洪武元年置刑部。六年，增尚书、侍郎各一人。设总部、比部、都官部、司门部，部设郎中、员外郎各二人，惟都官各一人。总部、比部主事各六人，都官、司门主事各四人。八年，以部事浩繁，增设四科，科设尚书、侍郎、郎中各一人，员外郎二人，主事五人。十三年，升部秩，设尚书一人，侍郎一人，仍分四属部，部设郎中、员外郎各一人，总部、比部主事各四人，都官、司门主事各二人，寻增侍郎一人。（始分左、右侍郎。）二十二年，改总部为宪部。二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，（浙江部兼领云南。）部各设官，如户部之制。二十九年，改为十二清吏司。永乐元年以北平为北京。十八年，革北京司，增置云南、贵州、交阯三司。宣德十年，革交阯司，遂定为十三清吏司。
工部。尚书一人，（正二品）左、右侍郎各一人。（正三品）其属，司务厅，司务二人。（从九品）营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司，各郎中一人，（正五品，后增设都水司郎中四人。）员外郎一人，（从五品，后增设营膳司员外郎二人，虞衡司员外郎一人。）主事二人。（正六品，后增设都水司主事五人，营膳司主事三人，虞衡司主事二人，屯田司主事一人。）所辖，营缮所，所正一人，（正七品）所副二人，（正八品）所丞二人。（正九品）文思院，大使一人，（正九品）副使二人。（从九品）皮作局，大使一人，（正九品）副使二人。（从九品，后革。）鞍辔局，大使一人，（正九品）副使一人。（从九品。隆庆元年，大使、副使俱革。）宝源局，大使一人，（正九品）副使一人。（从九品，嘉靖间革。）颜料局，大使一人，（正九品，后革。）军器局，大使一人，（正九品）副使二人，（后革一人。）节慎库，大使一人，（从九品。嘉靖八年设。）织染所、杂造局，大使一人，（正九品）副使一人。（从九品）广积、通积、卢沟桥、通州、白河各抽分竹木局，大使各一人，副使各一人。大通关提举司，提举一人，（正八品，万历二年革。）副提举二人，（正九品）典史一人。（后副提举、典史俱革。）柴炭司，大使一人，（从九品）副使一人。
尚书，掌天下百官、山泽之政令。侍郎佐之。
营缮，典经营兴作之事。凡宫殿、陵寝、城郭、坛场、祠庙、仓库、廨宇、营房、王府邸第之役，鸠工会材，以时程督之。凡卤簿、仪仗、乐器，移内府及所司，各以其职治之，而以时省其坚洁，而董其窳滥。凡置狱具，必如律。凡工匠二等：曰轮班，三岁一役，役不过三月，皆复其家；曰住坐，月役一旬，有稍食。工役二等，以处罪人输作者，曰正工，曰杂工。杂工三日当正工一日，皆视役大小而拨节之。凡物料储偫，曰神木厂，曰大木厂，以蓄材木，曰黑窑厂，曰琉璃厂，以陶瓦器，曰台基厂，以贮薪苇，皆籍其数以供修作之用。
虞衡，典山泽采捕、陶冶之事。凡鸟兽之肉、皮革、骨角、羽毛，可以供祭祀、宾客、膳羞之需，礼器、军实之用，岁下诸司采捕。水课禽十八、兽十二，陆课兽十八、禽十二，皆以其时。冬春之交，罝罛不施川泽；春夏之交，毒药不施原野。苗盛禁蹂躏，谷登禁焚燎。若害兽，听为陷阱获之，赏有差。凡诸陵山麓，不得入斧斤、开窑冶、置墓坟。凡帝王、圣贤、忠义、名山、岳镇、陵墓、祠庙有功德于民者，禁樵牧。凡山场、园林之利，听民取而薄征之。凡军装、兵械，下所司造，同兵部省之，必程其坚致。凡陶甄之事，有岁供，有暂供，有停减，籍其数，会其入，毋轻毁以费民。凡诸冶，饬其材，审其模范，付有司。钱必准铢两，进于内府而颁之。牌符、火器，铸于内府，禁其以法式泄于外。凡颜料，非其土产不以征。
都水，典川泽、陂池、桥道、舟车、织造、券契、量衡之事。水利曰转漕，曰灌田。岁储其金石、竹木、卷埽，以时修其闸坝、洪浅、堰圩、堤防，谨蓄泄以备旱潦，无使坏田庐、坟隧、禾稼。舟楫、硙碾者不得与灌田争利，灌田者不得与转漕争利。凡诸水要会，遣京朝官专理，以督有司。役民必以农隙，不能至农隙，则僝功成之。凡道路、津梁，时其葺治。有巡幸及大丧、大礼，则修除而较比之。凡舟车之制，曰黄船，以供御用，曰遮洋船，以转漕于海，曰浅船，以转漕于河，曰马船、曰风快船，以供送官物，曰备倭船、曰战船，以御寇贼，曰大车，曰独辕车，曰战车，皆会其财用，酌其多寡、久近、劳逸而均剂之。凡织造冕服、诰敕、制帛、祭服、净衣诸币布，移内府、南京、浙江诸处，周知其数而慎节之。凡公、侯、伯铁券，差其高广。（制式详《礼志》。）凡祭器、册宝、乘舆、符牌、杂器皆会则于内府。凡度量、权衡，谨其校勘而颁之，悬式于市，而罪其不中度者。
屯田，典屯种、抽分、薪炭、夫役、坟茔之事。凡军马守镇之处，其有转运不给，则设屯以益军储。其规办营造、木植、城砖、军营、官屋及战衣、器械、耕牛、农具之属。凡抽分征诸商，视其财物各有差。凡薪炭，南取洲汀，北取山麓，或征诸民，有本、折色，酌其多寡而撙节之。夫役伐薪、转薪，皆雇役。凡坟茔及堂碑、碣兽之制，第宗室、勋戚、文武官之等而定其差。（坟茔制度，详《礼志》。）
洪武初，置工部及官属，以将作司隶焉。（吴元年置将作司，卿，正三品，少卿，正四品，丞，正五品。左、右提举司提举，正六品，同提举，从六品，司程、典簿、副提举，正七品。军需库大使，从八品，副使，正九品。洪武元年，以将作司隶工部。）六年，增尚书、侍郎各一人，设总部、虞部、水部并屯田为四属部。总部设郎中、员外郎各二人，馀各一人。总部主事八人，馀各四人。又置营造提举司。（洪武六年，改将作司为正六品，所属提举司，改正七品。寻更置营造提举司及营造提举分司，每司设正提举一人，副提举二人，隶将作司。）
八年，增立四科，科设尚书、侍郎、郎中各一人，员外郎二人，主事五人，照磨二人。十年，罢将作司。十三年定官制，设尚书一人，侍郎一人，四属部，（以屯田部为屯部，）各郎中、员外郎一人，主事二人。十五年增侍郎一人。二十二年，改总部为营部。二十五年，置营缮所。（改将作司为营缮所，秩正七品，设所正、所副、所丞各二人，以诸匠之精艺者为之。）二十九年，又改四属部为营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司。嘉靖后添设尚书一人，专督大工。
提督易州山厂一人，掌督御用柴炭之事。明初，于沿江芦洲并龙江、瓦屑二场，取用柴炭。永乐间，迁都于北，则于白羊口、黄花镇、红螺山等处采办。宣德四年始设易州山厂，专官总理。景泰间，移于平山，又移于满城，相继以本部尚书或侍郎督厂事。天顺元年仍移于易州。嘉靖八年罢革，改设主事管理。
