进驻大理城的永昌军，急速对城中的守军进行了再度整合，加上从各地赶来的征调人马，终于组建了一支近五万人的军马，准备插入与叛军相峙的前出之地楚雄城。此时驻守该城的杨畏知，经先前与沙定洲达成的“缓兵之计”奏效以后，乘间将附近百姓大量移入城内，筑郫浚隍，坚壁清野，并调景东、姚安等地援兵，以防叛军再来。
杨畏知，字介甫，号堪我，陕西宝鸡北庵堡人。明崇祯三年(1630)解元，崇祯十五年进士。初任司务，升主事，不久迁升员外郎，督饷真定等处。因廉洁奉公，才干卓，升四川川北道。由于当时流民起义风起云涌，明廷起用其为云南金沧道，为智勇双全之人，而其辖地的“金沧道”，即兵备道。明制于各省重要地方设整饬年代备之道员，称兵备道。金沧道所辖区域，包括永昌府永昌、腾冲二卫，以及楚雄、大理、姚安、蒙化、鹤庆、武定、景东、丽江、顺宁、镇沅十一府。
但此时的云南境地却呈现出一种极为微妙的境况，东面的沙定洲部占据着大片的肥沃土地，矿产丰富，人口众多，且拥有“朝廷”的“正统”出身；而西南面的沐天波，段鹏部，仅只是拥有土地荒芜，人烟稀少的部分。不仅如此，沙定洲还以土司加“朝廷正统”的幌子，拉拢位于东南面的元江，临安府等地的土司官衙。
有鉴于此，段鹏等人在大理城危机解开后，迅速与匆匆赶来的黔国公，沐忠罕，杨镇宇等人商议，希望能尽快结束云南“政出多门”的状况。
两天后，刀岩按先前与段鹏的约定，至大理城。这是上次段鹏去陇川时重点相谈之事，按段鹏的思路，云南的叛乱格局，始于土司的坐大，如要执掌大局的话，非得结束这种行径，方才是治理之大道。而当时在陇川之时，段鹏给了刀岩两天的考虑时间，方才劝规其彻底放弃这世袭的土司官衔。但陇川的多家，则对此有较强的抗拒，只是在刀岩的“强令”之下，大势所趋，方才逐步的“投诚”。
但段鹏对于刀岩及多家，像各多乐庆，多刚等土司，他是另有谋划的。自云南政界被叛军搅乱后，各属衙门之地，已被系数破坏，重新组建是需要大量官员来充任的。然，刀岩及所属的土司，围于其“特殊”的身份，只有放弃这种“世袭”的身份，方能被重用的。
在云南境内与此南北相呼应的，还有丽江的木懿土司。丽江的木家土司，更是势大，在云南土司中拥有极高声誉的。自万历年间起，木氏就向朝廷进贡多达十八次，不仅如此，他们还承担了入朝受封、差发、贡赋、征调运筹粮草等义务，并积极帮助朝廷征剿平乱。木氏的这种对朝廷的依附和支持，使朝廷视木氏为能“节制吐蕃”“辑宁边境”的“西北藩篱”，并多次得到了嘉奖和封赐，其中见之于记录的就多达二十八次，如，万历三十四年，授中宪大夫。天启三年，授封中宪大夫云南布政使司右布政。崇桢十三年，授四川布政司左布政。十七年，钦加太仆寺正卿等职衔。正因为得到了朝廷的诸多封赠和嘉奖，并扩大了势力，使得丽江木氏更为强大，势力范围更为广阔，及与朝廷的关系也更为密切。
五天后，木懿土司在沐忠罕的亲邀之下，也来到了大理城，而楚雄城的杨畏知也几乎是同期抵达的。
如此这般之后，于隆武二年（1646年）七月间，在大理城中，残存在云南属地里的大明官署，由沐天波主持召开了第一次的各方会议。
在这次会议之上，重新组建了云南承宣布政使司，由沐忠罕出任左布政使，刀岩任右布政使，木懿为左参政；云南提刑按察使司，段伟诚任按察使，麾下以甄一乐等永昌府的捕快为主，辅之以各城池知府卫所的巡捕房；云南都指挥使司，由段鹏任指挥使，执掌统辖属境内的各军事部门。
而对于陇川和丽江两处的土司，布政司采取了互调的法子，即相互派遣各自的土官员以“流官”的身份举家迁徙。
腾冲卫则继续由原镇抚司的陈镇抚来统领；永昌府是由原通判陈大人来改任知府；蛮莫城继续是王家的王新民去治理；大理城则是交由杨镇宇暂时打理，其二弟杨天罡，自楚雄城调回大理，改任锦衣卫云南处主事，统辖境内的锦衣卫各属。
在这些衙门官员的重组之后，杨畏知被安排假扮马帮之人，专程前往南明朝廷上奏云南政局的变动。只是，令所有人疑惑的是，段鹏给予其的路线是去广东的肇庆，而非隆武皇帝所在的福州。
所有人员中，仅原石屏土官舍人龙在田没有得到“实授”安置，这是段鹏比较担忧的一人。
龙在田，云南石屏龙朋旧寨人。天启二年（1622年）随征安效良，张世臣有功，得以擢升。崇祯十二年（1639年），被朝廷调往内地，在湖广，河南等地四处作战，屡败流贼，多立战功，并得升为副总兵。兵部尚书熊文灿“剿匪”之时，龙在田正在其手下，驻兵谷城，曾与假装投降的张献忠部往来密切。为了从明军处骗取好马，张献忠还曾拜龙在田为义父，双方多次饮宴畅谈，所以，大西军很多将领，与龙在田私人关系密切，对云南也不陌生。后来，张献忠复叛，熊文灿被朝廷拿下大狱，龙在田因预事有责也被罢斥回云南。
对于此人的任用，段鹏有自己的主张，并不打算任用，以防其与张献忠部继续交往。
然，最大的变动当属辖境里的各军事卫所了。按段鹏的要求，各卫所改弦易辙，交由地方衙门去管辖，原朝廷拥有的土地，也全部彻底分归了军屯户所有，并颁发由地方衙门认可的地契，原有的民田则保持不变，原归属于谁的，依然还是谁的，云南方面并不予以去追究他们是如何得来的，这样最大可能的保持“地主们”的“稳定”，但需要重新丈量他们的所属之地，必须依法缴税。与此同时，所辖之内的“籍”户，全部予以废除，允许百姓自行迁徙，衙门方面仅做登记之用。
但对于原属大明朝在南方的骑兵营来源所在地的澜沧卫，大罗卫，鹤庆府，段鹏则是在商议大会过后，立刻派遣段天宇等人去那里招募骑兵军马去了，在他看来，宽阔的滇东之地，将是快速移动的战场之地，永昌军先前的稳妥战术方式，势必要进行调整才是。故此，他甚至刻意叮嘱段天宇，在招募骑兵时的条件可以稍稍的放宽，以期能拥有更多的骑兵。
这番安置妥当之后，段鹏这才率其近五万精兵，与黔国公及云南各司衙门一道，挥师进发楚雄城，除却剿灭叛军外，还将担负抵御大西军南侵云南之责。
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楚雄城，地处康滇地轴南段的偏西一方，属云贵高原西部，滇中高原的主体部位。东靠昆明，西接大理，南连思茅，北临四川攀枝花和大凉山，西北隔金沙江与丽江相望。地势大致由西北向东南倾斜，其间山峦叠嶂，诸峰环拱，谷地错落，溪河纵横，素有“九分山水一分坝”之称。乌蒙山虎踞东部，哀牢山盘亘西南，百草岭雄峙西北，构成三山鼎立之势；金沙江、元江两大水系各奔南北，形成二水分流之态。楚城处在群山环抱之间，城墙坚固高大，易守难攻。
初抵楚雄城的段鹏，马上对城中的部署进行了调整，把先前杨畏知移入城中的附近大量百姓，纷纷劝解他们迁出，以避战火，而留下来的，都是些精壮的汉子。对于徽商汪庆仁所有的“炮仗坊”，此次则是直接通知其搬迁大部至楚雄城，并正式更名为“火药坊”。随之而来的还有杨明远所属的“农具铺”，改名为“火炮厂”，还有贾家马帮的一众商家，纷纷开始入驻楚雄城。
一切都在有条不紊，紧锣密鼓的进行当中。于新组建的云南都指挥使司来说，最为迫切的是新老军士的整合，以期能早日达到原腾冲卫军的水准，而这项任务则是交有陈超负责的。按照段鹏的思路，大军只有先待整训完毕后，再将于秋收后的旱季，前出楚雄城，剿灭盘踞在昆明等地的叛军。
唯一让段鹏有些担忧的是，自己统领的将士数量不足，远比不上沙定洲拿着攻占昆明等地的浮财，招募而来的数十万大军。而且，孟拱和密支那所产的宝石，在运往江南的渠道，已被系数切断，全只能仰仗蛮莫城“玉品阁”的崔荣泰和昆明城里“鑫琰斋”的秦昶安，辗转输往缅境，或经由那里再转到各地去，这在财力上给段鹏带来了诸多的麻烦。
