为了更好地研究与叙述本书的主题，特对以下几个概念先做简要的说明。
1. 中国转轨时期的所有制结构主要包括六种所有制经济：全民所有制经济、集体所有制经济、个体经济、私营经济、外资经济、混合所有制经济。其中，全民所有制经济就是国家所有制经济，也简称国有经济。
2. 公有制经济是指国有经济和集体经济，以及混合所有制经济中的国有经济成分与集体经济成分。除此之外，便是非公有制经济。
3. 非国有经济是与国有经济相对应的概念。六种所有制经济除了国有经济及混合所有制经济中的国有经济成分，余下的便都是非国有经济。而非国有经济中既包括公有制经济（如集体经济），又包括非公有制经济。考虑到有人将非国有经济错误地等同于非公有制经济，为避免引起不必要的歧义和误解，本书不再使用非国有经济这个概念。
4. 民营经济是“民间人士、民间机构、民间力量经营”的经济形式。它不是一个所有制概念，与本书主题无关。因此，本书将不涉及民营经济的论述。
本书主要运用马克思的制度变迁理论，并借鉴新制度经济学中有关制度变迁的某些合理解释，从制度分析的视角揭示中国转轨时期所有制结构演进的内在规律。具体而言，本书在研究中主要采用了以下方法：
首先，辩证唯物主义和历史唯物主义是本书运用的根本方法。
在马克思看来，生产力的发展是社会制度变迁或历史演进的根本动力。生产力和生产关系、经济基础和上层建筑之间的关系并不是单向的决定关系，而是相互作用的辩证关系。生产力和生产关系、经济基础和上层建筑相互作用的原理至今仍有着对现实的所有制结构演进的巨大解释力。解释多种所有制经济并存的“生产力说”似乎也运用了马克思的方法，其实恰恰是对马克思辩证唯物主义和历史唯物主义一定程度上的偏离。因为“生产力说”只看到生产力对生产关系的决定作用，而忽视了生产关系对生产力的反作用，从而也就看不到人们调整生产关系的终极目的在于促进生产力的发展。本书摒弃这种片面的单向思维，从生产力与生产关系、经济基础与上层建筑的相互作用中来把握所有制结构的演进，并在此基础上对所有制结构的演进做出合理的制度诠释。尽管笔者在研究中也借鉴了新制度经济学的一些合理成分，特别是借鉴了新制度经济学关于制度变迁方式、制度的各构成部分的作用与相互作用、制度变迁的博弈均衡、制度变迁中国家与意识形态的作用等观点，但贯穿本书研究始终的根本方法仍是马克思的辩证唯物主义和历史唯物主义。这是因为，马克思的辩证唯物主义和历史唯物主义较之新制度经济学的解释，更具本质性、一般性和科学性。
其次，逻辑与历史相统一的方法。
运用逻辑与历史相统一的方法，必须撇开一些不必要的反而使历史过程模糊不清的偶然因素和次要成分，而且在概念、范畴的顺序安排上也不能完全按照它们在历史上起作用的先后，而是要按照事物的内在结构来决定其先后次序。只有这样，才能再现历史过程的本质。因此，本书对中国转轨时期所有制结构演进的制度分析，一方面充分尊重转轨以来所有制结构演进的历史过程，但另一方面又并不完全拘泥于这一历史过程的每一个细节，对各种所有制经济特别是非公有制经济的成长过程只作简单的描述，并侧重于所有制结构演进过程中的制度创新及其内在规律的揭示。同时，在叙述上，也并没有完全遵循所有制结构演进的历史顺序，而是力求按照所有制结构演进的内在逻辑来谋篇布局。
再次，规范分析与实证分析相结合的方法。
所谓规范分析，是从一定的社会价值判断标准出发，根据这些标准，对一个经济体系的运行进行评价，并进一步说明一个经济体系应当怎样运行，并为此提出相应的经济政策。它回答“应当是什么”的问题。而实证分析则是研究实际经济体系是怎样运行的，它对经济行为做出有关的假设，根据假设分析和陈述经济行为及其后果，并试图对结论进行检验。它回答“是什么”的问题。实证分析中往往包含着一些价值判断，而规范分析又是建立在对实际经济运行过程了解的基础之上的。因此，规范分析与实证分析的运用往往是联系在一起的。本书试图从规范分析与实证分析相结合的角度来展开对中国转轨时期所有制结构演进的制度分析。通过对转轨时期所有制结构演进过程的具体考察和研究，揭示其演进的内在规律，在回答“是什么”的基础上，提出我国所有制结构演进“应当是什么”的对策建议，即提出进一步调整和完善我国所有制结构的对策和建议。
