康有为及其朋友给光绪皇帝的进言权迅速崛起，他们更为大胆，从来没有倾向于和解；那些拒绝完全接受他们炽热改革理念的人被指责为对抗皇帝的反动派，并被排除。翁同龢是康有为在朝廷中最初的支持者，但是在6月15日被革除职务。一直是制约力量的恭亲王在两周前逝世，荣禄被任命为天津总督，让总理衙门处于庆亲王无力的控制之下。李鸿章的命运转折发生在9月7日，当时他被解除官职。事实上，改革派并不打算把这个老总督列入同情他们的名单；然而，正如林文庆和其他一些人所证实的那样，李鸿章对他们并没有恶意，对后来那位不幸的光绪皇帝的遭遇，也没有感到高兴。
相反，李鸿章正统的儒学思想和对朝廷威严的深深敬意使他冷漠地对待慈禧太后的反动行为，最后则公开表示反对，当时慈禧太后打算把光绪皇帝赶下宝座，并进一步想羞辱他，整死他，这激起了满洲人的反对。
李鸿章在所有高官中，是唯一没有参加（作为大学士）1900年1月23日大觐见的人，在这次觐见中，光绪皇帝被迫在退位诏书上签字，并挑选了自己的接班人。李鸿章匆忙离开京城，去赴任广州总督这个新的职务。他敏锐地预见到，满洲人无知的英勇会迅速驱使他们盲目地攻击反对他们做出激烈反应的所有人和所有事，包括欧洲人。他与长江流域的总督们联手反对新皇帝登基，迫使太后重新考虑这件事，光绪皇帝保住了性命。在国内政治的高层，李鸿章在勇气、一致性、预见性方面，是值得赞扬的。
逃离京城的慈禧太后看到自己的错误后，她在西安府发出罪己诏，其中提到的教育改革和宪法程序，无疑是从李鸿章那里得到的灵感。在这方面，袁世凯是李鸿章忠实的追随者和效仿者，而张之洞和通常一样，出于个人安全的需要也发生了转变。李鸿章曾提醒慈禧太后义和团政策的愚蠢之处，他没有用清教徒般的道德说教方式，而是简单地说，这不会带来任何好处。八国联军进入北京后，在北京可憎的荒凉之中，他勇敢地工作，从慈禧太后的废墟中挽救一些东西，极力催促她披上懊悔的政治外衣，让商业化的欧洲人和感性的美国人继续抱着“中国觉醒”的梦想。慈禧太后听从了李鸿章的劝告，这样他在去世前至少可以心满意足了，因为他的远见很可能被证明是正确的。
在君主立宪政府的问题上，我们不可能说李鸿章是否有明确的想法，或者说他是否认真地研究过这个问题，但可以肯定的是，他在总督生涯的早期阶段就认识到，如果仅仅是因为君主专制不再能用武力维护其权威的话，那么对广州人和其他进步人士的意见做出让步以缓和专制统治，对于满洲统治者来说不失为一个良策。
如果李鸿章在慈禧太后1901年回到北京后的七年中，尤其是在俄日战争之后，还能活着做她的顾问，他可能会在维新派生硬粗糙的理论和满洲人顽固的保守思想之间想出一些权宜之计。李鸿章作为日本立宪政府演化的密切关注者，意识到这样一种可能性，即在表面上建立一个代议制政府，而实际上仍保留君主专制的关键实质和统治阶级特权。但在1898年，朝廷仍未从教训中认识到改变的必然性和必要性，而维新派同样没有认识到改变是一个缓慢且需要耐心的过程。在这一时期，李鸿章远远走在同时代人的前面，如同1860年时一样，但在1896年之后，他就像在荒野上布道，其谨慎的观点使他得不到双方的信任。
李鸿章对待基督教的态度值得注意，因为在他事业的不同阶段，这种态度影响了他对国内外政策的执行。和通常一样，只要涉及到私人关系，就有情感和理智的奇特混合。他个人对于宗教问题的看法是属于知识分子贵族阶级的观点——时而适度地感兴趣，时而恼怒，经常轻蔑，同时又能容忍，就像古典自由思想家。随着年龄的增长，他的这种容忍感染上了愤世嫉俗的观念，这不足为怪，因为我们可以从他的观点和经历中看得出来。
毫无疑问，李鸿章和中国的其他官员一样，谴责基督教在中国的活动，也确实将其视为对国家的和平与尊严的一种威胁；他谴责那些无法收回的条约权利，正是这些条约权利使各种各样的人传播各种各样的教义，严重干扰了清政府的行政事务，而这些传教士凌驾于中国的司法管理之上，或置身事外，那些以传教的名义完成的政治工作（尤其是俄国和法国的公司），反复说教和灌输（主要是美国传教士）对维新派与宪法权威产生威胁的政治思想，令他感到痛心。尽管如此，直到生命的终结，他仍然友善地对待他认识的某些传教士，并由衷地尊敬他们自我牺牲的工作：他们真正做到了行动重于言语，善行重于说教。因此他对代表团的出色工作给予热烈赞扬，而且为了证明自己的诚意，他在天津建立了一所免费医院，由伦敦代表团的一名大夫主持。
根据约翰W.福斯特为1913年版的“回忆录”写的序言，李鸿章“到成年时，也像中国的大部分人一样，对传教士及其工作无知并且仇恨，称他们是洋鬼子，轻蔑地看待他们的教义。但渐渐地，当他更好的了解了他们的工作，就修正了他的判断”。然而，福斯特先生也不得不承认“他把教义看作哲学或道德，没有理解基督教传教士和其使命的精神实质”；同时“基督教国家间的不一致不会不引起他的注意。他提到它们彼此争斗，怀有痛苦的仇恨。”
在《回忆录》中存在这样一段话，日期是1886年2月，完全地表达了李鸿章讨论宗教问题和基督教道德基础时的看法（尽管语言有很大不同）：
“在这几年里我已经对西方的宗教进行了非常详细的研究和思考，我看不到它和我们自己的哲学相冲突。相反，孔子的教导和耶稣的教义同样在一个高尚的层面，都想改善全人类的道德状况。我知道，如果我生在英国、法国或者美国，我会称自己是基督徒，因为基督教是那些国家的宗教；按照它的信条生活的人将不会遇到麻烦并且还受人尊重。他不会想到孔子，因为他不需要他和他的教导。同样地，反过来在中国，我不需要基督，如果我只追随我们自己的圣人和哲学家。我本人不需要基督教，但我不会因此反对它，因为我相信在中国有几千、几百万人将会从耶稣的知识中受益，尤其是在根本不妨碍自己遵循孔子的教导的时候。”
“因此今天我概括谈谈更聪明的官员和文人的想法——我的想法，也是从广州到京城北部这个阶段的想法——外国人之所以被憎恨，不是因为他们的宗教，而是因为他们在其它方面使人害怕。今天的可怕，根本不在于耶稣基督和他的追随者，而是他们可能会与国家的政治和工业独立为敌。”
熟悉李鸿章最能干的秘书罗丰禄（曾任中国驻伦敦大使）清晰的用词的读者可能会发现，这段文章与他陪同总督巡游欧洲期间发表的有关总督感想的演讲有奇特的相似之处。
可以肯定，李鸿章最初对基督教及其阐释者的评价，在他与戈登将军相处时有了相当大的改变，这一点在前面的章节已经谈过，通过与那位骑士的合作，李鸿章认识到基督教道德诉求的一般特性。不论从哲学角度还是伦理角度，有别于教条的基督教道德教义被李鸿章称赞，就像他说的那样，因为它们的精神在本质上是东方的；事实上，中国文明的优势在于它建立在道德基础之上。但是没有什么能使他对基督教代表团带来的政治困境和危险视而不见。那些危险的本质，他在1876年那篇著名的奏折中委婉地提出过，我已经引用过了。从中我们发现以下他政策中的重大陈述：
“传教士扩展的问题，比其他问题更令人困惑，尤其是它不是国家与外国政府之间的问题。当下，无数未登记的教堂竖立在每个地区，解释他们的教义，宣扬他们的信仰；普通的民众一半受了他们欺骗，另一半则出于邪恶的目的加入了他们。应该发指令给北方和南方的贸易负责人、将军、总督、理事、海关负责人、道台，让他们结交外国的官员，与这些官员沟通。然后，当任何事情都安排好了，明确地告诉他们当普通百姓对官员行为不端时会被判决；当发生百姓不愿意改变信仰这样的事情时，官员不能坚持他们的做法，反对百姓的意志，否则这会提高暴动和骚乱的可能，损害国家间的和睦。在即将修正的条约中，所有可能的条件都要用来关注这一点，不能增加新条款。”
此后不久，李鸿章有机会纠正自己关于外国政府并不关心传教士问题的观点。在他担任直隶总督一年后，我们发现他参与起草了中国给法国政府的一个通告，其中提出了一些合理的（但对法国政府来说是不能接受的）建议，管理各省的传教士的工作，以预防可能因此出现的国际纠纷。这些建议中最重要的是（1）明确国内传教士的法律地位，制止国中之国的不幸后果，这个后果由传教士自己和国内的皈依者不受当地政府管制所导致；（2）要意识到严格检验皈依者的品格和过往经历的必要性。
虽然许多没有偏见的观察家立即接受了这些建议，但欧洲各国的外交部和新闻界并没有给予鼓励。阿礼国爵士严厉批评在1858年的《天津条约》中以武力强加给中国的“默认条款”，谴责说“为了使这个国家转向基督教信仰，在一个商业条约中附加改变宗教信仰的作用是徒劳的。”他预见到这种做法最终会成为“引起不信任的原因和动乱的因素”，中国随后的历史不幸地实现了这个预言。基督教教会中的激进派确实要对不幸的中国人民造成的麻烦和苦难负责。密吉先生客观地指出，在分析1900年义和团运动爆发的原因时，中国政府在1871年抱怨的不幸“正在逐年增加，暴力和杀戮不间断地交替发生，外国传教士和中国人民的情感在加速恶化。近年来中国政治承担的后果具体的表现形式是领土掠夺，中国人已经有了丰富的使国家强大、使人民善良的这种宗教的经验。”
李鸿章作为中国外交关系的主导者，持续关注着这个问题。法国在中国成为基督教保护国（德国人有争议）的历史太长太复杂，以致现在不能讲述；说它在中国纯粹的国内行政事务中导入了一个新的而且高度危险的因素就足够了。反教权的法国坚持违背中国的意愿，在中国领土上保护基督徒的权力，没有比这景象更强大的实例可以引证，传教活动可以被一个有侵略性的政权用于政治目的。
1885年中法战争结束时，李鸿章希望消除法国对中国境内的罗马天主教教会事务的政治干预，因此他劝说教皇派遣一名大使到北京，并同意任命一位中国大使去罗马教廷，以便和中国当局面对面地把天主教的代表团安排得更加正规合理。为了达到这个目的，他派遣了一位值得信任的代理人秘密出使梵蒂冈，这位代理是一个叫约翰·乔治·邓恩的英国天主教教徒。邓恩先生还被授权提出北塘大教堂这个令人烦恼的事件，这个俯瞰宫殿的建筑物令慈禧太后和朝廷十分震怒。将它迁移到到另一处的提议早就进入议事日程。尽管付出了巨大的代价，最终这个问题在朝廷和拉扎里斯特代表团双方都满意的情况下得到了圆满解决。但是出于法国声称是罗马天主教代表团的保护国，法国政府对此事的武断态度，使中国人更急于把一名教廷大使安排到北京。
一段时间以来，李鸿章为了这个目的进行的谈判（通过邓恩先生用电报的方式）似乎要取得成功；但是教皇最终被迫收回了他的批准。法国政府给教皇发了最后通牒，威胁要对法国的教会进行严厉的报复，他不得不让步。这件事再明显不过地表明，宗教为了政治目的而贬值了，它也增加了中国人对传教士活动的怀疑。如果李鸿章在以后的时间公开嘲讽欧洲列强对各自宗教宣扬的关注，谁还会指责他呢？
德国政府明显是因为政治上的原因，在1882年不再允许法国对德国传教士行使宗教保护国的权力；它坚持要这些人通过德国代表团拿出他们的护照。这个问题在1886年安泽尔主教被任命到山东后变得尖锐。梵蒂冈被迫于1890年批准了这个新程序，不过由意大利政府提出了类似安排遭到了否决。这种以宗教名义发生的不合礼仪的纠纷，使得不幸的中国当局处于相当窘迫的境地。
德国驻北京大使赫尔·冯·布兰德在与安泽尔主教的相处时直言不讳地说，对传教士的“保护”是政治资产，德国不打算把它交给其他任何列强。安泽尔主教是一个诚实的人，分清了作为一个忠诚的德国人应尽的职责和作为一位牧师对教皇利奥八世应尽的职责，他毫无掩饰地表达对法国保护国的偏爱。在最终决定自己的行动方向之前，这位主教向教皇咨询，李鸿章抓住这个机会给红衣主教兰波拉写信，建议做一些安排以规范基督徒在中国的地位。他仍然期望看到一位教皇大使来到北京，后者能够不求助于战马、步兵和大炮来解决宗教问题。梵蒂冈与返回中国的安泽尔主教的态度，都倾向于鼓励这种希望，但李鸿章和罗马教皇都无法克服法国的坚决反对。
