经过胡、蓝两案，朱元璋虽已掌握了全部的军政大权，但又担心尔后发生变乱，朝廷孤立无援，于是便将儿子封赴各地为王，作为中央的屏障。一旦中央发生变乱，他们可以发兵救援。
藩王不能拥有地盘，也不能干预民政，却拥有一定数量的军队和指挥军队的权力。朱元璋规定：王府设亲王护卫指挥使司，士卒最少的有3000人，多的达19000人。分封在北方边境上的藩王，负有保卫边疆安全、防止蒙元贵族复辟势力南侵的使命；军无定制，必要时可以招募兵员，扩充势力。被朱元璋封王并已经就国的17位皇子中，兵力最强的要数秦、晋、燕三个藩王。宁王朱权，有甲士8万，兵车6000辆。藩王常常成为皇帝在各地的军事代表。朝廷调遣当地驻军，也要征得他们的同意。经过数十年的经营，朱元璋以为从此天下大定，他的子孙后代可以各得其所，安享尊荣，国家的最高统治权可以完全掌握在朱姓皇帝手里，传之万世了。
朱元璋当了皇帝，按照历朝嫡长子继承的旧制，册立长子朱标做了太子。洪武二十五年（公元1392年）朱标病死，年已65岁的朱元璋悲恸异常。皇位传给何人？经过反复考虑，最后他采纳了翰林学士刘三吾的建议，于同年九月立朱允为皇太孙，那时，他才年满16岁。
朱元璋虽是一代英主，呕心沥血，绞尽脑汁，建立了中央集权制，却忘记了一条颠扑不破的真理：分封制和中央集权制是水火不相容的。西汉的吴楚七国之乱就源于此。
早在洪武九年，平遥训导叶伯巨就曾上书，反对朱元璋赋予诸王过大的权力，结果以“离间吾骨肉”的罪名被朱元璋逮捕入狱，迫害致死。朱元璋太相信自己的儿子了。可是，智者千虑，必有一失。
据说有一次，朱元璋对皇太孙说：“我把抵抗蒙元复辟势力的重任交给了边塞诸王，你今后就安心做太平天子吧！”
朱允反问道：“诸王作乱，又靠谁来抵御呢？”明太祖一时答不上话来。
朱允接着说：“诸王若遵守朝廷礼法，自当奖赏；反之，也只有抛开骨肉情分，诉诸武力了。”
朱允的担忧并不是多余的，原来，他当了皇太孙以后，按照爷爷的安排，也学着处理政务。可那些手握重兵、雄踞一方的藩王，根本不把他放在眼里，国家大事仍旧向朱元璋禀报，从不和这位未来的皇帝打招呼。
一天，他对侍读的太常卿黄子澄说：“诸王拥有重兵，多行不法，如何了得呢？”黄子澄见四下无人，悄声地安慰他说：“殿下不必焦心。诸王只有护卫兵，仅能自守，真正到了那一步，也只有传檄天下，发兵征讨了。汉代吴楚七国，虽然强大，最后还是以失败告终，这是因为大小、强弱不同，而顺逆的道理也不相同的缘故。”
朱允这才安下心来。
洪武三十一年闰五月，71岁的朱元璋撒手人寰。朱允继承皇位，改元建文，史称建文帝。他任命黄子澄为太常寺卿，同参军国大事，原东宫近臣齐泰为兵部尚书，共同辅政。有一天，建文帝召见黄子澄说：“先生还记得东角门的谈话吗？”黄子澄顿首回答：“不敢忘。”于是开始计议削夺藩王的权力。黄子澄主张先从周王朱（sù）下手。齐泰认为应以迅雷不及掩耳之势，先解除燕王兵权。他说：“燕王手握重兵，素有异志，而且名震诸藩，一时恐难对付。不如首先断其羽翼，使之孤立无援，然后见机而行，定能收效。”
最后商定先从力量较弱的周王开刀。主意一定，便请建文帝下旨定夺，理由是他在洪武时多次违法，削之有名。而且，他是燕王的同母弟，也就是剪除燕王的羽翼。正巧，这时有人告发他目无法纪，诽谤朝廷。有了这一口实，建文帝便师出有名了。他立命曹国公李景隆带兵赶赴河南，将朱及其子女、嫔妃，连同王府的重要官员，一并收捕，押解京师问罪，削去了他的王爵，发配云南安置。接着又以贪赃枉法的罪名，削除了岷王朱（pián）的封爵。湘王朱柏在封地伪造钱钞，擅杀无辜。事发之后，他抢在朝廷发兵问罪之前引火自焚。不久，齐王朱（fú）、代王朱桂也被诱至京师，废为庶人加以软禁。
建文帝对燕王朱棣的削藩就不那么顺利了，因为他早有准备。
朱棣是朱元璋的第四个儿子，仪表堂堂，智勇过人。朱元璋曾经多次想册立他为太子，只是因为大臣反对未能实现。这口怨气，他一直憋在心里。建文帝也十分清楚，所以即位以来，从没有放松过对他的戒备。
现在，朝廷已经动手削藩了。燕王心里明白，对他动手是早晚要发生的事情。为了自身安全，他曾经装疯卖傻，妄图躲过这场劫难，后被朝廷侦知。朱允先是以防边为由，调走了他的精锐部队，接着又以种种罪名，逮捕了王府的一些属官，杀了他的两个得力护卫，又把北平的布政使和都指挥使换成了朝廷的亲信，并向他们下了伺机逮捕燕王的密诏。
几天后，布政使张（bǐng）和都指挥使谢贵领兵包围了燕王府。这时，朱棣决定以武装反抗朝廷。他以谈判为名，诱杀了张、谢二人，趁部队混乱之际攻占了北平，并以“清君侧”为由，发动了一场争权夺利的大规模战事。史称“靖难之役”。
一个月后，燕王的部队攻下了居庸关，怀柔、密云、蓟州、遵化、永平等州县也相继落入朱棣手中，解除了北平的后顾之忧。
叛乱开始，并没有引起建文帝的重视，后来朱棣的势力越来越大，整个河北都有被袭的可能。建文帝这才着慌，忙命长兴侯耿炳文为大将，驸马都尉李坚为左副将军，都督宁忠为右副将军，领兵30万北上征讨。
这场朱氏叔侄间相互残杀的战争中，许多人不愿卷入争权夺利的政治旋涡；加上耿炳文又没有大将的胆识和谋略，先是在雄县吃了败仗，接着又在真定府（今河北正定）遭到燕王兵力的前后夹击，阵脚大乱，大败而逃。
朱棣亲自指挥骑兵追击，生擒李坚、宁忠。
官军战败的消息传到京师，建文帝震怒，免去了耿炳文的军职，任命李景隆为大将，增调了50万军队，浩浩荡荡，杀向河北。
李景隆虽是名将李文忠的儿子，却不懂用兵之道。许多久经征战的将领心里愤愤不平，不肯听他调遣。
燕王听说李景隆统兵前来，便对部下说：“朱允有眼无珠，任命这样的人统兵作战，哪有不败之理！”他命世子朱高炽留守王都，亲自领兵东救永平。他断定：李景隆见自己不在，必然奔袭北平。果然不出所料，官军很快到了城下，但北平的军民同仇敌忾，奋勇守卫，城池固若金汤。一个月后，李景隆攻城不下，陷入了进退两难的困境。这时，朱棣已打败了辽东的人马，挟持宁王朱权，收编了他的8万精兵，势力更加强大。为解北平之围，他挥师西向，在北平守军的配合下，又获全胜。李景隆逃到德州后，收集残兵败将，于建文二年（公元1400年）四月，又统率一支号称60万大军的平叛部队，与燕军在白沟河（今河北雄县北）展开决战。
起初双方僵持不下，后来突然刮起一阵狂风，李景隆的帅旗拦腰折断，士卒顿时慌乱。朱棣抓住战机，指挥大军掩杀过去，官军抵挡不住。李景隆冒着密集的箭雨，在燕军的喊杀声中左冲右突，斩将搴（qiān，拔取）旗，战马多次负伤，换过坐骑又奋勇冲杀上去。双方激战多次，最后官军仍被燕军战败。
建文三年冬，朱棣再次率大军南下。他以机动灵活的战略战术，避开官军的主力，于第二年六月转战到了扬州。
朝廷一片慌乱，建文帝拿不出应急的办法。
不久，燕军突破长江天险，兵临南京城下。负责守卫金川门的谷王朱穗和李景隆大开城门，向朱棣投降。燕军一拥而入，文臣武将纷纷投降，只有徐达的儿子魏国公徐祖辉率领少数人马力战。
城陷之前，建文帝见大势已去，便把后宫嫔妃关在宫中，放起一把大火。一座座金碧辉煌的宫殿，连同众多如花似玉的美人，一齐化为灰烬。
南京城破，建文帝是生是死，时人说法不一。有人说他纵火后便从地道中逃出京城，后来当了和尚，云游四川、云南一带；也有人说他逃到广州，乘一艘远航商船逃到了南洋的某个国家。建文帝的下落，成了历史上的一桩疑案，至今还没有定论。
朱棣做了明朝的皇帝。他就是明成祖。永乐元年（公元1403年），朱棣改北平为北京，并于永乐十九年在新修建的皇宫竣工后迁都北京。南京成了明朝的留都。
