所以，对于大多数人来说，林奈新系统的问世就像是智力奇迹。从瑞典一所穷困潦倒的大学里突然冒出希望，最终居然解决了长期以来就存在的分类难题。林奈为辨认极其多样的生命体带来了秩序和方法。几乎同时，他的系统还在世界范围里引发一场收集标本的热潮。林奈本人也指导许多热心的学生们周游世界，寻找新的发现。这是危险的工作。有人估计，林奈的学生中有三分之一死于这种探险过程中。但是，神秘的新物种再也不会被冷落在角落里，遗忘在储藏室里或者秘藏于博物馆了。现在每一种植物或动物都可以被标记或者“辨认”，每一个新发现都可以找到它的适当位置，为迅速扩展的自然地图增添有用的新知识。
由于库克船长等人的远航，物种的数字迅速猛增。林奈知道并且给予科学名字的有4200种动物和7700种植物。今天已经逐渐扩展到350000种植物和100万种以上动物。对于一名主要靠自学成才的博物学家来说，林奈的体系确实是一巨大成就。1738年，他一返回瑞典就参加医学实习，1741年被指定为医学主任。一年后，他搬到乌普萨拉任植物学教授。1761年，林奈，这位瑞典穷牧师的儿子，被任命为瑞典贵族院议员，并且册封为卡尔·冯·林奈。他1778年去世，把一个传奇般的受人尊敬的形象留给了他的祖国。
但是，并不是每个人都认同林奈的工作，既然其中有着明显的错误和缺点。在倡导理性批判和怀疑主义的18世纪，许多科学家和哲学家对于其中的矛盾深感不安。其中有些批评在接下来的19世纪形成了一场生物学中的革命，这场革命甚至比17世纪伟大的哥白尼革命更要波澜壮阔。这就是进化论。
林奈总在反对任何进化思想，但它已初现端倪了。他相信，所有物种都是在最初被分别创造，他确信，在创世之后没有形成过新物种，也没有任何物种灭绝。
林奈的工作被他的追随者稍加改动，其中就有居维叶。居维叶改动了一些细节，使命名系统因注重相互关系而更贴近自然。但居维叶和林奈都未曾预料的是，这一由严格保守的瑞典植物学家建立的命名系统，在下一个世纪里，却因达尔文及其进化理论的出现而无情地被抛弃。
布丰和自然界的多样性
布丰在蒂简附近他自己的蒙特巴庄园里，用了好几个夏天研究自然和读书、写作。在那些对林奈及其新命名系统抱怀疑态度的人中间，最严厉和最有影响的是布丰伯爵。布丰和林奈同一年出生，布丰出生于法国，他在许多方面与林奈正好相反。林奈出身贫寒，大半生得为钱而奋斗；布丰却拥有富裕并受过良好教育的双亲。林奈对宗教虔诚（他的批评者常常说他写得就像他亲历创世现场一样），而布丰则是一位怀疑论者。林奈工作严谨，富有条理；而布丰却以直觉和思辨为主。林奈的对手称其乏味、严格、自以为是，而布丰的对手则称其为纨绔子弟、花花公子。
然而，除了社会地位和个人性格，两人还有更根本的差别。对于林奈来说，世界是上帝壮丽和完美的作品。在这一完美的作品中，他自己只是扮演了“谦恭的”角色。但林奈相信，他的所做要比“谦恭”更多些，因为他在完成亚当未竟的事业——通过辨认和命名，有助于我们理解上帝所创造的宇宙的奇妙、秩序和目的。
布丰的世界则不受神意所控制，它仅受“定律要素和力的相互结合”所控制，是牛顿式的世界，按照自然定律行事，有自己的目的，而不是按照神的目的或计划。在牛顿看来，这是一个运动和连续的世界。
和他的同代人伏尔泰一样，布丰在英国度过了一段时期，之所以离开法国，是因为年轻气盛，参加决斗而被放逐。也像伏尔泰那样，他立即被牛顿学说那严谨的逻辑和巨大的成功所吸引。为了更好地掌握英文，他把牛顿的一本微积分著作翻译成了法文，并且还熟读英文书籍，首先是物理学方面的，这是他早期的兴趣，后来转向植物学书籍。当他返回法国时，他不仅大致掌握了牛顿力学的概念和典范，而且还大致领略了英语的习惯用法和风格。
布丰决心向世人呈献他自己的综合性的宇宙观，对于一个从前的花花公子来说，这不啻为是一种雄心勃勃的计划。幸运的是，他的工作在1739年得到了法国科学院的承认，他被选为预备院士，32岁那年被任命为皇家植物园（Jardin du Roi）主任。在这个岗位上他能够采集大量标本，并使这座植物园成为一流的研究中心。
自然历史的百科全书
皇家植物园为布丰提供了一个充分发挥才干的舞台，他不仅才华横溢、文笔生辉，而且还有足够的自知之明，懂得自己还需要更多的训练。他在巴黎过冬，不过夏天总在蒂简附近他自己的庄园蒙特巴度过，在那里他为自己制定了一个斯巴达式的作息时间，每天早上6时起床。因为知道自己有赖床习惯，他就另付小费，要贴身男仆按时叫他起床，每天的工作仅仅中断两次：整理头发，搽粉。这个习惯坚持了50年。杰弗逊在当美国驻法大使时，曾经被邀请到蒙特巴庄园吃饭，他回忆说：
“这正是布丰的习惯，除了吃饭时间，他都在工作，并且决不会客，无论客人以什么理由。但是，他家的大门总是敞开，包括花园。有一个仆人非常周到地引导参观，并且邀请所有的生人和朋友留下来吃饭。我们看见布丰在园子里，但是会尽量避开他。不过当我们在一起吃饭时，这时的他，就像平时那样，是一位非常健谈的人。”
布丰于1745年开始写他的百科全书式的《自然史》（Histoire naturelle）。最早的三卷在1749年出版，立即获得了巨大成功。尽管他原先计划只用几年时间出上个若干卷，但事实上这个工程却花费了他大半生的时间，最后在他生前有36卷问世（在其他人的帮助下），另有8卷在他死后出版。
尽管布丰在写作时间上有着严格的规定，但是他并不是一个训练有素的科学家。尽管他倾心于牛顿革命，但在实际研究中，他并不遵守脚踏实地的观察、实验和数学分析这一套科学工作的基本准则。布丰试图建立一套宇宙的总体图景，在此过程中，他要利用牛顿力学的概念和新机械观，来考察宇宙的每一个细节，并对它的组成及其由来提出思辨性的看法。
尽管巨著本身具有现代性，但这一令人兴奋的努力却在许多方面把当代读者引向古人，布丰指出，古人都是“……伟大的人物，并不局限于单一领域的研究。他们有崇高的胸怀、宽广而深厚的知识以及广阔的视野”。仿佛是对批评有先见之明——并且也许是暗指观察细致的林奈，他继续说道：“……乍看上去，它们给人的印象似乎是缺乏细节描述，但只要在阅读时稍加思考就不难明白，微不足道的细节并不值得付出更多的关注，正如我们最近已经给予它们的关注那样。”
布丰在负责皇家植物园期间，大大护展了园里对稀有和异常植物标本的收藏，使这个地方成了对外国显要人物和其他访问者很有吸引力的场所。不用说，从布丰长达40多卷和近50年的思考和写作中，今天的读者可以找到许多缺陷、矛盾、错误和马虎的地方。但重要的是，要意识到《自然史》在当时所具有的震撼力和巨大影响。它们激励了其他受过更严谨训练的思想家，去抓住布丰思想中富有挑战性和思辨的内容，从而集中对它们进行更为细致深入的研究。
在第一卷中，布丰开门见山地说明他与林奈系统的不同，嘲笑林奈的系统是枯燥无味的分类，总的说来是“人为”体系。他认为：“错误在于没有认识到，自然过程总是一步一步发生的。……从最完善的生物到最不定型的物质，其间几乎总是存在不可察觉的界限……将会发现存在大量中间物种和对象，它们居于两个等级之间。不可能将这类对象固定于一个位置，要把它们放入一个普遍系统，必然是徒劳的努力。”
那么，布丰提出的是什么呢？说起来还真不好把握，因为他的思想总带有思辨成分，又在不断变化，并且分布在许多年的工作和许多著作中。他的出发点是这一信念：所有分类系统都只不过是人类使用起来方便的产物，至于自然界本身并不是按纲、目、属和物种这样间断的分类单位而组成。无论这种分类体系对自然界的研究者是多么有用（或者有害），它们只不过是人为和任意的排列。布丰说，自然是由单个有机体组成的，这些有机体相互之间呈现微小而连续的渐变。然而，随着岁月转移，他的分类思想显然在改变。1749年，在他最早的作品中，他强烈地怀疑，对于丰富多彩的生物世界，任何分类系统都是可能的。但到1755年，他承认存在相关物种。不过他说，物种是“自然界中唯一客观和基本的实体”。所有其他的分类仍然是人为和误导的。
如果布丰就停留在这一步，那么今天我们所知的布丰也许只是18世纪科学史中的一个平凡而又有趣的注脚而已。但是，不像其他博物学家，他蔑视这类读物，其中“充满大量干巴巴的术语”和“乏味做作的手法”。布丰的雄心在于编织出一张更宽广的网，以生动形象的手法来再现一个完整的自然界，提供一部有关地球的面面俱到的历史，作为生命体的家园，地球就是一部运动中的巨大机器。事实上，运动正是其中的关键。因为布丰一开始就相信，生命本身也许就是这一巨大运动中的一部分，亦即，就像作为生命家园的地球及宇宙一样，生命，也不是静止的而是处于演化之中的。
内在模式
针对地球历史的漫长性，布丰已有相当令人诧异的见解，尽管他竭力避免跟教会当局引发冲突，因为教会反对这一说法，即地球可能比《圣经》所说的6OOO年更为古老。
然而，生命是布丰最感兴趣的对象，一旦他着手描述地球历史，就开始针对地球上生命形式的演变提出重要而又有趣的见解。尽管这些见解散见于许多著作和多年来的工作中，其中不乏离奇性，有时还相互矛盾，但这些想法的本质却暗示了一场重大智力转移的开始，它超越了静态的生命观，冲破了存在巨链带来的思路上的束缚，并且为19世纪达尔文的伟大工作铺垫了基础。
布丰开始思考生命及其演变时，心中有一个强烈的信念：生命，也像宇宙一样，只有用严格的机械论，也就是说，用牛顿学说的术语，才能作出解释和得到理解。布丰寻求的是物理解释和因果关系。牛顿以他对引力的工作，已经证明这类物理关系并不总是一目了然。物体之间的相互作用并不一定要相互接触。它们甚至不一定要靠得很近：想想太阳和月亮对地球的影响。布丰相信，在生命科学中，可以作出同样的假定。
当思路不畅时，布丰偶尔也会即兴发挥。他从胚胎这一长期存在的问题着手。布丰采纳某些人主张的理论，认为胚胎是在子宫里由雄性和雌性精液混合形成的（尽管今天听起来有点奇怪，当时雌性精液却是常用之词）。受时代局限，他作了这样的推理：精液是由“有机粒子”构成的，它们可能来自食物，也可能来自大气，因为那里充满了微小的生命粒子。他解释说，一旦这些粒子进入精液，随后它们就会自行组成胚胎的复杂结构。然而，这些粒子怎么“知道”组成某一特定物种，而不是另一种呢？
在这里，布丰试图围绕一个旧观念来做新文章，这一旧观念就是柏拉图的永恒“本质”，但不太成功。这就是说，理想形式存在于时间和空间之外，与特定的表现无关。布丰认为，每一物种都对应一个“内在模式”，它通过某种方式指导粒子进入它们恰当的位置。（这个“内在模式”是什么？它是怎么来的？实际上又是怎样操纵粒子到位的？布丰从未给出令人满意的解释。）作为这一内在模式的产物，物种是“固定的”。每个物种都是特定模式的确定和特殊产物，内在模式从最初起就存在于宇宙之中。模式决定一种生物体的全部细节，使无序的有机粒子形成具有特殊性状的动物或植物。布丰甚至想到，这些事先存在的模式会在其他行星上产生同样的物种，与地球上的物种完全相同，如果恰当的温度和其他环境要求都得到满足的话（这在当时可是一种激进思想）。在他的“内在模式”假说中，布丰还是与那些更激进的唯物主义者有所不同，他们认为，所有生命的起源都是自然发生的结果——是随机的，完全由环境决定。
但是，尽管布丰坚持永恒观念，但他也意识到，物种看来是会变的。在他的观察过程中，他注意到，例如，存在退化的器官，它们发育不全，而且显然毫无用途。他写道：“猪，看来并未体现原初特殊和完善的计划，因为它是其他动物的混合物：它具有明显无用的部分，或者有的部分派不上任何用场，它的脚趾骨骼发育完全，然而全然无用。”这些“无用的部分”似乎暗示在物种中存在不完美性。如果每个物种都从一开始就发育完善，而且自那以后从未变化过，那么，为什么现在会存在这些不完善呢？他解释说，这个对环境作出回应的过程，就是“退化”。但是布丰也相信，只要引起退化的环境影响消失，那么，物种就会回到它的原始形式。这里，他再次和后来的进化论有所区别，进化论把这些变化看成是一系列连续变化的一部分，而不是临时或者可逆的变化。
布丰的遗产
布丰富有挑战性，文笔优美，是一位相当有影响力的科普作家，其影响不仅面向当时的年轻动物学家，而且还有整个公众阶层。他的著作大部分是由专论组成，内容涉及各种哺乳动物，既有科学价值，也有文学价值。尽管他的不少思想洋洋洒洒大而无当，但针布丰清晰的描述和浩瀚的著作，包括他对《百科全书》的贡献，留下了丰富的遗产，尽管他的哲学立场往往很难界定。对林奈的过于拘泥细节而言，他的这种居高临下式的手笔却能带来启发。他拒绝物种演变思想，坚定地否定任何这种可能性；但是他所收集的事实似乎又与他支持的“物种固定”论相悖。事实上，达尔文把布丰看成是“当代以科学精神来论述物种起源的第一位作者”。
