接踵而来的是法国人伯希和。斯坦因于1907年秋季离开敦煌，伯希和于1908年春天来到敦煌，其间相距还不到半年。伯希和同斯坦因不一样。斯坦因不懂汉文，而伯希和却是一位中国通。斯坦因盗宝，主要靠湖南秀才蒋孝琬。蒋孝琬写得一笔好小揩，但没有什么学问。他挑选文物的标准主要是看字写得如何。字写得好的留下，字不好的不要。结果只是挑选了一批佛经抄本，就其史料价值而言，和伯希和所盗之物，简直不能同日而语。伯希和当时只有28岁，却巳经是河内远东学院的考古学教授了。髙鼻深目，留着一部大胡子，颇有学者风度的伯希和是著名汉学家沙畹的学生，很有语言天才，精通汉语、藏语、蒙语、日语、法语、德语等8种语言，对已经死去的回鹘文、怯卢文、粟特文也都颇有研究；且曾在法国驻华使馆工作过一段时间，能说一口流利的京腔。这就为他的敦煌“探险”奠定了极其有利的基础。这次远征，目标原本不是敦煌。当时伯希和还不知道敦煌发现藏经洞的消息。因为狡猾的斯坦因到英国后，在一段时间里并不大事张扬，而趄埋头整理他所获取的猎物，仅仅那批珍贵的绢画，他和他的专家小组就整整研究整理了7年。那时伯希和正和一批法国东方学专家在其殖民地柬埔寨挖掘吴哥遗址。从北方传来了瑞典人斯文·赫定发现楼兰古国以及英国人、德国人、俄国人、日本人在中国西域获取大量文物宝藏的消息，在瓜分龙肉时不落人后的法兰西专家们惊呼：“法国人睡着了吗？法国不能坐失良机，赶快远征中国西域！”随即在法闰教育部和十多个科学和文化研究机构的支持下，组成了以伯希和为队长的远征队，向着遥远的中国新疆出发。他们横穿俄罗斯广袤的原野，来到了新疆南部的门户——喀什。然后一路挖掘，比在自己家门口还要自由得多，搞了几十箱了一木简、陶瓷、版画、雕像和文书，雇了队牲口驮着，志得意满地向着新疆的首府乌鲁木齐讲发。他们以为这就很够了，很可以在巴黎的上层社会掀起一股英雄凯旋的风浪了。谁知到了乌鲁木齐以后，一个偶然的机缘，使得事情发生了急剧的变化，从而使中华文物蒙受了一次重大的劫难，也使伯希和成了法兰西备受尊崇的文化名人。伯希和到达乌鲁木齐时正是1908年的3月，祖国边陲冰天雪地的时候。伯希和准备着将在库车、吐木秀克等地挖掘的文物运往巴黎，闲暇时饶有兴味地在大街上溜达。突然对面走过来一位似曾相识的官员。四目久久相对之后，二人亲热地拥抱在一起。
“老朋友，你好吗？”伯希和拍着对方的肩膀，高兴地问道。
“有朋自远方来，不亦乐乎？”对方笑望着伯希和有板有眼地嚼了一句。
“子曰：我非生而知之者，好古，敏以求之者也。”伯希和也用地道的京腔撂了一句，他们对唱的是《论语》。
“好！好！我知道你这位汉学家是到新疆‘好古’来了，走，到舍下一叙。”这位被伯希和在回忆录里称做蓝大人的官员，原是北京官场里一名不大不小的角色。后被流放到乌鲁木齐，过着凄凄惨惨的冷清生活。伯希和在法国驻华使馆工作时曾与他打过交道，多少有点交情。如今在梦幻般的西域邂逅，真有点他乡遇故人的味道了。
几杯白酒下肚，两个人的脸都红了起来，头上微微冒起汗来。“圣人，吾不得而见之矣；得见君子者，斯可矣。”伯希和用孔子的话来奉承着蓝大人，感谢他的盛情招待。
蓝大人被乖巧的洋人巴结得心里暖洋洋身上痒酥酥，于是压低声音，故作神秘地问道：
“教煌，你去了吗？”伯希和摇摇头。
“咳！你怎么可以不去敦煌呢？”
伯希和斟了一杯酒，双手捧送给蓝大人：“慢慢讲，慢慢讲。”不知是中国人的“热情好客”使然，还是“大国之风”作怪，总之是这位朝廷的命官急不可待地向他的洋朋友详细地介绍了敦煌发现藏经洞的事，并且热情地希望伯希和前去一看。
“你肯定会满载而归的。”蓝大人红着眼睛，用无限真诚的目光看着伯希和，“那可是个大金矿啊！”
为了打动伯希和的心，他又走进里屋，拿出一本敦煌经卷，吹去上面的尘土，递给伯希和。
“哦，上帝！”伯希和打开文书，匆匆掠了一眼，就知道它的价值了：这是一部公元8世纪初的手写佛教经典！
“还有这样的文书吗？”伯希和急切地问。
“有！有！”蓝大人见他的洋朋友居然很有兴趣，颇有点受宠若惊了，“多的是！多的是！用你们摩西的话来说，这只不过是大海的一滴水啊！”伯希和当机立断：上敦煌！
伯希和匆匆赶到敦煌县城，得知斯坦因几个月前已经光顾过藏经洞，临走时搞走了几大箱书籍文物，不禁大感失望。不过他还是抱着碰碰运气的心态来到了莫髙窟。使他喜出望外的是，藏经洞虽屡经劫掠，但真正宝贵的东西大部分都在。他在《敦煌石窟访书记》中是这样说的：“发露迄今，已逾八载。往来搜索，实繁有徒，藏弃之数，意必大减。至入洞扉，令人惊愕！洞中之三隅，积累之深达二万当有五十，髙过人身，卷本二三大堆。至巨大之藏文写本，则以版挟之，堆置洞隅。时有中文藏文字迹流露于简端，余解数版观之，察其年代均在九世纪之前。且于约略浏览中，得遇梵文及回鹘文焉。”其兴奋激动的心情，跃然纸上。
这一次，王圆箓准备重重地敲一下年轻的洋博士。他和斯坦因打过一回交道，已经知道如何和这些收“破烂”的洋人周旋，使那些“废旧书籍”卖个好价钱了。
“尊敬的仁慈的活神仙，”伯希和用清晰的汉语恭维着王道士，“您就说个价吧！”
王圆箓的眼睛珠子转了两转。他狠了狠心，咬着牙伸出了4根指头。“什么？”伯希和惊愕得睁大了眼睛，“400两？”他简直不相信自己的眼睛了。
“嫌贵吗？如果嫌贵……”
“不不不！”伯希和连忙取出8个马蹄银，“可爱的活神仙，您是法兰丙最尊贵的朋友，高卢民族永远不会忘记您的友谊！”
当王道士喜滋滋地将那一堆银子藏起来之后，心里不由地犯起嘀咕：这些洋人到底是咋了！他们买这些玩艺儿到底要干啥？作为回报，他给了伯希和格外的优惠：让他进洞子自己挑选。上一次，他没有让斯坦因进洞，而是由他进洞取书，蒋师爷在洞口挑选。这一回，伯希和的价码翻了一番，待遇当然也就不一样了。伯希和进洞之后，对浩若烟海的书卷进行了一次认真的筛选。在一盏昏暗油灯的映照下，这位大胡子年轻人一干就是5天5夜，整整120多个小时！他将两万多卷文书迅速地浏览了一遍。在5天时间里，他饿极了啃一块干面包，渴极了喝一口凉水。大小便尽量憋着，实在憋急了就在洞口方便一下。实在累极了就靠在书堆上打一会儿吨。这种情形，他在《敦煌石窟访书记》中有所记载：“余私自忖度，洞中藏弃，尽加展览，其事至繁，将一万五千卷至二万卷，自首至尾览过一遍，六月余乃能竣事，非余所能胜任也。然欲悉其内涵，考其关系之重轻，又不得不每卷展开……然余亦不敢轻心从事，每遇一卷却破碎不堪者，亦不率尔放过。洞中卷本，未经余目而弃置者，余敢决其无有。”
浏览之后，伯希和对这批珍宝的价值心中也有数了：其一为精品，任何价值，皆非所计，必得之而后已；其一为凡品，可得可失，姑妄论价，如遇险阻，弃之可也。《敦煌石窟访书记》）这个精明的法国佬给自己的挑选工作定下了三条标准：第一，有题记的；第二，有纪年的；第三，价值珍贵的。对手抄佛经：“非书法精善，非有前人题识及标举之年月，非有特异之处，概从割爱。”“至及涉经伦之汉文写本，则不论何类，尽量收罗。”经过长时间的精心选择，伯希和挑去了汉文卷3000多种，古代民族文字2000多卷，共6000多件。是敦煌藏书中最珍贵的部分。这6000多卷文书包括以下内容：
一、社会文书。包括魏晋至北宋一千多年间的官府文件、私人信函、审判笔录、学生作业、教师批卷、民俗民风、经济活动、社司转帖及各种契约（最多的是土地买卖和人身买卖）——这些为斯坦因的中文秘书蒋孝琬先生所不屑一顾的东西，首先被伯希和所选中。因为它具有极高的史料价值。
二、儒家经典。
三、佛经、道经、摩尼教经、景教经。
四、少数民族文献。
五、历史、地理文献，特别是西北的地理文献。
六、变文、讲经文、曲子词等讲唱文学。
七、天文、历法、医药学、针灸学、脉经等方面的著作。
八、韵书、字书。
九、气功方面的书。
十、佛脚。
从以上内容可以看出，经过伯希和的“筛选”，敦煌藏书的精华实际上已经被洗劫一空——尽管还剩了10000多件。
伯希和押送着他远征的“战利品”，路过北京。胜利的喜悦使得他忍不住要炫耀一番。他将其中一箱文物在北京装裱，然后在六国饭店举行了颇为隆重的展览。到了这个时候，北京的学者才知道敦煌藏经洞的重大发现，才知道其中不少已被外国人盗走。学界巨子们扼腕顿足，痛心疾首。陈寅恪恸哭流涕曰：“敦煌者，吾国学术之伤心史也！”罗振玉、王国维等奔走呼号，联名上书，要求满清政府保护国宝。清政府这才下令把劫余的遗书运至北京保存。陈垣先生在《敦煌劫余录》中记录：“国人始大骇悟。宣统二年学部咨甘肃有司将洞中残卷悉数运京。移藏部立京师图书馆。”这一次，花的是朝廷的银子，影响不了陕甘总督的“大宴”。一支由几十辆插着黄龙旗的木轱辘驴车组成的大清车队，便威风凜凜地由兰州向敦煌进发了。
令人感慨万端的是，尽管中央政府下了“红头文件”，地方官府依然我行我素，对这些无价之宝视若草芥，装运时不登记、不编号，像运大白菜似的随意装卸，任意放置，一路风吹、雨淋、日晒、人偷，损失不计其数。先是在莫髙窟就被王道士藏匿了不少——此人已经尝到甜头，知道这些东西可以换钱。拉运过程中又被大大小小的“老鼠”偷走了不少。第一站，车队停在敦煌县城，文物就放置在东街小学堂的教室里，无人看管。县城的官绅们纷纷光顾，顺手牵羊拿走了许多。第二站到了兰州，停歇数十日，又被省城的“君子”们“暂借”了一部分。然后点了数，造了册，仅8000多卷。第三站，车队抵达北京。千辛万苦拉来的文物并未立即送往京师图书馆，而是停放在学部官员李盛铎的女婿何秋坪的家里。翁婿二人连夜突击，将其中价值宝贵的悉数挑选，藏于密室。总数不够了，这位朝廷命官急中生智，和他的女婿通力合作，用将一卷撕成两卷的办法，凑够了八千多卷的数字。然后才送到京师图书馆收藏。而且李盛铎还因为“运书有功”，受到了朝廷的嘉奖。
