在原剧情中，要到第三部才出现了沙漠中的基地，但那时距T病毒爆发已经过去几年时间了。整个世界甚至已经进入末世了。爱丽丝就是在那个基地杀死了艾萨克的一个克隆体，解救了一大群自己的复制体。
这一次，沈毅提前安排人突击了基地。他以为不会遇见爱丽丝的复制体了。只是看到北野武传回来的画面，那一排排营养槽中一模一样的爱丽丝，沈毅还是会觉得心头发凉。他始终无法理解，保护伞那些把人当作工具用完了就在换一个新的的思想是怎么来的。所谓的法律，人伦，道德，这些东西对他们来说不存在吗？他们甚至能够面不改色的克隆自己，望着一群跟自己一模一样的脸，晚上不会做噩梦吗？
视频里传来了汤姆询问的声音。沈毅摇了摇头回复到，“尽可能的保住他们的生命，把她们救出来。另外清点所有的战利品，我很快就会到的。”
结束了与汤姆的通话，沈毅却在白幽灵那边收到了一个不怎么好的消息。白幽灵等人突破了保护伞的防线，但是保护伞的一些高层仍然成功的启动了自毁装置。虽然最后阻止了核弹的爆炸，但是基地内所有的资料都已经被清空了。
“既然这样那就清理的在干净一点吧。”沈毅冷漠的下达了新的命令。沈毅在这个世界得到的已经够多了，很有可能根本等不到他的团队破解这些技术，就要面对新的技术了。
沈毅清剿保护伞的三个秘密基地时，明面上官方的力量也在持续对保护伞施压。短短两天之内，几乎所有的保护伞的工厂全部出现了税务问题，以及贿赂，非法实验等等各种罪名。曾经遍及整个世界的保护伞公司在一夜之间落得个人人喊打的局面。无数的势力开始落井下石，并且大家都默契的没有内讧，归根结底这块蛋糕实在是太大了，大到他们所有人加起来竟然也吃不下。
随着清算的逐步进行，保护伞的全貌开始第一次完全展露在世人面前。沈毅的名下一时间竟也多出了足有十几家各类企业。这是他与各大势力之间的约定。虽然这些对他的意义不大，但是如果沈毅什么都不要恐怕那些势力才会更加警惕他。
足足花了将近半个月的时间处理这些琐事，又抽时间去了一趟沙漠中的那个基地，接受了汤姆缴获的战利品。沈毅决定去处理最后一件事，‘太阳阶梯’。
所有一切的起源，不论是T，还是G，以及维罗尼卡，或是始祖病毒，最初的起源都是‘太阳阶梯’。只是保护伞公司对于病毒的研究已经极为深入了，他们把大量的经历投入到了T与G的研究。而且最关键的一点就是，太阳阶梯有一种极为诡异的特性一旦离开它的生长地便无法继续培育。无论你如何模拟当地的自然环境，甚至是直接运来相同的水土都无法成功的在别处种植太阳阶梯。以至于沈毅始终没能找到一株‘太阳阶梯’的活体。
沈毅从保护伞的资料里查阅过大量的关于太阳阶梯的资料，只是不知沈毅的错觉还是什么总感觉所有的记载都有些模糊。有意无意的一些关键点就掩饰了过去。其中有大量的关于太阳阶梯的古代传说与记载。、
太阳阶梯起源于远古的西非地区，一个名为迪拜压的帝国。当今世界已经很难找到关于迪拜帝国的资料了，即便是保护伞花了几十年的时间也只是找到了一些零碎的壁画。根据笔壁画的记载，在迪拜亚帝国地下核心区域，有一片花坛。花坛上种植着迪拜亚的圣物--“太阳阶梯“花朵。这是一个有着剧毒物质的花朵，只有少数能够被神所认可的人才能在吃下花朵后存活。想要成为国王，吃下花朵是必然的考验。而花朵带给新国王的也将是漫长的寿命和强大的力量。千百年来，迪拜亚帝国就是依靠这种方式来选择自己的首领，并将其视为神所认可的人。
迪拜亚用这种方式甄选国王并延续了上千年，只是根据壁画显示他们最终离开了地下的聚居地，并在后来的殖民浪潮中迅速的没落了。保护伞公司找到了最后的迪拜亚人所种植的部分太阳阶梯，开启了整个保护伞帝国的序幕。然而对沈毅来说他所在乎的是最初的‘太阳阶梯’。根据保护伞的记载，他们从未找到迪拜亚最初的地下祭坛。也就是说他们并没有得到过最初的太阳阶梯。那种只要吃下花朵就能够有一定几率让人进化的神奇生物。他们所有的研究都来自于后期的弱化版本。
保护伞肯定不曾放弃过寻找祭坛，事实上在他们覆灭的前几天。保护伞的海外勘察队甚至还发来了几条有关古代迪拜亚圣坛的消息，说是找到了几个可能的埋藏点。沈毅此行的目的便是为了做一下确定。并经来都来了，如果不尝试窥视一下这个世界的最终秘密总是会给自己留下遗憾的。
经过了十几个小时的飞行，沈毅他们在南非的国际机场降落。又转乘了运输直升机，再飞十几个小时，终于抵达了目的地。运输机在西非的一处简易机场降落了。这是一个在丛林里开刻出来的空地。方圆上百米的丛林被砍掉了，清理出一片平地，勉强供直升机降落。
沈毅走下直升机环顾四周，一眼望去全部是茂密的热带丛林。高大的树木与热带植物纠缠在一起，整个丛林几乎没有人类的活动空间。沈毅甚至能够看到几只猴子远远的趴在树顶警惕的望着他们。几名前保护伞的员工当然现在受雇于沈毅的工作人员走了过来。
“sir，我是这里的领队，艾伯特。我们大约三天前找到了这里，根据仪器的显示，这里的地下有相当大的空间。我们调动了重型机械对这一片进行挖掘。找到了一处地下古代遗址，但还没有证明就是迪拜亚王国的圣坛。”
沈毅冲他点了点头，“辛苦了，入口在哪我需要亲自下去看看。”
“这边，我们连夜尽力了简易的升降系统。”
沈毅跟着他来到了入口处。这是一个直径约两米的垂直深井，从上面可以看到大约十几米深的地下闪烁着大量的灯光，至少十几名工人正在下面做着发掘工作。可以看出，整个地下是一座神庙之类的大型建筑。
沈毅不禁感觉有些奇怪，这究竟是怎样形成的呢？这里又不是沙漠，一座神庙怎么可能被埋到了地下呢？旁边的艾伯特给了他一个说法，“根据我们的专家猜测，早期的神庙极有可能建立在一座地下湖之上。地下湖周围的岩层具有轻微的可溶性经过了漫长的岁月，这片区域开始下限。当时的迪拜亚人肯定是察觉到了这一点才搬离了这篇区域。”
这个解释反倒是提醒了沈毅一个问题。根据保护伞的记载，只要离开这片区域就无法成功的培育太阳阶梯，哪怕是从这里带走的水土也不行。或许，不是水土不行，是他们的水带错了。深层的地下湖才是问题的根本。
“这里有深层钻井设备吗？”沈毅回头对艾伯特问道。
“营地里没有，但是二十公里处的基地里有全套的设备，只要二十四小时就能运到。”
“去做吧，尽快取得地下湖的水样拿去给化验室。”
吩咐完以上部署沈毅直接乘坐升降梯来到了地下的神殿。神殿基本还是完好的这也使得内部有着极为宽广的空间。几名工作人员正在清理墙上的苔藓，大片的原始风格的壁画已经开始显露出来。
从迪拜亚帝国遗迹中的壁画中，可以看到这个帝国的最后时光:迪拜亚的地下世界出现了可怕的怪物，这些怪物有着人的身躯，但却多了许多触手。这些怪物撕咬着当地的居民，破碎的尸体遍地都是。而在迪拜亚的圣地，两个巨人一样的怪物正在太阳阶梯的花坛上扭打……这个壁画或许就是描述了迪拜亚部落没落的真正原因，可能是迪拜亚帝国出现了王位争夺，两个王位继承者让各自的支持者吃下了太阳阶梯，结果造成了可怕的内战。
望着这些壁画，沈毅却是不由得联想到了一些别的东西。在现实世界他曾经看过另一部电影，《普罗米修斯》。在哪部电影的设定中，人类是被一种名为工程师的外星种族创造的。一名工程师饮下了超级生物病毒，分解了自己的身体。让混合有病毒与自身细胞的物质融入地球的生态圈，从而诞生了最初的生命，并逐渐进化为人类。
眼前的这一切和那个自然是没有多少相同之处，但是这种超级病毒的出现无疑还是让沈毅起了疑心。始祖病毒可以让某一部分人在极短的时间里进化，甚至让人扭曲成为怪物般的存在。这种病毒明显的不符合地球的生物进化规则，有一种外来物的感觉，这不由得让沈毅怀疑它的来历。
