俗话说，小心驶得万年船，曾国藩做事更是把小心谨慎放在第一位，甚至有人说他沉稳有余，锐进不足。不管怎么说，在事关湘军胜负和存亡的后勤保障问题上，曾国藩千方百计防隐患、堵漏洞的做法起了决定性的战略作用。
古语云：兵马未动，粮草先行。未有粮草的供给，根本谈不上用兵，这是古今为帅将兵者的基本用兵思想之一。一旦粮饷物资的运输受到干扰，或为敌方截断，军队不战自乱。在曾国藩的治军智慧中，始终不变的是：把以筹饷为主要内容的后勤保障工作视为军事成败的关键。之所以如此，一方面作为民练性质的湘军，其军饷始终是湘军用事者们心中的隐忧；另一方面，厚饷优奉是提高湘军战斗力、凝聚力和保证军心稳定的重要措施。曾国藩曾上奏咸丰：“有阵战之危，则不可一日无饷，狡者借词彭澡，朴者亦无斗志，患有不可胜言者。”对于湘军中欠饷一事，曾国藩指出：“欠饷愈久，兵勇愈疲。且亡者无饷银，伤者无养银，怨望之情，积而为挟制之状。胜仗不能加赏，败挫亦难于言罚。”前面已经提到过曾厚饷养兵的原则，曾氏之湘军“将500人，岁入3000，统万人，岁入6万金，犹廉将也。”曾国藩通过厚饷养兵的原则使湘军士兵的兵饷，除个人生活外，还可贴补家用，因此能够安心操练，提高战斗力。一改绿营兵团口粮不足，而常常离营兼做他事，荒于训练的弊病。同时，曾国藩也希望通过给予将领以丰厚的收入，来减少克扣兵饷的事情发生，达到“养廉”的目的。为保证湘军后勤供给充足，曾国藩采取了以下几方面的措施，来确保粮饷的供给。首先，曾国藩认为军队后勤保障必须由专人筹办，且须赏罚严明。在同治四年（1865年）三月的《通筹滇黔大局折》中，曾国藩写道：“自古行军之道不一，而进兵必有根本之地，筹饷必有责成之人，故言谋江南者，必以上游为根本；谋西域者，必以关内为根本。理有固然，古今不易。臣愚窃谋滇当以蜀为根本，即以筹饷责之四川总督；谋黔当以油为根本，即以筹饷责之湖南巡抚。蜀之南多与滇邻，湘之西多与黔邻，进剿即所以自防，势有不得已者，义亦不得而辞。惟即令其专谋一方，则不能兼顾他省。”办团练伊始，曾国藩就认为“然团练之难，不难于操习武艺，而难于捐集费资”，后又总结“治军筹饷均以得人为要。”为此，曾国藩主张挑选得力大员办理，为办好劝捐济饷，他在湖南挑了夏廷樾、郭嵩焘，在江西选了黄赞汤、朱荪贴，在四川则择胡兴仁、李惺。认为此数人者在官则素洽民心，居家则素享乡望。
在曾国藩的后勤人员中，黄冕、夏廷樾两位精明干练，是他选了又选、留了又留的难得之才。由于他选人得当，故基本上能满足湘军的需要。除此而外，曾国藩对后勤有功之人实行重赏，对有过之人严惩不殆。曾国藩算账，锱铢必较，精打细算，为防止各军统领冒领军饷，特在饷章中规定，凡带千人者每月支银不准过五千八百两，凡万人者，每月支银不准过五万八千两。并重赏粮台有功之人，如“六品衔湖南试用知县李瀚章，该员品正才优，提调银钱所，随营支发，不避险阻，最为出力，应请免补本班，以直隶州留于湖南补用。候补内阁中书张家锤，该员核发各营军饷，收支销算，细心经理，随营接济，倍著勤劳，应请补缺后以内阁侍读升用，先换顶戴。”对于后勤方面有过之人，曾国藩严惩不殆：洞庭营水师守备成名标，浮开船工费用，被革职严办；同知衔即选府经县丞李光荣所率川勇沿途掳掠，亦被革职；右营哨官万瑞书，竟敢至粮台空船上搬抢银两，即请饬湖南抚臣严拿万瑞书到案。如此奖惩事例，屡见不鲜。其次，因“筹饷责成专人”仍不足以解决粮饷问题，曾又创设“粮台制度”和“长夫制度”来进一步完善湘军的后勤保障体制。一是粮台制度。1854年，曾国藩专门设置统一办理饷需军械事务的机构——粮台。湘军粮台共分八所：文案所、内银钱所、外银钱所、军械所、火器所、侦探所、发审所、采编所。粮台设总理事务一员，总揽大权，各所则分派委员若干人负责。粮台主要任务就是把通过各方筹集的粮饷、军械等经水路或陆路源源不断地运往前线，分发各路湘军。湘军一个很重要的特色就是兵归将有，兵权饷权合一，全军服从于曾国藩一人。粮台制同样体现了这一点。粮台由曾氏一人把持，集粮权用人权于一身，自行任命得力随员具体办理，完全听命于曾国藩。并且，曾国藩在筹粮过程中，还不时针对实际进行改革，又设立了前敌、后路粮台和转运局，使粮台各部职责更加分明，提高了工作效率。从而形成为较系统的粮台后勤保障体制，为湘军后勤做出了很大成绩。二是长夫制度。绿营军制规定绿营除进行训练、战事外，还要承担各种繁重差役。平时缺乏训练，战时后勤保障不济。针对这一弊病，同时为提高湘军士兵战时行动速度，1854年，曾国藩首创长夫制，即在军营中专门设置后勤人员承担军中杂务。长夫制的建立，使湘军摆脱了绿营差役的羁绊，一心一意冲锋陷阵，从而提高了战斗力；另外又可避免战时随便拉开，扰害百姓，从而减缓对立情绪。此举之行，确是曾国藩的独创，可谓一举两得。况且长夫价也不低，能招募农村劳力为之所用，对后来军兵种配置也起了一定的启示作用。再次，针对湘军不属国家经制之师的实际，曾国藩用“就地筹饷”的原则，建立后勤基地，并采取购买和自制武器的方式，以保证湘军的后勤需要。在初创湘军之际，曾国藩已经认识到，湘军与业已羽毛丰满的太平军之间的战争将是长期的。清廷又不能实际拨付粮饷，湘军的粮饷供应就只有靠自力更生，建立后勤基地的方法来解决，也就是按作战的区域和便利就地筹饷，其重点的供给地便是湘赣两省。湖南是湘军兵源、粮饷、装备的主要供应地。湘军初创及东征之际，很大程度上依赖湖南支持。曾国藩后来总结说：“窃湖南一省，向称瘠苦之区，年来防剿本省，援应邻封，兵勇分道四出，而饷今犹能为继，良由经营得人，取民有道。前此助剿江西、协济黔粤，岁费百余万两，久在圣明洞察之中。本年夏间，臣与左宗棠在湖南招募勇丁，数近两万，饷项军装，为款甚巨，皆由湖南竭力协济黔粤得以从容集事。臣以一省之物力，只有此数，协助外省者日多，则供给本省者日少。此有所盈，则彼有所缺。本不欲再由湖南之饷，致蒙竭泽而渔之机。
无如添募勇丁，添制枪炮，添造船只，再与湖南交涉，不得不借资湘中之力，挹注皖省之师。援与湖南抚臣熟商，札饬桌司裕麟，道员黄冕、郑元壁等，会同文格，再于长沙设立东征局，凡盐、茶货物，酌抽厘金。”江西物产丰富，盛产稻米。曾国藩将江西当做筹措粮饷的重要基地。他曾说过，“筹饷以江西为本”，事实上，江西为湘军提供的粮饷数量与同期诸省相比，也是稳占首位。据曾国藩的不完全统计，从咸丰三年九月至六年十二月底止，从江西解银180万两，米25000多担；咸丰八年六月至十年四月底止，江西供银65万余两；咸丰十年五月至同治三年六月，江西共解银774万两之多。武器装备保障是后勤保障又一重要组成部分。在编练湘军之初，曾国藩一面通过广东从外国购买洋炮为之所用：两广总督叶名琛为他解来购买的600尊大炮，在湘潭、岳州两次大胜中发挥巨大威力。于是他又上奏朝廷要叶将其余数百尊炮运解到营，一面又自己选人造炮：有浙江候补知县龚振麟父子精于造炮，他上奏请求朝廷令浙江抚臣飞调其父子来楚（实际上后来未到）。粮台八所中，就设有专门的军械所、火器所，负责军械火器。1861年，曾国藩又创办安庆军械所，仿制洋枪洋炮，保障其前线枪炮弹药之需，还造出小火轮一艘。安庆军械所是洋务派创办的第一座军工厂。从开始的购买洋炮到自己设厂铸造，逐步改变了湘军近代武器的筹措方式。由于使用近代先进武器，一定程度上提高了湘军战斗力。牢固的天京城墙，后来就是被湘军用火药炸塌的。再就是采取其他措施，如：协饷、劝捐、盐务、厘金等。协饷是湘军筹集饷银的一大来源。还在湘军起师东征之际，因乏饷银，就赖四川、广东等省支援。在江西，与太平军成对峙之局时，曾国藩多次上奏请求他省协济。咸丰十年五月（1860年）曾国藩在奏章中总结：“9年驻军江西，设局办理报销，臣督同承办各员，逐款稽核，计收到湖南、湖北、广东、四川、陕西、江西各省协济银两，并臣行营劝办捐输等项，自咸丰三年起，至六年十二月底止，共收银二百八十九万一千四百九十五两九钱二毫八丝。”安徽在咸丰十年五月至同治三年六月曾国藩的统计中，解银近310万两。劝捐。咸丰三年曾国藩上奏皇帝，提出了用捐输之法解决行军粮饷之费。在户部、国子监印发的空白执照上，填明捐款人的钱数，上报后根据款数授予相应职衔。开始靠这种劝捐曾收到一定数目饷银，但当时“民力维艰……再三劝谕，终不踊跃”。随着湘军的扩编及行军日趋远繁，劝捐已不能解决饷银之需。盐务。用盐抵饷之法，是曾国藩在咸丰五年四月初一所上奏章中提出的。他靠盐务筹饷有三种方式：其一是军队在盐场附近“捆盐自卖”，或发放盐贾，“招商领票”；其二是奏明户部调拨各省之盐引转运，以盐税抵饷，如咸丰五年曾奏请朝廷，饬户部拨给浙盐3万引用抵饷银；其三是抽取盐厘。依赖盐务筹购，数额相当可观。咸丰六年曾氏委托湖北督粮道万启琛到浙江办理济楚饷盐，前后运盐10万余引，所得之款差不多够当时湘军整整一年军饷。由于盐务是各省藩库重要收入，各省督抚自己控制为主，不是湘军固定饷源。厘金。自咸丰三年雷以诚在扬州仙女庙设卡抽厘以来，湖南仿行最先。厘金创办以后，便成为湘军主要军费来源。厘金收入带有一定可靠性，且在较平静之省及富裕地区，收入颇丰，故在湘军饷源中应为首冲。最后，曾国藩为解决乏饷问题，还想出了一个“半饷”发放一举两得的办法。当时筹饷困难，同时也为了稳定军心，防止开小差，湘军采取发半饷的办法。一般只发五成饷，欠饷数月半年，成为普遍现象。久而久之，形成风气，士兵亦习以为常。为防止士兵离营，甚至有意拖欠军饷，或扣下大部分饷银存入公所，等士卒遣散或假归时进行核算，酌发部分现银以充顺资，其余部分则由粮台发一印票，至湖南后路过粮台付清。若士兵擅自离营，欠饷、存饷即被没收，不再发给若按正常离营，则离时可获一笔可观款额。采取发半饷之法，既减轻了筹饷的困难，又防止了士兵的逃跑，还能引诱大批农民和书生应募。
虽然存在着一些客观困难，靠曾国藩的后勤保障思想和众多的方法措施，仍然基本保证了湘军广大兵勇的粮饷物资供应，从而支持着湘军最终将太平天国镇压。
