莫理循实际参与到支持袁世凯活动的时间是1911年11月20日。因为这一天袁世凯接见了他：
袁世凯显得“热情而友好”。他透露的最重大的事情是，“如果再施加一些压力，或许朝廷就会选择撤往热河”。莫理循告辞时坚信清廷将撤往热河，而袁世凯也希望这样的结局：“袁的周围都是革命派，包括蔡廷干、他的儿子还有其他一些人……小袁虽然几乎成了一名激进的共和派人士和反满先锋，但他显然不是个聪明的年轻人。”
但正如前面所述，11月16日是一个关键的时间。因为这天袁世凯的亲信蔡廷干来访，将他与刘承恩往武昌谒见黎元洪和革命党领袖畅谈的内容一并告知。这次长谈使莫理循明了了中国南方的实际状况，意识到皇帝是不能保留的，共和已是大势所趋。他以前希望出现君主立宪局面的想法是不现实的。他从蔡廷干那里也了解到，孙中山并没有得到革命党人的一致拥护。同时，蔡廷干转达了袁世凯对他的致意，谈到莫理循对中国所作的贡献。显然，蔡廷干是秉承袁世凯的意志去向莫理循透露这一机密情报的，其目的是希望取得莫理循对袁世凯的支持。莫理循欣然接受这一工作。从此，莫理循依靠与袁世凯和蔡廷干的关系，得以了解事态发展的内情，同时一心一意地为袁世凯摇旗呐喊，并在实际措施上予以协助。除了在报纸上广泛宣传外，从1911年11月下旬至1912年3月10日袁世凯宣誓就职临时大总统，近三个月时间里，莫理循主要为袁世凯做了六件事：
（一）游说革命党人同意袁世凯为总统。
唐绍仪南下议和时，国内几乎一致希望拥戴袁世凯，达到和平建立共和国的愿望，以英国为首的帝国主义列强也已对袁世凯表示好感。革命党领袖黄兴在12月9日复汪精卫电中称：“项城雄才英略，素负全国众望，能顾全大局，与民军为一致行动，迅速推倒满清政府，令全国大势早定，外人早日承认，此全国人人所仰望。中华民国大统领一位断推举项城无疑。”但袁世凯希望尽可能多一些力量为他助威。可以肯定，在袁世凯的暗示下，莫理循赴南方一事早有准备，唐绍仪到汉口后，他便随后前往游说。但南方议和代表伍廷芳要求以上海为议和地点，唐绍仪又转赴上海。因此，1911年12月12日，蔡廷干给莫理循一信，说：“唐绍仪电，他将前往上海。那样的话，你是否改变计划，你是乘火车去汉口，再去上海吗？请让我知道，以便为你准备。”同日，莫理循对布拉姆写信说：“所有的人都希望我去汉口。在北京结识的革命党的代表希望我去，我们公使馆希望我去，而袁世凯显然对我此行感到高兴，他派一辆专车供我全程使用，并派一名军官护送我到汉口。”他进一步要求他从长江流域发的电讯用“本报驻北京记者”的字样，因为他认为自己对中国人有影响。计划安排得紧锣密鼓，还是当天，蔡廷干又给他去信：“你的专车已经安排好。明天9：20开车。14日下午4点到汉口……梁士诒很抱歉没能为你安排厨师，你还得自己准备卧具。他为此请你原谅。”但莫理循日记中记载他自己带着厨子、仆役，满面春风地到达汉口，之后又去了上海和南京。
莫理循在上海向革命党领袖们游说，说明袁世凯才是中国需要的总统。对于自己的作用，他写道：
我在上海见到不少共和派的首领，我认为我帮袁世凯做了许多工作。我向他们指出，任命像孙中山或黎元洪这样的领袖为民国的总统，绝不能指望得到列强的早日承认。孙中山对中国的情况一无所知，而黎元洪则在外省毫无地位。我对他们说，只有袁世凯才能得到列强的信任，因为他已经显示出他的治理国家的才能比中国当代的任何政治家为高。
莫理循的游说取得了一定的效果：
革命党领袖们对我说，他们肯定会任命袁世凯为中华民国首任总统，他们并且准备用书面写下这种谅解。
莫理循的游说对袁世凯来说是锦上添花。他受到多方面的欢迎，但也有批评意见。对于袁世凯派专车送莫理循去汉口，《国风报》在1911年12月31日发表评论予以抨击，影射他与袁世凯的友谊。这篇评论文章显然对莫理循的思想理解有误，因为文章说他强烈反对中国实行共和制，并用“我们感到可耻！”作为结束语。显然，莫理循的行为已经超出了记者的职权范围，国外报界对他也颇有微词，他的上司不得不提醒他，不要对袁世凯支持得过分了。
（二）游说日本外交官改变君主立宪立场。
莫理循不仅游说革命党人，也游说日本驻华外交官，希望通过自己的声望影响日本的反对中国建立共和国的政策。日本实行的是天皇制，它害怕革命、共和的思想影响到日本的思想界，害怕共和体制将危及日本的现行体制。因此日本极力主张中国采用君主立宪制。1911年12月20日，日本驻上海领事有吉致电内田外务大臣，反映了莫理循的游说过程：
本日，莫里逊氏前来访问，就时局问题进行交谈。莫氏认为满洲朝廷已完全不能有何作为，极力推崇袁世凯。言称：局势之解决，除推袁世凯为大总统外别无他策。即使纯革命党人如黄兴一派表示反对，但北军之强盛向为彼等所熟知，且军队又均为袁世凯之命是听，以南方之软弱兵力实无法与北军为敌；纵由黄兴或孙逸仙出任总统，各国政府能否承认，亦属疑问。况唐绍仪和袁世凯之间已早有密约，如果和议失败，袁世凯将辞去总理职务。果如是，则北方军队将由何人统帅，时局又将如何收拾，疏难设想。现时舆情既极力主张共和，最好的解决办法是促使双方讲和委员达成一致：使满洲皇室退至热河，建立共和政体，推袁世凯为大总统。此意，昨日本人已与伍廷芳交谈一小时有余，云云。莫氏谈话时，语气极为坚定。莫氏继称：一部分清国人，对于日本颇有疑虑，本人曾时时加以解释，向彼等说明：日本如有野心，在满洲举事非常容易，而目前满洲局势最为平稳，故可不必多疑。
有吉也将此谈话内容告诉了全权公使伊集院彦集。但莫理循此举没有什么效果。
1912年1月20日前后，袁世凯和南方革命党人的谈判陷入僵局。袁世凯通过蔡廷干暗示莫理循，日本人在威胁他，同时对孙中山的日本顾问、宗室铁良与日本的关系表示担忧。莫理循又自告奋勇去游说日本的另一个外交官松冈，称日本人支持孙中山、良弼，是导致袁世凯准备离京的原因，并威胁说：“本人已告知英国公使，并劝告英公使与伊集院公使进行磋商，同时亦告知美、法两国公使。关于袁世凯已有辞意，大体情况已电告《泰晤士报》，唯铁良等人背后有伊集院公使唆使等情，因本人坚不相信，故电报中未言及。”伊集院根据松冈的报告称：“根据莫里逊谈话口气推察，其言外寓有下列意思：一旦袁世凯辞职离京，必将惹起重大事态，届时世间定必同声谴责日本，姑不论其谴责得当与否，总必依据上述情报认为袁之去职乃系日本国公使暗中逼迫所致。因此，松冈在回答莫氏时，除言明必将莫氏所谈内容一一详报本国公使，对于莫氏所谈铁良背后有人暗中唆使等等，曾严正予以否认。”
莫理循唇焦舌敝，其意图只有一个，就是以外界将谴责日本干涉中国内政为由，试图迫使日本改变立场。但日本外交官也只是否认而已。莫理循没有达到目的。
（三）将英国和日本对袁世凯施加压力的行为公诸于报纸，间接地达到促使日本尽早放弃主张中国君主立宪立场的目的。
关于英国和日本对袁世凯施加压力的问题，缘于唐绍仪给莫理循看袁世凯发来的电报，袁世凯也曾向莫理循透露过电报的内容。其具体情况是，日本驻华公使伊集院告诉袁世凯日本坚持君主立宪立场，不会支持中国建立共和国。中国驻日公使汪大燮来电说日本已准备了两个师，如果中国建立共和国，就将派军到武昌。莫理循遂于1911年12月22日发了电报，23日《泰晤士报》予以刊登。电报在介绍唐绍仪与南方议和事宜之后，笔锋一转，在《惧怕外国干涉》的小题下，指出：问题的复杂性在于袁世凯惧怕英、日联合起来坚持保留君主政府，如果必要将使用武力。尽管此事很荒谬，但袁世凯却相信。如果英国外交部明智地消除此问题，将起到至关重要的作用。唐绍仪曾信誓旦旦地对南方议和代表伍廷芳说：“今到上海，凡外人新闻纸访事来探消息，悉皆谢绝不见，免致因误会之故，而伤彼此之感情。”但24日他却不仅见了莫理循，而且出示袁世凯的电报。因此24日莫理循又一次从上海报道，25日《泰晤士报》予以刊登。在《惧怕外国干涉》的题目下，莫理循进一步指出：
目前尚未接到袁世凯的答复，局势也没有变化。但是，大量的证据显示，袁世凯对日本和英国过度的惧怕妨碍了他作出决定。他害怕日本和英国一致采取行动，阻止中国建立共和政府。袁世凯说，日本驻华公使伊集院彦吉已通告他，日本绝不承认中国为共和国；中国驻日公使汪大燮也电告他，如果中国决定成立共和政府，日本就要向武昌增派两个师的兵力。当唐绍仪质问日本领事时，领事予以否认，说不真实。
可以说，整个国家在等待一个人的决定。许多朋友都在敦促袁世凯，必须让清廷颁布上谕，请将在上海召开的国民大会表达人民的意愿，或者继续与共和国为敌，或者辞去总理大臣一职，从个人的愿望来说，袁世凯渴望和平，愿意遵守国民大会的决定。但他害怕，如各种迹象所表明的，如果议决成立共和国，接下来将会有英国和日本的干涉问题。
莫理循的报道使英国外交部马上做出反应，辟谣否认。英国政府更多地考虑的是它在中国的利益。鉴于长江流域已为革命军所控制，而它的大部分经济利益正在于此。它希望尽快结束战争，急需中国南北双方尽早议和，中国尽快出现平稳而不是混乱的局面。因此，在英国政府看来，重要的是尽早议和，至于何种政体是不重要的。早在辛亥革命爆发后一个月，11月15日英国外交大臣格雷致英国驻华公使朱尔典：“我们对袁世凯怀有很友好的感情和敬意。我们希望看到，作为革命的一个结果，有一个强有力的政府，使中国建立起来的贸易获得进展。这样一个政府将得到我们能够提供的一切外交上的支持。”表明他支持袁世凯的态度。因此在1911年12月21日朱尔典访伊集院时态度是比较强硬的，他说：“本使也素来相信，维持满洲朝廷，实行君主立宪，乃是最良方案，共和体制无论如何不能巩固。但现在既已无法强制革命军接受这一方案，就只好从谈判决裂和成立共和政府这两害之中任选其一。”对于日本反对共和制，朱尔典强调，英国在华中、华南地区拥有贸易上的重大利害关系，故英国政府不能无视南方人的思想感情，甘冒遭受攻击的风险而轻易采取措施，以强行贯彻君主立宪。并以“倘若莫里逊等人已将其拥戴袁世凯之类意见致电本国报界，情况将更加如此”相威胁。24日朱尔典访庆亲王和袁世凯时指出：“关于政体问题，只要真正能够体现全国人民意愿，英国政府当不致有何异议。”12月26日，英外交部格雷针对朱尔典“于对政体问题的态度的请示”致朱尔典：“吾等愿有巩固联合之中国，无论何种政体，任中国人民自愿。”
莫理循的报道同样引起日本驻英国临时代理大使山座的不安，他于23日向国内发电报，希望“我外交部亟应及时辟谣，消除影响，方为得宜”。25日，又发一电，其内容是：“英国外交部顷已发表声明，要点如下：关于日、英两国正在采取协同行动支持清国实施君主政体，必要时甚至不惜使用武力等等报道，全与事实不符。英国政府虽正与其他各国采取协同行动，但其努力目标，却在于援助清国能在人民拥护的基础上建成有效之政府。据查，上述声明之发表，当系由前电所述莫里逊氏来电所促成。”但伊集院在24日访庆亲王和袁世凯时，对于袁世凯准备发电唐绍仪同意由国民会议议决政体，仍主张“应暂时放弃这种意念”。“阁下如在我方态度决定之前贸然采取上述手段，将陷本使于困难境地，并使我国政府对阁下之真意发生怀疑，从而可能引起对贵国不利之后果”。日本政府的态度虽然有所改变，但元老院对此并不为意，因此在25日当天，内田外务大臣还在致电伊集院，“认为当此时刻亟应采取措施，通过背后手段软化革命军，使其以君主立宪为基础继续进行协商”。
莫理循在致布拉姆的信中称，24日朱尔典和伊集院彦集二人与庆亲王、袁世凯的会谈，实际上是23日下午袁世凯派蔡廷干通知他们第二天有密事相商。朱尔典和伊集院彦集于24日下午约好彼此错开一小时分别前去袁世凯和庆亲王那里密谈。正如上文所说，日本对中国采取共和制依然予以抵制。但到26日，在英国政府已态度明朗地支持中国实行共和制时，日本外务大臣内田致电伊集院，鉴于“目前不但英国驻清公使已表同意，如日前第410号电转发我驻英代理大使来电所述，已有迹象表明，英国政府亦必逐渐趋向同意。如果英国政府下决心同意此案，则帝国政府不顾两国之间协调关系而单独出面梗阻，亦属无趣”。日政府还从另外渠道得知袁世凯本人坚持君主立宪的决心也已动摇，“甚至皇室懿亲，如庆亲王等，亦有转而赞成召开国会议决政体之迹象”。事态至此，“帝国政府单独继续拥护君主立宪之理由可谓业已丧失”。即便如此，伊集院仍然极力劝说袁世凯缓发致唐绍仪的复电。27日，日本政府电令伊集院“持静观态度，一任事态之自然发展”。可见是英国逐渐强硬的态度和中国国内局势的变化才是日本转变措施的主因。莫理循的电报有可能在促使英国政府表明自己并非与日本共同干预中国的政体问题方面起到一定的作用，但不是日本放弃其中国君主立宪主张的决定因素。
（四）发起洋商通电清帝退位活动。
莫理循在1912年1月14日发电《满人倒台/退位条件》，《泰晤士报》于15日在第5版予以刊登。他用了一整段叙述外国人在上海的商会发给庆亲王、已退位的摄政王载沣和袁世凯的电报，敦促清廷尽早下诏，宣布逊位。而这一切竟都是莫理循在蔡廷干（当然秉承袁世凯的意愿）的要求下一手导演的。
早在1911年11月初，湖北军政府以黎元洪的名义在写给袁世凯的信函中表示，如果袁世凯迫使清帝退位，则拥袁为总统，这一方案为起义各省所普遍接受。12月26日，南方各省代表在南京开选举临时大总统会，29日正式选举孙中山为临时总统。这一变动使袁世凯认为南方不可靠，遂提出在天津另组临时政府，要求清帝退位后南京政府即行解散。针对于此，孙中山说明自己是“虚位以待”，条件是：1.清帝退位，放弃一切主权；2.清帝不得干预临时政府组织之事；3.临时政府地点须在南京；4.孙中山须待各国承认临时政府后方能解职。四条办法中，第一、二条针对清帝退位，第三条关于国都问题。对于袁世凯来说，此时首先要解决的是清帝退位问题。为了达到清帝退位的目的，袁世凯授意各地、各界通电清廷，要求皇帝退位。在各帝国主义列强的操纵下，在华各外国商会也纷纷发出通电要求皇帝退位，而莫理循在其中起到了直接的促进作用。
在驻外公使、北洋军人等致电敦促的同时，袁世凯希望看到更多向清廷施加压力的电报。早在1月5日，莫理循去见袁世凯时，袁曾小声对他说：“再加些压力，朝廷就垮台了。”1月10日，蔡廷干写信给莫理循，希望他动员上海商会领头请愿，要求皇帝退位。莫理循果然立即给在上海的工部局卜禄士写信：
目前全部问题在于如何使皇帝退位。要施加各种压力，促使他退位。有人提议，一个好办法是使上海商会通过约翰·朱尔典爵士向庆亲王和皇帝的父亲提出请愿书，理由是皇室妨碍和平，而没有和平是不可能恢复正常贸易的。这个建议来自袁世凯自己的人，我认为可行，因为，如果我们能使一个商会这样做了，所有旁的商会将会跟着做，积累起来的力量会是非常强大的。
卜禄士立即行动，1月23日，他致函莫理循说：“收到你的来信，我立即将商会的想法付诸行动，并希望他会产生某种效果。”与此同时，莫理循也与熙礼尔就此事商议，得到了熙礼尔的支持。因此，香港、上海各商会都发出了通电。这便是莫理循在这里大段引用的内容。它表面上似乎是针对整个朝廷，甚至把袁世凯的名字也与庆亲王等放在一起，实际上袁世凯才是这一行为的幕后指使者。蔡廷干和莫理循是具体的执行者和策划者。莫理循对此并不隐讳。他在致布拉姆的信中说：“我个人对这篇电文甚感兴趣，因为它是在我的授意下出笼的。曾经有人向我指出，如果接连不断地从各个通商口岸发出类似这样的商会通电，将会形成积聚的力量。我不怀疑发通电的提议是袁世凯提出的，至少是一个同他关系密切的人提出的。”
《伦敦每日电讯》曾有评论：“欧报多称满廷逊位，南北调和，殆为港沪各洋商及教会请求之力，此实大谬。此次中国革命，并不屈于外势，自起事以迄现在，皆系中国人自为主动……洋商教会，于中国之政治上，毫无影响势力于其间。倘各国希望中国与外人有真实之感情，务须知此底蕴，不可自相误会也。”此说完全抹杀洋商教会的作用有其偏激之处，而且否认列强对中国革命的干涉只能说明是掩耳盗铃。但应当看到，洋商的通电与当时中国国内其他通电一样，起到了威慑清廷的部分作用。评论所说的正确之处在于，它是袁世凯迫使清帝逊位活动中的一个小小的环节，其主动在袁世凯，而不在洋商，或者说不在莫理循。而莫理循在这个环节中起到了链接的作用，是袁世凯依靠外界支持的重要内容之一。
（五）为袁世凯“体面地”当上总统出谋划策。
当1911年11月16日蔡廷干与莫理循促膝长谈之后，莫理循得出结论，中国实行共和制已是民心所向，大势所趋，清廷已不可能继续存在下去。但袁世凯能否在清廷逊位之后当上总统呢？莫理循遇到的问题是：“袁世凯会接受这一任命吗？他已向朱尔典爵士强调说明他不会这样做，并且他责成向所有其他外国政府发出类似的信件。他说，他和他的祖先忠实地为清廷服务，而他不愿将来被看作篡权的人。”其实袁世凯也渴望知道他能否当上总统。但在这一点上，中国官僚固有的习惯和袁世凯自己的个性使得莫理循看不出袁世凯的所思所想。“难以了解袁世凯头脑里到底在想些什么”。但莫理循显然意识到袁世凯内心是渴望的，“我毫不怀疑他（唐绍仪）是在袁世凯的充分认可下才这样做的（指唐绍仪发表声明同情共和党人），但我没有证据……袁世凯知道唐绍仪持有共和党人的观点，他对唐的声明应有所准备……唐绍仪声称他对我十分信任，而我也相信他对我比对其他任何外国人都更为信任。他把他本人和袁世凯之间往来电文的文本给我看”。“袁世凯派唐绍仪去上海时，完全清楚唐绍仪的意图，我对这点从没有过任何怀疑。唐绍仪的辞职要求被接受了，但从那以后他一直同袁世凯保持着密切关系。他是通过他的亲密朋友梁士诒进行联系的。”对于袁世凯指责唐绍仪，莫理循不能理解。“在整个这场危机中，我们都在和东方人打交道。我们无法像理解欧洲人的行为动机那样来理解他们的行为动机。”莫理循又透过汪精卫与袁世凯非同寻常的关系（莫理循写道：“有一次汪兆铭来看我，就是同袁世凯谈了三小时以后来的。”）认为：“袁世凯已经多么深地介入共和运动，又多么容易使我相信袁世凯会同意实行共和并出任第一任总统。”因此，对于袁世凯的一些做法，使他这个西方人竟然也开始用东方人的方式来思考了，即用一种不使袁世凯难堪的方式解决他想当总统的问题。他认为：“袁世凯仍主张君主制，但到最后如果无术可施，则很可能同意就任第一任大总统。对于袁氏其人，各方面虽然反感颇大，但一般均认为推袁为总统在获得国际承认上最为合宜。”为此，他建议：“其步骤，将首先以上谕形式邀集各省代表在上海召开国民会议，讨论政体，朝廷则按会议议决行事。有理由相信，黄兴将同意此种步骤。国民会议将做出何种决议，已毫无怀疑余地。”之后，在唐绍仪南下议和并提出召开国民会议的状况下，莫理循想出了自己认为是绝好的主意：“我不明白为什么不能这样安排，即国民会议一旦提名，清廷自己支持任命袁世凯当总统。”他将这一想法在12月31日告诉了蔡廷干。
事实上，在莫理循为袁世凯如何体面地当上总统而殚精竭虑之时，唐绍仪早已和袁世凯达成默契，在议和当中寻求使袁世凯当上总统的办法。唐绍仪在第二次会议上，曾坦率地告诉伍廷芳：“黄兴有电致袁内阁云：若能赞成共和，必可举为总统。此电由汪君转杨度代达袁氏，袁氏谓此事我不能为，应让黄兴为之。是袁氏亦赞成，不过不能出口耳……今所议者，非反对共和宗旨，但求和平达到之办法而已。”
唐绍仪的办法就是召开国民会议公决政体，而他们明白政体已无疑是“共和”，不过这样可使袁世凯免去“从孤儿寡妇手中取得天下，为后世所诟病”的心病。但1912年1月1日孙中山就任中华民国临时大总统，打乱和阻碍了袁世凯的如意计谋。这时，蔡廷干告诉莫理循，袁世凯对于莫理循提议的反映是：“十分激动。因为按照你的建议，由朝廷宣布建立共和体制，既符合中国的传统礼教，也维护了朝廷和袁的面子，这可能是解决目前纷争的最佳途径了，这一途径有利于新政权尽快得到外国列强的认可。对于朝廷任命的驻各国使节来说，他们也就不便拒绝由朝廷委任组建的新政府了。这样，一个新的共和政权就合法、正当、而有组织地建立起来。”
显然，莫理循的这一提议得到袁世凯的赞赏。袁的左右负责诏书起草的人，如梁士诒等不时邀请莫理循共同商议具体内容，蔡廷干更不时向他透露有关诏书的消息，作为对莫理循如此热心相助的回报。
在清帝退位诏书中，有这样一句话：“袁世凯前经资政院选举为总理大臣，当兹新旧代谢之际，宜有南北统一之方。即由袁世凯以全权组织临时共和政府，与民军协商统一办法。”《三水梁燕孙先生年谱》是这样解释的：“此诏……乃张季直手笔。经袁左右增加授彼全权一笔而发表。”而当时“袁氏昔时幕府散在四方，仓促未集，致政务军务须先生兼为之处理。先生（指梁士诒）不得已，乃引叶君恭绰，施君愚，蔡君廷干等共参机要，而仍由先生总其成”。袁的左右中必有蔡廷干是无疑的。那么，莫理循的提议或是正中袁世凯下怀，或是与袁世凯不谋而合，或者给袁氏以启发。莫理循在这一点上有可能参与了决策。
（六）反对迁都南京，提出独创性计划。
1912年1月22日，孙中山通过全权代表伍廷芳，向袁世凯提出解决国事的五点建议，其中有临时政府成立地点须在南京的提议，并且派蔡元培等人为专使北上迎袁南下。袁世凯一方面极其热情地欢迎专使，一方面采取拖延的方式，以借机行事。对此，莫理循的反应是：“谈判遇到了严重的挫折。孙中山背弃了他的许诺。他同意关于皇帝退位和建立共和国的各项解决办法后，现在又提出下列不可能实施的新建议：不能在北京建立临时政府。”2月14日，袁世凯召见莫理循，把孙中山要他南下的电报给莫看，并说他不会去南京。莫理循立刻心领神会，在通过报纸等一系列活动抨击孙中山的同时，又开动脑筋，提出了一个有独创性的计划——策划各省会都要求作为帝国的定都点。他是这样描述他的计划的：
现在黎元洪拍电报来说应该在武昌建都。我认为还会收到从济南府、开封府、河南府、西安府、成都和广州发来的电报，提出每座城市作为未来的政府所在地的优点。在这些城市中至少有三个城市具有提出这种要求的优越性，因为在早先的朝代曾在那里建都。当你们收到十几个省要求把它的省会作为这个帝国的首都时，各省或许会把北京作为第二位的选择地点。在这种情况下，首都将定为北京。
莫理循从古希腊马拉松之战的历史中为他的计划寻找根据，但蔡廷干仅仅回了一封信，对他表示感谢。这一计划在袁世凯看来或许是幼稚可笑，不值得考虑的。袁世凯对任何棘手事宜采取的一贯做法是“等一等”。他手下将领冯国璋在去镇压武昌起义前，他就指示在局势未明之前，要“慢慢走，等等看”。但他手下的另一将领曹锟的第三镇却以一种卤莽、野蛮和直截了当的方式实现了袁世凯留在北京的目的。对这场兵变，莫理循是无法接受的。他感到“痛心以极”，“人们在过去的几个月里见到我一直把袁世凯说成是大局的唯一希望，我真不知道人们会怎么想”。
当时有一部分在华外国人怀疑此事为袁世凯幕后指使，如上海工部局的卜禄士、英国驻上海总领事法磊斯和《泰晤士报》驻南京记者福来萨等。莫理循积极为袁世凯开脱，予以否认。“怎能想象，还有比认为袁世凯为了抵制迁都南京而策动兵变的看法更荒谬的事呢？”但他提不出有力的证据，唯一的证据是“直觉”。就像他直觉认为濮兰德和巴克斯合著的《慈禧外纪》中的《景善日记》是假的一样。从1911年11月16日至1912年2月29日兵变之时，莫理循与袁世凯关系密切，对袁世凯有一定的了解，正像他了解唐绍仪与袁世凯之间的默契一样。作为一个西方人，他不了解袁世凯表面不接受总统职位的隐衷，但他内心完全清楚袁世凯已经深入地介入共和运动。此次兵变，莫理循也是凭直觉认为非袁世凯指使。但他没有证据。据徐世昌回忆：“中山推荐项城为总统，力持建都南京，选出后南方派蔡元培等来京欢迎项城到南京就职，不料北方军人愤愤不平。其某公子与左右亲昵者，密谋由曹锟所统第三镇驻京各营撞入东华门，强挟项城入宫正大位。惟不敢与冯国璋所统之禁卫军接洽，二十九日夜发动后，为禁卫军所遏，不得逞，遂抢烧东华门一带……实则事前项城毫无所闻，人谓出于项城指使者，非也。”一些学者也否认袁世凯指使兵变，如美国学者恩斯特·杨认为：“尽管不可能证明袁世凯对哗变没有责任，但有证据表明，没有他的鼓动，哗变也是很容易发生的。”台湾学者吴相湘先生推论：“袁既留恋老巢，则更加巩固之，比较唆使兵变以破坏之，要为得计。且北京、天津、保定等地自经1900年拳乱及八国联军大破坏，创痍满目元气迄未恢复，黄台之瓜岂堪再摘？抑袁在民间之信仰，即由1900年拳乱时能独肩维持治安之责任。南北和议之成功，民间对此种信赖心理尤为重要因素。英国之促成和议亦因体认袁强有力可以控制局势不致发生扰乱，是则无论对内对外，袁及袁之谋臣于此均不应忽视或违背，若谓小试其计可资藉口即适可而止，则未免视袁若神能放能收，而不知星星之火可以燎原。兵犹火也，能轻视乎？”
顺带一提的是，莫理循两次见证了在北京发生的变乱。一次是袁世凯遇革命党炸弹袭击，另一次就是这次兵变，并且都留下了详细的记录。1912年1月16日，袁世凯晋见隆裕太后，以当时的形势说明清廷大势已去，要隆裕太后召开皇族会议，“速定方针”，隐含着威胁他们及早退位。当他晋见完毕经东华门大街回家时，在王府井丁字街遭遇了革命党人的炸弹。张先培、杨禹昌等革命党人不满袁世凯与清廷拖拖拉拉的谈判，企图暗杀袁世凯，迫使清帝退位。莫理循住在东华门大街附近，当时他和秘书站在他们的寓所外等待袁世凯的马车通过。突然传来爆炸声，街道的一角顿时冒出滚滚浓烟。莫理循马上意识到有人投掷炸弹。他成为亲历这场炸弹袭击案的外国人。他写道：
一匹马冲过追赶的人，片刻沉寂之后，只见袁世凯乘坐的马车在卫兵的保护下迅速从出事地点冲出来。袁世凯的马车从我们面前一晃而过，看到他坐在里面……感谢上帝，他安然无恙……我迅速向出事地点的街角跑去。被炸断的电话和电报线散落在地，纠缠在一起。士兵和警察迅速控制了出事地点，一队士兵向靠近街角的第三所房子冲过去……一个卫兵倒在马路正中间……一股股鲜血不断涌出……一名肇事者很快就被逮捕了……一个来自蒙古卖圣经的商人和我是现场的第一目击证人星、窦坤译：《北京的莫理循》第345～346页。福建教育出版社，2003年版。
炸弹案加剧了清廷皇族的恐惧心理，也为清帝早日退位起了助推的作用。2月12日，清朝皇帝下诏退位，统治中国267年的清王朝结束了它的历史。这时国都的地点问题成为了需要面对的议题。北洋军第三镇的兵变正是为此而来。
2月29日傍晚，莫理循正要离开俱乐部时，突然听到一阵枪声，他听到有人说“哈德门发生了枪战”。莫理循奔回寓所，只见“佣人们站在门口，情绪相当激动……看见躁动的士兵从我的门前向北跑去。街道西边我住所北侧的大杂院着火了，整个街道布满了士兵，而所有的警察都不见踪影。第三镇士兵发生了兵变并实施抢劫，他们正对这座古老的城市进行洗劫。到处都是呼啸的子弹，但似乎没有人受伤。后来我们才明白开枪只是为了恫吓而已”。
这场兵变的结果是，袁世凯取消了南行，且得到南方革命党的认同；确定北京为临时政府的地点；袁世凯在北京宣誓就职。3月10日，袁世凯在外交部礼堂就任中华民国临时大总统。下午2点，莫理循应邀参加了就职典礼，见证了这一历史性的时刻。1913年10月10日，袁世凯就任正式总统时再一次邀请莫理循莅临，莫理循作为见证人保留了发给他的邀请券。
从莫理循在辛亥革命爆发后对中国政局的作为观察，他所做的这六件事。可以说有的起到了一定的作用，他关于由清廷自己支持任命袁世凯当总统的提议有可能也对袁世凯有所启发。但是，作为一个记者，他主要依靠的还是《泰晤士报》，也就是通过新闻报道实现他对袁世凯的支持。新闻报道是他的职业，也最能体现其自身价值。这也可以说明为什么袁世凯在会见他时“以感激的心情谈起《泰晤士报》给予他的协助”，并说自己能够当上总统多亏了莫理循的帮助。
