秋七月壬午（十二日），福建提督靖海侯施琅陛见，上谕曰：『尔前为内大臣十有三年，当时因尔闽人，尚有轻尔者；惟朕深知尔，待尔甚厚。其后三逆反叛，虐我赤子；旋经次第平定，惟有海寇游魂潜踞台湾，尚为闽害。欲除此寇，非尔不可。爰断自朕衷，特加擢用。尔果能竭力尽心，不负任使，举六十年难靖之寇，殄灭无余；诚尔之功也。迩来或有言尔恃功骄傲者，朕亦颇闻之。今尔来京，又有言当留尔勿遣者。朕思寇乱之际，尚用尔勿疑；况天下已平，反疑尔勿遣耶！今命尔复任；自此宜益加敬慎，以保功名。从来功高者，往往不克保全始终，皆由未能敬慎之故。尔其勉之！更须和辑兵民，使地方安静，以副朕爱兵恤民并保全功臣至意』。施琅奏曰：『臣年力已衰，封疆重大，恐精神不堪』。上曰：『为将尚智、不尚力，朕用尔以智耳，岂在手足之力乎』！
九月癸巳（二十四日），命台湾文职员缺准该抚于闽省见任官内拣选调补。
康熙二十八年己巳（一六八九）夏四月壬辰（二十六日），命台湾铸钱。
五月丁未（十二日），以王隲为户部尚书（由浙江福建总督迁）。
壬子（十七日），以兴永朝为福建浙江总督（由偏沅巡抚迁）。
秋八月戊子（二十五日），原任福建浙江总督王隲奏：『日本商船应令停泊定海山，遣官察验，方许贸易』。上谕大学士等：『此事无益。朕南巡时，见沿途设有台座；问地方官及村庄耆老，据云明代备倭所筑。明朝末年，日本来贸易之大船停泊海口，乘小船直至湖州，原非为劫掠而来；乃被在内官兵杀尽，未曾放出一人。从此衅端滋长，设兵防备，遂无宁期。今我朝凡事详审熟计，务求至当；可蹈明末故辙乎？且善良之民屡遭水旱，迫于衣食，亦为盗矣。武备固宜豫设；但专任之官得其治理，抚绥百姓，时时留意，则乱自消弭。否则，盗贼蜂起，为乱者将不知其所自来；不独日本也』。
康熙二十九年庚午（一六九○）夏六月癸未（二十四日），以卞永誉为福建巡抚（由浙江布政使迁）。
秋七月壬辰（初三日），以李鈵为福建布政使（由广西按察使迁）、张勄为福建按察使（由湖广下荆南道迁）。
康熙三十年辛未（一六九一）春三月辛丑（十五日），以张志栋为福建按察使（由山西冀宁道迁）。
秋九月癸丑（初二日），以王清贤为福建按察使（由四川松茂道迁）。
康熙三十一年壬申（一六九二）春正月戊寅（二十八日），以董延祚为福建按察使（由广西苍梧道迁）。
冬十月壬辰（十七日），以高承爵为福建布政使（由江苏按察使迁）。
十二月乙未（二十一日），调兴永朝为漕运总督，以朱宏祚为浙江福建总督（由广东巡抚迁）。
康熙三十一年壬申（一六九二）春正月戊寅（二十八日），以董延祚为福建按察使（由广西苍梧道迁）。
冬十月壬辰（十七日），以高承爵为福建布政使（由江苏按察使迁）。
十二月乙未（二十一日），调兴永朝为漕运总督，以朱宏祚为浙江福建总督（由广东巡抚迁）。
康熙三十四年乙亥（一六九五）春二月己亥（初七日），以郭世隆为浙江福建总督（由直隶巡抚迁）。
甲辰（十二日），大学士等以翰林院撰原任福建巡海道殉难追赠工部右侍郎陈启泰碑文呈览，上曰：『陈启泰殉节，与他人不同。观其合家之人逐一自尽毕，伊然后自缢而死，甚属惨伤；海贼进城，见其家棺榇如许，亦为垂泪。伊子陈汝器被海贼拏获，后方得出。应将此等事，俱行撰入。观此碑文，词意尚未详尽；尔等可查明另撰』。
秋九月庚午（十一日），以汪楫为福建布政使（由按察使迁）。
己卯（二十日），以李成林为福建按察使（由广西左江道迁）。
冬十一月庚申（初二日），以高拱干为浙江按察使（由福建台厦道迁）。
康熙三十五年丙子（一六九六）夏四月乙未（初十日），礼部议覆：『福建巡抚卞永誉奏：耿逆叛乱时，福宁总兵官吴万福、福州府知府王之仪、邵武府知府张瑞武、江西建昌府知府高天爵、建宁府同知喻三畏、邵武府同知高举、侯官县知县刘嘉猷、尤溪县知县李埙、福州城守营千总廖有功等守节殉难；请建公祠致祭』。从之。
康熙三十六年丁丑（一六九七）春闰三月癸卯（二十三日），福建巡抚卞永誉丁父忧，命回旗守制。
予故靖海将军靖海侯太子少保施琅祭葬，加祭二次；谥「襄壮」。
夏四月己巳（二十日），以宫梦仁为福建巡抚（由通政使迁）。
康熙三十七年戊寅（一六九八）秋九月丙申（二十五日），以张霖为福建布政使（由安徽按察使迁）。
冬十一月乙未（二十五日）谕大学士等：『福建巡抚宫梦仁、安徽巡抚陈汝器居官俱劣，着解任』。
庚子（三十日），以张志栋为福建巡抚（由江苏布政使迁）。
康熙三十八年己卯（一六九九）春二月，免福建台湾府属及陕西南郑等十二州县上年水灾额赋有差。
康熙三十九年庚辰（一七○○）冬十月丙寅（初七日），以郎廷极为福建按察使（由山东登莱道迁）。
辛巳（二十二日），张勄原品休致，调张志栋为浙江巡抚（由福建调）。
丁亥（二十八日），以梅鋗为福建巡抚（由左副都御史迁）。
康熙四十年辛巳（一七○一）春三月壬辰（初五日），以高缉睿为福建布政使（由湖北接察使迁）。
康熙四十一年壬午（一七○二）春三月戊子（初七日），调范时崇为福建按察使。
冬十月丙午（二十九日），调郭世隆为广东广西总督，以金世荣为浙江福建总督（由福州将军迁）。
康熙四十三年甲申（一七○四）冬十月乙酉（十八日），以梅鋗为兵部右侍郎（由福建巡抚迁）。
壬辰（二十五日），以李斯义为福建巡抚（由左都御史迁）。
十二月丁卯朔，以侯居广为福建按察使（由四川川东道迁）。
康熙四十四年乙酉（一七○五）夏闰四月壬戌（二十九日），调侯广居为四川按察使、金培生为福建按察使。
康熙四十五年丙戌（一七○六）春三月己未朔，福建巡抚李斯义奏报台湾、凤山、诸罗三县旱灾。上谕大学士等：『台湾地方洼下，一遇亢旱，即至歉收；着将台湾等三县粮米全行免蠲。朕在政四十余年，留心诸务，无所不悉。见洼下之地旱则不收、水亦鲜获，不若蒙古田土高而且腴、雨雪常调、无荒歉之年，更兼土洁泉甘，诚佳壤也』。
是月，免福建台湾、湖广华容等五县上年被灾额赋有差。
夏五月己未（初二日），以金世荣为兵部尚书（由福建浙江总督迁）。
甲戌（十七日），谕大学士等：『闽省海疆与台湾相近，总督职任必得才兼文武之人乃可。原任总督金世荣为人忠厚，居官虽无恶处，然无才不能治事。去年福建小有旱灾，金世荣并未举奏；其奏改海中商舶式样虽奉准行，亦不能改。广东之贼沿海直至山东，金世荣恬然不知，殊有忝总督之任矣。顺治十六年「海贼」犯江宁，宜永贵守瓜洲；后镇江已陷，而宜永贵坚守瓜洲，终能保全。大都地方官平时无不自矜，及至有事，茫然无知，苟且塞责者多。前福建提督塞白礼，尚似可用之人；及耿精忠叛，彼畏惧，托病不出。封疆大臣，可以如是举动乎』？
丁丑（二十日），以梁鼐为福建浙江总督（由福建陆路提督迁）。
冬十月庚寅（初六日），谕武殿试读卷官等：『今天下太平日久，曾经战阵大臣已少，知海上用兵之法者益稀；日久，台湾不无可虑！朕甲子年南巡，由江宁登舟而下，至黄天荡，江风大作，众皆危惧；朕独令冲风而行。朕伫立船头，射江豚略不经意。后又南巡，乘船渡江，微觉心动。去岁之行，见人渡江者，即为心悸。由此观之，皆年为之也。大约年少，则血气强；年老，则血气衰。尝问之宿将，皆云年力少壮，故能登城陷险；今则怯矣。凡将军、提督、总兵官当年少时，冒锋镝、越险阻，所在效力；及位至大僚，家亦富饶而年齿渐高，设一旦有事，使之率兵而行，欲其奋勇效命如前，何可得耶』！
十一月壬戌（初八日），谕大学士等：『噶尔丹遇我军于克鲁伦之地，未尝交战，乃往西路，遇西师进击，尽被杀戮；西路兵获其牛羊二十余万，甚为得济：此乃天意也。昔吴三桂兵围永兴城，危在旦夕矣；吴三桂一死，其兵皆退：此亦天意也。长沙之战，吴三桂登城语其下曰：「满兵向皆勇猛，今衰弱矣」，言未毕，我前锋统领硕岱率诸前锋军奄薄城下，吴三桂惊叹曰：「满兵仍前饶勇耶」！自明代以来，福建皆受「海寇」之患；今已尽降矣。其中有刘国轩者，已授为总兵官；朕问彼：「满兵如何」？彼奏云：「臣乃当诛之人，蒙皇上宽恩不杀，何敢诳言！从前与满兵交战七十余次，虽为满兵所败，臣犹不心服；意谓满兵但恃力耳。及详视之，既有谋略，更兼勇猛；于是臣始心服矣」。以此观之，满兵诚强而无敌也』。
康熙四十六年丁亥（一七○七）春三月戊寅（二十五日），谕吏部：『福建巡抚员缺，甚为紧要。张伯行为人笃实，即在行间，亦非退缩者。着升为福建巡抚』。
夏五月戊寅（二十七日），谕兵部：『国家绥辑，兵民乂安；海峤必资威望素重之臣，以畀干城之寄。有能久镇岩疆、实彰劳绩者，则锡命酬庸，宜加显秩。福建水师提督吴英，当王师初定八闽，自偏裨以至大将，扬历四十余年。比任提督以来，益殚壮谋，克修军纪。目前大将中明习水性、训练舟师者，罕与媲伦。是用特沛殊恩，俾膺异数；着授为威略将军，仍管水师提督事务，以示朕优眷劳臣至意』。
冬十一月乙卯（初七日），以金培生为福建布政使、宋致为福建按察使（由巡海道迁）。
己未（十一日），谕大学士等：『福建内地之民，住居台湾者甚多。比来洊罹灾祲，米榖不登；在土著之人，犹可采捕为生。内地人民在彼者，粮食缺少，既难以自存；欲归故土，又远隔大洋，诚为可悯！着行文该地方官察明情愿复归本地者，或遇兵丁换班之船、或遇公务奉差之船，令其附载，带回原藉』。
康熙四十七年戊子（一七○八）春二月，免福建台湾等三县上年旱灾额赋有差。
康熙四十八年己丑（一七○九）冬十一月壬午（十六日），......得旨：『......江苏巡抚员缺紧要，着福建巡抚张伯行调补』。
丁亥（二十一日），以许嗣兴为福建巡抚（由河南布政使迁）。
康熙四十九年庚寅（一七一○）秋八月甲申（二十二日），福建浙江总督梁鼐丁母忧，命回籍守制。
庚寅（二十八日），以范时崇为福建浙江总督。
九月壬寅（十一日），谕史部：『福建巡抚许嗣兴才力不能任事，着解任。福建巡抚，着浙江巡抚黄秉中调补』。
冬十一月庚子（初十日），以董永芠为福建按察使（由江西赣南道迁）。
十二月戊辰（初八日），兵部议覆：『海澄公黄应缵奏：伊父黄芳泰以京口总兵官承袭公爵，已故二十余年，尚未营葬；恳赐恤典。应行文该督查明，奏到再议』。上谕大学士等：『平定三逆之事，朕知之甚明。黄应缵之祖黄梧，世祖章皇帝时，曾遣人令伊投降；因「海寇」郑芝龙遗书阻之，故黄梧未降。后郑芝龙之子郑成功寇镇江、瓜洲，贝子罗托、总兵官梁化凤内外夹攻；大破之余，贼败北，投黄梧。黄梧遂献海澄县归顺，因封为海澄公。黄梧故后，公爵与伊子黄芳度承袭。黄梧之弟有二子，长子黄芳世、次子黄芳泰；黄芳世自一等侍卫授广东总兵官。耿精忠叛时，黄芳度坚守漳州府，举家被害；黄芳泰逃至广东请兵，值尚之信叛，黄芳泰同伊兄黄芳世、巡抚杨熙力战而出。黄芳泰等实心效力，所立功绩，部中亦有档案；不必行查。即着该部查明议奏』。寻兵部奏：『黄芳度于逆贼耿精忠叛时，举家殉难；黄芳泰突围请援，引兵入闽，恢复地方。应将黄芳泰赐恤之处，交礼部』。寻赠太子少保，予祭葬。
康熙五十年辛卯（一七一一）秋九月壬辰（初六日），兵部议覆：『福建陆路提督蓝理系封疆大臣，纵容盗贼滋蔓、抢夺扰民，不能招抚；又迟延日久，不行奏闻，反巧行粉饰诳奏。应革职，交刑部治罪。总督范时崇、巡抚黄秉中、漳州总兵官许凤、汀州总兵官陈有功照溺职例，俱革职』。得旨：『蓝理前奏福建水师提督有吴英、陆路提督有臣料理，地方可保宁谧；倘犹有盗贼之事，臣无面目再觐天颜等语。今盗贼窃发，不能即行剿抚，纵容迄今尚未尽获；且居官不端：殊为溺职。着革职，从宽免交刑部。范时崇、黄秉中、许凤、陈有功，俱从宽免革职，着各降五级，戴罪图功。盗贼务令尽行拏获；如不能尽行拏获，再加议罪』。
冬十月丙辰〔朔〕，户部议覆：『福建巡抚黄秉中奏：台湾府属地亩，向征稻榖，并无额编银两。其应征本色稻榖，请应一体蠲免。查此项钱粮，该抚应于春夏开征之前，即行奏请；迟至秋季方行具奏，应不准行』。得旨：『台湾府属五十年应征稻榖，已经征完；在官虽蠲免，于小民无益。其应征康熙五十一年稻榖，着行蠲免」。
