3月24日中共中央军委电令新四军第六师政委谭震林任第一师政委，第六师部队统一由第一师指挥，第六师番号不变。谭震林未到任。刘炎已因病长期休养，他的职务（苏中区军政党委员会书记，新四军第一师军政委员会书记、政委，兼苏中军区政委）由粟裕兼任。7月29日，华中局、新四军军部电令：
“一、六两师政委，谭未到前即由粟师长兼代，一、六两师统一归粟指挥，以便利事权统一”。10月23日，陈毅、饶漱石、曾山致中共中央军委、总政治部电，建议谭震林改任新四军政治部主任，并说：“现经我们再度考虑，认为一、六两师部队暂由粟一人负军政主要责任，已能胜任”，“建议谭震林同志任军政治部主任”。10月26日，中共中央军委、总政治部复电：“同意一、六两师领导机关对内合并，由粟裕同志统一指挥，谭震林同志调任军政治部主任”。11月1日和10日，正式公布上述命令，并重申“原来番号不变”。
春天以苏中教导大队为基础成立抗日军政大学第九分校，粟裕兼任校长。
4月15日在苏中第四分区海复镇（今属启东县）主持召开苏中军政党委员会第二次扩大会议，并于4月29日作总结报告。会议通过了关于党的建设、军事建设、政府工作、夏收运动与深入群众工作的决议。在总结报告中，分析太平洋战争爆发以后的新形势和苏中的特殊战略地位，指出：“苏中是各方面争夺的重要地区，今后的斗争形势将更尖锐与复杂，战争也更加残酷、艰苦。今后的斗争形式虽有可能由反‘扫荡’为主转变到三角斗争，但这一斗争形式不能长久存在，仍然要归并到日我两方的尖锐斗争。胜利的取得主要决定于我们主观实力和政策的正确运用”。提出“一面巩固，一面发展”的方针，要求既要坚持原地斗争，粉碎敌人的一切进攻，又要积蓄与加强力量，准备和迎接反攻。
4月20日发出关于3、4月份以来敌我战术特点的分析及我之对策的指示。指出敌之战术特点是：昼伏夜行，突击奔袭；寻找我军一点，取得搜剿；佯攻撤退，待机再行突袭；寻我主力等。我军战术对策是：强调侦察工作之重要性和多样性；对敌之佯攻撤退切忌上当；对敌之紧缩圈应采取内外结合的办法予以打破；对敌人的车子队要内外夹击，用爆炸物、铁尖子破坏敌车子等。
4月22日在抗大九分校作当前国际国内形势及目前苏中任务的报告。连讲三天，到24日结束。
4月30日、5月1日连发两电给陈毅、饶漱石、赖传珠，报告：国民党“忠义救国军”千余人再次北窜至泰兴地区，判断“似图经过李长江地区，相机进到兴化以南地区”，打通苏南、苏北两地国民党军队的联系，并控制李明扬、陈泰运两部。刻已部署第一师部队和鲁苏战区抗日联军（即“联抗”）“监视忠救，待机行动”。5月2日，电示“联抗”司令员黄逸峰：“目前苏中反顽中心，首在歼灭忠救。因此举不仅可以打断顽方与苏南之联系及形成韩（德勤）、张（星炳）之孤立，且可更有力争取李（明扬）、陈（泰运）”。“在反磨擦斗争中，争取政治上之主动，比争取军事上主动更为重要”。5月10日，再次向新四军军部报告对付“忠救军”的方针：“为应付第三次反共高潮，必须首先以全力歼灭忠救以至张（星炳）顽，以孤立韩（德勤）顽，达到更有利于中立李（长江）、陈（泰运）部队”。“目前我们作战的主要目标，应集中打击某些最顽固之伪军，不宜到处乱打，而应尽量争取安定的时间，以便在两个‘扫荡’之间加强我各项工作”。5月25日，第一师主力部队一部攻歼泰兴宣家堡伪军，“忠救军”公然增援伪军，使它与伪军勾结的面目暴露无遗。日军担心“忠救军”拉拢伪军而对其发动进攻。“忠救军”被迫再次回窜江南。
5月12日中共苏中区委发出《关于成立苏中农抗系统的决定》。指出：苏中已有50万农民抗日协会会员，决定成立苏中农抗总会。此后各地先后建立各级农抗会组织，在组织领导群众进行减租减息、发展农民自卫军、执行政府政策法令等方面，发挥了重要作用。
同日发出致陈毅、饶漱石、赖传珠电，报告苏中敌情和我反“扫荡”部署。5月24日，致电第一师各旅、苏中军区各分区，作出反“扫荡”斗争的具体部署。根据南通、如皋等地日伪军增兵等动向，判断“敌人之‘扫荡’会突然到来”，企图“在苏中摧毁我主力，缩小我根据地”。为此要求“在部队中及地方武装、广大群众中作深入动员与解释工作。注意防止因去年之反‘扫荡’胜利及近期环境比较安定而产生太平与轻敌观念；同时，也要反对去年某些地区之躲‘扫荡’现象”，“应有计划地分配干部加强基层，领导群众及地方武装采取各种手段打击敌人”。“在反‘扫荡’初期，我主力应尽量避免与敌接触，各旅之间加强联系，以便于适时集结主力予敌以有力打击”。决定将苏中区党委和苏中军区后方机关、学校转移到东台以北地区，自己率领五十余人的指挥班子在南通水网地区坚持指挥。
5月13日中共苏中区委发出《关于夏收运动中的策略指示》，指出：在夏收运动中，根据中共中央的统一战线政策和土地政策，一般应采取以团结为主、斗争为辅的方针，在保证实现群众要求的前提下，以民主的合法的方式方法进行。
5月15日第一师第三旅第七团一部伏击由悦来镇出动的日伪军160余人，毙伤日军80余人、伪军40余人。5月19日，第七团两个营进攻三阳镇据点，歼灭日军30余人、伪军40余人。粉碎了敌人下乡抢粮和打通启（东）海（门）公路的企图。
5月15日、17日连发两电给新四军军部，报告贯彻执行中共中央军委1941年11月7日《关于抗日根据地军事建设的指示》和中共中央1941年12月关于精兵简政的指示以及华中局扩大会议精神，结合苏中的实际情况，实行主力军、地方军、民兵三结合武装力量体制与精兵简政的情况。
5月17日中共苏中区委作出《关于改进调查研究工作的决定》，决定成立调查研究室，以周林为主任。
5月中旬日军调集12万余兵力发动浙赣战役，江南国民党30万军队纷纷撤退，50余天连续丢失诸暨、义乌、金华、衢县、江山、上饶等20多座县城。
5月26日发出致中共中央华中局、新四军军部电，报告苏中半年来反“扫荡”和基点争夺战情况和经验。报告中说：“自去冬以来，针对敌增筑据点，修筑公路，逐步分割、紧缩我根据地的行动，我们曾进行对敌据点进攻战和重要基点争夺战三十余次，计摧毁敌据点二十余处。我们认为在目前我们整个力量尚未占优势的情况下，对某些军事要点虽无决死必争之必要，但亦不应轻易放弃，如敌人系局部性的‘扫荡’或乘虚侵占时，应予以有力打击，并求得尽可能多控制一段时间，以便更有力地加强根据地的建设与巩固。这是我们从去年八月以来之作战方针，至今尚无大的变更。”
5月28日发出致新四军军部电，报告组建海上游击部队情况。
5月鉴于日伪军对苏常太、澄锡虞两区的控制逐渐放松，决定派部队和干部前去进行恢复工作。
5月在苏中行政公署召开的研究改造政权、减轻人民负担的第一次县长会议上作形势问题报告。
6月3日指导第一师第三旅第七团举行斜桥伏击战，歼灭由三阳出击的日军70多人、伪军140余人，缴获敌人全部武器装备，包括重武器平射炮1门，给正在准备“清剿”的日伪军以沉重打击。日军旅团长南浦襄吉写信请求送还日军尸体及平射炮，说：“贵军三阳镇伏击，可谓英勇神速，殊堪钦佩。如蒙归还皇军前所丢失之平射炮，尔后贵我两军当和睦相处。”
同日电示第一师第十六旅：乘日本侵略军发动浙赣战役、国民党军纷纷败退之机向南开展工作。
同日陈毅、曾山、赖传珠复粟裕、陈丕显并转谭启龙电：“一般同意粟来电关于开发浙江工作的意见，望即找启龙面商一切”。6月中旬，陈毅致粟裕并告谭启龙电：“谭速去浙东，军部拟派何克希去”。7月28日，中共中央华中局决定以谭启龙、何克希等组成中共浙东区委，谭启龙任书记。
6月5日发出致陈毅、饶漱石、赖传珠电，认为日军发动浙赣路战役、国民党军队向南溃退，“对我向南发展极为有利”，建议新四军主力乘机向苏浙皖边区发展，同时加强苏南、浙东、皖南力量。6月10日，张云逸、饶漱石、谭震林复粟裕电：“我军不公开宣布向南，以免影响团结，但要隐蔽布置向南发展的各种条件”。6月14日，陈毅、赖传珠致饶漱石、张云逸、谭震林电：“浙江方面目前只宜准备，尚未到大动时期”。6月21日，陈毅致毛泽东和中共中央电：“现在浙江已大打，七师、一师即建议南进，我已去电制止。目前仅可准备，不宜轻动，要看清大局再动，否则不好打，收兵难。”毛泽东于6月24日复电：
“所见甚是。皖南、浙西只可发展游击，我主力不应南进。”7月2日，陈毅、赖传珠、曾山致邓子恢、江渭清、钟国楚电：“中央电示皖南、浙西只可发动游击，新四军主力不应南进”。“从大局着想，趁机改善国共关系，解决皖变悬案，此为目前第一要着”。7月6日，毛泽东复曾山、赖传珠电：“浙江战局不久将告一段落，日寇新的步骤尚难断定，但你们须准备应付敌之‘扫荡’。我们军队的任务不是向南发展，而是支持现有根据地，前已于复陈毅同志电中说明了。”
6月6日发出致陈毅、饶漱石、赖传珠电，报告与窜入江北的“忠救军”斗争情况。
6月12日苏中区党委发出执行中共中央《关于抗日根据地土地政策的决定》的决定，根据中共中央指示的基本原则和苏中的实际情况作出具体决定。
6月13日发出致新四军首长电，报告：为应付日军对苏中第四分区海门、启东、南通地区的“清剿”，已将机关、学校转移到第二分区，与钟期光、张震东率精干指挥机构在“清剿”区指挥作战。7月1日，再电新四军首长，报告反“清剿”斗争情况和第一师部队部署。
6月20日得知日军南浦旅团抽调精悍部队1500余人、伪军2000余人，开始对苏中区第四分区进行为期一个月的“清剿”和“机动性清乡”，同时调集日伪军1500余人对第二分区的东台、第三分区的泰州地区进行配合性的“清剿”和“扫荡”，苏中区党委、苏中军区司令部、新四军第一师师部联合发出关于反“清剿”的指示，提出此次反“清剿”斗争的总方针是：立即全面动员，团结党政军民，开展反“清剿”的群众运动，以政治重于军事的原则，坚持苏中斗争，争取反“清剿”的胜利。6月24日，电令新四军第一师各旅：对日伪军发动一次反“清剿”的总攻势。在统一部署下，第二旅第四团攻克深入第二分区中心的丁家垛据点；第一旅第二团、第三团和泰东警卫团进击唐洋区小灶据点，毙俘日伪军120余人；第三旅第九团一部奔袭海门县城，毙伤俘日伪军警120余人。
6月28日发出致第一师第十八旅电：韦永义团（即第十八旅第五十一团）不宜调江北作战，应尽量向南发展，“务必控制沿江一线，以便将来作战略转移”。
6月30日发出致电：组织游击小组杀伤敌人，延缓其修路筑堡计划。
6至7月间指示苏中军区军工部部长程望研制一种轻便的能够曲射的小迫击炮。他说：要摧毁敌人掩体后面的机枪火力点，手榴弹投不到，要有曲射火器，配合机枪在连排使用。所需器材，交由在上海的张渭清小组去办。从秋天到冬天，张渭清小组从上海秘密采购的机床、无缝钢管运到苏中。程望主持设计制造的迫击炮，具有曲射、平射两种功能，在对日军作战中大显神威，被日军误认为“俄国造的新式武器”。
夏天率部转移至南通县（现通州市）石港附近的十总店，住在陆成德家。
一坐下来就摊开地图研究，直至深夜，只吃几块饼干充饥。几天后，在张家沙初级小学教室对南通县各区干部、教师和士绅作形势报告，历时两天。
7月1日发出致新四军首长电，报告苏中第四分区反“扫荡”、反“清剿”斗争情况。
7月3日电示苏中各部继续配合第四分区的反“清剿”斗争。
同日发出致第三旅电，提出攻击九门闸等三个作战方案。
7月5日电示第十八旅：据报苏常太地区日伪军已减少到与“清乡”前一样，“你们除设法抽调苏常太干部外，望设法抽调一个精干连，配以得力干部，派来苏中四分区之通海区，以该区为基点向南恢复工作”。
7月6日发出致第一师各旅并报陈毅、饶漱石、赖传珠电：为粉碎敌人对三、四分区的“清剿”，拟组织第二次攻击战。陈毅、饶漱石、赖传珠于7月7日复电：“大的突击只在有利条件下行之。欲根本改变敌人部署不可能，且亦不适宜”。“敌如转移‘扫荡’二、三分区，作战方针可决定如下：在一、二、三分区发动游击牵制，主力转到三分区，乘其空虚大举反袭之”。
7月7日电示第三分区：做好在反“扫荡”、反“清乡”中坚持原地斗争的准备，指出：“为确实能坚持原地斗争，必须加强各该地之领导机关，并求得军、政、党一元化。”
7月13日发出致第十六旅电，指出：“你们提议必要时集中主力团向顽后方进攻，我们认为不妥。毛泽东同志最近对江南及浙赣路方面工作方针中已明确指出，只宜发展游击战争，主力不应南进。因此，你们只能积极防御，不宜进攻”。“你们目前应设法利用日伪顽矛盾，求得自己生存发展，保存有生力量，深入根据地工作。只有在顽向我进攻时，而我在政治上有理、军事上有胜利把握时，才予以有力打击，一次解决战斗，然后提出停战合作口号，和平谈判，以争取其部下”。7月24日，第十六旅复电，报告苏南情况和第十六旅部署。
7月18日电令第十八旅旅长兼政治委员温玉成派一个营到江南第十六旅活动地区，以加强苏南力量。
7月19日发出致陈毅、饶漱石、赖传珠电，建议：一、在苏中区建立党政军民一元化领导体制；二、为准备战略反攻，抽出主力训练。7月29日，再次就组织形式问题提出补充建议，求得“统一党政军领导，确实做到一元化”。
华中局和新四军军部于7月29日、8月3日复电表示原则同意，“但不主张区党委与师合并、地委与旅合并，合并办法等于取消地方党及行政机关，是不对的”，对实行一元化领导暂宜慎重。
7月20日发出致陈毅、饶漱石、赖传珠电（暂缺）。7月25日，叶飞致电陈毅、饶漱石、赖传珠：“粟师长二十日电之意见，我同意。”
7月26日发出致新四军军部电，报告苏南太湖以东反“清乡”斗争情况。
7月29日发出致电：为调转进攻三分区之敌而采取的作战部署。
8月2日第十六旅致粟裕、叶飞电，报告恢复横山地区情况。
8月9日为配合第三分区的反“清剿”斗争，决定举行石港攻坚战，指挥第三旅两个团攻克石港日伪军据点，全歼守敌500余人，并击退各路增援之敌，缴获轻重机枪6挺、长短枪345支。
