元世祖忽必烈（1215—1294），在位三十五年，享年八十岁。世祖朝是元代政治文化体制的草创时期，以忽必烈为代表的蒙古进步势力顺应潮流，吸收和借鉴汉地的统治方式，建立了统一的元王朝。同时，宫廷内忽必烈与宗王、贵族，汉法派儒臣与理财大臣，蒙古旧俗与汉地政治文化，以及中书省与御史台等矛盾冲突交织在一起，贯穿世祖朝始终。
一 忽必烈与阿里不哥汗位之争的背景
1259年阴历七月，蒙哥汗病死于征宋战争前线。由于蒙哥汗生前并没有指定汗位的继承人，加之蒙古汗位继承制度不完善，蒙古帝国内部一场汗位争夺的斗争在所难免。我们首先观察一下此一时期蒙古成吉思汗黄金家族内部几股主要的政治军事势力。成吉思汗诸弟建立的东道诸王兀鲁思始封地在大兴安岭西麓，蒙古国时期东道诸王也不断向东扩展自己的兀鲁思，但由于东道诸王兀鲁思临近中央兀鲁思、蒙廷对东北的经略以及对诸王食邑封地特权的限制等原因，东道诸王的势力进一步扩展的空间不是很大，并且始终处于蒙古大汗的控制之下。另外，成吉思汗之后的四任大汗，其汗位一直留在成吉思汗的直系子孙当中。因此东道诸王此时还不具备夺取汗位的实力和政治基础。
成吉思汗诸子建立的西道诸王兀鲁思中，窝阔台兀鲁思和察合台兀鲁思的势力在蒙哥汗在位时期已大为削弱。蒙哥汗即位后对参与政变的窝阔台家族和察合台家族的成员进行了清洗，尤其是窝阔台家族，其所统领的大部分军队基本上都被大汗剥夺，可以说窝阔台兀鲁思此时已经基本上瓦解了。察合台兀鲁思的领地原来包括从阿尔泰山到河中地区（中亚锡尔河和阿姆河流域以及泽拉夫尚河流域，包括今乌兹别克斯坦全境和哈萨克斯坦西南部）的广大地域，蒙哥汗虽然保留了察合台兀鲁思，却把河中地区交给术赤兀鲁思的首领拔都进行统治，这样察合台兀鲁思的领地就大为缩小。蒙哥汗在位时期，察合台兀鲁思长期由察合台长孙哈剌-旭烈兀的妻子兀鲁忽乃哈敦统治。
可以说此时在西道诸王中最有实力夺取大汗之位的是术赤家族。术赤兀鲁思的领地极为辽阔。据载，“成吉思汗把也儿的石河和阿勒台山一带的一切地区和兀鲁思以及四周的冬、夏游牧地都赐给了术赤汗管理，并颁降了一道务必遵命奉行的诏敕，命令[术赤汗]将钦察草原诸地区以及那边的各国征服并入他的领地。他的禹儿惕在也儿的石河地区，那里为其京都所在地”。不过，术赤在成吉思汗时代并没有完成对钦察草原诸地区的征服。1236年，窝阔台汗命术赤长子拔都率各宗室的长子西征，至1240年，先后征服了钦察草原、克里木、高加索（到打耳班）、保加尔（保加利亚）和伏尔加河、奥卡河地区，以及第聂伯河流域的俄罗斯各公国。被征服的这一广大地区并入了拔都的兀鲁思。从1242年以后，拔都兀鲁思称金帐汗国。
窝阔台汗死后，拔都成为成吉思汗后裔中的最长者，这样拔都就在蒙古帝国内拥有极高的地位和实力。由于拔都与贵由素有矛盾，拔都竟公然挑战后者的权威，拒不参加选举贵由为汗的忽里台大会。不过，拔都与贵由汗的矛盾却因贵由汗突然去世而没有诉诸战争。随后，拔都一手把拖雷的长子蒙哥推上了大汗的宝座。蒙哥汗时期，拔都的势力得到进一步的发展。不过，在蒙哥汗登上汗位后不久，拔都就去世了，之后受命做他继承人的儿子撒里答和兀剌黑赤也相继去世。在蒙哥汗去世之时，拔都的弟弟别儿哥执掌术赤兀鲁思，并且照旧与拖雷家族保持着真诚的友谊，遵循着忠诚、善意和团结之道而行。可能正因如此，在蒙哥汗死后，别儿哥才没有夺取汗位的企图。另外，别儿哥统领的术赤兀鲁思远离蒙古本土，这必然会加剧其离心的倾向，而他对于参与蒙廷事务的热情也逐渐减退。综上所述，在蒙古的第四任大汗蒙哥汗死后，最有实力的拖雷家族应该会继续执掌大汗之位。
蒙哥汗死后，在拖雷家族内部最有实力的是蒙哥汗的三个同胞弟弟，即阿里不哥、忽必烈和旭烈兀。蒙哥汗即位后，曾派他的两个弟弟忽必烈、旭烈兀去征服东方和西方，委以重任。前已述及，忽必烈受命后主要是总领漠南汉地军事，为征伐南宋做准备，同时为实现从西南面包抄南宋的目标，忽必烈还统兵征服了大理。而旭烈兀则受命出镇波斯，征伐中亚、西亚尚未降附的地区。到1259年秋，旭烈兀大军已征服了统治中心分别在祃拶答而（在今伊朗马赞德兰省）和报达（即今伊拉克巴格达）的亦思马因派宗教王国和阿拔思王朝，并且兵分三路攻入叙利亚。1260年初叙利亚首府大马士革的官员献城投降。此时旭烈兀才得知蒙哥汗的死讯，率军回波斯。
不管旭烈兀是否有意夺取汗位，没等旭烈兀返回漠北，忽必烈和阿里不哥已经分别即位并展开了争夺汗位的斗争。于是在蒙古本土和汉地都没有雄厚政治军事基础的旭烈兀便放弃了争夺汗位的努力，在中亚、西亚建立了自己的统治。与旭烈兀不同，与蒙哥汗一起统兵征伐南宋的忽必烈与留守漠北的阿里不哥都在第一时间获悉了蒙哥汗的死讯，都具备争夺汗位的实力和政治基础。忽必烈手中握有征伐南宋的东路大军，其中主要包括东道诸王、五投下（即蒙古札剌亦儿、兀鲁兀、忙兀、弘吉剌、亦乞列思五部）和汉世侯的军队。阿里不哥在蒙哥汗南征期间，以拖雷幼子的身份主持大兀鲁思，管理留守军队和诸斡耳朵。（内蒙古社会科学院历史所《蒙古族通史》上册，民族出版社，1991年；陈得芝主编《中国通史》第八卷）
二 忽必烈与阿里不哥筹备争夺汗位
据文献记载，在蒙哥汗死后，留守漠北的阿里不哥为争夺汗位首先行动起来。他控制了蒙哥汗原来统领的一部分征宋西路军，在川、蜀、陇一带发展自己的势力，同时派亲信阿蓝答儿发兵漠北诸部，脱里赤括兵于漠南诸州，而阿蓝答儿乘传调兵，距离忽必烈在漠南的幕府所在地开平仅百余里。一开始形势似乎朝着有利于阿里不哥的方向发展。不过，正在征宋战争前线的忽必烈在得知蒙哥汗死讯后并没有急于撤兵，而是继续对南宋发动进攻。忽必烈与一起统兵征宋的蒙古札剌亦儿部首领霸都鲁进行了商议，并宣告：“我们率领了[多得]像蚂蚁和蝗虫般的[大]军来到这里，怎能因为谣传便无所作为地回去呢？”于是，忽必烈率领大军首先突破了南宋的淮西防线，进逼南宋长江南岸的重要据点鄂州。1259年阴历九月，忽必烈的异母弟穆哥自合州钓鱼城派遣的使者来到忽必烈的大帐，告知了蒙哥汗去世的消息，并请忽必烈马上北归以控制蒙古政局。穆哥的母亲同时又是忽必烈的乳母，忽必烈与穆哥之间有着深厚的感情，所以忽必烈对于穆哥传来的消息应该是深信不疑的。不过忽必烈却认为“吾奉命南来，岂可无功遽还”，于是率领大军渡长江，进攻鄂州。
此时，由于蒙古西路征宋军的撤退，南宋在西线的防御军迅速增援鄂州，使得鄂州城愈加难以攻破。另外，忽必烈的正妻察必的急使和她营中的大臣太丑台和也苦，带来了阿里不哥在各地抽调士兵的消息，并传达了一句隐晦的谚语：“大鱼的头被砍断了，在小鱼中除了你和阿里不哥以外，还剩下谁呢？你回来好不好？”这时忽必烈终于决定撤兵北返。忽必烈同时派军队接应兀良合台统率的征宋南路军，使其顺利北撤与忽必烈所统军合并，这样忽必烈所统军的力量有所增强。兀良合台所统军由今越南境内以及广西、湖南北上，不过由于长驱直入，损失惨重。
为与阿里不哥争夺汗位，1259年阴历十一月，忽必烈匆忙与南宋右丞相贾似道议和后北返，同时命霸都鲁和兀良合台留驻在征宋前线。忽必烈在得知蒙哥汗的死讯后，迟迟不从征宋前线北还奔丧，一方面的原因当然是忽必烈自己所宣称的蒙军大举南下，不能无功而返，但是自己的哥哥、蒙古大汗去世，回去奔葬难道就不重要吗？忽必烈欲夺取军功的解释不免有些牵强。从当时的大背景来看，忽必烈欲借南征牢牢控制征宋东路军和南路军，且不愿返回由阿里不哥控制的漠北本土，才是他迟迟不愿从征宋前线撤兵的真正原因。
当忽必烈北返至黄河岸边的原金朝南京（今河南开封市）时，他根据沿途的所见所闻，已经确知阿里不哥派亲信脱里赤和阿蓝答儿在各地征索军队的情况。于是忽必烈派出急使去责问阿里不哥。这时阿里不哥在亲信脱里赤的建言下，欲安抚忽必烈，“便派出一个万夫长和使者们一起，带着五头海青作为[送给忽必烈]的礼物，让[他们]去对[忽必烈]说，他将去[忽必烈处]问候，还[指示]他们同脱里赤那颜一起，向忽必烈说些甜言蜜语，使他感到安全，很快放心下来”。同时使者们还向忽必烈禀告说阿里不哥已经停止了征发士兵的行为。忽必烈说：“既然你们已解释了这些无谓的谣言，那就一切太平无事了。”于是假装满意地放阿里不哥的使者们走了。其实忽必烈此时早已明白阿里不哥的真实意图，派出急使前往驻守在鄂州附近的霸都鲁和兀良合台处，向他们说：“立即从鄂州撤围回来，因为人生的变化犹如命运的旋转。”当急使们到达那里时，宗王塔察儿、也松格和纳邻-合丹已经回去了，霸都鲁和兀良合台还和军队一起驻留在那里，他们接到命令后马上率兵北返朝见忽必烈。1259年阴历闰十一月下旬，忽必烈抵达燕京，此时阿里不哥的亲信脱里赤还在燕京一带征调士兵，于是忽必烈诘问脱里赤，并果断下令将脱里赤所征集的士兵全部遣散。统领着大部分汉地军阀的军队，在汉地有着深厚政治、军事基础的忽必烈，在与阿里不哥争夺汉地控制权方面并没有费多大力气。
阿里不哥得知忽必烈已知道自己的图谋，便对身边的人说道：“既然忽必烈对我们的计谋已有所闻，最好把住在各禹儿惕和自己家里的宗王、异密们召集起来，找一处偏僻地方，把继位问题解决了吧！”他们商议之后，便向各方面派出急使召集宗王参加忽里台大会，不过很多宗王都找借口没有与会。因为来的人不多，阿里不哥再次与大臣们商议，他说道：“最好再次派遣急使到忽必烈处，用假话骗住他，让他放心无虑。”他们便再次派出使节通知说，为了举行蒙哥汗的丧礼，务请忽必烈和全体宗王都来。他们企图在这些人前来时，把他们全部抓住。当阿里不哥的使节到达忽必烈所在的燕京城时，支持忽必烈的宗王塔察儿、也松格、纳邻-合丹和其他万夫长们恰巧也从各地汇集到燕京来朝见忽必烈。
据《史集》记载，汇集到燕京的宗王们一致认为为蒙哥汗举行丧礼是件大事，应当而且必须参加，不过阿里不哥没等上述宗王到来，就自行在漠北牙亦剌黑-阿勒台地方称汗。其实不然，据相关史料记载，忽必烈在谋臣的建言下，在阿里不哥称汗之前抢先在开平即位。正如忽必烈的藩府大臣廉希宪所言，“安危逆顺，间不容发，宜早定大计”。忽必烈的另一位谋臣商挺也说：“先发制人，后发人制，天命不敢辞，人情不敢违，事机一失，万巧莫追。”（《元朝名臣事略》卷七《平章廉文正王》；《元朝名臣事略》卷十一《参政商文定公》）
其实在此之前，忽必烈已经为拉拢宗王、准备忽里台选汗会议做了细致的准备工作。在忽必烈召集、笼络的诸王中地位最高，最有影响的莫过于东道诸王，尤其是被誉为东道诸王之长的斡赤斤家族的首领塔察儿。在忽必烈统兵征宋期间，塔察儿隶属忽必烈帐下，两人之间有着甚为密切的交往。在忽必烈北返后，塔察儿也返回自己的营地。由于塔察儿与汉地世侯李璮有着紧密的联系，且被誉为蒙古黄金家族的东道诸王之长，因此塔察儿在这场汗位之争中的动向至关重要。
忽必烈早在从征宋前线返回之时已经认识到了塔察儿态度的重要性。谋臣郝经在《班师议》中向忽必烈指出：“宋人方惧大敌，自救之师虽则毕集，未暇谋我。第吾国内空虚，塔察（即塔察儿）国王与李行省肱髀相依，在于背胁。西域诸胡窥觇关陇，隔绝旭烈（即旭烈兀）大王。病民诸奸各持两端，观望所立，莫不觊觎神器，染指垂涎。一有狡焉，或启戎心，先人举事，腹背受敌，大事去矣。”即是说宋人暂时不足为虑，塔察儿大王和盘踞山东一带的汉世侯李璮“肱髀相依”、势力很大，旭烈兀大王远征未返，各种政治势力均处于观望的状态，这种情况下如果不早定大计，让阿里不哥率先行动起来，又或争取不到塔察儿大王的支持，很可能会“腹背受敌，大事去矣”。于是忽必烈把争取塔察儿的支持放到了至关重要的位置。郝经在给南宋丞相贾似道的书信中又说：“纵彼（阿里不哥）小有侵轶，则塔察国王一旅，足以平荡。其余三十余王，犹卷甲牧马，从容营卫。”意纵使阿里不哥南下侵扰，诸王塔察儿一支的兵力就足可以平定之，况且还有其余三十多宗王严阵以待。郝经的言论当然有夸张的成分，但却足可以说明塔察儿大王当时的实力和地位。（《元文类》卷十三《班师议》；《陵川集》卷三十八《复与宋国丞相论本朝兵乱书》）
于是，忽必烈命廉希宪赐膳宗王塔察儿，借以拉拢。在廉希宪的建言下，塔察儿同意承担推举忽必烈为汗的任务，即“许以身任其事”。在这一过程中，塔察儿的王傅官撒吉思发挥了重要的作用。当时撒吉思“驰见塔察儿，力言宜协心推戴世祖，塔察儿从之”。（《元史》卷一百二十六《廉希宪传》；《元史》卷一百三十四《撒吉思传》）
东道诸王塔察儿在这场汗位之争中之所以能站到忽必烈这边，一方面是忽必烈竭力拉拢的结果，另一方面也与塔察儿及其谋臣对当时政局的判断有关。在对政局的判断中，塔察儿不仅看到忽必烈与阿里不哥之间实力的对比，其个人与这两个政治集团的关系也是他首要考虑的内容。前已述及，蒙哥汗统治后期，塔察儿与蒙哥汗之间产生了矛盾。1257年，蒙哥汗曾任命塔察儿统领东路蒙古军攻打南宋，不料塔察儿在首战不利的情况下撤兵回到自己的营地。结果蒙哥汗大怒，扬言要惩罚塔察儿，同时不得不重新起用忽必烈率领东路军攻宋。蒙哥汗的突然死去使塔察儿幸免受罚。在蒙哥汗死后，留守漠北的阿里不哥恰是蒙哥汗既定政治方针的代表，阿里不哥身边的大臣基本上都来自蒙哥汗原有的亲信。蒙哥汗对塔察儿惩罚的诏令此时也多少让塔察儿有些不安，所以面对同样曾失势于蒙哥汗且主动结交自己的忽必烈，塔察儿果断站到忽必烈一方。另外，忽必烈在经营漠南汉地及统领东道诸王征宋期间可能早已与以塔察儿为首的东道诸王建立了密切的关系。（杉山正明《忽必烈政权与东方三王家——再论鄂州之役前后》）
三 忽必烈和阿里不哥分别称汗
为应对阿里不哥准备在漠北称汗的企图，中统元年（1260）春三月，由忽必烈自己召集的忽里台贵族会议在忽必烈藩府所在地开平举行。在与会的蒙古东、西道宗王中，以塔察儿为首的东道诸王是主流，与会的西道诸王不仅数量少，而且不具备代表性。在此次忽里台选汗会议上，塔察儿率领东道诸王率先劝进忽必烈即位。忽必烈礼节性地三次表示退让。在诸王、大臣的坚决请求下，忽必烈即大汗之位，时年四十六岁。据《史集》记载，这些蒙古宗王、贵族经商议后一致认为，“旭烈兀汗已去到大食（阿拉伯人）地区，察合台的子孙在远方，术赤的子孙也很遥远。与阿里不哥[勾结在一起]的人做了蠢事……如果如今我们不拥立一个合罕（皇帝），我们怎么能生存呢？”这说明在蒙古帝国内部已形成了忽必烈与阿里不哥两大对立利益集团。
中统元年阴历四月，阿里不哥在漠北匆忙称汗。与忽必烈相比，阿里不哥更多地得到了西道诸王的支持。可以说忽必烈的突然称汗打乱了阿里不哥的部署，因为身在漠北并主持蒙古国事务的阿里不哥起初并没有料到忽必烈的行动会如此果断、迅速。同时，阿里不哥也是蒙古旧俗、旧制的代表，长期留居漠北使他在固守蒙古旧制方面显然比忽必烈做得好多了。蒙哥汗时期忽必烈统领漠南汉地的军国重事，在儒臣谋士的辅佐下，在汉地开始了改革蒙古旧俗、以汉法治汉地的尝试。可以说，忽必烈的改革措施早已为许多守旧的蒙古诸王所不满，故忽必烈与阿里不哥的汗位之争在一定意义上也是革新与守旧两种势力之间的较量。（杉山正明《忽必烈政权与东方三王家——再论鄂州之役前后》；孟繁清《试论忽必烈与阿里不哥之争》，《元史论丛》第二辑）
忽必烈和阿里不哥在漠南和漠北分别即位后，首先展开了外交上的较量。参与拥立忽必烈为汗的蒙古宗王们指派一百名急使到阿里不哥等处宣布：“我们这些宗王和异密们，商议之后，已一致拥立忽必烈合罕为合罕。”结果，这一百名急使被阿里不哥囚禁了起来。忽必烈即位后，为了与阿里不哥争夺对察合台汗国的控制权，任命察合台的后裔阿必失合为察合台汗国的首领，并送他去接管察合台汗国，阿必失合的长兄纳邻-合丹也被派遣随同阿必失合前往。当阿必失合、纳邻-合丹到达西夏境内时，他们被阿里不哥派来的急使追上，结果他们同上述一百名急使一起被囚禁在漠北和林城。为了争取更多的支持，阿里不哥也分别遣使到各地颁降诏旨，宣谕道：“旭烈兀汗、别儿哥和宗王们已同意并宣布了我为合罕，不要听忽必烈、塔察儿、也松格、也可-合丹和纳邻-合丹的话，也不要服从他们的命令。”兄弟二人曾经派出许多急使进行谈判和交涉。不过，双方都互不相让，只有诉诸武力。
四 忽必烈与阿里不哥争夺汗位的战争
从当时的形势来看，阿里不哥所统军主要是漠北大部分蒙古千户的军队，以及散处在秦、蜀、陇一带原来随从蒙哥汗征宋的部分军队。忽必烈统领的主要是蒙古征宋的东路军、南路军以及其他一些蒙古东道诸王、五投下、汉世侯的军队，据守着漠南汉地广阔的农耕地区。与据守漠北的阿里不哥相比，忽必烈所掌握的人力、物力资源占有绝对优势，尤其是蒙古东道诸王和五投下军团，更是具有极强的战斗力。正如忽必烈的谋臣郝经所言，忽必烈“奄有中夏，挟辅辽右、白霫、乐浪、玄菟、秽貊、朝鲜，面左燕、云、常、代，控引西夏、秦陇、吐蕃、云南”，“倍半于金源，五倍于契丹”，而阿里不哥所守地“地穷荒徼，阴寒少水，草薄土瘠，大抵皆沙石也”。不仅如此，忽必烈卓越的军事才能及其笼络的一大批儒臣谋士也是阿里不哥阵营所无法比拟的。（《陵川集》卷三十八《复与宋国丞相论本朝兵乱书》）
面对与阿里不哥的战事，以漠南汉地为基础的忽必烈首先做的就是牢牢掌握汉地的控制权。此一时期汉地分布着众多据地自守的军阀，即汉世侯。汉世侯在归附蒙廷的同时又割据一方，享有较大的特权。中统元年五月，忽必烈下令设立十路宣抚司，即燕京路、益都济南等路、河南路、北京等路、平阳太原路、真定路、东平路、大名彰德等路、西京路、京兆等路。十路宣抚司是忽必烈临时派往地方代表朝廷宣谕一方的机构，具有明显的监司性质。忽必烈主要任命自己亲信的藩邸旧臣担任十路宣抚使，这样十路宣抚司就在监控汉地，调集汉地人力、物力资源等方面发挥着重要的作用。
忽必烈与阿里不哥之间的战事首先在陕西、四川、甘肃一带爆发。这一带的军队多为原蒙哥汗统领的征宋军队，蒙哥汗死后，这些军队中有的支持阿里不哥，有的支持忽必烈，也有的持观望态度。不过上述地区也是忽必烈经营多年的根据地，蒙哥汗曾将京兆之地分封给忽必烈，忽必烈奏准设立京兆宣抚司统管京兆之地和整个川陕地区。早在从鄂州征宋前线北返途中，忽必烈便采纳谋臣廉希宪的建议派赵良弼前往关右了解情况。忽必烈即位伊始，又任命八春、廉希宪、商挺为陕西四川等路宣抚使（即京兆等路宣抚使），赵良弼为参议。其中廉希宪、商挺、赵良弼本来就是蒙哥汗时期忽必烈奏准设置的京兆宣抚司的负责官员，对这一带的情况颇为熟悉。廉希宪等就任后审时度势、恩威并重，分化敌对势力，迅速控制了陕西、四川的形势，接管了大批的军队。与此同时，阿里不哥也派军队增援该地。中统元年九月，阿里不哥与忽必烈的军队在今甘肃山丹县的耀碑谷展开决战。结果，忽必烈阵营大获全胜并斩杀阿里不哥军队统帅阿蓝答儿和浑答海。（《元史》卷一百二十六《廉希宪传》；《元史》卷四《世祖本纪一》）
在进行西线作战的同时，忽必烈还主动出击，进攻漠北。约在中统元年夏秋之交，忽必烈亲自督军进攻漠北统治中心和林。双方军队战于漠北巴昔乞之地，这一次阿里不哥的军队又遭惨败，阿里不哥被迫率军从和林逃到乞儿吉思地区（位于今叶尼塞河下游）。在逃走之前，阿里不哥将所囚禁的来自忽必烈一方的前述两位宗王和一百名急使全部杀掉了。其实，忽必烈军队的获胜也在情理之中，除去人数众多、英勇善战、纪律严明外，他的大军还有着十分充足的后勤保障，能够持久作战。而漠北的阿里不哥军队失去了汉地物资供应，开始面临着严重的给养困难，这在和林城中表现得特别明显。和林城的饮食通常是用大车从汉地运来的，当忽必烈封锁了从汉地通往和林的运输后，那里便开始了大饥荒，物价飞涨。阿里不哥陷入了绝境，他说道：“最好是让早就担任宫廷职务，通晓各种事情、法度、规矩的察合台的儿子拜答儿的儿子阿鲁忽去掌管自己祖父的首邑和他的兀鲁思，以便把武器和粮食送来援助我们，并守卫质浑河（即阿姆河）边境，使旭烈兀的军队和（术赤兀鲁思首领）别儿哥的军队不能从那方面前来援助忽必烈。”于是阿里不哥便把阿鲁忽遣送回去，任命他执掌察合台汗国。不过，事与愿违，阿鲁忽执掌察合台汗国后，开始不听阿里不哥的命令，并逐渐倒向忽必烈的阵营。
当忽必烈到达和林时，擒获了阿里不哥的全部四个斡耳朵和一些蒙古勋贵的斡耳朵，忽必烈将他们遣回并令其驻扎在各自的营地。那年冬天，忽必烈在汪吉-沐涟（今蒙古国翁金河）附近过了冬。这时惊魂未定的阿里不哥带着瘦弱饥饿的军队驻扎在谦谦州（位于今唐努山以北、叶尼塞河上游流域）边境，由于害怕忽必烈追击，阿里不哥派出急使请求忽必烈的饶恕，说道：“我们这些弟弟有罪，他们是出于无知而犯罪的，[你]是我的兄长，可以对此加以审判，无论你吩咐我到什么地方，我都会去，决不违背兄长的命令。我养壮了牲畜就来[见你]，别儿哥、旭烈兀和阿鲁忽也将前来，我正在等待他们的到来。”忽必烈听罢高兴地说：“浪子们现在回头了，清醒过来，聪明起来，回心转意了，他们承认自己的过错了。”于是他回答说：“旭烈兀、别儿哥和阿鲁忽到那里时，让他们立即派急使来，他们的急使一到，我们就可以确定一下应当在何处聚会，首先应当让他们守信用，如果你们在他们到达之前就来，那更好。”这时忽必烈遣散了宗王的军队，让他们各自回到自己的分地，并命令东道诸王移相哥率十万军队留守和林，自己则在哈剌温-只敦地方他的帐殿里停驻下来。
在取得对阿里不哥作战的胜利后，整个蒙古帝国的形势发生了巨大的变化，驻守在中亚、西亚的旭烈兀和察合台兀鲁思的首领阿鲁忽都倾向于支持忽必烈，他们各自向忽必烈派出了使节，而忽必烈也派出使节以拉拢旭烈兀和阿鲁忽。忽必烈说道：“从质浑河岸到密昔儿的大门（今尼罗河），蒙古军队和大食人地区，应由你，旭烈兀掌管，你要好好防守，以博取我们祖先的美名。从阿勒台（即阿尔泰山）的彼方直到质浑河，可让阿鲁忽防守并掌管兀鲁思和各部落。而从阿勒台的这边直到海滨，则由我来防守。”这时，术赤兀鲁思的首领别儿哥也向忽必烈和阿里不哥双方派去了使节，劝他们和解。然而阿里不哥只是假意议和，其真正的用意是积蓄力量，等待时机。约在1261年秋，阿里不哥之军伪装投降戍守漠北的移相哥，趁移相哥放松警惕之时，对移相哥的军队发动突然袭击，结果阿里不哥之军大败移相哥的军队，横扫漠北，直指漠南。忽必烈闻讯后，迅速调集大量军队应战。十一月，双方军队在昔木土脑儿展开决战，忽必烈军队重创阿里不哥之军，阿里不哥率领残部向北逃窜。这时忽必烈却说：“不要去追他们，他们都是些不懂事的孩子，[应当]使他们明白过来，后悔自己的行为。”十天之后，蒙哥汗的儿子阿速带率兵去支援阿里不哥。趁忽必烈的军队撤退之际，阿里不哥与阿速带商议好，折军回去，在失烈延塔兀之地与忽必烈军队遭遇。这场战争进行得非常惨烈，双方士兵由于路途遥远急速行军而大量死亡。同年冬天，双方均把军队撤到了自己的控制区，以养精蓄锐。
到1262年，阿里不哥与察合台汗国的首领阿鲁忽之间又爆发了战争。靠阿里不哥扶植而成为察合台汗国首领的阿鲁忽到任后，致力于强化自己在察合台汗国的统治，同时派军夺取术赤兀鲁思占据的撒麻耳干、不花剌和河中地区。这时，阿里不哥派来的使节到察合台汗国征集了大量的牲畜、马匹和武器。阿鲁忽眼红这批财物，便以各种借口加以扣留。于是阿里不哥的使者扬言：“这批财物是我们奉阿里不哥诏命征收的，与阿鲁忽有什么相干？”此话触怒了阿鲁忽，于是他命令把这些使节抓起来，夺回了那批财物。这种情形下，阿鲁忽为了自保，开始倒向忽必烈。正如阿鲁忽的大臣所言：“你（阿鲁忽）既已干出这样的罪行，[你]就失去了阿里不哥这样的靠山，尤其是兀鲁忽乃哈敦（即阿鲁忽之前察合台汗国的统治者）早已去[向他]告了状。我们经受不住他的责备和愤怒。因为我们已起来反对他，那我们就只好去归顺[忽必烈]合罕。”于是他们把阿里不哥的使节杀掉了。
阿里不哥听到这件事以后，极为愤怒，于是他就出兵去攻打阿鲁忽去了。这时，忽必烈统军趁机再次征服了漠北的和林城。当忽必烈准备去追击阿里不哥之时，忽必烈控制的汉地爆发了以汉世侯为首的叛乱，于是忽必烈迅速南下燕京。
阿鲁忽在与阿里不哥的战争中，先胜后败。阿里不哥获胜后，经常举行宴饮，杀害和劫掠忽必烈的臣民，并凌辱他们。这时，阿里不哥的跟随者一个个找借口离开了他，他们说：“他（阿里不哥）如此残酷地糟蹋成吉思汗征集起来的蒙古军队，我们怎能不感到愤怒而离开他呢？”就在1263年冬天，阿里不哥的军队大部分走掉了，其中跟随阿里不哥的蒙哥汗的儿子玉龙答失，率领很多千户长归附了忽必烈。这样阿里不哥身边只有阿速带及少数军队。当阿鲁忽得知阿里不哥势力衰弱，便出兵攻打他，阿里不哥已经走投无路。
五 阿里不哥的归降
至元元年（1264）七月，阿里不哥归降忽必烈。在阿里不哥抵达忽必烈驻地以后，忽必烈随即降旨集合了很多军队，然后命他进见。按照惯例，在此场合下，罪人的肩上要披上大帐的门帘觐见，阿里不哥就这样披盖着去见忽必烈。过了一会，他得到允许进入帐殿，但被拦住，站到了必阇赤所在的地方。身为同胞兄弟的忽必烈与阿里不哥此时都颇为难过，阿里不哥哭了起来，忽必烈也流下了眼泪。忽必烈擦去眼泪问道：“我亲爱的兄弟，在这场纷争中谁对了呢，是我们还是你们呢？”阿里不哥回答：“当时是我们，现在是你们。”看来阿里不哥仍坚持认为自己即位得到了众多蒙古宗王的支持，是合乎蒙古制度的。但胜者为王，败者为寇，在众多宗王纷纷倒向忽必烈，自己走投无路的情况下，自己理所当然是过错者了。在塔察儿的请求下，忽必烈赐座给阿里不哥，命他和宗王们同坐。于是众人就开始宴饮起来。
第二天早晨，忽必烈的大帐中聚集了大臣和宗王们，开始审讯阿里不哥的追随者。结果阿里不哥的十个大臣被处死，一些跟随他的宗王则被流放。几天后，忽必烈想接着审讯阿里不哥，但阿里不哥毕竟是自己的同胞兄弟，是蒙古黄金家族的成员，为防止激起宗王们，尤其是黄金家族成员的不满，忽必烈没有轻易审讯阿里不哥。为此他等待同胞兄弟旭烈兀、术赤兀鲁思首领别儿哥和察合台兀鲁思首领阿鲁忽的到来，但由于路途遥远，他们迟迟未到。于是在忽必烈的授意下，东道诸王塔察儿等宗王以及蒙汉大臣们便聚在一起，审讯了阿里不哥以及跟随他的蒙哥汗之子阿速带。宗王、大臣们商议：“我们应如何看待阿里不哥和阿速带的罪行呢？看在合罕（忽必烈）面上，赐他们活命吧。”忽必烈派一些急使到旭烈兀、别儿哥、阿鲁忽处将审讯的结果告知他们，并咨询他们的意见，旭烈兀和别儿哥均表示同意，并准备前去忽必烈处出席忽里台大会，只原由阿里不哥扶植即位的阿鲁忽提出了条件，他说：“我也是未经合罕和兄长旭烈兀同意继承察合台之位的，现在全体宗亲们聚集在一起，正可判定我当否[继位]，如果同意我[继位]，我才可发表意见。”可是没等到旭烈兀、别儿哥、阿鲁忽到来，1265年的秋天，阿里不哥就病死了。忽必烈准备召开的由蒙古帝国内部各支主要势力参加的忽里台贵族会议一直没有举行，而没多久，旭烈兀、别儿哥、阿鲁忽都死去了。
