穆宗沉默良久，深深地叹了口气，说：“甚事？不是内宫坏了，先生怎知道。”究竟是什么事，高拱漏记了关键的一句。据何乔远的记载，这段话是：“非内官辈，先生安得知？盖宫中事也。”宫中事，即皇上的宫闱生活，臣下当然不便细问，皇上也不便明说。两人手拉着手一同默然前行，进入皇极门（金水桥北，前朝三大殿正门），走下丹墀，穆宗向内侍要茶。内侍搬来椅子朝北放下，穆宗不坐，移为南向后，才坐下，用左手拿起茶杯，连饮数口。他的右手仍握住高拱的手不放，抬眼望去，说了声：“我心稍宁。”便在高拱陪同下由东角门入内，一直走到乾清门。乾清门位于建极殿后的云台左右门东侧，夹于景远门、隆宗门之间，是内廷三大殿的正门，再往里是乾清官大殿，是皇帝的寝殿。高拱礼貌地停止了脚步。穆宗意犹未尽，牵着高拱的手说：“送我！”话中显然带有命令的意思。高拱不敢抗旨，便随同进入寝殿。穆宗登上御榻坐定，右手还握住高拱的手不放。从御路一直到寝殿，穆宗始终握住高拱的手，时时颜色相顾，眷恋之情蔼然，言谈间还流下眼泪。
这时，内阁次辅张居正、成国公朱希忠都已进入寝殿，在御榻前向皇上请安。站在皇上身边的高拱一手被皇上握住，只能鞠躬，不能屈膝叩头，面对同僚的叩拜颇为尴尬。穆宗也看出了元辅侷促不安之状，得体地松开了手。高拱赶紧走到御榻下，向皇上叩头，并与张居正、朱希忠一行辞出宫门外候旨。
须臾，穆宗遣内侍将高拱等人召入。高、张、朱站立于丹墀，恭候圣旨纶音。穆宗却命他们再上前，待三人在御榻前立定，他从容说：“朕一时恍忽。自古帝王后事……卿等详虑而行”。三人叩头后，退出乾清门外候旨。少顷，内侍高声传旨：“着高阁老在宫门外，莫去！”高拱随即对张居正说：“我留，公出，形迹轻重唯为公矣。公当同留，吾为奏之。”便对内侍说：“奏知圣上，二臣都不敢去。”
到薄暮时分，内侍传旨：“高阁老宿宫门！”高拱碍于宫内礼仪，回奏道：“祖宗法度甚严，乾清官系大内，外臣不得入，昼且不可，况夜宿乎！臣等不敢宿此，然不敢去，当出端门宿于西阙内臣房。有召即至，有传示，即以上对，举足便到，非远也。”显然，穆宗从正月大病后，心有余悸，已经在考虑后事了，今日召见三位亲信大臣时，就流露了“后事卿等详虑而行”的心思。自知去日无多，不知那一天逝去，应预作安排，所以才命阁老在宫内过夜。高拱不愧足智多谋，想出了两全其美的方法，在离乾清官咫尺之遥的西阙太监直庐过夜，静候传唤。既然内阁辅臣留宿西阙，那班五府六部大臣们也都不敢回家，只得留宿朝内，谓之“朝宿”。以后几天亦复如此。不久，内侍传来消息：“圣体稍安”。高拱兴奋得马上写了一个札子呈上：“臣闻圣体稍安，不胜庆幸。今府部大臣皆尚朝宿不散，宜降旨，令各回办事，以安人心。而臣等仍昼夜在内，不敢去。”穆宗以为然，即时降旨，命百官散去。而高拱、张居正仍每日问安如初。过了四天，穆宗觉得身体“益平愈”，便遣内侍慰劳高、张，命他们回家，一场虚惊才算过去。
有一天，穆宗兴致较好，乘坐轿子来到内阁，高拱、张居正大吃一惊，急忙出迎，俯伏在地。穆宗将二人扶起，搀着高拱的手臂，仰望天空良久，欲语还休。高拱搀扶穆宗行至乾清门，穆宗才说了一句：“第还阁，别有论。”到了第二天，又寂然无声息。善于机变的张居正从旁细细观察了皇上的脸色，“色若黄叶，而骨立神朽”，已经病入膏肓，虑有不测，便暗自写了关于皇上后事的处分十余条，密封后派小吏送给司礼监秉笔太监冯保。
五月二十二日，宫中传出“上不豫增剧”的消息，五月二十五日又传出“上疾大渐”的消息。这一天，穆宗召见内阁辅臣高拱、张居正、高仪，到乾清宫受顾命。高拱等急急忙忙进入寝殿东偏室，但见穆宗倚坐在御榻上，皇后、皇贵妃隔着帷帘坐在御榻边，皇太子朱翊钧立在御榻右面。
此时坐在御榻边的皇后，即孝安皇后陈氏。陈皇后无子，因被穆宗移居别宫，抑郁而病。外廷传闻此事，议论纷纷。不久，陈皇后还是回到了坤宁宫。坐在皇后身边的皇贵妃李氏，即皇太子朱翊钧的生母。站在穆宗御榻右边即皇太子朱翊钧。
当时的情景颇有一点凄凉之感。高拱等跪在穆宗御榻下，倚坐在御榻上的穆宗，命高拱伸手上来，自己的手靠着榻上的矮几伸过去，抓住高拱的手，一面望着身边的后妃，一面对高拱托孤，断断续续地说：“以天下累先生”，“事与冯保商榷而行”。尔后便命司礼监太监冯保宣读遗嘱。遗嘱有两道，一道是给皇太子的，一道是给顾命大臣的。
给皇太子的遗嘱写道：
“遗诏，与皇太予。朕不豫，皇帝你做，一应礼仪自有该部题请而行。你要依三辅臣，并司礼监辅导，进学修德，用贤使能，无事怠荒，保守帝业。”
给顾命大臣的遗嘱写道：
“朕嗣祖宗大统，今方六年。偶得此疾，遽不能起，有负先皇竹托。东宫幼小，朕今付之卿等三臣，同司礼监协心辅佐，遵守祖制，保固皇图。卿等功在社稷，万世不泯。”
这个遗嘱，引起外廷大臣的议论。高拱极力扬言是张居正与冯保所拟，并非皇上本意，尤其对于其中“卿等同司礼监协心辅佐”一句，攻击最力。这不免有点过分，且不说穆宗托孤时曾亲口对他说：“事与冯保商榷而行”，可以为证。而且，当时在场的皇贵妃即后来的慈圣皇太后，万历六年（1578年）二月在一道慈谕中说：“司礼冯保，尔等亲受顾命”云云，更是确证。由此可见，穆宗的遗嘱虽为张居正与冯保所拟，但并未违背穆宗原意。《实录》纂修官在修史时疏于考订，为调和矛盾，竟将遗嘱中“卿等同司礼监协心辅佐”一句删除。见于《实录》的遗嘱是这样的：“朕嗣祖宗大统，今方六年。偶得此疾，遽不能起，有负先皇付托。东宫幼小，朕今付之卿等三臣，宜协心辅佐，遵守祖制，保固皇图。卿等功在社稷，万世不泯。”高拱亲受顾命，他又从冯保手中领受了遗嘱文本，在回忆录《病榻遗言》中抄录了遗嘱的全文，明白写有“同司礼监协心辅佐”一句。而且他事后还多次对这一句话发表议论，以为“自古有国以来，未曾有宦官受顾命之事”。《实录》的这种删削，为了某种政治意图，掩盖史事真相，实在不足为训。
高拱等听完穆宗顾命之辞，大为悲恸，不能自胜，边哭边奏说：“臣受皇上厚恩，誓以死报。东宫虽幼，祖宗法度有在，臣务竭尽忠力辅佐。东宫如有不得行者，臣不敢爱其死。望皇上无以后事为忧。”且奏且哭，奏完便大恸长号不止。在旁的皇后、贵妃也失声痛哭。少顷，两名内侍扶起高拱等，三人长号而出。
第二天，即五月二十六日，穆宗死于乾清官。他生于嘉靖十六年（1537年）正月二十三日，卒于隆庆六年（1572年）五月二十六日，终年三十六岁（虚岁），在位仅六年。次日发丧，向全国颁布遗诏。遗诏中写道：
“朕以凉德，缵奉丕图，君主万方，于兹六载，夙夜兢兢，图惟化理，惟恐有辜先帝付托。乃今遘疾弥笃，殆不能兴。夫生之有死，如昼之有夜，自古圣贤其孰能免？惟是维体得人，神器有主，朕即弃世，亦复何憾。皇太子聪明仁孝，令德天成，宜嗣皇帝位。其恪守祖宗成宪，讲学亲贤，节用爱人，以绵宗社无疆之祚。内外文武群臣协心辅佐，共保灵长，斯朕志毕矣。”
“其葬礼悉遵先帝遗制，以日易月二十七日释服，毋禁音乐嫁娶。宗室亲王，藩屏是寄，不可辄离本国。各处镇守、巡抚、总兵等官，及都、布、按三司官员，严固封疆，安抚军民，不许擅离职守。闻丧之日，正于本处朝夕哭临三日，进香遣官代行。广东、广西、四川、云南、贵州及各布政司，七品以下衙门，俱免进香。”
“诏谕中外，成使闻之。”
一切都有条不紊地按照遗诏的规定在进行着。从遗诏也可以看出穆宗的秉性与风格，他不要大事声张，不让宗室亲王来京治丧，不许封疆大吏擅离职守。他是在明朝历代皇帝中最不显眼的一个，在位仅六年，只比惠帝（建文）、仁宗（洪熙）稍长一点，而无法与其他诸帝相比拟。他虽是一个平庸的皇帝，却也有自己的特色：清静、宽仁，所谓“清静合轨汉帝，宽仁比迹宋宗”。把他与汉文帝、宋太宗相提并论，未免有点溢美，不过清静宽仁倒是事实。他一上台，就一改先皇（明世宗）的苛政，“黜不经之祀，绝无名之狱，除烦苛，节浮冗，恤贫困，理冤滞，崇奖遗逸，汰斥险邪”。据说，他在裕王府时，厨师常烩制一道名菜驴肠，令他爱不释口。即位以后，问明左右侍从，才知道是烩驴肠，颇为于心不忍。便下令光禄寺停止制作此菜。并对左右说明道理：“若尔，则光禄寺必日杀一驴，以备宣索，吾不忍也。”每逢岁时游娱行幸，光禄寺为供膳煞费苦心，必提前将各种菜单呈上，请旨裁定。穆宗总是选取最简单的方案，以示节俭。他是一个刚德内用，柔道外理型的帝王。在宫闱掖庭，他极严格，“周防慎察，严肃整齐，无敢出声”；而临朝理政，与大臣接触，则施以宽仁柔道。“臣庶廷谒，小不如仪，常假借宽宥左右近侍，未尝轻降词色”。
穆宗死后的第二天，礼部左侍郎王希烈前往天寿山相度陵墓。九月十一日，穆宗的梓宫（棺材）起程运往昭陵。十七日，张居正前往昭陵，题写神主牌位。据张居正事后的报告，昭陵的玄宫，精固完美，有同神造，山川形势结聚环抱。九月十九日辰时，迁梓宫入皇堂，行题神主礼毕，穆宗遗体即奉安于献殿。未时，掩闭玄宫，葬礼完成。
国不可一日无君。既有先帝付托，穆宗死后的第三天，即五月二十八日，内阁元辅高拱等就上了《劝进仪注》，希望皇太子早日即帝位，并拟就了登极的仪注，也就是穆宗临终前所说的“一应礼仪”。
五月三十日，文武百官军民人等在会极门上表劝进。这个劝进表是“一应礼仪”的第一步。表文空洞却通篇充斥莫明其妙的深奥感，什么“伏以三灵协祜，衍历祚以弥昌；四海宅心，仰圣神之继作。传序所属，推戴均钦”；什么“龙髯已堕，徒瞻恋于臣民；燕翼惟勤，诞敖遗于后嗣”；什么“敬惟皇太子殿下，徇齐歧嶷，恭敬温文，日就月将，睿学聿隆”，“惟以承祧为重，固宗庙社稷之攸赖”云云。朱翊钧接到劝进表后，为了表示某种姿态，遵从某种礼仪，没有立即同意所请。他谕答道：“览所进笺，具见卿等忧国至意，顾于哀痛方切，维统之事，岂忍遽闻，所请不准”。
六月初一日，天刚亮，有日蚀。百官们忙于穆宗丧事，哭临于思善门；哭临毕，又赴礼部行护日礼。官员们一律丧服：青服角带，停止鼓乐。礼毕后，仍各就各位，素絰办事。
少顷，朱翊钧身穿縗服来到文华殿。文华殿在会极门东侧，是皇帝与大臣商讨国家大事的地方，前殿匾额写道“绳愆纠谬”。他在这块匾下再次受到百官上表劝进。劝进表重复了上次的语句以外，强调“神器不可以无主，天位岂容于久虚”。朱翊钧看完后，召内阁辅臣人内，交谈片刻，即传谕：“卿等为宗社至计，言益谆切，披览之余，愈增哀痛，岂忍遽即大位，所请不允”。
六月二日，朱翊钧縗服至文华殿，百官第三次劝进。这次，他不再推辞了。阅毕笺文，召见内阁、五府、六部等官僚，稍作商议，传出谕旨：“卿等合词陈情至再至三，已悉忠恳。天位至重，诚难久虚。况遗命在躬，不敢固逊，勉从所请。”
六月初三日，礼部遵旨呈上登极仪注。六月初十日，皇太子朱翊钧正式举行即位典礼，宣布改明年为万历元年。这样，他就成了明朝第十三代皇帝，即明神宗。
他即位后的第一件事，便是按照惯例颁发大赦诏书，开列了十几条大赦事宜。诸如：
自隆庆六年六月初十日以前，官吏军民人等，凡是犯有窃率、逃军、匿名文书、未及害人谋杀人伤而不死者，悉免处死。至于犯该死罪，监禁十五年以上，笃疾者免死释放；
宗室往年因事减革俸禄者，诏书到日，全革者准支三分，减去一分，二分者准全支；
宗室子女奏请名封选婚者，即题覆施行；
凡在凤阳高墙内禁锢的宗室，本人已故，所遗子孙妻妾无罪拘系，未及放回者，奏请释放；
自嘉靖四十三年至隆庆元年拖欠钱粮（赋税），除金花银外，悉从减免；隆庆二年至四年拖欠钱粮，减免十分之三；
陕西、苏州、杭州、嘉兴、湖州、应天等处，差人坐守织造之丝绸等项，悉皆停免；
自嘉靖四十五年十二月以后至隆庆六年五月以前，因上疏建言获罪诸臣。如果情非挟私，才力堪用者，议拟具奏起用。
这些，表明了他力图振兴朝政的决心。
