四月，谕百官求直言。给事中李如灿上言：『国家祖制，千古称善。自军不用而兵设，民始不得安其身；自屯不耕而饷兴，农始不得有其食。有兵不练，兵增而饷益匮；有饷不核，饷多而兵愈冒。比者核实之使四出，而掊克屡闻、占冒不减；可谓有政事乎？魏呈润、詹尔选、李化龙、刘宗周皆以一鸣辄斥，今下明诏求直言，倘赦其前愚、收之左右，是直言不求而自至也。若夫辅成君道，尤在朝臣；今此瞻彼顾、结党徇私，又何怪水旱、盗贼之屡见哉』！上怒，下如灿于狱。左谕德黄道周上言：『陛下下诏求直言，而建言者辄斥；清刑狱，而下狱者旋闻。大臣虽清强，曾何益理乱之数』！上不怿，切责之。
新安卫千户杨光先疏参陈启新并及温体仁，舁棺自随。谓『启新荷皇上独断，拔之泥淖之中、置之言路之首，宜致皇上为商周。启新为筑说，乃鄙夫既得、患失心生，称量利害、口与言违，正世俗所谓「说真方、卖假药」之小人也。按启新原疏所指诸大病根，今当首申前议，以拯斯民；何受事以来，绝无一字谈及？何当日在局外，则自谓傍观最清；一入局中，顿鹘突也！臣今所言清屯、赎锾，皆启新未结之局、皆启新分内之事。如启新不知弊源，是为不智；知而不言，是为不忠。人臣不忠，罪当死；不智而以浮词诳皇上骗美官，亦当死。启新本太仓州军士，尝充漕司书办。前启新五千余言，不出破「情面」二字。而原任山西布政樊良枢是其刑司服役之故主，则特疏引荐；情面乎？不情面乎？最可骇者，书办被杀，何关国体重轻？何与谏垣名节？乃以申明赏罚，为胡尔仪等请恤；非贪其一千四百金之贿，何耶？今胡尔仪见在关臣衙门供役，而启新谓之已死；是与指鹿为马何异？启新罪不容于死矣！至若首辅温体仁，自与启新不同：治国、平天下是其责，持危扶颠是其任，休休有容是其量。体仁柄国以来，边骑两薄都城、流贼各省延蔓，平治之绩安在？国危于上而不求所以安、民怨于下而不思所以恤，扶持之责安在？忠告之言不受、睚眦之怨不忘，休休之量安在？三者无一，诚殆哉一个臣也。惟有引罪以去，庶几不误人国；乃悠悠忽忽，一利不兴、一害不除，腼颜恋栈，若不断送尽天下苍生不已也』。上责其渎陈。陈启新疏辨，有旨：责其军国大事，竟无一言陈奏；着降二级，照旧供职。工部主事朱国寿疏参陈启新『何物么么？巧假灭祖、叛圣、坑儒乱世之言，遂骗六垣之长。启新久为漕运刑司书手，兔狡蝇营之丑、舞文弄智之奸。谓武举也，矮矮孱夫，无赳赳之壮气；谓文士也，录写椽役，可是蔼蔼之吉人？以不文、不武之书手，而大言无忌，才品何在？治行何在？乡评公议又何在？竟俨然垣长也！前奉明旨：「启新自破格特用后，军国大事竟无一言。陈启新着降二级」。大哉皇言！已窥破启新之假骗矣』。有旨：责其踵袭陈奏。杨光先屡疏参陈启新，上怒其恣意乱政，廷杖、戍辽东。
四月，抚宁侯朱国弼劾温体仁私左都御史唐世济；又劾体仁受霍维华贿，令唐世济发端。上慰谕体仁，夺国弼侯爵，世济亦戍边。
总监高起潜行部，永平道刘景耀、关内道杨于国俱耻行属体，上疏求免。上谓：『总监原以总督体统行事，罢于国、降景耀一级』。以后监司皆莫敢争。
闰四月，大旱；久祈不雨。圣谕责臣罪己曰：『帝德好生，降罚必有所致；久祈不应，乃朕躬之悃诚未足上达、朝廷之德泽不能下沾。如张官设吏，原为治国安民。今出仕专为身谋、居官有同贸易，催钱粮先比火耗、完正额又欲羡余。甚至已经蠲免，悖旨私征；才议缮修，乘机自润。或召买不给价值、或驿递诡名轿抬；或差派则卖富殃贫、或理谳则以直为枉。阿堵违心，则敲朴任意；囊橐既富，则解网念工。抚按之荐劾失真，要津之毁誉倒置。又如勳戚不知厌足，纵贪横于京畿；乡宦灭弃防维，肆侵凌于闾里。纳无赖为爪牙，受奸民之投献。不肖官吏，畏势而曲承；积恶衙蠹，生端而勾引。嗟此小民，谁能安枕！似此种种，足干天和。积过良深，所以挽回不易；都着洗涤肺肝，共竭悃诚，仰祈天意』！
群盗盘踞江北，廷议大发兵。计臣苦于无饷，兵部尚书杨嗣昌建议，因改粮为均输，以济军食。因加赋二万两；下诏曰：『暂累吾民一年，除此腹心大患』。
六月，大学士温体仁引疾免；赐金币，遣行人护归。初，体仁以摘发钱谦益受主知，遂入相。时上英明，愤廷臣苞苴无状。体仁惟斤斤自守，不殖货贿；故上始终信之。
至是，庇私党、排异己，举朝为仇，攻者无虚日；故免归。
七月，以史可法为右佥都御史，巡抚安、庐、池、太等处军务。时以寇患，故创设。
工部员外郎方玺上言：『皇上亲擒魏忠贤而手刃之，岂溺情阉竖者；不过以外廷诸臣无一可用，而借才及之。况人臣苟知报答，何论内外！内臣既徼兹旷典，孰不欲弃捐顶踵以酬我皇上者，不必鳃鳃过计也』。给事中何楷驳其通内呈身，吏部请削其籍；上手改降三级，调外。
八月，以薛国观入阁办事。
十月，定东宫官属。先是，黄道周自陈「七不如」；谓品行不如刘宗周，至性不如倪元璐，远见深虑不如魏呈润，犯颜敢谏不如詹尔选，老成足备顾问不如陈继儒，朴心醇行不如李如灿、傅朝佑，文章气节不如钱谦益、郑鄤。有旨：责其『颠倒是非；甚至蔑伦杖母、名教罪人，犹曰不如，是何肺肠？着回将话来』！于是道周复疏辨谓：『臣与郑鄤同为庶常时，文震孟疏论魏忠贤，郑鄤抗疏，任之削籍入山；每以臣为怯，臣心愧之也。每执笔不能明白，辄思郑鄤。以为不如，真不如也。盖以此自砭，亦以此分规，非为累臣地也』。上念道周起废不久，有旨不究。至是，定东宫官属；右谕德项煜、编修杨廷麟交让道周，阁臣以道周有「不如郑鄤」语，谓其意见偏，寝之。给事中冯元飈言『道周忠足以动圣监，而不能得执政之心，恐天下后世有以议阁臣之得失也』。不听。
十一月，兵部尚书杨嗣昌请限剿贼之期，令各抚镇分任断截要害地方，提兵合剿。从之。
十一年（戊寅）春正月，近畿任丘、清苑等州县各有司多不法，上内访知，逮入。责抚按不先劾为溺职；近几如此，远地可知。命部院申饬。
裁南京冗员八十九员。
左良玉、陈洪范大破贼于郧西。
二月，河南巡按张任学改都督佥事总兵官，镇守河南。先是，任学觊得巡抚，且欲荐丹阳知县张放；因极诋诸镇兵不足恃，盛称文吏有奇才，可御寇。及承兹命，意大沮悔。
上御经筵毕，召诸臣问保举、考选，孰为得人？少詹黄道周对：『树人如树木，须养之数十年。近来人才远不及古，况摧残之后，必深加培养』。又曰：『立朝之才存乎心术，治边之才存乎形势。先年督、抚未按形势，随贼奔走；事既不效，辄谓兵饷不足。其实新旧饷约千二百万，可养四十万之师；今宁、锦三协师仅十六万，似不烦别求剿寇之用也』。
庶子黄景昉请宥郑三俊。上曰：『三俊蒙徇，虽清何济』？会南京应天府丞徐石麒亦上言郑三俊清节，上因释之。三俊为司寇，敝衣一箧，爨烟不给，以拟狱轻得罪。上亦素知之，故得放还。
城芦沟，名拱极城。太监督役，掠涂人为工；民力为惫。
三月，户部主事张缙彦上言：『臣任清涧知县，于兵情、贼势亲见有素；盖贼之得势在流、失势在止，长技在分、穷计在合，乘时在秋夏、失时在冬春。昔大贼王嘉胤破河南据其城，曹文诏夺门斫杀而嘉胤歼；李老柴破中都据其城，练国事督兵攻围而老柴擒；神一元破宁塞据其城，左光先与战而一元死；谭雄破安塞据其城，王承恩等攻围而谭雄诛：此皆守而不去，故速死也。过天星、老回回等所破城邑无算，官军未至，旋即奔逸：此皆流而不居，故缓死也。贼入晋、豫，分头成部；自秦至汝、雒以至江北，无处不被贼。岂贼真有数十百万？盖分股以披其党牵制我兵，故见多也。前总督驱天下之贼尽入汉中、出栈道关，正可一鼓而灭；乃以招安致败，不可复收。古人以八日而平贼数万者，利其合也。夏、秋之间，刍粮尽在场圃，足为士马之资；冬、春非破城攻堡，不能得食，官兵促之则尤易：故时有利、不利也。今欲破贼，惟在乱其所长而使之短、破其所得而使之失；直截以攻之，分为两军：一追、一驻，贼当之必破矣。敌党虽众，大都观望；其先倡者，不过一、二支。故尽一股则论赏，不必事平汇叙；纵一股即论罚，不许报级塞责。诚如此，贼不望风而靡，未之有也』。上是之。
上御左顺门，召考选诸臣，问兵食计。曾就义对曰：『百姓之困，皆由吏之不廉；使守、令俱廉，即稍从加派以济军兴，未为不可』。上拔第一。未几，即有剿饷、练饷之加。
四月己酉丑刻，荧惑，去月仅七、八寸；退至尾初度，渐入心宿。兵部尚书杨嗣昌上言：『古今变异，月食五星，史不绝书，然亦观其时。昔汉元帝建武二十三年月食火星，明年呼韩单于款五原塞；明帝永平二年日食火星，皇后马氏德贯后宫，明帝图画功臣于云台；唐宪宗元和七年月食荧惑，其年田兴以魏博来降；宋太祖太平兴国三年月掩荧惑，明年兴师灭北汉，遂征契丹，连年兵败。今者月食火星，犹幸在尾；内则阴宫，外则阴国。皇上修德召和，必有灾而不害者』。给事中何楷纠之；言『古人谓月变修刑，又言礼亏则罚见荧惑。诚欲修刑，莫如右礼；诚欲右礼，莫如修刑。杨嗣昌缕缕援引，出何典记？其言款塞者，欲借以伸通市之说也；其言元和者，欲借以伸招抚之说也；其言太平兴国连年兵败者，欲借以伸不敢用兵之说也。附会诚巧，矫诬实甚！至所述「永平皇后」等语，一篇之中，三致意焉；臣更不知其所指斥矣』。嗣昌复疏自理，但言科臣以危机中臣，不复及通市、招抚事。户部主事李凤鸣亦言火星逆行，常而非变；给事中解学尹纠其谄。然实考嗣昌所引年月，俱谬。
夺总督洪承畴尚书爵，仍以侍郎总督；左光先、曹应蛟并夺五级，限五月尽贼。
六月，以杨嗣昌入阁办事，仍署兵部。
七月，杨嗣昌母服才五月，有旨：『嗣昌大礼、大庆暨传制、颁诏诸大典不与，朝讲召见如常服随班』。给事中何楷劾嗣昌忘亲，上切责之。先是，吏部会推阁员，止及词臣资序。上不允，命并及在籍守制者；盖嗣昌为陈新甲地也。已而特召新甲为兵部侍郎，总督宣大。〔大〕学士黄道周上言：『朝廷即乏人，岂无一定策效谋者？而必破非常之格，以奉不祥之人』！上不怿。召群臣于平台，上问黄道周曰：『无所为而为之，谓天理；有所为而为之，谓人欲。尔前疏适当枚卜不用之时，果无所为乎』？道周对曰：『天人止是义利，臣心为国家、不为功名，自信其无所为』。上曰：『前月推陈新甲，何不言』？对曰：『时御史林兰友、给事何楷皆有疏，二人臣同乡，恐涉嫌疑耳』。上曰：『今遂无嫌乎』？道周对曰：『天下纲常、边疆大计，失今不言，后将无及，非私也』。上曰：『清虽美德，不可傲物遂非。惟伯夷为圣之清；若小廉曲谨，是廉、非清也』。道周曰：『伯夷忠孝，故孔子许其仁』。上怒其强说。道周又极诋杨嗣昌；嗣昌奏曰：『臣不生于空桑，岂遂不知父母；臣尝再疏，而明旨迫切。道周学行，臣实企仰之。今谓不如郑鄤，臣始叹息绝望。鄤杖母，行同枭獍；道周又不如鄤，何言纲常也』！道周曰：『臣言文章不如郑鄤』。上责其朋比；道周曰：『众恶必察，何敢为比』。上曰：『孔子诛少正卯，当时亦称闻人；惟行僻而坚、言伪而辩，不免孔子之诛』。道周曰：『少正卯欺世盗名，臣无此心。臣今日不尽言，则臣负陛下；陛下今日杀臣，则陛下负臣』。上曰：『尔读书有年，祗成佞耳』。叱去。道周叩头起，复奏曰：『「忠佞」二字，臣不敢不辨。夫臣在君父之前独立敢言为佞，岂在君父之前谗谄而谀者为忠乎？忠佞不分，则邪正混淆，何以致治』？上怒甚，嗣昌乞优容之。上曰：『朕亦优容多矣』。诸臣退，上召回，谕以毋党同伐异，宜共修职业。翰林院修撰刘同升、编修赵士春、给事何楷、试御史林兰友各疏救道周、劾杨嗣昌，俱谪调有差。
八月，总督洪承畴报陕西贼剿降略尽。
十月，京师戒严，召孙传庭于陕西、洪承畴于三边。于是承畴、传庭率诸将合兵五万，先后出潼关入援。贼曹操闻之，谓为剿己也，率九营从郧阳浅渚乱流而涉，突走均州，叩太和山。提督太监李维政乞抚。维政言于文灿，文灿乃檄止诸军，曹操九营皆就抚。曹操，名罗汝才。汝才既抚，屯群贼于房、竹，保障四邑；自言不愿受官食饷，愿为百姓耕由此中。文灿一切羁縻，檄汝才解散胁从，简壮勇从征立功；汝才不听，因与郧、均诸邑居民分地错壤而居。时张献忠亦就抚屯榖城，汝才遥与为声援。抚治郧阳戴东旻奏曰：『曹操就抚，不从解散之令，愿为百姓耕田；此目前为盗铃之说耳。张献忠入据榖城，屡檄不前；其意将有不可言者。然数省大寇环聚二、三百里，四面合围，实有釜鱼、阱兽之势。以理臣现在兵马，再令督臣发秦兵由兴安驰赴协同扫荡，实荡平之机也』。
十一月，括废铜铸钱。
十二年（己卯）春正月，叙缉奸功，东厂太监王之心、曹化淳荫锦衣卫百户。
