在拓跋窟咄、于桓五部以及莫题发动叛乱的时候，拓跋珪保持着清醒的头脑。他明白，在这三股叛乱势力之中，于桓五部和莫题为首的叛乱分子是最容易对付的。对于于桓五部，主要靠围剿；对于莫提为首的叛乱分子，主要靠的是安抚。
所以，拓跋珪首先用的是围剿。先利用这三年积攒起来的鲜卑部落的军事实力，将于桓五部剿杀。紧接着对付莫题为首的叛乱分子，因为莫题等人只不过就是响应一下拓跋窟咄的叛乱，所以拓跋珪先给莫题等人提拔了官职，然后对于这些人做了安抚，这场叛乱的重要组成部分就这样被平复下去了。
重要组成部分虽然平复下去了，但是仍然不能保证内部的离心。为防止内乱扩大，拓跋珪向北行军，依附于舅舅的贺兰部落。贺兰部落当时所处的位置，大致在阴山附近，所以阴山成为了拓跋珪部落的一个屏障，接下来就是请外援了。
这个外援是谁呢？按照当时的布局分析，贺兰部是拓跋部既联合又斗争的对象，所以不能选他们作为援助；南边的独孤部落、东边的库莫奚部和诸如铁弗部落、柔然高车部落都属于革命****的对象，所以不能向他们求助；那么能够求助的部落或者国家就只剩下两个燕国。
经过再三的权衡之后，拓跋珪将求援的对象放在了慕容垂建立的燕国的身上。当386年的十月，拓跋窟咄逼近贺兰部落的时候，拓跋珪的部下十分的惶恐。因为当时慕容垂的儿子慕容麟带领的援助军队还没有到达。
在慕容麟的援军之中，还有一批人是比较值得关注的。他们的身份相当于现在的某国的大使，所以慕容麟先让魏国的使者安同先回去，告诉拓跋部落燕国的大军已经在附近，稳定住他们的军心。
拓跋珪听到安同报告的消息，立刻带领部众与慕容麟的军队会合，在高柳之战中打败拓跋窟咄。拓跋窟咄吃了败仗之后，仍然不投降，所以带领着残兵败将向西逃窜，依附于铁弗部落麾下，不久之后铁弗卫辰将他杀害，拓跋珪接受了拓跋窟咄的部众。
386年十二月，燕国任命拓跋珪为西单于，封上谷王，但是拓跋珪不受。因为拓跋珪此刻也是魏国国王，燕国也是国王级别的，平级之间互封，这绝对不合逻辑。
387年，拓跋珪联合燕国击败了原来的敌人独孤显，独孤显没有办法抵抗，只好投奔慕容永建立的燕国。同年六月，拓跋珪又在弱落水击败了库莫奚部。八月拓跋珪又在马邑南亲征独孤显，追到了弥泽，打败独孤显，这一次彻底的使独孤显投靠了慕容永。闰八月，拓跋珪再次对盘踞在南方的独孤显发动了征讨战役。
次年，拓跋珪大破高车诸部。389年，拓跋珪又亲自征讨高车袁纥部，并在鹿浑海打败对方，俘获人口和牲畜大约二十多万。不久更联合慕容麟所率的燕国军队进攻贺兰部、纥突邻部及纥奚部，因为征讨贺兰部的战斗打得非常厉害，所以后面的两个部落望风而降，连打都不用打。
七月，贺兰部遭到了铁弗部落的攻击，贺讷向魏国投降求援，拓跋珪于是领兵去救援，击退了铁弗部落，并将贺讷等人迁徙到了东部边界，加以监视。平定了除柔然以外的部落势力，可是无论拓跋珪怎样攻打，柔然都不肯投降。
所以拓跋珪在登国六年（391年）进攻柔然，柔然当时率领自己的部众撤退，拓跋珪率众追击，但是要知道这是在柔然的地盘上作战，即使胜利了那自己这一边也会受到损失。拓跋珪属于那种对自己绝对自信的人物，所以他在追击的过程之中，军粮不够了就杀战马充当军粮。不过这样努力的追击最终还是收获不小的，当拓跋珪在南床山下追上这些逃跑者的时候，抓住了他的一半部众。接着乘胜追击的拓跋珪一直将柔然部落的首领緼纥提逼的投降为止。
同年，拓跋珪进攻铁弗部落，直接攻打他们的首都代来城，擒获了直力鞮，铁弗卫辰在逃跑撤离的时候被自己的部下所杀。拓跋珪想到铁弗卫辰这几年让自己受到的寻找之苦，杀死了他的宗族共五千多人，将尸体丢在了黄河之中。
此战之后，黄河以南的诸部落都向魏国投降，接下来要对抗的就是曾经的盟友——慕容垂建立的燕国。在此之前，两个国家是十分要好的伙伴。尤其是登国七年（392年），贺染干和贺讷互相攻击，拓跋珪自领为向导，请燕国出兵讨伐。但是同年，燕国扣留了魏国的使者拓跋觚，并以此为要挟向魏国要名贵的马匹，拓跋珪拒绝。
僵局开始了，从这里开始，燕国和魏国的矛盾完全呈现。魏国此刻也找到了另一个可以联合的帮手——慕容永建立的燕国。可是慕容垂在登国九年（394年）六月出兵进攻慕容永建立的燕国，围攻长子，慕容永看到慕容垂率领的军队的气势，连忙向拓跋珪求援，拓跋珪立刻派遣陈留公拓跋虔和庾岳救援燕国，可是运气很背，两将还没有赶到，长子就已经被慕容垂攻陷。
慕容永和三十多位公卿被杀害，华北一带只剩下两股大势力对峙，一个是慕容垂建立的燕国，另一个是拓跋珪建立的魏国。
登国十年（395年），魏国先发制人，侵袭逼近燕国的附塞诸部，慕容垂在同年五月命令太子慕容宝讨伐魏国，拓跋珪知道慕容宝的大军到来，也明白慕容垂所建立的燕国是多么的厉害，所以率众向河西避战。燕国军队在七月到五原后收降魏国别部三万多户，又征收谷物并造船，准备渡河进攻，拓跋珪也在此刻进军河边和燕军对峙。
魏国一方面派遣许谦向姚苌所建的秦国求援，一面却派兵堵截燕军和秦国都城中山的道路，并且抓住取道到前线的燕国使者。
燕国也不好受，因为开国国王慕容垂在出兵之时已经患病，而且堵截道路又令慕容宝久久不能知道国内的消息，拓跋珪于是命令被抓的燕国使者皇城慕容垂已经晏驾，成功的动摇了燕国军队的军心。
燕国和魏国双方的军队隔河从九月对峙到十月份。魏国还好，因为拓跋珪是二十多岁的小青年，所以疾病对于他来说都是小KISS。但是燕国不行，开国皇帝慕容垂年近七旬，已经是一位垂垂老者，疾病对于他来说可算是致命的打击。
最终燕国军队因为内乱被迫撤退，可是这次撤退老天真是帮了一个大忙。因为河水没有冻结，魏国将士即使追击也只会喂鱼，不会获得成功。但是当十一月到来的时候，大风协助着温度将河面冻结起来，拓跋珪立刻下令渡河，并且派遣了两万多名精锐的骑兵追击燕国军队。
魏国军队在参合陂打败了燕国军队，俘获了大量的燕国士兵，拓跋珪除了在里面选用了有才的贾闰、贾彝等人留下外，其他的官员都送回燕国，但是对于在军中的百姓，全部坑杀。这段历史被称作“参合陂之战”。
北方霸主地位经过了刘渊、刘聪、李特、李雄、苻坚、慕容垂等人之后，接下来的就是拓跋珪。那么接下来，作为首战胜利者的拓跋珪又会怎样对待以前的同盟者呢？
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