德国大学制度的精髓是学术自由的原则，即一个真正的高等教育机构首先是“自由的科学研究的工作场所”。这个原则是当时英国大学所没有的，也是世界上任何别的地方所没有的。学术自由既适合于教授的教学自由，也适合于学生的学习自由。教学自由意味着德国大学教授的职位是有保障的，他可以自由讲授自己坚信是真理的知识，在研究过程中和发表他的成果时，有调查研究任何问题的自由。教会、政府、党派以及陈旧的传统，都不能干预他的研究和教学。学习自由意味着德国大学生可以自由选择他们的学习课程，他们有听任何课的自由，有学习任何学科的自由。他们甚至可以自由从一个大学转入另一个大学。学术自由成为德国大学的保障。正是因为学术自由的原则，才使德国大学在19世纪成为进步思想的中心。
无疑，选修制与学术自由的原则是一脉相承的，或者说前者是源于后者的。在美国，哈佛大学是选修制的发祥地，而校长埃利奥特是选修制最积极的倡导人。实际上，在埃利奥特之前，美国早已有过选修制的尝试。
杰斐逊曾建议弗吉尼亚大学分成古典语、现代语、数学、自然哲学、自然史、解剖学和医学、道德哲学、法学等八个学部，学生可以自由选择任何一个学部，但这种选择自由仅限于各学部之间选择，一旦选择了某个学部，在该学部内别无选择。塔潘曾试图在密歇根大学四年级提供选修课程，但是在强大的政治和宗教势力的反对下，无法实施他的计划。只是到了埃利奥特担任哈佛校长以后，真正的选修制才得以实施。
1869年，35岁的化学家埃利奥特当选为哈佛校长。
在就职演说中，埃利奥特表示了坚定支持选修制的立场。他认为在美国教育中，没有充分考虑不同的个性发展，为此必须允许在学科上的选择自由。在担任校长的四十年间，他一步步实现了自己的计划。1872年，哈佛取消四年级所有的规定课程。1879年和1884．年又分别取消三年级和二年级的所有规定课程。1885年又大大减少了一年级的规定课程。到1894年，一年级的规定课程仅剩修辞学和现代语。到1897年，整个哈佛规定课程只有一年级的一门修辞学。
哈佛选修制的实验吸引了全国的注意，也招致了许多非议。最大的反对者来自耶鲁大学和普林斯顿大学。
保守的恪守传统文理学院课程模式的耶鲁校长波特（N.Porter），在1871年的就职演说中，谴责选修制是“破坏共同的班级和学院生活的确凿的罪恶”。1885年，普林斯顿大学校长麦科什（J.McCh）与埃利奥特公开争论选修制的是非曲直。他警告说：许多教育的罪恶可能在自由的名义下出现。另有一种观点强调美国学院与大学教育的基本区别，认为前者属普通教育，后者属高深和专门化的教育，因而美国学院无论如何不能与德国大学相比。德国大学允许选修自由，乃因为学生已经历严格的高质量的入学准备课程，而美国学院的学生在入学前缺乏这种准备，因此不能推行选修制。选修制的拥护者针锋相对，毫不退让。他们指责严格地依附于古典课程纯粹是偶像崇拜。拉丁希腊文决不比其他学科更适合于“心理训练”。
选修制在实践过程中不断得到改进。1903年，哈佛教师委员会对选修制实施情况进行调查，结果发现：学生在选课前很少准备，因而随意选课，较少认真考虑。
轻松的课程或为了时问的便利，似乎成为学生选课的主要依据。该报告公布后，激发了强烈要求改变选修制的呼声。1909年劳威尔（A.L.Lowell）担任哈佛校长后，开始实施“集中和分散”制，即规定本科生在全年16门课程中，要有6门集中于主修，另外6门以上课程分散在其他三个领域，这意味着哈佛已经放弃了不受限制的自由选修制，而采用一种由学生对选修仔细计划的制度。
选修制引入美国高等教育的意义是十分重大的。
它打破了传统课程的垄断；有助于科学家摆脱喋喋不休的宗教争论而从事他们感兴趣的研究；有助于挣脱保守的束缚和控制，按照德国的模式，维护学术自由的权利。
教育史家布鲁巴克从更高的角度评价了选修制的意义。
他说：“选修制在1870～1910年的兴盛，是因为它适应了那个时期美国文化的需要。……埃利奥特的选修制以及它的革命性意义，是时代精神的合乎逻辑的体现。”
南北战争后美国高等教育重建的另一个标志，就是1876年约翰·霍布金斯大学的创办。它标志着美国第一次有了不仅在理论上而且在现实中代表德国大学形式的大学。最初校董事会决定它应该完全是一所按照德国模式的研究生院。虽然后来也招收了本科生，但它的重点始终是放在研究生院的。第一位校长吉尔曼曾在柏林大学学习，德国制度的主旨就是他领导大学思想的主旨。他把充足的资金用于“人，而不是砖块和灰浆”。他所需要的是世界上最优秀的学者，而不是最宏伟的建筑物。
吉尔曼在霍布金斯大学的管理上是卓有成效的。
像德国大学一样，霍布金斯大学排除了“教会主义或党派偏见”。少量然而是优秀的教学人员完全自由地从事高深研究，师生们“燃烧着学习的热望”。调查研究成为每个教授的职责，他是同伴和学生的指导者及鼓励者。
学者们能够在他们自己的专业领域，把教学和创造性的研究结合起来。为了刺激教授们的进取心，霍布金斯大学招收了第一流的学生。他们中许多人后来成为美国历史上有影响的著名人物。
霍布金斯大学的教学方法也类似于德国大学流行的方法。不再是老式学院的方法，而广泛采用讲授法。
德国大学最有特色的发明——习明纳（Seminar）也被引入高年级学生在专家的指导下，发现并解决问题，养成独立从事科学研究的能力。此外，大学注重实验室方法，重视图书馆的价值。像德国大学一样，霍布金斯大学的学术气氛是明显放任主义的。学生来去自由，学习自己喜欢的课程。按照德国的模式，吉尔曼设立了哲学博士学位，鼓励从事高深的学术研究。
当1901年吉尔曼退休离职时，霍布金斯大学已经拥有从事高深研究的由13个不同的系组成的哲学院和一所医学院。在吉尔曼任校长的25年中，该校在推动美国大学思想上发挥了关键性的作用。1926年，卡特尔发现，在当时1000名卓越的美国科学家中，有243人是霍布金斯大学的毕业生。在霍布金斯大学的刺激和鼓励下，哈佛、哥伦比亚、耶鲁、普林斯顿这类老的文理学院，开始转变成为真正的大学，以霍布金斯为榜样的新大学也纷纷成立。如1888年成立的克拉克大学，1889年成立的美国天主教大学和1891年成立的芝加哥大学。在约翰·霍布金斯大学的带领下，到19世纪末，大多数美国主要大学都在本科之上设立了研究生院。
通过霍布金斯，德国大学思想成为南北战争后美国高等教育发展的方向。但其创办者的动机实际上是使它成为一所美国大学而不是德国大学。人们所企望的是在美国大学采用德国大学最有价值的要素，以适应新世界的学术和形势的要求。吉尔曼一方面注重高深的学术研究，一方面也不曾忽略大学的社会职能。按照他的观点，大学应该对人类文明发挥重要的作用，如增进知识和把研究成果应用于日常生活之中。吉尔曼领导的大学没有成为与社会现实脱离的纯粹的研究机构，而成为服务于美国社会的基本需要的新型大学，恐怕与他的上述办学思想是分不开的。有人因而认为吉尔曼“缺乏学者气质”，把霍布金斯大学早期的成绩更多地归于该校的第一批教学及研究人员，有意贬低校长的作用，这是欠公允的。
在19世纪后半期美国高等教育史上，塔潘、埃利奥特和吉尔曼称得上是按照德国大学理想，改造和重建美国大学的三个领衔人物。他们的工作都是开创性的。
由于他们的非凡能力以及所领导的学校的显赫名声，使他们的影响不是局部性的，而是全国性的，因而也使他们在美国教育史上的作用和地位，显得格外不同寻常了。正是经过他们长期坚持不懈的努力，美国高等教=育逐渐步人世界先进行列。
