靖难之役是明初围绕皇权斗争日趋激化的必然结果。朱棣以强藩起兵夺取皇位后，北方不再有强藩存在。遂继续实施朱允炆的削藩政策，并改革中央行政机构，建立厂卫，继又迁都北京，使中央集权得到进一步加强。
由于靖难之役时，朱棣得到了很多来自宦官的帮助，故其即位后改变了太祖禁止宦官干政的政策，开始重用宦官。一方面，明朝出现了郑和等著名的优秀宦官，下西洋宣扬国威；另一方面，由于司礼监、东厂等宦官掌权的部门地位提高，且地方镇守、监督采办等重要工作皆由宦官担任（不全为朱棣设置），埋下了日后宦官祸国的种子。
叔侄大战之后，虽然朱棣宣称在宫中找到明惠帝的尸体，并为他举行葬礼，但朱棣对建文未死的传言不敢掉以轻心。建文帝的结局到底怎样，众说纷纭，莫衷一是。因为建文帝在太祖严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各种野史、戏剧里可以看到人们无尽的猜测和演绎，成为明史第一谜案。
细品文化
感悟千年智慧
郑和下西洋，船队浩浩荡荡，起因或许就在不知所终的建文帝身上。靖难之役，燕军马上就要攻入皇宫，建文帝化装成和尚，神不知鬼不觉地消失在历史的帷幕下。当时情形，数百年来始终是一个谜，因为没有确实可靠的记载，只能根据各种迹象来推断。建文帝到底到哪里了，他是否死在大火中，还是远走他乡？
建文帝是如何“化装”成和尚混出京城的？其间过程，有不同的版本：一说系近臣为帝去发，相偕出“鬼门”逸去，这个传说，时日分明，行迹清楚，有头有尾，枝叶俱全，似乎不能令人不信；另一个说法是一位高僧名溥洽者，为帝剃度。成祖为绝天下人怀念故主之心，故意说他阖宫自焚，随后“以他事”收捕溥洽下狱，严刑逼供；另一方面在暗中大搜建文帝的行踪。
“西洋”
明朝初期以婆罗（Borneo）/文莱为界，以东称为东洋，以西称为西洋，故过去所称南海、西南海之处，明朝称为东洋、西洋，且暹罗湾之东海，称为涨海。往海外寻访的三宝太监郑和，昭著于国史，艳传于人口。明代宦官的用事，起于成祖。最初，成祖利用京里的太监刺探消息，尤其是在燕军渡江时，许多太监逃入燕军，对宫中情形、朝廷虚实，全部泄露，成祖颇得其力，因而一改前朝法度，开了重用太监的恶例。
在永乐初年，成祖即用太监办“外交”，遣内官监李兴奉敕宣慰暹罗国王；永乐三年命郑和通使西洋。郑和是云南人，很早就在成祖身边，即使精明强干，但通使外国，又何至遣派阉人？可知通使其名，另有目的。
郑和宝船模型郑和塑像当时的传说，建文帝做了和尚，遁往西南，可能由云南出境，转往南洋，郑和的使命，即是到海外去查访建文帝的踪迹。
朱慈焕
（1633～1708年），明思宗第五子，几十年来，隐姓埋名、东躲西藏，并没有真正从事过“反清复明”。作为一种号召，“朱三太子”的名号对清政府确实构成了威胁，所以他含冤背上了“莫须有”的谋反罪名遭处死。虽朱慈焕死了，但在清初很长一段时间内，仍不断有人打着“朱三太子”的旗帜，“长期奋战在反清复明第一线”。建文帝做了和尚，或者说扮作和尚出亡，事无可疑。所成为谜者，是他离京时的情况以及此后数十年的行踪。清初修《明史》时，因为“朱三太子”一案，又湮灭了若干真相，使得本来就不甚易解的谜，越发难解。康熙初年的“朱三太子”一案，以清朝的立场而言，“朱三太子”真也是假、假也是假，才可以绝明朝的遗民志士之望，而安定人心，用意与成祖之对建文相同，所以在修《明史》时，主张建文焚死之说。其时明史馆曾为此事集议辩论，大部分迫于现实，主张“存疑”，以作为对新朝的让步，小部分坚持出亡之说，而认定“焚死”者，大概仅有一个王鸿绪。王是江苏松江人，康熙进士，官至户部尚书，曾进呈《明史稿》，即为今《明史》的蓝本；《明史稿》原为一代大史笔万斯同的原作，但在王鸿绪进呈时，为阿附清廷的意旨，改动原稿，成为建文焚死，并自撰《史例议》，力辟出亡之说为妄。钱大昕撰《万先生传》，不知其中有此一番偷天换日的伎俩，误以为万斯同主焚死之说，而《清史稿·儒林传》，又采钱说入传。
到了乾隆年间，“朱三太子”一案早成陈迹，既无顾忌，遂复其真，乾隆四十二年（1777年）诏改《明史》“本纪”，建文的“书法”，重定为“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸”，数百年之谜，至此始正式揭出谜底。但修改过的《明史》未有通行本，目前听见，仍为乾隆四十二年的殿本。
建文帝塑像建文帝之谜难解，原因之一是不仅为建文一个人的问题。当燕师入京之日，朝官不愿投降的，多在当天夜里从城上用绳子吊到城外，一夕之间失踪的著名人士多达四十余人，其中有的列名于成祖的“奸臣榜”中，被抓了回去，有的从此不知所终。于是有人传言这些人都跟随建文帝出亡，据说有二十余人之多，这些人的下落无人知道。
怀念忠义，兼以好奇，各种各样的八卦逸闻流传开来。这些传说，有一部分被收入《明史》，如“河西佣”、“补锅匠”、“云门僧”、“若耶溪僧”、“玉山樵者”等。其中绝大多数为后人杜撰。
钱大昕
（1728～1804年），清代史学家、汉学家。字晓征，一字辛楣，号竹汀。汉族，江苏嘉定（今上海嘉定人）。钱大昕是中国18世纪最为渊博和专精的学术大师，他在生前就已是饮誉海内的著名学者，被公推为“一代儒宗”。代表作：《二十二史考异》。
孝陵
明孝陵在南京市东郊紫金山南麓独龙阜玩珠峰下，茅山西侧，开国皇帝朱元璋和皇后马氏合葬于此。其时，在民间对于建文帝及出亡诸臣，有许多神秘的传说，好事者辑写成书，最早的一部名为《忠贤奇秘录》，所记还大致与传说相符。到了万历以后，有两本书先后出现，那更是在编造故事了。这两本书，一本叫作《从亡随笔》，一本叫作《致身录》，内容大同小异，多记建文帝在城破之日出亡的经过。
后来民间还流传这样一个故事：在英宗正统六年，有个老和尚突然去见广西思恩州知州，大声说道：“我就是建文帝。”州官大惊，面报藩司，飞章入奏，把这个自称为建文帝的老和尚以及跟他在一起的十二个人，解送到京，命御史审问。
这位“建文帝”自称年已九十余，死后想归葬在孝陵旁边，所以自首。御史问他，建文帝生在洪武十年，应该只有六十四岁，怎么说是九十余？于是审出实情，这个和尚名叫杨应祥，自然论死下狱。而另有一说，当时曾由服侍过建文帝的老太监吴亮去辨认真相。“建文帝”问道：“你不是吴亮吗？”吴亮不承认，于是“建文帝”又说：“我记得有一次御便殿进膳，是你‘尚食’，我正吃着鹅肉，丢了一片在地上，说赏你吃；你手上拿着酒壶，跪在地上，学狗的样子，把那片鹅肉舐了吃掉了。你难道不记得这件事？”吴亮一听这话，伏地大哭；建文帝左脚趾上有黑痣，吴亮求证以后，捧着“建文帝”的脚又哭。但复旨既不能说真，又不忍说假，左右为难，只好上吊自杀。而“建文帝”则终被“迎入西内”。
谷应泰
（1620～1690年），字赓虞，别号霖苍，直隶丰润（今河北丰润县）人。清顺治四年（1647年）进士。主要有《筑益堂集》、《明史纪事本末》和《博物要览》。这个说法被谷应泰收入《明史纪事本末》，描写相当生动，而实为不经之谈。
建文帝陵终明之世，对于建文帝未死而出亡，殆成定论，而钱谦益于此在官史中显有牴牾的一大事，更煞费苦心，于不悖事实的原则下，为成祖开脱。他替山东赵士喆的《建文年谱》作序，说“唯是文皇帝之心事，与让皇帝之至德，三百年臣子，未有能揄扬万一者”，因而他表而出之。“让皇帝”为南明对建文所上的尊号，肯定其“逊国”，他的“至德”不需赘述。所谓“文皇帝之心事”，照钱谦益的说法：“明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，明知其朝于黔而夕于楚也。胡之访张邋遢，舍人而求诸仙，迂其词以宽之也；郑和之下西洋，舍近而求诸远，广其途以安之也。”这就是说建文帝的行踪在成祖掌握之中，特意放他一条生路，而又惟恐建文帝不明他的“心事”，徒事仓皇，未能安居，所以特派郑和“舍人求仙”、“舍近就远”，作为暗示。问题是成祖有那么仁厚吗？
