虽然樊哙、刘邦互有怨言,但他们走在一起却又是互利互赢,就这样常来常往成了无话不说的好老乡。刘邦进县衙当亭长后,樊哙也进了县衙。刘邦戴着竹皮做的帽子,遣送本县去修骊山墓的徒奴,这些人走到途中,许多人逃跑了,他估计到达骊山人要逃光,走到丰西山泽中,他就让徒奴吃饱喝足,准备到晚上把所有的人都放了。他这举动却让十几个精壮汉子愿意跟随他。于是他们就连夜抄近路往前赶路,他令人在前边开道,可这人回来禀告:“前面有一条大蟒蛇挡住去路,请求返回!”刘邦酒醉说道:“壮士前行,有什么可怕的?”于是刘邦上前拔剑把蛇斩为两段,路就畅通了。刘邦往前走了,可后面人走到斩蛇的地方,看见一老妇人夜间在那哭啼。问她为什么哭,她答:“有人杀了我的儿子,因此痛哭。”又问她:“老太太,你的儿子为什么被杀?”老人说:“我的儿子是白帝之子,变成了蛇,挡在路中间,如今被赤帝之子杀了,所以我才哭!”刘邦子弟就认为老人不诚实,准备打她,老妇人突然间就不见了。他们把这事告诉刘邦,刘邦心中高兴。那些追随他的人也更敬畏他了。
刘邦睡觉时白蛇又给他托梦:“小伙子!你今天杀了我,何时还命呢?”刘邦随口推说:“这高山峻岭哪有命还?平地(帝)还命罢。”白蛇说:“我变成龟,好心成全你去吃樊哙的狗肉,你们却把我杀了,还把我煮着吃了,如今我变成白蛇,你又害我性命,你们欠下的帐总有一天要还的,你宰了我的头,将来我就篡你的头,你宰了我的尾,将来我就篡你的尾,现在你把我腰断两截,我就在中间平帝时,篡你的朝。”说完,就不见了,刘邦想与她评理,他大声呼喊,把自己和子弟们都唤醒了(果然西汉传到平帝,白蛇转为王莽,杀了汉平帝,篡了汉朝,后经光武中兴,平灭了王莽,恢复了汉室,建立了刘氏东汉王朝。)。
与此同时,秦始皇常常说:“东南有天子之气。”于是他便开始巡游东方,试图加以镇伏。刘邦因为他老婆找他常常就跟着云气就能找到他,既怀疑与自己有关,为躲避天祸,就常常隐于芒、砀山泽间。沛县人听说了刘邦这些事,有许多人就愿意附从他。
秦二世元年(前209)的秋天,陈胜等人起义,自立为王,号称“张楚”。许多郡县的人杀掉官史,响应陈胜。沛县县令非常害怕,要想率领沛县人响应。沛县的掾主史萧何、曹参向沛令说:“您作为朝廷的官史,如今要起兵反秦,恐怕沛县的子弟不肯听从命令,希望您召回以往逃亡在外的人,可以得到好几百人。通过他们控制民众,民众就不敢不听从命令。”于是县令就派樊哙去召回刘邦(刘季)。这时刘邦的部队已发展有近百人。
樊哙苦口婆心对刘邦劝说,终于把刘邦说服,他带着刘邦回到沛县。县令又后悔了,他怕刘邦来了会发生变故,就关闭城门严密防守,不让樊哙、刘邦等人入城,并要杀掉曹参、萧何。曹参、萧何二人惊恐,翻越成墙保附刘邦。樊哙刘邦气愤极了,于是写了封信射进城去:“现今天下人都被秦朝折磨坑害已经很久了,现在父老们要替县令守城,可此时各国诸侯都已起兵反秦,沛县就不免被攻破,将要杀光城里的人。如果沛县众人共杀县令,选择一个合适的人来领头,以响应天下诸侯,就能保全家室。不然全城百姓掺遭屠杀,白白送死,那多没价值啊!”百姓果然共同杀了县令,打开城门,迎接樊哙刘邦他们。
后来选择头领:樊哙此时是有勇无谋;曹参、萧何是有谋无勇。把目标指向刘邦,刘邦推说:“天下正混乱,诸侯都起兵,如果带头人立不好,就会一败涂地,我不是自爱,恐怕能力薄弱,不能保全大家,这是大事,希望挑选一个可以胜任的人。”刘邦平日里的许多怪异事:乌龟驼他过河;斩蛇,老妇人说是白帝的儿子,杀蛇的人是赤帝的儿子;他存在的地方,天上有云气盘绕。通过大家占卜推断,刘季是唯一理想的最佳人选。于是樊哙与萧何、曹参等崇尚赤色,推戴刘邦来领头起兵反秦。刘邦再三推辞,但众人都不同意,最后还是立刘邦为沛公,在沛县大堂拜黄帝,用牛羊血涂旗和战鼓,旗帜都用赤色,这是因为赤帝子杀了白帝子的缘故。在县衙举行祭祀仪式。然后,樊哙、曹参、萧何等都为刘邦征发沛县子弟为兵,得到二三千人。
秦二世二年十月,刘邦、樊哙就带这些人攻打胡陵、方与,这次旗开得胜,主要就体现樊哙的猛勇。他们回军退守丰邑。秦泗川御史监平率军包围丰邑,第二天,义军出兵交战,打败秦军。让雍齿守卫丰邑。十一月,刘邦樊哙率兵往薛县。秦泗川守壮兵于薛县,逃往戚县,被沛公左司马碰得而杀死。沛公、樊哙还军亢父,到了方与。赵王武臣被其部将所杀,十二月,楚王陈涉被车夫庄贾杀害。魏人周市攻掠丰、沛,并派人对雍齿说:“丰邑是由原来从大梁迁徒来的人所建,经巍地已平定的有几十城,你现在降巍,巍封你为侯并驻守丰邑;如果不降,马上就进攻丰邑杀光城内的人。”雍齿平素就不愿归属于沛公,即刻降巍并替巍驻守丰邑。刘邦他们就攻打丰邑,久攻不下,一个个带着怨骂反回了沛县。次年二月,刘邦、樊哙进攻昌邑,未能攻下。他们带兵向西挺进,又攻打开封,仍未攻下(史记.本纪)。
转战各地。樊哙属于跟随刘邦起兵的第一批人,他的猛勇加之跟刘邦又比较贴心,于是刘邦让樊哙给自己当参乘。
当刘邦被封为汉王时,刘邦大怒,打算出击项羽,部将樊哙、萧何劝阻说:“虽讨厌在汉中称王,但是这难道不比送死好吗?”汉王说:“送死从何说起?”樊哙说:“如今我们的士兵不比别人的多,屡战屡败,不是去送死是什么?”萧何说:“对啊!天给予不接受,反而会遭殃。俗话说:天上有河汉,这是个吉利的美名。屈居于一人之下而能在万乘大国之上施展才能的人,就是商汤和周武王。臣希望汉王在汉中称王,修养百姓,招揽贤人,收用巴、蜀之财力,回军收复三秦地区,便可夺天下。”刘邦高兴的接受了(汉书中的萧何传)。
沛公继续向西进军,在白马与秦将杨熊会战,大败杨熊。杨熊败军被二世皇帝派使臣将他斩首示众。五月,沛公、樊哙他们攻打颍川,差点陷军,结果张良来帮助血洗了颍川,沛公他们又得胜。八月,沛公又攻破武关。张良奉劝乘胜追击,于是,沛公樊哙他们带领人马绕道猛攻秦军,在蓝田县以南击溃了秦军。他们进入蓝田,又在北边大战,又打败秦军。
在刘邦攻下秦朝首都咸阳之后,面对秦王朝留下来的遗产,刘邦立即被迷住了,准备自己先享用起来。这个时候,樊哙就力劝刘邦还军霸上(今西安东南),勿贪秦宫奢丽之物,他站出来说:“沛公!现在天下未定,还不是享受的时候!”只有樊哙一个“老粗”直肠子才敢说这番很不协调的话。刘邦自然听不进樊哙的意见:“你一个杀狗的没文化之辈,凭什么来教训我?”幸好此时萧何、张良站出来帮说,刘邦见大家帮说,也就没跟樊哙计较并采纳了他的意见。