电张治中回来参加谈判，但当时他还在新疆，未能及时赶到。
经过艰苦的谈判，1946年1月10日，国共双方代表在《停战协定》上签了字，作为调解人的马歇尔也签了字。协定规定：从1月13日午夜起，“一切战斗行动，立即停止”。
这一时期，毛泽东在延安太累了，从11月中旬就病倒了，患的是神经系统的疾病，毛泽东自己说是“神经疲劳”症。时任中共中央书记处办公室主任的师哲曾回忆说：“十一月，毛主席的身体状况越来越令人担忧。我每天都要看他几次。他有时躺在床上，全身发抖，手脚痉挛，冷汗不止，不能成眠。他要求用冷湿毛巾敷头，照做了，却无济于事。”
在中共中央书记处的其他几位领导的坚决劝说下，毛泽东答应暂时治疗养病。但是，毛泽东根本休息不下来。《停战协定》签订的当天，毛泽东就抱病依据协定，以中共中央主席的名义，发布了停战通告：
中国共产党各级委员会，中国解放区各部队首长，各级政府同志们：
本党代表与国民政府代表对于停止国内军事冲突之办法、命令及声明业已成立协议，并于本日公布在案。凡在中国共产党领导下之一切部队，包括正规军、民兵、非正规军及游击队，以及解放区各级政府，共产党各级委员会，均须切实严格遵行，不得有误。
全中国人民在战胜日本侵略者之后，为建立国内和平局面所作之努力，今已获得重要之结果。中国和平民主新阶段，即将从此开始，望我全党同志与全国人民密切合作，继续努力，为巩固国内和平，实行民主改革，建立独立、自由和富强的新中国而奋斗。
同一天，中共中央又向党内发出指示：“国共停战命令今日已发表……但蒋在今日又秘密命令各军尽快尽量秘密控制军事要地并解除日军武装以免共军利用之。为此，我各地部队应即遵守命令，停止一切进攻及破坏交通行动，不给国民党以借口。但必须十分警惕，防止国民党的进攻，如彼来进攻应坚决彻底消灭之，并迅速报告延安。
在《停战协定》生效的前一天，即1月12日，中共中央又发出了关于执行停战命令的通告：
各局、各区党委、各纵队首长：
（一）停战命令已下，全国各地统限于一月十三日二十四时以前停止一切战斗行动，过此时限的一切进攻行动，均属非法。此次停战有美国代表参加及到各地监督，我各地部队必须于十三日二十四时以前停止一切向对方攻击的行动，特别是攻城的行动，不给对方以任何借口，违者将受到处分。（二）停战包括对日军及伪军的战斗行动在内。对日军、伪军亦须依时停止攻击。但仍可对敌伪包围，以便交涉争取受降。（三）我依时停止一切攻击行动，但必须坚守阵地，严防对方背信之突然袭击。（四）从一月十二日特别是从一月十三日二十四时以后，所有对方向我任何地方、任何部队、政府的进攻，特别是对城市的进攻，应将其进攻的时间、地点、番号、经过、死亡等完全准确的迅速报告延安及北平，以便抗议揭露。各地电台须与北平叶剑英联系。
中央在这次国共两党停战谈判中，国共双方签署了《建立军事调处执行部的决议》，军调部作为履行《停战协定》的机构，首要任务就是实行军事调处。
就《停战协定》签订的同一天，政治协商会议在重庆召开了，会议进行了22天，开了10次大会，通过了《和平建国纲领》等5项提案，确定了整编全国军队等原则，为军队的整编奠定了基础。
蒋介石是一个视军队为生命的人。十几年来，中国共产党领导的人民军队的存在对他的独裁统治威胁太大了，一直是他的心腹之患。他朝思暮想的一件大事，就是要吃掉中国共产党的军队。
他妄图通过这次整军的机会，达到他的目的。
毛泽东对蒋介石的心思早已是了如指掌。毛泽东认为，人民的军队是人民利益的捍卫者，是和平与民主的保障，当然不能交给蒋介石，更不能让蒋介石吃掉了。
国共两党这次整军的谈判就在这种背景下开始了。
又是一场艰难的谈判……
2月25日，三人军事小组成员周恩来、张治中、马歇尔又终于在《军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》（简称《整军方案》）上签了字。对于这个《整军方案》，蒋介石是根本不满意的。
他认为让中国共产党保留的军队还是多了，而他的愿望是想让中国共产党保留的军队越少越好，这样，只要有机会，他就可以轻而易举地将中国共产党的军队“吃掉”。因此，在《整军方案》签字后的第三天，蒋介石便在日记中写道：“与中共商定统编所部为18个师之方案业已签定，此为政府最大之损失。”
《整军方案》签订以后，三人军事小组成员周恩来、张治中、马歇尔决定乘坐飞机到全国，主要是华北和华中各地巡视一遍，以检查《停战协定》、《整军方案》的执行情况。
巡视地点的确定，主要有两条根据，一是有较好的飞机场，便于三人军事小组成员乘坐的飞机起落；二是军事调处部所派执行小组的工作不太顺利，问题较多，亟待解决的地方。巡视的计划是先到北平，然后张垣、集宁、济南、徐州、新乡、太原、归绥，再到延安，最后在汉口结束。
3月4日，三人军事小组的飞机离开归绥直向延安飞去。
这天的一大早，坐落在延安东门外的延安飞机场上就热闹了起来。简陋的飞机场上早已搭好了一座红布牌楼，上面插着色彩鲜明的中美两国国旗，两旁挂着剪纸标语，标语用中、英两种文字写着：“欢迎马歇尔将军！欢迎张治中将军！欢迎周恩来将军！”
