12月2日，俄军如法炮制，攻克车臣第三大城市阿尔贡，至此，仅首府格罗兹尼仍在非法武装分子手中，但它已孤立无援，岌岌可危。
至此，俄军已歼敌4500余人，控制了车臣60%以上的地区，且重新建立起忠于俄联邦的基层政权。
1999年12月初，俄军首先扫荡格罗兹尼周围的卫星城镇，如乌鲁斯——马尔坦、沙利等，切断了非法武装获得增援和补充的通道。随后，俄军炮兵阵地推进至城外2—3公里处，整个格罗兹尼进入俄军的有效射程。
12月10日，俄空军飞撒传单，告知城内居民务必于12月15日前由市区北部撤离该市，并画出撤离路线。
12月15日，俄军对格罗兹尼市区发动猛烈的轰炸和炮击，两天后，地面部队向市区强行推进。格罗兹尼建筑高大，街区繁杂，尚有平民留驻，不利于俄军突进，但俄军采取分割片区，多路并进，立体合围，留出通道等现代巷战战术，组织强大的突击队，与非法武装分子展开激烈巷战。
10多个日日夜夜，俄军步步为营，逐条街道、逐栋建筑地争夺、清理，到12月底，终于将非法武装残余压缩到以米努卡广场为中心、面积仅6平方公里的狭小地带。非法武装利用坚固的防御工事，借助四通八达的地下通道，负隅顽抗。为了减少伤亡，俄军对这最后的顽固据点密集炮击、狂轰滥炸，整整半月，非法武装的阵地一片浓烟，一片火光，一片废墟，一片狼藉。
2000年1月17日，地面部队突入广场中心区，遭到拼死抵抗，北高加索军区第58集团军副司令马洛费耶夫少将被非法武装的狙击手射中头部和背部，当场阵亡。
2月1日和4日，俄军先后攻占了米努卡广场和格罗兹尼最后的堡垒——工厂区，俄罗斯联邦国旗插上了市中心车臣政府大楼楼顶。
随后几天，俄军对整个城市进行了细致的“梳理”，擒获了300多名躲藏在地下室和废墟下的非法武装残余分子。格罗兹尼战役成功结束。
此次攻伐，俄军共歼灭非法武装分子3000多人，击毙了包括杜达耶夫侄子在内的4名战地司令以及车臣副总统阿尔萨诺夫。非法武装司令巴萨耶夫也被炸断右腿，炸伤头部。但是，经过成功的战地外科手术，他奇迹般地脱离了危险，与其他高层领导和部分骨干分子幸运地逃出格罗兹尼，钻进深山。
2月11日，俄军开始清剿潜藏在车臣南部山区的非法武装分子。但此处山高林密，交通不便，无法调动和使用诸如坦克、火炮等重型武器，飞机也难于寻找目标，不可能像围攻格罗兹尼那样调动大兵团作战。反之，巴萨耶夫等人则充分利用自己熟悉的地形，又能得到当地百姓的掩护，巧妙地与俄军周旋。必要时，他们还能越过边界，躲入格鲁吉亚境内的潘基西峡谷，俄军被拖入最不情愿的游击战，十分被动。双方进行反反复复、旷日持久的拉锯战，悲壮惨烈。
三、反恐怖新时代
2000年3月13日，克里姆林宫突然召开紧急会议，并邀请新闻界参加。会上，普京总统宣布：1996年在基兹利亚尔市制造恐怖人质事件的车臣匪首、“孤狼”拉杜耶夫，已落网就擒。
这是俄罗斯反恐的重大胜利！
事情的经过是这样的。3月10日，俄罗斯伞兵巡逻队和海军陆战队侦察分队几乎同时发现了一支由数百人组成的非法武装，根据其队伍的组织、装备、频繁的通讯判断，其中很可能有重要人物。
俄军侦察兵紧紧地盯上这支队伍，同时，由俄联邦安全局直接领导的一个特别行动小组也加入其中，对其进行了24小时的电子侦察，破译了通话密码，并从窃听中得知联邦通缉的要犯、车臣非法武装的第二号恐怖分子、素有“孤狼”之称的拉杜耶夫就在其中。
情报送达莫斯科，安全局一位副局长亲自出马，率领10名最精干的特工赶赴前线，研究生擒拉杜耶夫的方案，但“孤狼”人多势众，难度极大。
11日傍晚，特工发现拉杜耶夫将其部队化整为零，装扮成平民，准备突围。特工人员大喜过望，如此，拉杜耶夫为自己安排了绝路。
当晚，拉杜耶夫带领近百名亲信，潜入新格罗兹年斯基村亲属家。他非常狡猾，剃掉了胡须，摘去了常戴的墨镜，并故意散发传单，声言他已战死，但特别行动小组还是准确地掌握了有关他的准确情报，包括他住的房间及周围地形。
12日凌晨4时，10条黑影悄悄潜入村庄，制服了哨兵。然后，四人担任警卫，六人轻轻地打开了拉杜耶夫住所的房门。此刻，拉杜耶夫及其卫队长、财政部长睡梦正酣，毫无知觉。特工们在其面部喷上“迷魂剂”，扛上肩头，飞跑出村，扔上汽车，飞驰而去。拉杜耶夫醒来时，发现自己双手被缚，正在一架飞往莫斯科的飞机上。
拉杜耶夫被擒是车臣战争的一个转折点。非法武装遭此重创，被迫放弃了战场上的对抗，但同时，他们选择了另一种自认更为适当、更加熟悉的方式——深入俄罗斯腹地，进行恐怖袭击。一支正规武装部队竭尽全力从事恐怖活动，其危害之大是难以想象的。从此，俄罗斯恐怖活动再掀高潮，陡然升级，俄罗斯面临的反恐斗争将更为严峻。
一连串的恐怖袭击率先在车臣地区可怕地发生。
2000年5月30日傍晚，俄罗斯驻车臣全权副代表谢尔盖·兹韦诺夫、格罗兹尼市长苏普扬·莫赫恰耶夫及其助理乘车由格罗兹尼前往乌鲁斯马尔坦，途中，遭到恐怖分子的伏击。6时30分，汽车被遥控地雷炸翻，兹韦诺夫等人当场死亡，市长莫赫恰耶夫身受重伤，奄奄一息，挣扎着打电话求救，恐怖分子补上一枪，顿时殒命。
这之前，已有两名俄罗斯代表、副代表在车臣遭到劫持或遇难：1998年5月1日的弗拉索夫和1999年3月5日的皮什贡。事实上，恐怖分子刺杀莫赫恰耶夫蓄谋已久，只是苦于没有机会，这一次，他们事先获悉了莫赫恰耶夫的出城时间和线路，才制造了这场悲剧。
尽管没有谁宣称对此事件负责，但根据俄方掌握的情报，此次恐怖袭击应是已逃进深山的车臣前“总统”马斯哈多夫一手策划，由刚从南部山区渗透到格罗兹尼附近的“车臣敢死队”制造。他们经过恐怖活动专业培训，以小组为单位潜入各地，进行恐怖活动。当然，恐怖分子则宣称自己“为争取民族独立的战斗还在继续”。
第二次车臣战争似乎结束了，再也没有明显的战事，但再也没有希望的和平与安宁。2000年6月15日，俄军第一副总参谋长马尼洛夫上将向媒体宣称：在这次车臣军事行动中，俄军共阵亡2091人，负伤5962人。2001年1月22日，俄罗斯总统普京宣布从车臣部分撤军，只留下两支部队：俄军第42师，约1.5万人，内卫部队，约6000多人。
然而，就在俄军开始撤离车臣时，车臣及周边地区连续发生了至少10起恐怖事件。其中以1月27日的恐怖事件最为严重。当天上午11时30分，恐怖分子发射地对空导弹，击中俄军“Mi—8”型直升机一架，机上11名人员全部遇难，其中包括数名高级军官：俄罗斯内务部副部长兼南方联邦区内务部部队首长鲁德申科将军、内务部部队副总参谋长达维多夫将军，以及5名上校。
两天后，一架“Mi—8”直升机再次遭到了车臣恐怖分子的地面袭击，幸好未被击中。
2月3日，俄罗斯边防局的一架“Mi—24”直升机在车臣境内汉卡拉军事基地附近坠毁，机上3名乘员全部遇难，尽管军方称这是一起飞行事故，但仍不排除是恐怖分子所为。
2月27日，俄军一架“Mi—8”军用直升机在车臣境内执行任务时，突然遭到地面高射机枪射击，飞机严重损坏，未造成人员伤亡。
时间进入了更动荡的2002年。
2002年8月19日下午5时左右，一架“Mi—26”大型空中运输直升机在印古什摩什多克军事基地与车臣汉卡拉基地之间执行任务，在接近汉卡拉机场时，突然机身剧烈抖动，挣扎10来秒后，一头扎向地面。汉卡拉距车臣首府格罗兹尼不远，是俄军在车臣最大的军事基地之一，警卫森严。基地周围设置了一条两公里宽的雷区，埋下了近万枚地雷。飞机坠入铁丝网外的雷区，触响了地雷，引起连环爆炸，顿时山摇地动，火光冲天，浓烟滚滚。此飞机性能优异，可乘坐近百名全副武装的士兵，人称空中“巨无霸”。机上共有147名将士，其中114人遇难。
尽管俄军方不承认此次事故是恐怖袭击，但恐怖分子却手舞足蹈，欣喜若狂。飞机坠地当天，他们就在网站上刊出“Mi—26”在大火中燃烧的照片，并指出飞机是他们用“针”式地对空导弹打下来的。后来，此事得到俄军方默认。
8月31日，又一架“Mi—24”直升机在车臣执行任务时被导弹击落，两名飞行员与飞机残骸一起掉进深山。
此后，在9月26日，10月29日和11月3日，又各有一架不同型号的直升机被恐怖分子击落，这一年，可谓俄罗斯军方的空难年。
当然，残酷的恐怖活动，俄罗斯方面也负有某些不可推卸的责任，尤其是个别败类，其做法本身就与恐怖分子无异，结果无疑是给恐怖分子火上浇油。
其中最为典型的就是布达诺夫上校事件。
2000年3月27日，俄军第160坦克团团长布达诺夫上校，率部清查从格罗兹尼漏网的非法武装分子。在格罗兹尼南部的坦吉丘村，迷上了一名年仅18岁的车臣少女。那女子名叫昆佳叶娃，貌若天仙。布达诺夫命令部下用手枪逼迫昆佳叶娃上了他们的装甲车，带回基地，多次施暴。为消灭证据，布达诺夫将其残忍地勒死，抛尸荒野。次日，昆佳叶娃的家人找俄军要人，布达诺夫的部属谎称她被一伙醉鬼强暴后杀害。村民不服，包围了俄军驻地，并在小树林里找到了昆佳叶娃的尸体，惨不忍睹。此事引起车臣百姓的愤怒，纷纷拿起武器，加入非法武装，决心为自己的姐妹复仇。巴萨耶夫则通过互联网发表声明，声称用手中的9名俄军战俘换取布达诺夫，并限俄方在72小时之内答复。俄军担心布达诺夫落入非法武装手中，将被石头砸死或被坦克、拖拉机轧死，拒绝交出布达诺夫，9名俄军士兵惨遭杀害。事情轰动国际社会和整个伊斯兰世界。联合国人权专员玛丽·罗宾逊女士专程赴车臣调查事情真相。俄军方被迫逮捕布达诺夫，布达诺夫举枪自戕，打伤大腿，仍未逃脱法庭审判。2003年7月25日，布达诺夫被判处有期徒刑10年。他是第一个因侵犯车臣公民权利而遭俄罗斯判刑的军人。
第二次车臣战争是俄罗斯反恐大行动的壮举，也是成功之举。首先，俄罗斯粉粹了车臣恐怖分子在莫斯科制造的一系列恐怖活动，并使政府对车臣的军事行动得到了道义上的支持。其次，击溃了车臣恐怖分子在达吉斯坦制造的恐怖、叛乱活动，直接为进军车臣铺好了道路。其三，以较小的代价成功地攻占了车臣首府格罗兹尼，彻底击溃了马斯哈多夫民族分裂政权，扭转了车臣从联邦“独立”出去的严酷局势，维护了俄罗斯联邦的领土和主权的完整，从法律上否定了民族分裂分子的合法性。从此，以马斯哈多夫为首的民族分裂主义分子或成为枪下之鬼，或成为皆下之囚，或成为联邦检察院的通缉罪犯，从某种程度上杜绝了车臣分裂叛乱活动的祸根。
当然，第二次车臣战争并未从根本上解决车臣危机：俄罗斯与车臣之间的民族裂痕非但未能愈合，反而有所加深；事实上，俄罗斯又陷入了当年在阿富汗的窘迫境地，欲战不能，欲撤无望。同时，第二次车臣战争还使俄罗斯与美国、西欧、与邻国格鲁吉亚，以及与伊斯兰国家的关系恶化；尤其明显的是，非法武装残余分子并未缴械投降、改恶从善；马斯哈多夫、巴萨耶夫、扬达尔比耶夫等高层领导依然逍遥法外，他们还有足够的能量给俄联邦制造一系列麻烦。在国际恐怖主义肆虐的大背景下，他们选择了恐怖主义，转入地下，瞄准无辜的平民，以此要挟俄联邦政府，从此，联邦政府虽不必再动用大规模的军队与战略物质进行声势浩大的军事讨伐，但在反恐怖主义战场上，却更棘手，更易遭受攻击，给社会造成的心理创伤也更难以治愈。但是，退路是没有的，俄罗斯必须勇敢地接受恐怖主义的挑战，迎头痛击！
四、构建国际反恐战线
