崇祯十九年正月至二月，朱慈烺都大门不出二门不迈，在钟粹宫内编写改军制的大纲，卫所制和募军制的劣势弊端朱慈烺太清楚了，所以朱慈烺编写军制改革，之前朱慈烺向崇祯申请女秘书“父皇，儿臣想要几个侍从女官”
“哦，对对对，我儿早该开窍了”
结果，当晚四个太监抬着两个用被子裹着的赤身裸体的14、5岁的女子进了朱慈烺的寝室，弄的朱慈烺哭笑不得。
……
朱慈烺知道父亲会错了意，也没办法，来都来了，就先磨磨枪。
刚风流没几分钟，外边太监喊道“小爷、差不多了，嗨”
朱慈烺那个气呀，没办法，这是制度。
“你们可读过书？”
“奴婢们会些，读过《女经》”
“都叫什么名字？”
“奴婢名叫丹儿”
“奴婢名叫垚儿”
就在这时四个太监闯进来，要把人带走，朱慈烺起身挡住，说道“以后她们就住着了”
“小爷，这不合祖制”
“明儿个，我会和父皇说”
四个太监知趣儿的走了
“有活儿秘书干，没活儿干秘书”朱慈烺心道，回身上床又和垚儿、丹儿大战起来
……
第二天朱慈烺就向崇祯皇帝请旨封丹儿、垚儿两个为选侍，丹儿全名艺丹，姓陈。垚儿姓张。两个都是15岁，知书达理，都是书香门第出来的。
随后朱慈烺安排他们就住在钟粹宫的暖阁，每晚一人在值班，朱慈烺说她们写。
此次改革，将卫所军改编为军屯屯田兵，只负责种地和辑盗。
边军和各督抚的战兵做了细致调整，不在分田地耕种，而是四年后退役转为民户，退役后分30亩田回原籍，愿意留在部队的签协议，四年一签。战兵从百姓中征召，不论士、农、工、商户还是军户的年满17岁的都要体检应征。
军官四年一晋升，两次达不到晋升要求就转业到地方巡检司，屯田兵归于兵备道管，作战部队到达该省，该省兵备道就负责协调军粮供应。
考虑道火铳的稳定性问题，出来近卫军团以外，步兵中五分之一用火铳。
军队的编制自上而下为军、师、旅、标、营、哨、棚、队，每队12人、每棚4队、每哨3棚、每营5哨、每标3营、每旅3标、每师2旅、每军2师。
十三省每省设一个军、南北直隶各设三个军。
首先改制的是近卫第一军至近卫第三军
一个军设两个师及军部后勤保障旅。
军部旅设警卫标1个、辎重标1个、工兵舟桥标1个
警卫标：每标3营、每营5哨、每哨4棚、每棚4队、每队12人（其中，1个队长、1个队副），每棚设棚长1人、棚训导1人，每哨设哨长1人、哨训导1人，每营设营长1人、营训导1人、营参谋1人，标设标统1人、标训导1人、标参谋长1人参谋2人。有兵2160人，军官134人。配神机灭奴铳2160支、灭奴手铳134支，戚家刀134把，马134匹。
辎重标：每标3营（除了负责运输粮草还负责全军炊事）。每营5哨、每哨4棚、每棚4队、每队12人（其中，1个队长、1个队副），每棚设棚长1人、棚训导1人，每哨设哨长1人、哨训导1人，每营设营长1人、营训导1人、营参谋1人，标设标统1人、标训导1人、标参谋长1人参谋2人。有兵2160人，军官134人。配神机灭奴铳2160支、灭奴手铳134支，戚家刀134把，马134匹。每队装备偏厢车2台，用来运载弹药、军需粮草和炊事所需的锅碗瓢盆。
工兵舟桥标：每标3营（舟桥营1、工兵营2）。每营5哨、每哨4棚、每棚4队、每队12人（其中，1个队长、1个队副），每棚设棚长1人、棚训导1人，每哨设哨长1人、哨训导1人，每营设营长1人、营训导1人、营参谋1人，标设标统1人、标训导1人、标参谋长1人参谋2人。有兵2160人，军官134人。配神机灭奴铳2160支、灭奴手铳134支，戚家刀134把，马134匹。每队装备偏厢车2台，用来运载架桥设备、伏地冲天雷、拒马、铁蒺藜、竹刺及其他工事材料。
整个军部旅有兵6480人，设旅座1人、旅训导长1人、旅参谋长1人、旅参谋2人。军官连同旅主官在内共407人。
两个师均为步炮骑混成师，每辖师警卫标1个（同军部旅警卫标）、骑兵旅1个、步炮旅1个、炮兵旅1个。
骑兵旅，辖3标、每标3营、每营5哨、每哨4棚、每棚4队、每队12人（其中，1个队长、1个队副），每棚设棚长1人、棚训导1人，每哨设哨长1人、哨训导1人，每营设营长1人、营训导1人、营参谋1人，标设标统1人、标训导1人、标参谋长1人参谋2人，设旅座1人、旅训导长1人、旅参谋长1人、旅参谋2人。共有兵6480人、军官连同旅主官在内共407人。装备神机灭奴铳6480支、灭奴手铳407支，戚家刀6887把，马13774匹。
步炮旅，辖3标（步兵标2个、炮兵标1个）、每标3营、每营5哨、每哨4棚、每棚4队、每队12人（其中，1个队长、1个队副），每棚设棚长1人、棚训导1人，每哨设哨长1人、哨训导1人，每营设营长1人、营训导1人、营参谋1人，标设标统1人、标训导1人、标参谋长1人参谋2人，设旅座1人、旅训导长1人、旅参谋长1人、旅参谋2人。共有兵6480人、军官连同旅主官在内共407人。其中炮兵标则是（1个警卫营、2个炮营）每个队装备1门炮、有炮车1台载一个基数的炮弹48发，弹药车1台载三个基数的炮弹144发，炮车和弹药车为两匹挽马拖曳。火炮采用三等万胜克虏伯后膛75公厘钢炮。共计160门炮，6480名士兵中有炮兵1920人。不论步兵炮兵都装备灭奴铳1支。军官配马1匹，灭奴手铳1支，戚家刀1把。
炮兵旅的3个标有1个是警卫标同军部旅警卫标，2个炮兵标，分别是重炮标，一个野战炮标。每标3营、每营5哨、每哨4棚、每棚4队、每队12人（其中，1个队长、1个队副），每棚设棚长1人、棚训导1人，每哨设哨长1人、哨训导1人，每营设营长1人、营训导1人、营参谋1人，标设标统1人、标训导1人、标参谋长1人参谋2人，设旅座1人、旅训导长1人、旅参谋长1人、旅参谋2人。共有兵6480人、军官连同旅主官在内共407人。炮兵标则是（1个警卫营、2个炮营）每个队装备1门炮、有炮车1台载一个基数的炮弹48发，弹药车1台载三个基数的炮弹144发，重炮车为四匹挽马拖曳、野战炮车为两匹挽马拖曳。重炮标使用的火炮是一等万胜克努伯15公厘重钢炮，野战炮标装备的是二等克虏伯105公厘钢炮。炮兵旅共装备105公厘炮160门、150公厘重炮160门。6480名士兵中3840人是炮兵。不论步兵炮兵都装备灭奴铳1支。军官配马1匹，灭奴手铳1支，戚家刀1把。
混成师的共有士兵19440人，师设师座1人、师训导长1人、师参谋长1人、师参谋2人。全师军官总数为1226人。
军设军座1人、军总训导长1人、军参谋长1人、军参谋2人，两个师座兼副军长。全军共有士兵45280人，其中炮兵11520人，骑兵6480人，辎重兵2160人、工兵2160人，步兵22960人。军官2864人，装备150公厘炮320门、105公厘炮320门、75公厘炮320门。
……
为了在战时不出现主官战死就兵啸的情况，朱慈烺还提出了军衔制，战时一定主官阵亡，就由军衔最高的人接替指挥。最高军衔为大元帅由皇太子担任，并规定以后皇室成员必须军中历练，宗室成员必须当兵。而后是元帅授予五军都督府的五个左都督，次帅授予五个右都督。上将授予都督同知及各省总督，可高配到次帅。中将授予都督签事及各省掌印都司，可高配到上将。少将授予都督签书及各军军座及各省都指挥签事，可高配到中将。上佐授予各师师座及各屯田卫指挥使，可高配到少将。中佐授予各旅旅座及各卫指挥签事，可高配到上佐。少佐授予各标标统及各卫指挥签书，可高配到中佐。上尉授予各营营座及各千户所千户长，可高配到少佐。中尉授予各哨哨长及副千户可高配到上尉。少尉授予各棚棚长及屯田百户所百户，可高配到中尉。
士卒也有军衔由下而上分别为列兵、上等兵、下士、中士、上士、军士长。列兵为初入伍至第二年兵、第三年兵至第四年兵为上等兵。各项表现优良及自身申请为志愿兵者为下士，为其四年，四年后仍旧志愿在行伍的为中士，再四年为上士，上士服役四年期满安排转业至五城兵马司或巡检司做辑盗工作。
还规定各军旅座以上官员四年调动一次、各军长两年调动一次，督抚平时不得与军中将领来往。
……
计划写完已是崇祯十九年的二月，二月初三朱慈烺就把报告在朝堂提交，崇祯帝批准实施。随后各省督抚都按计划进行裁军，除了南直隶的三个中央军，也就是近卫一、二、三军外，其余军团步兵都是从营开始只有一哨是灭奴铳，其余是冷兵器，练得是鸳鸯阵，每队的武器为狼铣2支、铣枪2支、长枪2支、耥耙2支藤牌刀手、长牌刀手各1配戚家刀，队长持戚家刀，副队长持灭奴铳。火炮方面除了中央军外都使用75公厘弗朗基、105公厘弗朗基、150公厘弗朗基。
海军也进行军衔制改革、主力舰舰长为上佐、大号福船船长为中佐、中号福船船长为少佐、小号福船船长为上尉，各舰船枪炮大副、航海二副都有相应的军衔。各舰队主力舰的舰炮也都到南京金陵船厂换装为150公厘万胜克努伯钢炮，大、中、小福船也都换装105公厘万胜克努伯钢炮。
……
由于军器局采用的新式铸炮法，每天可铸造305公厘火炮30门、150公厘火炮60门、105公厘火炮120门、7.5公厘火炮200门，而只有南直隶三军列装，只用来三个月南直隶的三个军就换装完毕。
南直隶的3个近卫军归朱慈烺直接节制，共有士卒135840人，装备150公厘炮960门、105公厘炮960门、75公厘炮960门，南京城内城和外城每个门设305公厘炮炮台2座，每个炮台4门305公厘炮。
从天津卫至湛江还有海.南岛都部署了海防炮台，归海军建制，每个炮台有305公厘炮8门，150公厘炮16门。
经过郑芝龙的运作，荷兰皇室用的四轮马车运抵京师，朱慈烺命匠作局仿制，并将悬挂系统和转向系统运用到炮兵的炮车和辎重部队的军车上，车是改进了，路呢？
