1917年初，蔡元培接任北京大学校长。1916年下半年经教育总长范源廉介绍，梁漱溟带着《究元决疑论》文章，到南菜园上街蔡宅拜访。蔡元培很高兴地接见了他，梁说明来意后，蔡说：“我过上海时已在《东方杂志》上看过了，很好。”随即请梁漱溟到北大任教，蔡说：“我是喜爱哲学的，我此次来北大重点要办好文科。文科中又以哲学系为重点，你就来哲学系讲印度哲学好了。”梁答： “先生之喜爱哲学我知道，早在中学时即读过先生翻译的《哲学要领》一书，至于我，实在不懂印度哲学。印度宗派是如此之多，而我只不过为解决自己在人生问题上的烦闷，钻研了一些佛典，领会了一点佛家思想而已。”蔡说：“你说你不懂，但又有谁懂呢？我寻不着人，就是你来吧！”又说：“我看你也是喜欢哲学的。我们把一些喜爱哲学的朋友聚拢在一起，共同研究，互相切磋，你怎么可以不来呢？来北大，你不要以为是来教别人的，你把到北大来当做共同学习好了。”蔡元培的话打动了梁漱溟，来北大的事就如此确定下来。
1916年梁漱溟虽然应聘，却因当时应尚在司法部任秘书，一时不得脱身，故暂推荐一位朋友许丹（季上）为他代课。至翌年许丹先生病辞，梁乃到北大任教，为哲学系三年级本科生讲授印度哲学概论。
当时，班上同学计有冯友兰、黄文弼、顾颉刚、谷锡五、朱自清、孙本文等，冯、黄、谷、孙均属哲学系，余者为他系，后来有陈政（德文系）、罗庸、罗常培、王昆仑等也来听课学习。
1917年10月，梁正式进入北京大学，据他在《唯识述义》序言里说：“从初到那天起，我就抱定一个宗旨，誓为孔子、释迦打抱不平。”那时，正是中国新文化运动发展初期，北京大学校内蔡元培、陈独秀、胡适等人是这个运动的中坚人物。他们提倡白话文，批判封建礼教，宣扬西方资产阶级的民主与科学，在社会上引起强烈的反响。梁要为孔子、释迦打抱不平，这显然是把自己置于这个运动的对立面了。但他的努力还是得到一部分人的支持和拥护。起初，他在哲学系讲印度哲学，并出版了《印度哲学概论》一书。此书出版后，颇受到学术界的重视。蔡元培在其《五十年来中国哲学》一文中评论时指出：过去讲佛教是不用哲学的方法来研究的，但梁漱溟在北大开设印度哲学课程，并“印布所著的《印度哲学概论》，分印出各宗概略、本体论、认识论、世间论四编。立在哲学家地位，来研究佛法同佛法以前的印度学派，算是从此开端了”。由此可见，在中国学坛上，把佛家学说立于大雅之堂，作为一门哲学课来教学与研究，梁在这方面起了开路先锋作用，是有贡献的。
然而，形势的发展使梁漱溟的佛学思想受到极大的冲击。那时新文化运动正以高屋建瓴之势向前发展，到五四前后，梁所讲的印度哲学已远远脱离时代潮流，每周两小时的课程，选课的学生也越来越少。而这时“新潮派”如胡适、陈独秀等人，又提出“打倒孔家店”的口号，对传统文化进行严厉的批判。形势逼人，梁漱溟经过一番慎重而严肃的考虑，或者说是思想斗争后，暂时放弃了佛家学术，转而站在儒家立场，为捍卫孔子学说与新潮派展开了斗争。他说：“现在并不是两文化对垒的激战，实实在在是东方文化存亡的问题，现在的世界东方文化不是已经临到绝地了么？形势如此，是不用讳言的。请放眼一看，世界上哪一块不是西方文化的领土？”又说：“东方文化的唯一根据地的中国数十年来为这种大潮流所冲动，一天比一天紧迫，到现在已经撞进门来……直向咽喉处着刀，逼问到东方文化的应存应废……我们真是无处闪避，要赶快谋应付之方。”
当时的北京大学，已成为五四新文化运动和爱国政治运动的发祥地，是新旧思想和东西方文化交锋的中心。此间的梁漱溟，既不是新派，亦不是旧派，而实属于蔡元培校长和北大的栽培者、受益者，使他不但能与新派领袖南陈（独秀）北李（大钊）等和西化派领袖胡适等以及旧派的一些代表人物自由研讨、争辩、交流学术问题，兼收并蓄，友好相处，共谋学术发展，而且有勇气坚持提出自己的独立见解，他说：“我第一日到大学，就问蔡元培先生他们对于孔子持什么态度？蔡先生沉吟地答道：我们也不反对孔子。我说：我不仅不反对而已，我此来除去提释迦、孔子发挥外更不做旁的事！而我这种发挥是经过斟酌的，非盲目的；后来晤陈仲甫先生事，我也是如此说。”
1918年10月4日，梁漱溟在《北京大学日刊》上刊出启事，征求研究东方学道同志。
启事中说：此所谓东方学特指佛陀与孔子之学，由其发源地名之，东方之学不止此。然自余诸家之思致亦西方所恒有，独是二者不见盟于彼土，其一二毗近佛陀者原受之于此。孔子则殆无其类，且至今皆为西方人所未能领略。又东方文化之铸成要不外事，故不妨径以东方学为名也。是二者孔子出于中国，佛虽出印度，然其学亦在中国，而吾校则此仅有之国立大学，世之求东方学不出于中国而谁求，不于吾校而谁求，是吾校对于世界思想界之要求，负有供给东方学之责任。顾吾校自蔡元培先生并主讲诸先生皆深味乐欧化，而无味于东方之化，由是倡为东方学者尚未有闻。漱溟切志出世不欲为学问之研究，今愿留一二年为研究东方学者发其端，凡校内外好学君子有同心者极愿领教。
在这三百多字的启事里，梁漱溟说，西方思想中有少许近似佛家的东西，类于孔子思想的则没有。且佛学已在中国而不在它的本土，世界上要了解东方学的人只能来中国，来北京大学。“吾校对于世界思想界之要求负有供给东方学之责任。”
接下去的话就更有意思了，考虑到蔡校长和主要的教授们“皆深味乎欧化而无味于东方文化”，不曾有人倡议注意东方学。面对这种情形自己虽切志出世，无意研究学问，“今愿留一二年为研究东方学者发其端”，倡议组织学会并每月从月薪中捐出二十元，供会务之用。
启事登出去，有响应者，但不甚踊跃，而且响应者中“大都愿闻佛法”，这和梁漱溟此时的想法不相符。于是，10月31日又在《北大日刊》登出第二则启事：“溟举东方化与欧化为对，其意侧向孔子。”但是没有关系，每星期二、五早晨将在哲学系教员室等候， “如愿过谈，当竭所知奉告”。
启事说（原文无标点）：又有误以溟为反对欧化者欧化实世界化东方所不能外然东方亦有其足为世界化而欧土将弗能外者。
几天后（11月5日）北京大学哲学系研究所的孔子哲学课开课，梁漱溟发表了谈话。《北大日刊》于11月9日、11日分两期连载了这篇谈话，梁提出六个问题：
在伦理问题上，孔子作如何主张；
孔子的形而上学；
政府与社会将如何实施其教化，孔子对这个问题的主张如何；
孔化与欧化如何冲突；
孔化与本土别家异地如何；
人生问题。此问题特欲问孔子不主出世思想，而彼住世思想究为如何之住世思想，对此世间将如何住之。
梁漱溟要求学生在研究时要依据历史材料，提出自己的见解，并认为，经过研究，“数千年之孔子将为吾辈一把揪出”。
对这六个问题，梁漱溟谈了自己的见解，并认为他改变了以往对儒家的看法：“漱溟初入于出世思想，盖甚薄视孔子，及后乃从此证出孔化之至足贵。住世思想之最圆满者无逾于孔子。其圆满抑至于不能有加。溟告白中所谓中西思想无有类者即是此物。所谓欧土将弗能外之东方化者亦是此物。六个问题溟既有答案，其答案罔非此物。尔后始一变从前态度，叹服之无穷。”
有论者认为，若据此认为梁漱溟从此即在思想上及人生态度上发生了根本转变，则为时尚早：梁漱溟向本土文化的复归分为两个阶段。第一阶段即在北京大学期间，第二阶段则始于《中国民族自救运动之最后觉悟》到《乡村建设理论》发表的那一段时间。至于他本人生活态度由佛家转为儒家则是1921年下半年的事。当1918年他研究孔子学说时，仍未作出决定要出佛入儒。在这次孔子哲学课的讲谈中他也谈到这个问题，认为：“至于余之个人则切志出世，未能领孔子之化。好揽世间之务，抛出世修养。年来生活，既其不合世间生活正轨，又甚不合出世生活正轨，精神憔悴，自己不觉苦，而实难久支。一年后非专走一条路不可也。”
大约和梁漱溟这次讲演同时，他的父亲在北京积水潭投湖自尽。梁漱溟十分悲痛。他在讲课之余，认真编辑梁济的遗书（后编成《桂林梁先生遗书》），并作《思亲记》一文，文中说：
