明建国伊始，倭寇就侵扰海疆，烧杀劫掠，荼毒民众。
朱元璋及其后继者们采取各种措施保卫海疆，保卫人民的生命财产安全，使得明前期的倭寇没有酿成大的祸患。
洪武元年（1368），“倭寇出没海岛中，乘间辄傅岸剽掠”。倭寇的入侵从此开始了。现按地区将倭寇主要的入侵情况叙述如下：
（一）山东、辽东倭患
洪武年间，山东、辽东的倭患，从其发展趋势看，大致可分为三个阶段：
第一阶段，是从明朝建立到洪武七年（1374）。这一时期的倭寇，规模一般不大，每股在数十人至数百人之间，他们在沿海登岸后，乘守军疏于防备之际，以突然袭击的方式攻入城镇、村落，劫掠财物和人口。由于人数不多，得手后不敢久留，随即乘船遁去。在这一时期内，山东、辽东半岛的许多村镇被倭寇焚掠，沿海人民深受其害。
洪武二年（1369），倭寇在山东沿海登陆，“寇山东滨海郡县，掠民男女而去”。朱元璋在这年给日本国王的玺书中说：“间者山东来奏：倭兵数寇海边，生离人妻子，损伤物命！”三年（1370）六月，“倭夷寇山东，转掠温、台、明州傍海之民，遂寇福建沿海郡县”。四年（1371）
六月，“倭夷寇胶州，劫掠沿海人民”。六年（1373）七月，“倭夷寇即墨、诸城、菜（莱）阳等县，沿海居民多被杀掠”。面对倭夷的不断骚扰，山东沿海军民奋起抵抗，终于将其击败。
第二阶段，是洪武八年（1375）至洪武二十一年（1388）。这一时期，是山东、辽阳的倭患寂静时期。基本未见倭寇对山东、辽东沿海骚扰的记载。
第三阶段，是洪武二十二年（1389）至洪武末年。这一时期，倭寇再次成患，其规模和人数超过了洪武初年。
洪武二十二年十二月，倭船12艘由成山洋艾子口登岸劫掠，宁海卫指挥佥事王镇率众抵御，杀倭3人，缴获器械一宗。赤山寨巡检刘兴也捕杀倭寇4人。进犯倭寇见无处下手，不得不遁走海上。
洪武二十七年（1394）十月，“辽东有倭夷寇金州，卒入新市，烧屯营粮饷，杀掠军士而去”。
三十一年（1398）二月，倭寇犯山东宁海州（今山东牟平），由白沙海口登岸，劫掠百姓，镇抚卢智被杀，百户何福战死。事闻，明太祖命登、莱二卫发兵追捕，宁海卫指挥陶铎及其弟陶钺出兵击之，斩首30余级，倭寇才退去。在追击过程中，“（陶）钺为流矢所中，伤其右臂”。
洪武二十二年（1389）以后，山东沿海的倭患，与洪武初年不同。主要表现在倭患次数减少而规模有所扩大。山东半岛平均七年一次，并不像洪武八年（1375）前那样频繁，平均每年一次。辽阳地区有记载的倭患仅1次，但每次来犯倭寇的数量有所增加。这一变化的发生，是因为这踊时期明朝的海防力量有所加强，小股倭寇进犯容易被歼灭。
（二）直隶倭患
直隶的地理范围大致相当于今江苏、安徽两省。
洪武年间这一地区的倭患相对较少。
洪武二年（1369）初，倭寇在直隶沿海一带的岛屿出没，并多次侵掠苏州、崇明，杀伤居民，劫夺财货。沿海各地，十分恐慌。太仓卫指挥佥事翁德，率官军出海追捕，将倭寇击败，俘获92人，并缴获兵器、海船一宗。事奏，明太祖以翁德有功，于四月份升其为指挥副使。其官校1247人，赏绮帛50疋，银2569两。在战斗中伤亡及溺水而死者，加赐钱、布、米。并诏令翁德继续领兵出海，追捕未尽倭寇。
不久，又有倭寇在吴淞江沿海流劫，指挥朱文率众将其击溃。
是年八月，倭寇进犯淮安，镇抚吴等在天麻山将其击败，擒获57人。明太祖赐吴等绮帛，以示褒奖。同时，在通州（今江苏南通市）也有倭寇流劫。
七年（1374），倭夷寇海州（今江苏连云港西南）大任口，百户许彰率兵抵御，巡检率其弓兵助击，倭人败走。
许彰紧追不舍，倭人返回拒战，许彰战死，百户何达击斩倭24人。
（三）浙江倭患
浙江是倭患最为严重的地区。洪武年间，已知倭寇较大规模的进犯就有10余次。
洪武二年（1369），倭寇进犯温州中界山，永嘉、玉环皆被剽掠。
三年（1370）六月，倭夷寇山东，被击退后转掠温、台、明三州沿海居民。
四年（1371），倭寇再次侵犯浙江。
五年（1372），倭寇犯温州。命羽林卫指挥使毛骧、於显，指挥同知袁义等，领兵追捕苏、松、温、台濒海诸郡的倭寇。毛骧等在温州下湖山大败倭寇，追至石塘大洋，缴获倭船12艘、倭弓一宗，生擒130余人。
六年（1373），倭犯浙江滨海地区。
七年（1374），倭掠焚沿海诸地，靖海侯吴祯败之于琉球洋。
从七年（1374）至十五年（1382），浙江沿海倭患一度减弱。十六年（1383）始，浙江倭患又严重起来。十六年，“夷船一十八只，寇金乡小沪寨，官兵敌却之”。据《明太祖实录》记载，这年八月，“赏温州、台州二卫将士擒杀倭寇有功者，凡一千九百六十四人文绮、钞布、衣物有差”。
十七年（1384）正月，命信国公汤和巡视浙江、福建沿海城池。不久，倭入寇定海，千户所总旗王信等九人，擒斩倭贼，并缴获器仗一宗。与此同时，台州也有倭寇登陆，杀巡检。朝廷为此责都督府臣曰：“濒海兵卫，本以防御倭夷，今台州倭人登岸，杀其巡检，守御官兵所职何事？”指挥陈亮、赵全被押至京师问罪。
十九年（1386），“倭寇海盐”。
二十三年（1390），倭夷由穿山浦登岸，杀虏军士、男女70余人，掠夺其财物，守御百户单政未能及时追捕倭寇，至其逃遁。单政为此被诏令斩杀。
二十四年（1391）八月，海盗张阿马，引导倭寇抢掠。
张阿马本是台州黄岩县的一名无赖，勾结倭寇在沿海剽掠，滨海民众深以为患。这次，张阿马又引倭寇在水桶澳登岸，欲劫掠居民。杭州饷运百户孔希贤率兵与之交战，不胜而死，兵船皆被张阿马等掠去。百户金鉴，不畏强暴，率众奋起还击，斩杀其首领一人，张阿马等慌忙退去，军校费丽保、吴庆等，乘胜追击，至海岸，将张阿马俘获并斩杀。
二十六年（1393）、二十七年（1394）间，倭寇两次入侵小尖亭。
三十一年（1398），倭贼2000余人、船30余艘，入寇海澳寨，楚门千户王斌、镇抚袁润等率兵抵御。倭寇恃众气焰十分嚣张。王斌、袁润殊死决战，以身殉职。
（四）福建倭患
洪武年间，福建倭患不及山东、浙江等地惨烈。洪武三年（1370）六月，倭寇犯福建滨海郡县，福州卫出军抵御，捕获倭船13艘，倭贼300余人。
洪武五年（1372）六月，倭寇犯福宁州宁德县。八月，再犯福宁州宁德县，杀掠居民350余人，焚烧房舍千余间，劫掠粮食250石，给福宁地区造成了严重危害。
洪武十三年（1380），江夏侯周德兴受命治理福建军务，在沿海边城，相风土形势，修筑创建，凡海上城池、墩寨及卫所军士都进行合理调配。对加强福建海防起了重要作用。
（五）广东倭患
从已知史料看，洪武年间广东的倭患不如山东、浙江惨烈，与福建相比，则略为严重。
洪武二年（1369），倭寇犯惠、潮诸州。时天下初定，海内安定，倭寇突至，没有任何防备，滨海一带皆被骚扰。
洪武四年（1371），“倭寇海晏、下川，指挥杨景讨平之，时海寇钟福全、李夫人等自称总兵，核倭船二百艘寇海晏、下川等地。广州左卫指挥佥事杨景，追捕至阳江，平之”。
洪武十三年（1380）七月，倭夷劫掠广东府东莞等县。八月，“倭夷寇广东海丰县，杀掠吏民，诏广东都指挥使司率兵讨捕之”。
洪武二十一年（1388），雷州卫右所镇抚陶鼎，在沿海巡视时，发现有倭船数十艘，“扬帆海上，将犯郡境”。
陶鼎肃整本部军队，严阵以待。倭寇登岸后，陶鼎率众奋击，手刃数人，倭寇撤退，慌忙登船而逃。数日后，倭寇在马湖塘设下埋伏，引诱陶鼎与之交战，陶鼎不知是计，驰追倭寇，中伏而亡。
洪武二十四年（1391）九月，倭寇进犯雷州遂溪县，雷州卫百户李玉等率众抵御，寡不敌众，在战斗中殉职。
为了褒奖李玉及在御倭战斗中死亡的将士，明太祖朱元璋下诏以李玉之子李真为德庆千户所镇抚，陶鼎之子陶贵为潮州卫所镇抚。
洪武二十七年（1394）秋，命安陆侯吴杰、永定侯张金宝等，率致仕武官往广东训练沿海卫所官军，以备倭寇。当时，以备倭的名义设有“备倭巡视海道副使一员，都指挥一员，卫指挥一员，专管巡海，听广东巡视海道副使、备倭都指挥节制。所辖永安、钦州二所，每所各官一员，督管军船三艘，旗军三百名，各分上下班出海巡哨，以防倭寇”。
洪武三十一年（1398），倭寇猝犯潮州大埕所。
可以看出三个问题：第一，从横的来看，倭寇入侵沿海两个地区最为严重：一是辽东、山东，一是浙江。之所以出现这种情况，和当时的航路有关。倭寇入侵中国必须航渡大海，因此熟悉航路是至关重要的事情。山东半岛和辽东半岛一直是中日交往的门户，宋以前日本政府的来华使节和商人一般都是从日本九州的博多出发，经台岐、对马等岛屿，沿朝鲜半岛西海岸北上，先抵辽东半岛东岸，然后横渡渤海湾口，在山东半岛的登州一带登陆。这是一条沿海岸航行的航路，是日本人历来所熟悉的。明初的倭寇主要来自日本的萨摩、肥后、长门、筑前、博多、鹿儿岛等南部地区。他们也多沿这一古老的航道来华，诚如《筹海图编》所言：“宋以前日本入贡，自新罗以趋山东，今若入寇，必由此路。”
明初倭寇来华一般在清明节以后，借助东南风从朝鲜西海岸漂流而来，也是倭寇入侵朝鲜的自然延续。由于地理位置的因素，山东半岛、辽东半岛是他们最容易到达的地方，因此，明初的倭祸以山东、辽东较为严重。
从日本到浙江也有一条倭寇所熟悉的航道。原来元朝时浙江等地与日本保持着贸易往来，即使在元日战争期间，这种贸易也未中断。但是，元朝与日本的贸易与宋、日贸易有很大的不同。北宋时期，主要是北宋商人入日贸易，南宋时期两国商人往来互市。元朝则主要是日本商人来元贸易，而且元朝为了达到与日本通好的目的，对日商人元没有任何限制，甚至还有意创造条件。至元十四年（1277），元廷在广州、泉州、庆元等地设置了市舶司，专门管理对外贸易，至元十五年（1278）十一月，又在扬州设立了淮东宣慰使，特诏谕各港口准许与日商贸易。
至元十六年（1279），有四艘日本商船驶进庆元（今浙江宁波市）港，要求贸易，得到元朝的允许。《元史·哈剌解传》记述说：“日本商船四艘，篙师二千余人至庆元港口，哈剌歹谍知其无他，言于行省，与交易而遣之。”尔后又在浙江的澉浦、杭州、温州等地建立市舶司。而日本由于地理条件的限制，其贸易对象不多，加之日本对中国产品需求量较大，因此，对外贸易主要是到元朝。这样就使日本人熟悉通往浙江的航道。因此当日本的名主、商人、武士和浪人组成的海盗集团入侵中国时，首先就按照他们熟悉的航道到浙江沿海劫掠。
第二，从纵的来看，倭寇的入侵呈马鞍形，洪武七年（1374）前较为频繁，然后有一段寂静，直到洪武二十二年（1389）又严重起来。这以辽东和山东最为典型。之所以出现这种情况，主要是由于高丽形势的变化引起的。
明洪武八年（1375），高丽辛王即位时，高丽王朝的统治已处于危机之中。高丽王辛和宰相崔莹依附于元朝的残余势力，排斥朝中的亲明派官员，亲元派在朝中占居上风，与明朝对抗，甚至公然出兵进攻明朝的辽东地区，从而造成了高丽社会的动荡。与此同时，高丽国内私人大农庄迅速发展起来，大批农民失去土地而流离失所，沦为私人农庄的贱民和奴婢。阶级矛盾十分尖锐。统治集团内部的矛盾和阶级矛盾交织在一起，错综复杂，严重消耗了高丽王朝的整体实力，从而为倭寇的入侵提供了可乘之机。与此同时明朝的防卫在加强。倭寇入侵明朝遭到明军的强力抗击，而进攻高丽则如入无人之境，他当然要舍明朝而进攻高丽了。高丽辛王即位后，倭寇来犯次数开始增多，范围也由沿海地区扩大到内地。
辛
王二年（1376），是高丽倭患最为严重的一年，几乎各地都受到倭寇的骚扰，使高丽陷入严重的危机之中。“倭奴之来，前无横草，出入山郡，如蹈无人之地。”倭寇此前经高丽而至山东、辽阳。如今见高丽有机可乘，便舍远求近，将主要侵犯劫掠的矛头集中在高丽。
仅高丽辛
王统治的14年间（1375-1389），就发生了378次倭患，平均每年达27次之多。可见倭患之严重。倭寇云集高丽，自然缓解了山东沿海的倭祸。
而到了洪武二十二年（1389），高丽政局发生了变化。早在洪武二十一年（1388），高丽大将李成桂发动政变，废掉辛王，放逐宰相崔莹，拥立恭让王即位。李成桂掌握了高丽大权。李成桂对内主张田制改革，下令没收私人大农庄，烧毁公私旧籍。并于洪武二十四年（1391）颁布“科田法”，其主要内容是重新登记全国的土地数量，将京畿一带的土地按等级授予文武百官，将京畿以外的土地一部分作为军田授予士兵，一部分授于农民耕种。凡授田农民都向国家交纳一定数目的地租。科田法的实施，收到了良好的社会效果，农民分到了土地，生产积极性提高，阶级矛盾得到缓和，同时，也扩大了国家税源，增加了国家收入。官吏和士兵分到土地，安心本职，提高了行政效率和军队战斗力，巩固并加强了中央集权，使国力大大加强。同时李成桂对外竭尽全力平定倭寇。辛昌王元年（1389年，洪武二十二年），庆尚道元帅朴葳率兵船百艘主动出击，进攻对马岛，烧毁日本船300艘，夺回被掳高丽人百余名。倭寇的劫掠遇到了困难。
李成桂于洪武二十五年（1392）自立为王，建立了李氏朝鲜。李氏为了巩固自己的统治，在倭寇问题上采取了刚柔相济的政策。一方面加强海防，建造兵船，到十五世纪初，朝鲜已拥有水军48588人，兵船613艘，朝鲜政府还发展了高丽末期崔茂宣等人创造的火药武器，加强了水军的技术装备，从而使朝鲜具备了抵御倭寇的军事实力。同时，李氏王朝多次遣使日本，谋求通好，要求日本政府制止倭寇的骚扰。对于一些来到朝鲜又表示不再为乱的倭人，则给予居住权，有的还委以官职。还将富山浦（今釜山）、乃而浦（今熊山）、盐浦（今蔚山）三港开辟为日商贸易区，允许正当贸易。这些措施，收到了良好的效果，使朝鲜沿海的倭寇发生了分化，一部分转向正当贸易谋利，一部分则转向中国沿海进行掠夺，从而山东、辽东的倭患又较前严重起来。
第三，从总的来看，明初的倭寇不算严重。从洪武元年（1368）到洪武三十一年（1398）的31年中，倭寇共入侵44次，平均每年不过1次多一点。倭寇主要是在沿海，并没有深入内地，规模也不是很大。其最重要的原因是明朝建国初期，政治清明，国力强盛，不断加强防御，入侵的倭寇在强大的明水陆军的打击下往往难以得逞（详见后）。
