狄仁杰一生最辉煌的时期是在晚年，可谓地位尊贵，身名俱隆。尽管如此，他仍不惜耗尽自己的才智心力为国操劳，这种不凡的品格赢得了万民敬仰、千古流芳的美誉。
神功元年（697）至久视元年（700），是狄仁杰一生中最为平稳的三年，就像一只大船，经过长期的风浪颠簸，终于靠上了风平浪静的港湾。然而狄仁杰却并没有放纵自己，虽然政治上比较平稳，繁忙的国事却使他不得片刻安宁，强烈的责任心促使他时时操心军国大事，思考着安邦定国的方略，在许多重大的问题上提出了自己独特的见解。
狄仁杰这一时期的平稳生活与整个政治形势的平稳有直接关系。晚年的武则天变化很大，怀疑一切的心理渐趋平稳，她的注意力不再放在防止宗室和朝臣谋反问题上，因而她结束了酷吏政治，使得朝臣们的安全感大大地增强了。这一时期突厥、吐蕃频繁地侵扰边境，如何对付外来的威胁使她不得不加以关注。还有一个重要问题也时常困扰着这位女皇帝，这就是选择继承人的问题。以武承嗣、武三思为代表的武氏子弟与李显、李旦以及拥戴他们的一批朝臣围绕帝位继承问题斗争得十分激烈，使武则天大伤脑筋。在狄仁杰等一些朝臣的极力主张下，迎回了庐陵王（李显）并立为太子，使这场斗争暂时平息了下来，但却又产生了一个新问题，即如何调合李氏家族与武氏家族的矛盾和关系？
为了妥善解决这一问题，武则天想了许多办法，如她曾命太子李显、相王李旦、太平公主与武氏子弟盟誓，要互相和好、融洽，并在明堂告之于天地，将誓文铸于铁券，“藏于史馆”。希望用这种办法来约束双方的行动，达到和平相处的目的。她甚至赐太子李显姓武氏，并为此大赦天下。因为李旦早就赐姓为武了，迎回李显后，将他也赐姓武氏，这样两个家族就成为一个家族了，她以为这样就可以消弥双方的矛盾，从此相安无事了。此外，她还做了一些改善李、武关系的工作，如圣历二年（699）十月，命令“太子、相王诸子复出阁”。以前这些李氏子弟都被幽禁起来，这道命令的颁布，意味着恢复了他们的自由。改善李氏子弟待遇，也是为了调合双方的关系。武则天所作的这些努力必定是有限度的，不能从根本上调合双方的关系，如圣历二年时，凤阁舍人韦嗣立上疏要求，“自垂拱以来，罪无轻重，一皆昭洗，死者追复官爵，生者听还乡里。”其中当然也包括被诛杀、被流放的唐朝宗室。接受这个建议，就意味着彻底否定武则天过去所做的一切，这当然是她所不愿意的。她不能做到这一点，也就无法彻底改善与李氏家族的对立关系。从当时的实际情况看，即使武则天接受了韦嗣立的建议，也无法弥合双方关系长期形成的裂痕。
晚年的武则天身体状况很不好，经常生病，几度病危。如圣历二年二月，武则天病情危重，遣给事中阎朝隐祷告于少室山。久视元年（700）四月，武则天前往三阳宫避暑，次月病情再次加重，服用胡僧配制的药后，稍有好转。年老多病的武则天，当然也希望自己身体康健，长生不老。于是她命胡僧炼制长生药，花费了3年时间，耗费资财巨万，终于合制成功，服用以后，武则天自感效果神妙。这样就更加刺激了她追求长生的信心，于是便在圣历三年五月改元久视，希望能长久地君临天下。人到老年最怕寂寞，这时的武则天便频频地举办内宴，召武氏子弟及内宠张易之、张昌宗等相聚，“饮博嘲谑。”有时她还命张昌宗身着羽衣，乘木鹤，吹笙，扮作仙人模样，在宫中戏笑玩乐，并命御用文士赋诗助兴。为了满足她娱乐的需要，改控鹤府为奉宸府，多选美少年为奉宸内供奉，以供驱使。这件事甚至引起了维护所谓礼教的守道朝臣的反对，但武则天也在所不惜。总之，武则天想尽一切办法来满足自己生活的需求，打发她晚年的日子。
在这种情况下，武则天便需要一位德高望重、才智过人的重臣辅佐她处理朝政，狄仁杰在她看来就是一位最好的人选。神功元年闰十月，狄仁杰任鸾台侍郎、同平章事。圣历元年八月，任检校纳言。久视元年正月，任内史。几乎一年一迁。在这一时期的宰相中，狄仁杰是升迁最快的一位。史书记载说，武则天信任并倚重狄仁杰，群臣莫及，常称呼为国老，从不直呼其名。按照当时制度，宰相要轮流在政事堂值班，武则天考虑到狄仁杰年事已高，特令免除宿直。她还告诫其他宰相，如果不是军国大事，不许打扰狄国老。狄仁杰入宫见武则天，她常常制止狄仁杰，不许他行叩拜礼，说：“每见公拜，朕亦身痛。”有一次，狄仁杰陪同武则天出游，一阵大风吹落了狄仁杰的头巾，马惊不止。武则天见状，惟恐狄仁杰有闪失，命令太子追上前去保护，太子抓住马（马笼头），制服了惊马。久视元年，武则天幸三阳宫，百官公卿侍从者甚多，惟独给狄仁杰赐予宅一区。晚年的狄仁杰身体状况不好，患有疾病，他曾以年老多病为理由，向武则天提出辞职，武则天不予批准以上见。
武则天信任狄仁杰不是出于一时的好感，而是长期任用和观察的结果，正像在《授狄仁杰内史制》中所说的那样：“出移节传，播良守之风；入践台阁，得名臣之体。”在这篇制书中，武则天把狄仁杰比喻为当代的管仲、乐毅，称赞他有致君尧舜的愿望，对朝政能“深陈可否”，对君主则敢于“显言得失”。这些话决非虚美之辞，和当时的其他数位宰相相比，狄仁杰的这些优点显得更为突出。从神功元年以来的3年中，武则天先后任用了21位宰，大部分随任随罢，不能久用，除了武氏子弟和一些趋炎附势之徒外，较有名望的有娄师德、魏元忠、陆元方、姚崇、王及善等人，此外，苏味道、李峤在任也较久。娄师德死于圣历二年，魏元忠空有其名不敢谏诤，姚崇此时资望尚浅，陆元方为人清正谨慎，因得罪武则天很快被罢相。王及善虽清正有气节，但缺乏学术，不是宰相的很好人选，与娄师德同年死去。苏味道此人不仅遇事模棱，而且善于献媚，试举一例，即可见其一斑。长安元年三月，天降大雪，苏味道率百官入宫进贺天降瑞雪，以讨取武则天的欢心。殿中侍御史王求礼曾出面劝阻，不听，于是进言说：“现今已是阳春时分，草木发芽，天降大雪，势必形成灾害，岂可称瑞！凡进贺者皆是谄谀之徒。”武则天听后为之罢朝。李峤为相不识大体，他主持天官铨选时，曾增置员外官数千人，形成严重的冗官现象，造成了很坏的历史影响。又依附张易之兄弟，为正直朝士所不齿。苏味道、李峤的优点是擅长文辞章句，有人认为观其文章表疏，也不是没有精辟见解；验其辅弼之道，则全无忠贞之事。所以狄仁杰认为苏、李二人作为文吏足矣，作为辅相则缺乏卓见奇才。当时人评价李峤时认为，李公有三大缺点，即性好升迁，却见不得别人升官；性好文章，却憎恶他人有文采；性好贪浊，却不愿他人受贿。这些评论可谓一针见血。正因为这样，所以武则天才格外信任与器重狄仁杰。狄仁杰在当时实际上已处于首辅的地位，具有举足轻重的影响。
武则天对狄仁杰信任不疑，狄仁杰对武则天也是投桃报李。尽管武则天规定非军国大事不许再烦狄国老，然狄仁杰并未就此放纵自己，仍日夜操劳朝政。他经常为一些重大国事与武则天发生争议，史载：“仁杰好面引廷争，太后每屈意从之。”可见在重大问题上狄仁杰还是能坚持己见，并不无原则地屈从武则天。同时也说明武则天十分尊重狄仁杰的意见。根据记载，狄仁杰在这数年中，前后奏对，“凡数万言。”可惜的是这些史料已大都佚失不传了。现能知道的主要有谏造大像和如何处理民族问题两事，这些后面还要详谈。另有一事是天授二年（691）他第一次任宰相时对武则天的进谏。这次进谏是由一位太学生上表向武则天请假而引起的。狄仁杰认为天子只有生杀之权不应下移，其余各种权力都应由朝廷诸司掌握，比如文昌左右丞，徒刑以下的犯罪不过问；左右相，流刑以上的犯罪才审查，原因就在于事情比较重要。学生告假之类的事，本是丞、主簿等官员所应管的事务，结果天子都要亲自过问，并为此专门下一敕令，上行下效，天下事不论大小都来由天子处理，不知将要发多少敕才能满足需求。且虑事不一定周全，难免产生积怨。狄仁杰要求审明办事规程，规范行为，避免再发生此类事情。此事得到武则天的赞同。狄仁杰进谏往往能抓住问题的实质，小处见大，不就事论事，他的这个特点在重大国事的决策上体现得最为明显。所谓善能断大事。因此，当狄仁杰去世后，武则天十分悲痛，说：“朝堂空矣。”自此以后朝廷每有大事，诸位宰相议论纷纭，不能决断时，武则天便叹息地说：“天夺吾国老何太早邪！”
狄仁杰虽然敢于进谏，甚至与武则天当廷争论，但他始终把握着一定的度，即只谈国事，不及其他，尤其是一些敏感问题和武则天的私生活。在有关唐代史籍中，不少朝士都或多或少地涉及到此类问题，但还未见到一条狄仁杰谈论这类问题的记载。这种现象的出现，一方面也许是狄仁杰吸取了自己或他人的教训，另一方面大概是他认为有些事为生活小节，没有必要为此大惊小怪，有些事解决的时机尚不成熟，不宜过早地提出。在对待武则天的继承人问题上，狄仁杰表现得非常积极，因为这个问题决不是皇室内部的所谓家事，而是关系到国家未来的大事，所以他力主以李氏子弟为继承人，反对以武氏子弟为嗣君。
通观狄仁杰一生的言论与行动，他并不反对武则天个人，也拥戴和承认武则天执政的合法性。他之所以匡复唐室，是出于只有李氏子孙才是合法皇帝继承人，匡复唐室是作为唐臣应尽的责任，即所谓为臣大义的认识，从而否定武氏政权继续下去的必要性和合法性。他始终认为武则天是唐室的皇后，她的执政本应是唐朝统治的继续，尽管武则天已经称帝十几年，但最终还应当把政权还给李氏子孙，只有这样才合理。事实也是当武则天把庐陵王迎回并立为太子时，她最终还要回到李氏媳妇地位的命运就已经决定了。
由于这样的认识，狄仁杰把自己所做的一切事都视为为国家（唐朝）效力，并非为某个个人做事。比如契丹李尽忠、孙万荣举兵反叛时，他们部下有两员战将十分骁勇，即李楷固、骆务整，能骑射，善用槊。李楷固曾生擒过朝廷大将张玄遇、麻仁节，骆务整也屡次击败过官军。孙万荣死后，二人皆来归降。有人主张将他们全族诛杀，狄仁杰坚决反对，认为将才难得，他们既然能为李尽忠、孙万荣出力，如果善加抚慰，必能为朝廷所用。奏请予以赦免。他的亲属都出面阻止，担心由此引来大祸，狄仁杰说：“苟利于国，岂为身谋！”武则天最后还是采纳了狄仁杰的意见，赦免了他们的罪行。狄仁杰请求授予官职，武则天遂任命李楷固为左玉钤卫将军，骆务整为右武威卫将军。久视元年六月，命二人率军征讨契丹残余力量，获得大胜。次月，李楷固、骆务整凯旋，武则天在洛阳含枢殿举行了盛大的献俘仪式。升任李楷固为左玉钤卫大将军，封燕国公，赐姓武氏。武则天十分兴奋，又召集公卿，举办了庆功宴会。在宴会上，武则天举酒对狄仁杰说：“这都是国老的功劳。”并重赏狄仁杰。狄仁杰回答说：“此乃陛下威灵，将帅尽力，臣何功之有！”坚决推辞不接受。武则天由此更加敬重狄仁杰。狄仁杰不居功、不受重赏的行为，说明他对名与利十分淡薄，从而也证明了张评论狄仁杰“晚途钱癖”的说法，并非真实情况的反映。
