1917年7月，孙中山为反对段祺瑞独裁统治，维护《临时约法》和国会，由上海抵达广州，发起和领导护法运动。9月初，南下广州的部分国会议员组成非常国会，选举孙中山为大元帅，滇、桂军阀唐继尧、陆荣廷为元帅，组成护法军政府，领导南方各省的护法运动。唐继尧和陆荣廷在护法军政府成立后，口是心非、言行不一，他们采取“虚与委蛇、敷衍中央”的态度，拒绝到广州任职，继而又谋划另立西南各省联合会议，与军政府分庭抗礼。
11月4日，大元帅府总参谋长李烈钧秉承唐继尧的旨意发表通电，提出“拟组织军事联合会，并设政务委员会”。同日，在陆荣廷的策动下，军政府重要成员程璧光、唐绍仪、伍廷芳等在珠海聚会，讨论组织西南联合会事宜。会后，李烈钧将西南联合会章程草案发给护法各省征求意见。11月7日，又致电程璧光等人，要求从缓组织西南联合会议。因陆急于与段祺瑞政府妥协，认为此时成立西南联合会议，于南北议和不利。但是时隔不久，由于北京政府宣布龙济光任两广巡阅使，直接影响着桂系军阀占据两广的意图，打破了陆妥协求和的幻想，转而表示要尽快建立西南联合会议，并于1918年1月9日复电程璧光、莫荣新等人，表示西南“联合条件，极所赞成，即廒公决，速行组织为盼”。
1月15日，西南护法各省联合会议在广州成立，推举岑春煊为议和总代表，伍廷芳为外交总代表，唐绍仪为财政总代表，唐继尧、程璧光、陆荣廷为军事总代表。20日，广东督军莫荣新等13人联合通电公布了《中华民国护法各省联合会议条例》。
西南联合会议设立初衷，是为协调、疏通西南各省军事问题，属于军事联合机关的性质。孙中山为促成团结，对成立该组织也极表赞同。但从《中华民国护法各省联合会议条例》看，它不是个单纯的军事协调机关，而具有政府雏形。它明确规定对外对内执行政务，其职权广泛，诸如办理外交，订立契约；监督财政，办理内外公债之募集；统筹军备，计划作战，议决停战议和事件；议决各省之争议事件等等，还规定联合会议置军事、外交、财政、议和各参赞若干人，由各总代表分别聘任。
这个独立于军政府之外的西南联合会议，与孙中山的初衷完全相反，孙中山逐渐清醒过来，对该组织坚决反对。孙中山认为联合会议“于约法无根据”，与段祺瑞组织的和北京政府相对抗的督军团并无区别。章炳麟也通电怒斥岑春煊等组织联合会议，观其条例行事，干预宪法，并要他们立即解散联合会议。倾向革命的滇军第三师张开儒也通电指出，各省联合会议，其名义上是联合各省的过渡机关，但其用意是在第一步推翻军政府，第二步推翻旧国会。组织名称虽为联合会议，其实质为合议政府，其议事条例，实为第二国会。这种会议，如不经国会通过，则为非法会议，与和北京政府相对立的督军团会议无异。由于孙中山、章炳麟等人的及时揭露，各省代表、非常国会及各界的一致反对，加上伍廷芳、程璧光拒不受职，西南联合会议终于流产了。
