刘知几使用“上古”这个时间概念以及评论上古史学时，一般都限于先秦时期，绝不包含秦汉以后的作品。然而，刘知几在使用“中古”（或称“中叶”、“中世”、“中代”等）这个时间概念时，没有保持概念外延的逻辑的一致性。刘知几所谓“中吉”，主要指两汉史学，有时也指东周列国时期，间或也波及魏晋南北朝时期。后一种情况，我们在第5节里曾举例说明，现在来看看第二种情况。《书事》篇说：“亦有言或可记，功或可书，而纪阙其文，传亡其事者。何则？始自太上，迄于中古，其间文籍，可得言焉。夫以仲尼之圣也，访诸郯子，始闻少嗥之官；叔向之贤也，询彼国侨，载辨黄能之崇。或八元才子，因行父而获传；或五段大夫，假赵良而见识。则知当时正史，流俗所行，若《三坟》、《五典》、《八索》、《九丘》之书，虞、夏、商、周春秋、祷杌之记，其所缺略者多矣。”《杂述》篇说：“在昔《三坟》、《五典》、春秋、祷杌，即上代帝王之书，中古诸侯之记。行诸历代，以为格言。其余外传，则神农尝药，厥有《本草》；夏禹敷土，实著《山经》；《世本》辨姓，著自周室；《家语》载言，传诸孔氏。是知偏记小说，自成一家。而能与正史参行，其所由来尚矣。”从这两段材料看来，刘知几所谓“中古”是指东周列国时期，显然，它是属于上吉史学的一个阶段。这种情况说明刘知几的中古史学分期并不十分严密，需要仔细阅读上下文才能辨别确切的时期。尽管有这种偶然例外的情况，我们说刘知几所谓“中古”，主要是指两汉史学，基本上还是符合《史通》实际的。
刘知几认为“中古”是史学的一个转折时期，转折体现在文体和文风的变化上。《载文》篇指出：“爰洎中叶，文体大变，树理者多以诡妄为本，饰辞者务以淫丽为宗。譬如女工之有绮毅，音乐之有郑、卫。盖语日：不作无益害有益。至于史氏所书，固当以正为主。是以虞帝思理，夏后失御，《尚书》载其元首、禽荒之歌；郑庄至孝，晋献不明，《春秋》录其大隧、狐裘之什。其理谠而切，其文简而要，足以惩恶劝善，观风察俗者矣。若马卿之《子虚》、《上林》，扬雄之《甘泉》、《羽猎》，班固《两都》，马融《广成》，喻过其体，词没其义，繁华而失实，流宕而忘返，无裨劝奖，有长奸诈，而前后《史》、《汉》皆书诸列传，不其谬乎！”《叙事》篇也表示了类似的意见：“昔文章既作，比兴由生，鸟兽以媲贤愚，草木以方男女，诗人骚客，言之备矣。洎乎中代，其体稍殊，或拟人必以其伦，或述事多比于古。当汉氏之临天下也，君实称帝，理异殷、周；子乃封王，名非鲁、卫。而作者犹谓帝家为王室，公辅为王臣。盘石加建侯之言，带河申俾侯之誓。而史臣撰录，亦同彼文章，假托古词，翻易今语。润色之滥，萌于此矣。”相对上古史学而言，刘知几批评了中古史学诡妄淫丽，华而不实的发展趋势。
《史记》马《汉书》是两汉史学的代表作品，也是刘知几批评的重点。
刘知几对《史记》这样一部“驰骛穷古今，上下数千载”的纪传体通史，主要是从体例上来进行褒贬抑扬的。刘知几首先肯定司马迁在纪传体上的创始之功，（体）篇第一段就勾勒出《史记）在史学发展史上的地位和作用：“三、五之代，书有《坟》、《典》，悠哉邈矣，不可得而详。自唐、虞以下迄于周，是为《古文尚书》。然世犹淳质，文从简略，求诸备体，固以阙如。既而丘明传《春秋》，子长著《史记》，载笔之体，于斯备矣。后来继作，相与因循，假有改张，变其名目，区域有限，孰能逾此！盖苟悦、张瑶，丘明之党也；班固、华峤，子长之流也。”这里，刘知几把《史记》与《左传》相提并论，《杂说下》篇还把左丘明、司马迁比作“君子之史”，可见《史记》与《左传》在刘知几的天平上占有同样的重量。然而，仅仅是在体例的创始意义上，《史记》可与《左传》保持平衡，刘知几并不打算让《史记》坐上纪传体典范的第一把交椅。在主张“包举一代”的断代史反对“劳而无功”的通史的史学观念的影响下，刘知几更愿意让《汉书》与《左传》并驾齐驱。《六家》篇虽然把《史记》列为一家，但最后的结论是：
于是考蕾六家，商椎千栽，盖吏之流品，亦穷之于此矣，而朴散淳销，时移世异，《尚书》等四家，其体久度，所可祖述者，唯《左氏》及《汉书》二家而已。刘知几在《体》篇一分为二地分析了《史记》在纪传体方面的得失：“《史记》者，纪以包举大端，传以委曲细事，表以谱列年爵，志以总括遗漏，逮于天文、地理、国典、朝章，显隐必该，洪纤靡失。此其所以为长也。若乃同为一事，分在数篇，断续相离，前后屡出，于《高纪》则云语在《项传》，于《项传》则云事具《高纪》。又编次同类，不求年月，后生而攉居首帙，先辈而抑归末章，遂使汉之贾谊将楚屈原同列，鲁之曹沫与燕荆轲并编。此其所以为短也。”注意，刘知几在肯定《史记》长处时是有保留的，他只提到纪、传、表、志（即“书”），没有提到世家，这不是偶然的疏漏，刘知几对《史记》的世家部分很不满意，《世家》篇通篇批评了司马迁在这一部分的失误。其中有些观点今人难以同意，比如他说：“世家之为义也，岂不以开国承家，世代相续？至如陈胜起自群盗，称王六月而死，子孙不嗣，社稷靡闻，无世可传，无家可宅，而以世家为祢，岂当然乎？夫史之篇目，皆迁所创，岂以自我作故，而名实无准。”刘知几视陈胜为“群盗”，比起司马迁来说是往后退了一大步。司马迁与刘知几对陈胜截然不同的评价，反映出封建社会的史学由个人史学观念向统治阶级史学观念的强化过程。刘知几对陈胜的轻蔑只是一个次要的问题，《世家》篇的核心是用时代发展变化观念（即“随时之义”）来否定世家体例的不合时宜（前文已有所论及），正是基于这种认识，刘知几才大力肯定班固的《汉书》删去世家部分的做法：
班《汉》知其代若是，厘革前非，至如萧、曹茅土之封，荆、楚葭莩之属，并一概称传，无复世家，事势当然，非矫枉也，刘知几用“事势当然，非矫枉”的理论来论述《汉书》对《史记》不可避免的变革，这是以历史的批评来统摄体例的批评。这种批评方法在《史通》书中随时可见。
刘知几对《汉书》从名称到体例都大为赞赏，《六家》篇评介说：“《汉书》家者，其先出于班固。马迁撰《史记》，终于今上。自太初已下，阙而不录，班彪因之，演成《后记》，以续前编。至于周，乃断自高祖，尽于王莽，为十二纪、十志、八表，七十列传，勒成一史，目为《汉书》。昔虞、夏之典，商、周之诰，孔氏所撰，皆谓之‘书’。夫以‘书’为名，亦稽古之伟称。寻其创造，皆准子长，但不为‘世家’，改‘书’日‘志’而已。自东汉以后，作者相仍，皆袭其名号，无所变革，唯《东观》日‘纪’，《三国》日‘志’然称谓虽别，而体制皆同。”刘知几对《汉书）的推许，是来自史学史的实际观察：“历观自古，史之所载也，《尚书》记周事，终秦穆，《春秋》述鲁文，止哀公，《纪年》不逮于魏亡，《史记》唯论于汉始。如《汉书》者，究西都之首末，穷刘氏之废兴，包举一代，撰成一书。言皆精炼，事甚核密，故学者易讨，易为其功，自尔迄今，无改斯道。”《古今正史》篇再一次从史学史的实际出发，甚至把《汉书，抬到与“《五经》相亚”的高度：“始自汉末，迄乎陈世，为其注解者凡二十五家，至于专门受业，遂与《五经》相亚。”
在刘知几看来，以《汉书》为典范的纪传体的断代史，是最实用、最通行的史书体例，它能够有始有终地记载一个朝代的自然历史过程，对作者和读者双方都很有利。中国封建社会以朝代为划分历史阶段的自然尺度，这一点促使纪传体断代史比较发达。刘知几赞扬《汉书》，并不像赞扬《左传》那样带有较重的主观偏爱色彩，而是出于史学发展史的客观实践。这里可以看出历史的批评方法在起着重要的作用。
刘知几虽然把《汉书》作为纪传体断代史的典范，但丝毫没有因此而减弱对它的严厉批评。刘知几的批评矛头主要对准《汉书》的志表部分。最著名的例子是《古今人表），刘知几对它一直耿耿于怀。早在青少年时代，刘知几就认为《汉书》不应该有《古今入表》，《自叙》篇说：“故始在总角，读班、谢两《汉》，便怪《前书》不应有《古今人表》，《后书》宜为更始立纪。当时闻者，共责以为童子何知，而敢轻议前哲。于是赧然自失，无辞以对。其后见《张衡》、《范晔集》，果以二史为非。”《史通》全书多次指责《古今人表），其中《表历》篇的意见最为集中：“异哉，班氏之《人表》也！区别九品，网罗千载，论世则异时，语姓则他族。自可方以类聚，物以群分，使善恶相从，先后为次，何藉而为表乎？且其书上自庖牺，下穷赢氏，不言汉事，而编入《汉书》，鸠居鹊巢，茑施松上，附生疣赘，不知剪裁，何断而为限乎？”刘知几认为《古今人表》有两个问题：一是时间拉得很长（“网罗千载”），应当用分类的办法，而不应当用年表的办法；二是破坏了断代史“包举一代”的体例，造成断限不清的毛病。刘知几考虑问题时仍然是着眼于历史时间的阶段性，这是寓历史的批评方法人体例的批评方法之中。刘知几对《古今人表》的批评是很有影响的，虽然《古今人表）本身尚有一些疑难问题。
刘知几批评《天文志》、《艺文志》的意见与指责《古今人表》类似，《书志》篇指出：
《史记》包括所及，区域绵长，故书有《天官》，读者竟忘其误，椎而为论，未见其宜，班固因循，复以天文作志，志无汉事而隶入‘汉书’，寻篇考限，睹其乖越者矣。当以国史所书，宜述当时之事……若乃体分蒙濒，色着青苍，丹曦、素魄之疆次，黄道、紫宫之分野，玩不预于人事，辄编之于策书，故日刊之固史，施于何代不可也，自吏之立志，非复一门，其理有不安，多从沿革。唯艺文一体，古今是同，详求厥义，未见其可，愚谓凡撰志者，宜除此篇，必不能去，当变体，近者宋孝王《关东风俗传）亦有《坟籍志》其所录皆邱下文儒之士，雠校之司，所列书名，唯取当时撰者。习兹楷则，庶免讥嫌，语曰：
“虽有丝麻，无弃管蒯。”于宋生得之矣，明确历史时间阶段性和断代史例的规定性的观点，是刘知几批判《天文志》和《艺文志》的思想武器和逻辑起点。后人对刘知几废二志尤其是废《艺文志》的主张极为反感。殊不知，刘知几并没有把话说绝，他的变革二志的理论根据是：“窃以国史所书，宜述当时之事”，“所列书名，唯取当时撰者”。这种强调历史记载当代性的理论，还是有其进步和合理的一面。历史的批评一旦包融历史当代性的内容，就会取得无重复性的品格。至于后人在近代天文学、校雕学或目录学的学科意义上来评价《天文志》与《艺文志》历时性记载的史料价值，则属另外一类问题。
在《汉书》诸志中，刘知几对《五行志》的意见最大：“班氏著志，抵牾者多，在于《五行》，芜累尤甚。”刘知几首先在《书志》篇用了较大篇幅来批判《五行志》的“诡妄”。刘知几的第一个批判武器是轻天道重人事，天人不相感应：“吉凶递代，如盈缩循环，此乃关诸天道，不复系乎人事。”“汉代儒者，罗灾眚于二百年外，讨符会于三十卷中，安知事有不应于人，应而人失其事？何得苟有变而必知其兆者哉！”“当春秋之世，其在于鲁也，如有旱雩舛侯，螟蜷伤苗之属，是时或秦人归遂，或毛伯赐命，或滕、邾入朝，或晋、楚来聘。皆持此恒事，应彼咎征，昊穷垂谪，厥罚安在？探赜索隐，其可略诸。”《汉书·五行志》曾大量引用先秦史料来说明灾异吉凶、天人感应的普遍性，因此，刘知几的第二个批判武器是：引用文献不能采取断章取义、主观臆想的实用主义的办法：“（《五行志》）采前文而改易其说……斯皆不凭章句，直取胸怀，或以前为后，以虚为实。移的就箭，曲取相谐；掩耳盗钟，自云无觉。讵知后生可畏，来者难诬者邪！”由于实用主义的利用文献史料，势必造成自相矛盾的后果：“每有叙一灾推一怪，董、京之说，前后相反；向、歆之解，父子不同。遂乃双载其文，两存厥理。言无准的，事益烦费。”
继《疑古》、《惑经》后，刘知几又专门写了《汉书五行志错误》与《五行志杂驳》两篇，对《汉书·五行志》进行了集中而系统的批判。刘知几把《五行志》的错误归纳为四科：“一日引书失宜，二日叙事乖理，三日释灾多滥，四日古学不精。又于四科之中，疏为杂目，类聚区分。”这四科错误，是在《书志》篇的批判基础上的引申和发挥。其中第一科与第四科主要是批判《汉书·五行志》在引用历史文献方面的失误；第二科与第三科，主要是批判《五行志》在叙事言理方面的失误。由于刘知几采取征以文献，考之事实，揆诸情理的史学批评方式，因此，他的批判显示出较强的逻辑力量。
天入感应论和谶纬迷信是西汉时流行的统治思想，《汉书·五行志》正是这种统治思想在史学领域里的必然折射。刘知几能够在史学领域里对（五行志）进行系统而集中地批判，则说明两汉时流行的统治思想到唐代已是强弩之未了。最近有人认为，隋唐时期，包括刘知几在内的不少思想家对天人感应论和谶纬迷信进行了比较集中的批判，形成一股“时代的思想潮流”。从哲学史的角度来看，也许可以说：“天人感应论和谶纬迷信在隋唐时代遭到理论上的比较集中的批判以后，再也不能成为统治思想了。”但是从史学发展史的角度来看，天人感应论和谶纬迷信在隋唐时期还没有道到摧毁性的打击，其标志之一就是隋唐以后的史书仍然要大书《五行志》。在缺乏现代科学知识和科学精神的古代社会，思想家对天人感应论和谶纬迷信的批判从来都是不彻底的，因此，《史通》里也不可避免地要为天人感应论和谶纬迷信留下一定的地盘。
如果就批判的程度和水平而言，《疑古》与《感经》是刘知几上古史学批判的精华，《五行志错误》与《五行志杂驳》则是刘知几中古史学的精华。正是靠《疑古》、《惑经》、《五行志错误》与《五行志杂驳》诸篇的本钱，刘知几才在哲学史和思想史上占有一席之地。思想批判与史学批判如何合二为一，刘知几以史学家特有的思考方式作了一些富有成效的探索。刘知几的经验对当代人不无启示意义。
除了《史记》、《汉书》之外，荀悦的《汉纪》是中古史学中另一部比较重要的史书。刘知几认为《汉纪》的材料是从《史记》、《汉书》而来，体例则从《左传》而来，《六家》篇说：“当汉代史书，以迁、固为主，而纪传互出，表里相从，于文为烦，颇难周览。至孝献帝，如命苟悦撮其书为编年体，依《左传》著《汉纪》三十篇。”《古今正史》篇也说：“汉献帝以固书文烦难省，乃诏侍中苟悦依《左氏传》体删为《汉纪》三十篇，命秘书给纸笔。经五六年乃就。其言简要，亦与纪传并行。”刘知几是在编年体断代史的体例意义上肯定《汉纪》的史学价值及影响作用的。如袁宏的《后汉纪》就是模仿苟悦的《汉纪》，《古今正史》有云：“晋东阳太守袁宏抄撮《汉氏后书》，依苟悦体，著《后汉纪》三十篇。”自苟悦《汉纪》以后，“每代国史，皆有斯作，起自后汉，至于高齐”。先唐史学发展史上纪传体断代史与编年体断代史形成二水分流的局面，实际上是《汉书》与《汉纪》各领风骚的结果。因此，《二体》篇的最后结论是：“班、苟二体，角力争先，欲废其一，固亦难矣。后来作者，不出二途。”纪昀曾称赞这个结论是“平允之论”。刘知几对《汉纪》的评价，仍然贯穿一种史学史的批评方法。
刘知几评价《汉纪》常常亦褒亦贬，《论赞》篇批评荀悦的史论是“义理虽长，失在繁富”。《叙事）篇称“苟悦《汉纪》其才尽于十帝竹。《因习》篇则指责荀悦沿袭《史》、《汉》的错误而无人发觉。尽管刘知几对苟悦有点不满，但并不妨碍他从《汉纪》中吸收养分，《史通·书事》篇就是在苟悦。五志说”（“一日达道义，二日彰法式，三日通古今，四日著功勋，五日表贤能”）的启发下推广而成。
归纳起来，刘知几中古史学批评的要点是：一、中古史学是文体、文风的转变时期。二、中古史学是史书体例的完备时期。《史记》创立了纪传体通史。由于这种体例本身的短处和难度，它在后代缺乏持续的实践意义。《汉书》与《汉纪）分别创立了纪传体断代史和编年体断代史，这两种体例是先唐史学发展史上占主导地位的规范模式。三、通过对《汉书·五行志》比较集中而系统的批判，使两汉时流行的天人感应论和谶纬迷信在史学领域受到一次有力清算。
