台湾岛当时总的来说还比较荒芜，有大部分的土地没有开发，对外贸易还不够发达，岛内治安情况也不尽人意。殖民地的历史给台湾留下了创伤。
郑成功在实行“寓兵于农”政策的同时，开始了全面建设台湾的行动。
郑成功迁移东南沿海的难民到台湾，使他们与台湾军民一同安家生产。
郑成功把荷兰侵略者赶跑的时候，台湾的汉族和高山族人民，加上郑军官兵及眷属，总共只有十几万人，广袤的未开发的土地正待人民去开发。
而在大陆方面，清政府执行“平海五策”的策略，北起山东登州，中经江苏、浙江、福建，南到广东最南端的千里海岸线上的滨海居民，一律强迫他们迁到离海30至50里的内地，挖一条不到一丈宽的沟，插竹牵绳为界，凡是越过界沟的，抓到了就要砍头。这一地区成了无人区。
被迫搬迁的老百姓，只能到新的地方安家。清军把百姓搬不动、带不走的东西全部烧毁。已开垦出来的田地，出海打鱼的工具，统统被废弃。千千万万的老百姓因之倾家荡产，流离失所，家破人亡。老弱死于沟壑，少壮流散于四方，真是成千上万。
郑成功对此非常难过，觉得是自己不愿投清而导致了父老乡亲受苦。他决定要将流离失所的人带到台湾来，帮他们盖房子，让他们开垦荒地自谋生路。通过在大陆的郑军的帮助，一批批难民来到了台湾。
在郑成功的领导和推动下，军垦与农垦不断发展，开垦面积不断扩大，米粮的生产迅速增加。
引入冶铁技术，促进了农业生产和各种手工业的发展。几千年来无人惊动的原始森林被合理地利用，造船业开始兴盛起来。晒盐方法传入台湾，为台湾后来成为中国最大的产盐区之一奠定了基础。甘蔗制糖业日后在国际市场上也独占鳌头。
郑氏家族以海上贸易起家，长期以来海上贸易的收入是郑军军饷的重要来源。除了粮米外，杉桅、桐油、硝黄、湖丝、绫等物以从大陆买入为主。所以郑成功非常重视海内外贸易。
在发展海内外贸易方面，郑成功不仅有经验而且有基础。郑氏家族长期的经商，不仅与国内许多商埠有着密切的联系，而且海外贸易也很活络，这就保证了郑成功进行贸易兴岛的顺利进行。
郑成功鼓励官兵经营商业。当时与日本贸易受西方殖民者的干扰较少，获利却很大，郑成功对此非常重视。他对居住在台湾的日本商人以礼相待，尽量照顾他们的利益，发展与日本的贸易，保持友好往来。
台湾还与吕宋（今菲律宾）人民进行贸易。
通过多种途径的海内外贸易，郑成功打破了清政府“平海五策”的封锁，反而获得了更大的利润。因为在大陆没有竞争者的存在，使台湾成为寡头商，独享其利。
郑成功还特别重视法制建设，严格执行法纪。
为了开发和建设台湾，郑成功颁布了垦田、建军、建政各项法令，强调“法贵于严”，规定“如有违越，法在必究。”
部队刚登上台湾不久，有人告发，宣毅后镇吴豪，掠夺百姓银两，盗用和私藏余粮，据为己有。虎卫右镇陈蟒也有贪污行为，违犯了法令。郑成功派人调查属实，便召集文武官员，判吴豪死刑，撤职查办陈蟒。
后来，承天府尹杨朝栋，知县祝敬和斗给官陈伍合伙克扣军粮，受到郑成功的严厉处罚。判处杨朝栋死刑，祝敬下军，陈伍撤职。虽然杨朝栋是忠于郑成功收复台湾、建设台湾事业的得力骨干，也深得郑成功器重，但郑成功没有徇私，还是以法令为第一准则。
郑成功严格执法的精神为后人所称道。只有严格执法才能维护法律的尊严，从而使法真正产生应有的作用。以种种理由超越了法，只能使“法将不法”。
在郑成功严格执法的带动下，台湾军民遵纪守法，蔚然成风。
郑成功也非常重视人才的选拔与应用。郑成功以“惟才是举”来作为考察人才的依据，而不在乎对方的门第、资历。对于有才学的人，郑成功非常重视。对于各方面的人才，郑成功都加以充分应用。
由于郑成功重视人才的选拔和运用，这种态度得到了其子郑经的继承，在郑军占据台湾的20年间，使“台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。
郑成功全面建设台湾的行动，显示了郑成功不仅是一位杰出的军事家，也是一位卓越的政学家。全面建设的行动，及有很强的现代意识，大大超越了与他当代的一般政学家的水平。
